• 제목/요약/키워드: Pore aperture

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Molecular cloning and sequence and 3D models analysis of the Sec61α subunit of protein translocation complex from Penicillium ochrochloron

  • Azad, Abul Kalam;Jahan, Md. Asraful;Hasan, Md. Mahbub;Ishikawa, Takahiro;Sawa, Yoshihiro;Shibata, Hitoshi
    • BMB Reports
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    • 제44권11호
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    • pp.719-724
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    • 2011
  • The $Sec61{\alpha}$ subunit is the core subunit of the protein conducting channel which is required for protein translocation in eukaryotes and prokaryotes. In this study, we cloned a $Sec61{\alpha}$ subunit from Penicillium ochrochloron ($PoSec61{\alpha}$). Sequence and 3D structural model analysis showed that $PoSec61{\alpha}$ conserved the typical characteristics of eukaryotic and prokaryotic $Sec61{\alpha}$ subunit homologues. The pore ring known as the constriction point of the channel is formed by seven hydrophobic amino acids. Two methionine residues from transmembrane ${\alpha}$-helice 7 (TM7) contribute to the pore ring formation and projected notably to the pore area and narrowed the pore compared with the superposed residues at the corresponding positions in the crystal structures or the 3D models of the $Sec61{\alpha}$ subunit homologues in archaea or other eukaryotes, respectively. Results reported herein indicate that the pore ring residues differ among $Sec61{\alpha}$ subunit homologues and two hydrophobic residues in the TM7 contribute to the pore ring formation.

소맥엽신의 기공운동과 기공의 환경변이에 관한 연구 제1보 소맥엽신의 기공개도 측정법 및 기공개도의 일변화 (Studies on the Stomatal Movement and Related Environmental Factors to Stomate in the Wheat I. Measurement of the Stomatal Aperture and Diurnal Movement of the Stomata in Wheat 1.Measurement of the Stonatal Aperture and Diurnal Movement of the Stomanta on Wheat)

  • 남윤일;하용웅
    • 한국작물학회지
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    • 제27권2호
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    • pp.130-136
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    • 1982
  • 소맥엽신에 있어서 기공개도의 측정법 및 기공개도의 일변화를 검토하여 광합성연구 및 수분생리 연구의 기초자료를 얻고자 조사하였든 바 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 기공개도의 실측치와 침윤법에 의한 시약순위와는 직선적인 비례관계가 있었다. 2. 침윤법으로 측정한 시약순위 1의 경우 기공개도의 실측 평균치는 0.7$\pm$0.5$\mu$이었으며 순위 6의 경우는 6.3$\pm$0.6이었다. 3. 동일엽신내에서도 엽신의 기부는 선단부보다 기공개도가 현저히 컸다. 4. 지엽과 제1엽 엽신의 기공은 10시경에 제2엽은 12시경에 기공개도가 가장 컸으며, 오후가 되면서 기공개도는 감소하기 시작하여 18시경에는 거의 완전히 폐공하였다. 5. 기공개도의 최대치는 지엽보다 제1엽이 또 세력이 왕성한 분벽의 엽신일수록 큰 경향이었다. 6. 엽신기부의 기공은 선단부에 비하여 모든 엽위와 어는 시각에서도 기공개도가 큰 일변화를 보였다. 7. 이상의 결과로부터 소맥엽신의 기공개도 측정은 침윤법으로 가능하나 품종이나 육종재료들에 대하여 기공개도를 비교할 때는 엽위, 엽신부위 및 분벽간에 차가 있으므로 측정재료 선정에 주의가 필요하리라 본다.

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Dynamics of Nanopore on the Apex of the Pyramid

  • Choi, Seong-Soo;Yamaguchi, Tokuro;Park, Myoung-Jin;Kim, Sung-In;Kim, Kyung-Jin;Kim, Kun-Ho
    • 한국진공학회:학술대회논문집
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    • 한국진공학회 2012년도 제43회 하계 정기 학술대회 초록집
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    • pp.187-187
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    • 2012
  • In this report, the plasmonic nanopores of less than 5 nm diameter were fabricated on the apex of the pyramidal cavity array. The metallic pyramidal pit cavity can also utilized as the plasmonic bioreactor, and the fabricated Au or Al metallic nanopore can provide the controllable translocation speed down using the plasmonic optical force. Initially, the SiO2 nanopore on the pyramidal pit cavity were fabricated using conventional microfabrication techniques. Then, the metallic thin film was sputter-deposited, followed by surface modification of the nanometer thick membrane using FESEM, TEM and EPMA. The huge electron intensity of FESEM with ~microsecond scan speed can provide the rapid solid phase surface transformation. However, the moderate electron beam intensity from the normal TEM without high speed scanning can only provide the liquid phase surface modification. After metal deposition, the 100 nm diameter aperture using FIB beam drilling was obtained in order to obtain the uniform nano-aperture. Then, the nanometer size aperture was reduced down to ~50 nm using electron beam surface modification using high speed scanning FESEM. The followed EPMA electron beam exposure without high speed scanning presents the reduction of the nanosize aperture down to 10 nm. During these processes, the widening or the shrinking of the nanometer pore was observed depending upon the electron beam intensity. Finally, using 200 keV TEM, the diameter of the nanopore was successively down from 10 nm down to 1.5 nm.

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Evaluation of Injection capabilities of a biopolymer-based grout material

  • Lee, Minhyeong;Im, Jooyoung;Chang, Ilhan;Cho, Gye-Chun
    • Geomechanics and Engineering
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    • 제25권1호
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    • pp.31-40
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    • 2021
  • Injection grouting is one of the most common ground improvement practice to increase the strength and reduce the hydraulic conductivity of soils. Owing to the environmental concerns of conventional grout materials, such as cement-based or silicate-based materials, bio-inspired biogeotechnical approaches are considered to be new sustainable and environmentally friendly ground improvement methods. Biopolymers, which are excretory products from living organisms, have been shown to significantly reduce the hydraulic conductivity via pore-clogging and increase the strength of soils. To study the practical application of biopolymers for seepage and ground water control, in this study, we explored the injection capabilities of biopolymer-based grout materials in both linear aperture and particulate media (i.e., sand and glassbeads) considering different injection pressures, biopolymer concentrations, and flow channel geometries. The hydraulic conductivity control of a biopolymer-based grout material was evaluated after injection into sandy soil under confined boundary conditions. The results showed that the performance of xanthan gum injection was mainly affected by the injection pressure and pore geometry (e.g., porosity) inside the soil. Additionally, with an increase in the xanthan gum concentration, the injection efficiency diminished while the hydraulic conductivity reduction efficiency enhanced significantly. The results of this study provide the potential capabilities of injection grouting to be performed with biopolymer-based materials for field application.

주사전자현미경을 이용한 3종 화분포자류(花粉胞子類) 한약재(송화분(松花粉), 포황(蒲黃), 해금사(海金沙))의 미세형태 비교연구 (Comparative study on the external micro-morphology of 3 kinds of minute pollen and spore Herbs (Pini Pollen, Typhae Pollen, Lygodii Spora) utilizing scanning electron microscope)

  • 김영식;송준호;최고야;이금산;주영승
    • 대한본초학회지
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    • 제35권1호
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    • pp.9-18
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    • 2020
  • Objectives : We tried to establish standards for genuine by discriminating 3 kinds of pollen and spore herbs that are highly to be mixed with each other. Using an scanning electron microscope, we prepare a standard for discriminating external morphological characters of minute herbs, thereby contributing to the stable supply of genuine herbal medicines. Methods : Standard samples were confirmed by literature review on external morphological characteristics of original plants and herbal medicines, and collection and identification of original plants. The herbal medicines on the market were purchased and classified with using naked eye observation and magnifier. Finally, micromorphological identifications were conducted using an scanning electron microscope. Results : 1. Pini Pollen was clearly distinguished by its relatively medium size and a pollen grain with two swollen reticulate sacci at both ends. The verrucate ornamentation on the exine surface of the corpus and a sunken leptoma germ pore may be used as a discrimination criteria. 2. Typhae Pollen was distinguished by its relatively small size and a saccus on the end of a pollen grain. Reticulate ornamentation of exine surface of the corpus, and a slightly clear ulcerate germ pore can be used as a discrimination criteria. 3. Lygodii Spora was distinguished by its relatively large triangular-ovate shape and trichotomous fissure. Verrucate-tuberculate ornamentation of exine surface and trilete aperture could be used as a discrimination criteria. Conclusion : These results indicate that the use of electron microscopy is very effective for discriminating the external morphology of minute herbal medicines.

입자추적법을 사용한 암반균열에서 핵종이동 해석 (Interpretation of Migration of Radionuclides in a Rock Fracture Using a Particle Tracking Method)

  • Chung Kyun Park;Pil Soo Hahn;Douglas J. Drew
    • Nuclear Engineering and Technology
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    • 제27권2호
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    • pp.176-188
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    • 1995
  • 지하처분된 방사성핵종의 이동 해석방식으로서 입자추적법을 도입하였다. 입자추적법은 암반균열대와 같은 흐름장이 불균일하고 복잡할 때 물질이동을 모사할 수 있는 방법이다. 암반층에서 방사성핵종은 주로 암반사이에 발달한 균열을 따라 이동하는데, 초기연구자들은 균열틈을 평행판 사이의 간격으로 가정하였으나, 실제 균열은 이보다 복잡다양해서 실제 물질 이동과는 상당한 오차가 존재하였다. 이 논문에서는 이를 극복하기 위해 가변균열폭 국부통로모형을 도입하여, 균열대 내부는 2차원적인 균열폭의 분포를 가지며, 핵종은 균열내에서 상대적으로 큰 균열폭을 따라 이동이 주로 일어나는 국부이동이 라는 점을 제시하였다. 또한 개발한 이동모델의 타당성 입증차원에서 자연균열을 가진 화강암을 사용하여 방사성 핵종 이동 실험을 수행하였다. 추적자로서 지하수와 같은 이동특성을 가진 삼중수소와 요오드를 사용하였다. 화강암 균열대 특성을 파악하기 위해 균열이 있는 윗 암석면에 11개의 시추공을뚫고 수리전도 시험을 수행하였다. 실험자료와 전산모사치를 비교해 본 결과, 가변균열폭국부통로 개념에 물질이동모델로 입자추적법을 결합한 모델이 암반균열에서 핵종이동 해석방법으로 유용하였다. 또한 핵종은 균열 내에서 상대 적으로 큰 국부통로를 따라 주로 이동하며, 이동방향과 직각인 암반매질내로 확산도 상당한 비율로 일어났다.

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Preparation and Gas Permeability of ZIF-7 Membranes Prepared via Two-step Crystallization Technique

  • Li, Fang;Li, Qiming;Bao, Xinxia;Gui, Jianzhou;Yu, Xiaofei
    • Korean Chemical Engineering Research
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    • 제52권3호
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    • pp.340-346
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    • 2014
  • Continuous and dense ZIF-7 membranes were successfully synthesized on ${\alpha}-Al_2O_3$ porous substrate via two-step crystallization technique. ZIF-7 seeding layer was first deposited on porous ${\alpha}-Al_2O_3$ substrate by in-situ low temperature crystallization, and then ZIF-7 membrane layer can be grown through the secondary high-temperature crystallization. Two synthesis solutions with different concentration were used to prepare ZIF-7 seeding layer and membrane layer on porous ${\alpha}-Al_2O_3$ substrate, respectively. As a result, a continuous and defect-free ZIF-7 membrane layer can be prepared on porous ${\alpha}-Al_2O_3$ substrate, as confirmed by scanning electron microscope. XRD characterization shows that the resulting membrane layer is composed of pure ZIF-7 phase without any impurity. A single gas permeation test of $H_2$, $O_2$, $CH_4$ or $CO_2$ was conducted based on our prepared ZIF-7 membrane. The ZIF-7 membrane exhibited excellent H2 molecular sieving properties due to its suitable pore aperture and defect-free membrane layer.

유도분극 전하 충전성과 전기비저항을 활용한 암반 상태 파악 가능성 연구 (Utilization of Induced Polarization and Electrical Resistivity for Identifying Rock Condition)

  • 박진호;류진우;정지희;이인모
    • 대한토목학회논문집
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    • 제36권3호
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    • pp.493-502
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    • 2016
  • 이 연구에서는 암반의 상태가 유도분극에 의한 전하 충전성(chargeability)과 전기비저항에 미치는 영향을 살펴보았다. 이론 연구에서 지반의 충전성과 이에 영향을 미치는 변수들 사이에 관계식을 유도하고, 변수 민감도 분석으로부터 충전성에 가장 큰 영향을 미치는 요인은 입자 사이의 좁은 간극의 크기($r_1$)이며, 그 다음으로는 간극수의 염도($C_0$)임을 밝혔다. 실내 실험에서는 암반 절리대(파쇄대)를 축소 모사하여, 절리 틈새 크기와 간극수 염도 및 절리대 위치에 따라 충전성과 비저항을 측정하였다. 또한, 서로 다른 충전성을 가진 지층이 복합적으로 구성된 경우도 살펴보았다. 실험 결과, 충전성은 간극수의 염도($C_0$)가 증가하면 감소하였다. 또한, 전하가 흐르는 각각의 경로(current flow lines)에서 나타나는 충전성에 의해 전체 충전성이 결정되었으며, 각 경로에서의 충전성은 암반 파쇄상태가 아닌 경로 상의 좁은 간극($r_1$)에 의해 결정되었다. 따라서 충전성이 상대적으로 큰 암반이 하부에 존재하는 복합지층의 경우, 충전성을 이용해 복합지층 구성 여부에 대한 파악이 가능하였다. 이러한 결과로부터, 전기비저항 변화만으로는 지반 해수침투 또는 지반 복합구성 여부가 지반 파쇄상태에 따른 비저항 변화와 혼동되어 분간이 어려우나, 충전성을 함께 측정하면 이를 명확히 구분하는데 매우 유용하게 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

폴리머 공법 적용 불균질 저류층에서의 유효 압축률이 오일생산에 미치는 영향 분석 (The Analysis for the Effect of Effective Compressibility on Oil Recovery in Polymer Flooded Heterogeneous Reservoir)

  • 백수현;정우동;성원모;서준우
    • 자원환경지질
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    • 제47권3호
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    • pp.247-254
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    • 2014
  • 불균질한 자연균열 저류층에서 암체의 압축률은 매우 작은 값을 가지는 반면에 균열의 압축률은 상대적으로 큰 값을 갖는다. 균열의 압축률을 포함한 유효 압축률을 고려하지 않을 경우에는 균열의 간극 변화로 인한 공극 부피의 변화를 반영할 수 없기 때문에 정확한 오일 회수를 예측할 수 없다. 본 연구에서는 기존의 연구들에서 암체의 압축률만을 고려하여 오일 회수를 분석했던 것과 달리, 암체와 균열의 압축률을 모두 고려한 유효 압축률을 적용해서 오일 회수량을 분석하였다. 폴리머 공법에서 균열의 압축률이 폴리머의 주입에 미치는 영향을 이해하기 위해, 폴리머의 분자량, 농도, 주입속도에 따른 오일 회수량을 분석하였다. 유효 압축률을 고려할 경우 폴리머 분자량, 농도, 주입속도가 높아질수록 유효 압축률을 고려하지 않은 경우가 고려한 경우보다 누적 오일 생산량이 높게 나타났다. 또한 공저 압력의 경우에도 유효 압축률을 고려하지 않은 경우가 고려한 경우보다 빠르게 급감하여 오일 생산량에 영향을 주는 것을 확인할 수 있다.

울릉도 고유종인 섬시호를 중심으로 동북아시아 시호속 식물의 계통과 보전생물학 (Phylogeny and Conservation of the Genus Bupleurum in Northeast Asia with Special Reference to B. latissimum, Endemic to Ulleung Island in Korea)

  • 안진갑;이희천;김철환;임동옥;선병윤
    • 한국환경생태학회지
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    • 제22권1호
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    • pp.18-34
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    • 2008
  • 외부형태에 근거하여 한반도 시호속은 시호군(시호, 참시호), 등대시호, 그리고 개시호군(개시후, 섬시호)로 구분이 가능하다. 시호군은 경생엽이 선형 또는 선상 피침형으로 기저부가 줄기를 감싸지 않는 유저인 반면, 개시호군과 등대시호는 경생엽이 난상 피침형 또는 제금형으로 기저부를 완전히 감싸는 이저 또는 전저이다. 그리고 시호군과 개시호군은 정생하는 복산형화서를 중심으로 복잡한 취산배열을 하는 반면, 등대시호는 정생하는 복산형화서를 중심으로 단순 취산배열을 하고 있다. 한편, 등대시호는 식물체가 소형이고 소회경의 길이가 짧고 그 수가 20여개 이르는 반면, 개시호군과 시호군은 식물체가 대형이며 소화경이 길게 신장하고 그 수가 10여개에 불과하다. 화분의 특징으로 섬시호와 개시호는 화분의 공구가 미약하게 발달하는 반면, 참시호, 시호 및 등대시호는 화분의 공구가 뚜렷하게 발달한다. 염색체는 시호가 2n=20, 참시호와 개시호가 2n=12, 등대시호 및 섬시호가 2n=16으로 관찰되었지만, 등대시호와 섬시호의 핵형이 달라서 서로 유연관계가 없는 것으로 나타난다. 이상에서 섬시호는 개시호와 가장 유연관계가 깊은 것으로 보이지만, 분지 분석 결과 섬시호의 유연관계는 뚜렷하게 분석 되지는 않았지만, 오히려 러시아에 분포하는 B. bicaule와 가까운 것으로 나타나고 있다. 보전생물학적 측면에서 섬시호는 인위적 남획과 방목 염소가 최대 위협요인으로 판단된다.