• 생명과학회지
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• 제8권6호
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• pp.687-694
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• 1998

한국 남부지방의 매화노루발(Chimaphila japonica Miq.)의 유전적 다양성 및 집단구조를 조사하기 위해 전기영동을 실시하였다. 집단내 다형현상을 나타내는 대립유전자는 48.7%였다. 종 및 집단 수준에서 유전적 다양도는 각각 0.278, 0.222로 나타났고, 집단간 분화 정도는 비교적 낮았다( $G_{ST}$ =0.079). 조사한 일곱 집단내 자가 수분계수는 0.355였다. $G_{ST}$ 로부터 간접적으로 구한 세대당 집단간 이동개체수는 약간 높게 나타나므로 한반도 남부 지방의 집단간 유전자 이동이 보편적으로 이루어 지고 있음을 시사한다 (Nm=2.61). 고정지수 분석에 의하면 이형접합자의 부족이 여러 집단 및 대립유전자좌위에서 나타났다. 이 종에서 유전적 다양도가 고양된 주된 이유는 광범위한 분포, 다년생, 영양번식, 곤충에 의한 타가수분, 그리고 바람에 의한 화분분산이 빈번하게 이루어진 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제17권7호통권87호
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• pp.882-888
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• 2007

전분 젤 전기영동을 사용하여 한국내 분포하는 동자개 여섯 집단에서 유전적 다양성과 집단구조를 평가하였다. 14개 대립유전자좌위에서 9좌위가 다형현상을 나타내었다(64.3%). 종수준과 집단수준에서 유전적 다양성은 각각 0.286과 0.277이였다. Wright의 고정지수에서 Hardy-Weinberg 평형에 비해 전반적인 이형접합체 결핍이 나타났다. 이 결핍은 집단내 유효한 개체수의 부족을 시사한다. 집단간 유전적 분화 정도는 0.064로 대부분의 유전적 변이(93.6%)가 집단내에 있음을 의미한다. 간접적으로 평가된 집단간 이주하는 개체수는 3.67로 나타났다. 제한된 유전자 유동과 유효집단의 감소는 유전적 부동을 유발하고, 주기적인 포획으로 인한 개체수의 감소는 유전자 상실로 이어지고 있다. 대부분의 집단이 겨울철 가뭄과 여름철 홍수로 심한 병목을 겪고 있었다.

• Animal cells and systems
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• 제16권3호
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• pp.230-236
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• 2012

The Korean hare, Lepus coreanus, is an important mammal in ecosystem food chains, and is distributed across the entire Korean peninsula and northeastern China. Polymorphic microsatellite loci were developed using the biotinenrichment technique for use in population genetics studies. Five trinucleotide and four dinucleotide microsatellite loci were selected and tested on 22 Korean hare specimens collected from Gangwon Province and Gyeongsangbuk Province in South Korea. The number of alleles across the two sampling regions ranged from three to nine with a mean of 6.1. Mean observed and expected heterozygosities and polymorphic information content were 0.540, 0.627 and 0.579, respectively. Only one locus, Lc06, showed departure from Hardy-Weinberg equilibrium after applying the Bonferroni correction. Four microsatellites, Lc01, Lc03, Lc12, and Lc19, satisfied the criteria to serve as a core set of markers recommended for population genetics studies. These new microsatellite markers will be widely applicable to future genetic studies for management and conservation of the Korean hare and related species, including assessment of the genetic diversity and population structure of L. coreanus.

• The Plant Pathology Journal
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• 제38권6호
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• pp.572-582
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• 2022

Sheath blight disease caused by the necrotrophic, soilborne pathogen Rhizoctonia solani Kuhn, is the global threat to rice production. Lack of reliable stable resistance sources in rice germplasm pool for sheath blight has made resistance breeding a very difficult task. In the current study, 101 rice landraces were screened against R. solani under artificial epiphytotics and identified six moderately resistant landraces, Jigguvaratiga, Honasu, Jeer Sali, Jeeraga-2, BiliKagga, and Medini Sannabatta with relative lesion height (RLH) range of 21-30%. Landrace Jigguvaratiga with consistent and better level of resistance (21% RLH) than resistant check Tetep (RLH 28%) was used to develop mapping population. DNA markers associated with ShB resistance were identified in F₂ mapping population developed from Jigguvaratiga × BPT5204 (susceptible variety) using bulk segregant analysis. Among 56 parental polymorphic markers, RM5556, RM6208, and RM7 were polymorphic between the bulks. Single marker analysis indicated the significant association of ShB with RM5556 and RM6208 with phenotypic variance (R²) of 28.29 and 20.06%, respectively. Co-segregation analysis confirmed the strong association of RM5556 and RM6208 located on chromosome 8 for ShB trait. This is the first report on association of RM6208 marker for ShB resistance. In silico analysis revealed that RM6208 loci resides the stearoyl ACP desaturases protein, which is involved in defense mechanism against plant pathogens. RM5556 loci resides a protein, with unknown function. The putative candidate genes or quantitative trait locus harbouring at the marker interval of RM5556 and RM6208 can be further used to develop ShB resistant varieties using molecular breeding approaches.

• 사상체질의학회지
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• 제11권1호
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• pp.169-183
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• 1999

This study was carried out for the objectification and clinical application of the Sasang Constitutional Medicine(四象醫學). So, the Taeum Soyang, Soum groups were classified by diagnostic rules of Sasang constitution, and investigated by Amp-FLP method far genetic difference. The Amp-FLP was one of the most frequently used human genetic analysis methods which adopts STR typing. In this study, 100 genomic DNA samples of Taeum, Soyang, Soum constitution group were analysed by Amp-FLP method. Allele frequencies of four tetrameric short tandem repeat(STR) loci(TPOX, LPL, D21744, and D13S317) were determined in Taeum, Soyang, Soum groups. The heterozygosities and the polymorphism information content(PIC) values of forur STR loci were 0.812 and 0.789 in D3S1744, 0.811 in D13S317, 0.466 and 0.417 in LPL, and 0.625 and 0.561 in TPOX, respectively. The allele distribution of four STR loci was statistically evaluated. It was found out that the allele distribution of four STR loci was not significantly different among different constitutions. But all loci were found to be highly polymorphic in Taeum, Soyang, Soum groups. It was found out in this study that Taeum, Soum groups are genetically more related each other than they are related to Soyang groups.

• Animal cells and systems
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• 제16권4호
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• pp.321-328
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• 2012

The oily bittering Acheilognathus koreensis is a freshwater species that is endemic to Korea and is experiencing severe declines in natural populations as a result of habitat fragmentation and water pollution. For the conservation and restoration of this species, it is necessary to assess its genetic diversity at the population level. We developed 13 polymorphic microsatellite loci that were used to analyze the genetic diversity of two populations collected from the Kum River and the Tamjin River in Korea. All loci exhibited Mendelian inheritance patterns when examined in controlled crosses. Both populations revealed high levels of variability, with the number of alleles ranging from 3 to 20 and observed and expected heterozygosities ranging from 0.500 to 0.969 and from 0.529 to 0.938, respectively. None of the loci showed significant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium, and one pair of loci showed significant linkage disequilibrium after Bonferroni correction. Pairwise $F_{ST}$ and genetic distance estimation showed significant differences between two populations. These results suggest that the microsatellites developed herein can be used to study the genetic diversity, population structure and conservation measure of A. koreensis.

• 생명과학회지
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• 제20권10호
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• pp.1538-1543
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• 2010

본 연구는 우리나라 겨자 17집단에 대한 유전적 다양도와 집단구조를 조사하였다. 60개의 다형성 좌위와 18개 단형성 좌위가 발견되었다. 다형성 밴드의 비율은 전남 진도 집단이 가장 높았으며 재배종이 가장 낮았다. 대립유전자좌위의 수는 1.221이였으며 유효한 대립유전자좌위의 수는 1.167이였다. 이 종의 전형적인 집단은 작고 격리되어 낮은 유전적 다양도를 가지고 있었다. 전체 다양도는 0.347이였으며 집단 내 다양도는 0.141이였다. 집단간분화를 나타내는 척도는 0.589였다. 아는 58.9%의 다양도가 집단간에 있음을 시사한다. 세대 간 이주하는 개체수는 0.617로 낮았다. RAPD는 겨자 집단을 구분하는데 유익하였다.

• 생명과학회지
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• 제30권3호
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• pp.291-297
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• 2020

본 연구는 차세대 염기서열 분석법(NGS)을 이용하여 방어의 microsatellite 마커를 개발하고, 개발된 마커를 이용하여 방어 집단의 유전적 특성을 분석하기 위해 수행되었다. 차세대 염기서열 분석 장비인 Illumina Hiseq2500를 이용하여 총 28,873,374개의 read들을 얻어 assembly를 수행한 결과, 전체의 약 1.6%에 해당하는 466,359개의 read들이 assembly 되었으며, 이 read들의 총 길이는 7,247,216,874 bp로 확인되었다. 크기가 518 bp 이상이 되는 contig는 30.729개로 나타났으며, 이 중 microsatellite 영역을 포함하는 contig 132개(0.43%)를 1차로 선별하고, PCR 증폭 여부 및 유전자형 분석을 통해 microsatellite 후보 60개를 2차로 선별하였다. 그 중 방어집단의 마커로서 유용한 15개의 microsatellite 마커를 선택하였다. 방어집단을 대상으로 개발된 15개의 microsatellite 마커로 분석한 결과, 관찰된 유효 대립유전자수(N_A)는 평균 18.5(11~30)로 나타났다. 평균 관측치 이형접합도(H_O)와 평균기대치 이형접합도(H_E)는 각각 0.812(0.431~0.972)와 0.896(0.782~0.949)으로 나타났다. 다형성이 관찰된 모든 microsatellite 마커 간의 연관불평형은 나타나지 않았으며, 해산어의 평균 H_E 값인 0.79 이상의 수치를 나타내었다. 따라서 본 연구에서 개발된 15개의 microsatellite 마커는 방어 집단의 유전적 다양성 분석에 유용할 것으로 사료된다.

• 한국산림과학회지
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• 제103권1호
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• pp.51-58
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• 2014

본 연구는 ISSR 표지자를 이용하여 국내 분포하는 황벽나무 7개 집단의 유전다양성과 유전구조를 분석하였다. 6개의 ISSR primer를 이용하여 분석한 결과 primer 당 평균 4.5개의 다형성 band를 확인하였고, 각 집단의 다형성 유전자좌의 비율은 평균 78.8%로 나타났다. Shannon의 유전다양성 지수(I)는 0.421로 나타났고, 이형접합체 기대치($H_e$)는 평균 0.285로 베이즈 방법을 이용한 평균 이형접합체 기대치(hs=0.287)와 유사하였다. AMOVA에서 전체 유전변이의 92.4%가 집단내 개체간 차이에 기인하며, 7.6%는 집단간 차이에 기인하였다. 베이즈 방법을 이용한 유전분화(${\theta}^{II}$)는 0.066으로 추정되었으며, 전체 집단의 근친교배율(f)은 0.479로 계산되었다. 유연관계 분석과 베이즈 군집분석결과 우리나라 황벽나무 집단은 가평, 화천, 봉평, 용평이 하나의 군집을 형성하였고, 산청 지역의 2개 집단(삼장 및 시천)이 다른 하나의 군집을 형성하였으며, 무주 집단이 산청지역의 집단과 지리적으로 근접함에도 불구하고 독립적인 군집을 나타내었다. Mantel's test 결과 집단간 유전적 유연관계와 지리적 분포의 상관성은 나타나지 않았다. 황벽나무의 유전자원보존을 위한 대상 집단 선정 시 생태적 및 생활사적 특징과 함께 본 연구결과에서 나타난 유전다양성과 군집구조 분석결과를 고려하는 것이 효과적일 것으로 사료된다.

• Journal of Life Science
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• 제12권1호
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• pp.27-32
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• 2002

Enzyme electrophoresis was used to estimate genetic diversity and population structure of maize, Zea mays L. (Graminales) in Korea. In nine populations, fourteen of the 24 loci (58.3 %) showed detectable polymorphism. Genetic diversity (0.205) was higher than average values for species with similar life history traits. Although our data are relatively small and the landraces not direct ancestors of cultivar, apparently the domestication process has eroded the levels of genetic variation of maize. The recent cultivars were found to have fewer alleles per locus (1.42 vs. 1.56), fewer alleles per polymorphic locus (2.27 vs. 2.33), lower percent polymorphic locus (33.3% vs. 41.7%), and lower diversity (0.159 vs. 0.185) than landraces. These genetic diversity parameters indicated that the cultivar populations were genetically depauperate relative to landlaces. The GST value of nine populations was 0.239. Nearly 76% of the total genetic diversity in Zea mays was apportioned within populations. The indirect estimate of gene new based on mean GST was moderate (Nm=0.80).