• 대한수의학회지
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• 제43권2호
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• pp.239-246
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• 2003

Polymerase chain reaction (PCR) was evaluated for the early detection of Aujeszky's disease virus (ADV) DNA from virus-infected cell cultures. For the purposes, the Korean ADV NYJ1-87 was propagated in swine kidney (SK) cells and subjected to the amplification of DNA (217 bp) by PCR using sense and antisense primers specific to gp50 gene of the ADV. In detection of cell-associated viral DNA, reliable PCR conditions were determined as 30 cycles of reaction consisting 1 minute each of denaturation at $94^{\circ}C$, annealing at $55^{\circ}C$ and polymerization at $72^{\circ}C$. The PCR encountered best results with reagent mixtures of $50{\mu}l$ containing $200{\mu}M$ dNTPs, $0.2{\mu}M$ each sense and antisense primers, 1 mM $MgCl_2$ and 10% (v/v) template DNA in the final concentrations. ADV-specific DNAs were detected as early as 6, 6, and 9 hours post-infection, respectively, from lysates of the SK cells infected with ADV of $10^3$, $10^2$ and $10^1\;TCID_{50}/ml$ by this condition. In culture supernatant, the DNAs were detected from ADV of as low infectivity as $10^ {-3}\;TCID_{50}/ml$ by the reduced reagent concentrations and 30 cycles of 1 minute each of denaturation at $94^{\circ}C$ and annealing at $55^{\circ}C$, and 2 minutes of polymerization at $72^{\circ}C$. The lowest amount of detectable ADV DNA was 1 fg. In conclusion, the PCR condition established in the present study was recognized as a feasible alternative to time-consuming procedures in isolation and characterization of the virus.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제12권8호
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• pp.3517-3522
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• 2011

수인성 병원성 미생물에 의한 공중목욕탕의 오염은 질병발생의 원인이 된다. 본 연구에서는 공중목욕탕내에 존재하는 수인성 병원성미생물들을 확인하고자 하였다. 서울지역내의 30 곳 공중목욕탕에서 욕조수 시료를 채수하여 진행하였다. 수인성 병원성미생물의 검출은 0.45 ${\mu}m$의 여과막을 이용하여 전통적인 배양방법으로 분리 및 동정하였다. 분자생물학적 기법을 사용하기 위해 미생물학적인 배양을 하지 않고 핵산을 추출하여 16S rRNA유전자를 표적으로 polymerase chain reaction-reverse blot hybridization (PCR-REBA)을 실시하였다. 미생물학적 배양방법에서는 지표세균인 Escherichia coli와 Shigella spp.가 검출되었으며, 분자생물학적 기법인 PCR-REBA을 수행한 결과 E. coli, Shigella spp., Salmonella spp., Pseudomonas spp., Mycobacterium spp. 등의 수인성 병원성미생물이 7곳에서 검출되었다. 본 연구결과를 토대로 공중목욕탕의 욕조수내에 수인성병원성미생물에 의한 감염을 줄이기 위해 적절한 위생관리과 E. coli를 포함한 유해미생물을 선정하여 지속적인 모니터링이 필요할 것으로 사료된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제68권6호
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• pp.345-349
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• 2010

Background: The polymerase chain reaction (PCR) test is important for the confirmatory diagnosis of tuberculosis (TB) caused by Mycobacterium tuberculosis. The aim of this study was to analyze the yield of repeated PCR testing in patients with confirmed pulmonary TB. Methods: The medical records of 130 patients, who had more than two consecutive PCR tests and a M. tuberculosis-positive sputum culture from August, 2006 to December, 2007, were retrospectively reviewed for the purposes of this study. A positive TB-PCR test was defined as at least one positive test result. Results: The cumulative positive PCR test rate was 80% (104/130), with gradually increasing rates of positive findings upon the first, second and third TB-PCR tests with 52.3%, 68.5% and 75.4%, respectively. However, further testing did not increase the positive rate further. Conclusion: Repeated PCR testing at least three times for M. tuberculosis is helpful for diagnosis of pulmonary TB.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제15권1호
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• pp.88-93
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• 2008

본 연구는 유전자재조합(genetically modified, GM) 콩(Glycine max L. MERRILL)의 검출에 빠르고 감도가 높은 기술을 모색하기 위하여 수행되었다. 기존의 PCR (polymerase chain reaction) 방법과 새로운 방법으로 시도된 DHPLC(denaturing high performance liquid chromatography) 방법으로 유전자재조합 콩을 확인하였다. DHPLC 방법은 기존의 PCR방법에서의 전기영동이 방법 대신 컬럼을 이용하여 분석할 수 있다. 때문에 분석시간도 60분에서 20분으로 단축시킬 수 있다. 검출한계도 PCR방법에서는 15 $ng/{\mu}L$의 $10^{-4}$ 농도까지 검출할 수 있었고, DHPLC 방법으로는 $15ng/{\mu}L$의 $10^{-5}$ 농도까지 검출 할 수 있었다. 따라서 유전자재 조합 콩 검출법으로 DHPLC 분석법이 PCR 분석법보다 빠르고 정확한 효과적인 방법임을 확인하였다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제24권11호
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• pp.351-359
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• 2021

The red sea bream iridovirus (RSIV) belonging to genus Megalocytivirus is responsible for red sea bream iridoviral disease (RSIVD) in marine and freshwater fishes. Although several diagnostic assays for RSIV have been developed, diagnostic sensitivity (DSe) and specificity (DSp) of real-time polymerase chain reaction (PCR) assays are not yet evaluated. In this study, we developed a TaqMan probe-based real-time PCR method and evaluated its DSe and DSp. To detect RSIV, the probe and primers were designed based on consensus sequences of the major capsid protein (MCP) genes from megalocytiviruses including RSIV, infectious spleen and kidney necrosis virus (ISKNV), and turbot reddish body iridovirus (TRBIV). The probe and primers were shown to be specific for RSIV, ISKNV, and TRBIV-types megalocytiviruses. A 95% limit of detection (LOD_95%) was determined to be 5.3 viral genome copies/µL of plasmid DNA containing the MCP gene from RSIV. The DSe and DSp of the developed real-time PCR assay for field samples (n = 112) were compared with those of conventional PCR assays and found to be 100% and 95.2%, respectively. The quantitative results for SYBR Green and TaqMan probe-based real-time PCR were not significantly different. The TaqMan probe-based real-time PCR assay for RSIV may be used as an appropriate diagnostic tool for qualitative and quantitative analysis.

• 한국축산식품학회지
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• 제43권1호
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• pp.73-84
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• 2023

Campylobacteriosis is a common cause of gastrointestinal disease. In this study, we suggest a general strategy of applying gold nanoparticles (AuNPs) in colorimetric biosensors to detect Campylobacter in chicken carcass. Polymerase chain reaction (PCR) was utilized for the amplification of the target genes, and the thiolated PCR products were collected. Following the blending of colloid AuNPs with PCR products, the thiol bound to the surface of AuNPs, forming AuNP-PCR products. The PCR products had a sufficient negative charge, which enabled AuNPs to maintain a dispersed formation under electrostatic repulsion. This platform presented a color change as AuNPs aggregate. It did not need additional time and optimization of pH for PCR amplicons to adhere to the AuNPs. The specificity of AuNPs of modified primer pairs for mapA from Campylobacter jejuni and ceuE from Campylobacter coli was activated perfectly (C. jejuni, p-value: 0.0085; C. coli, p-value: 0.0239) when compared to Salmonella Enteritidis and Escherichia coli as non-Campylobacter species. Likewise, C. jejuni was successfully detected from artificially contaminated chicken carcass samples. According to the sensitivity test, at least 15 ng/μL of Campylobacter PCR products or 1×10³ CFU/mL of cells in the broth was needed for the detection using the optical method.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제52권12호
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• pp.1358-1363
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• 2009

목 적:호흡기 감염의 증상이 없는 소아들을 대상으로 다중 역전사중합효소연쇄반응법(multiplex reverse transcription-polymerase chain reaction; mRT-PCR)을 이용하여 비인두 상주균의 이환율을 알아보고자 하였다. 방 법:2008년 7월 25일부터 28일까지 33명의 소아들을 대상으로 비강 면봉채취법으로 검체를 채취하였으며, 이들은 검체 채취 당시 심각한 호흡기 감염의 증상이 없었다. 모아진 검체에서 DNA를 추출한 후 multiplex primer set ($Seeplex^{(R)}$ PneumoBacter ACE Detection, Seegene, Seoul, Korea)로 PCR을 진행하였다. 증폭된 반응산물은 2% agarose gel과 전기 영동 자동화 시스템인 screen tape system (Lab901, Scottland, UK)에 각각 전기 영동하여 확인하였다. 결 과:전체 33명의 소아 중 남아는 15명 여아는 18명이었으며, 나이는 3.2세에서 16.3세로 중앙값은 8.2세였다. mRT-PCR 결과 30명(90.9%)의 소아들에서 양성을 보였으며(S. pneumoniae, H. influenzae, C. pneumoniae, B. pertussis), 이들 중 13명(39.4%)에서 2가지 이상의 균이 검출되었다. 균의 종류로는 12명(36.4%)에서는 S. pneumoniae와 H. influenzae, 1명(3.0%)에서는 S. pneumoniae, H. influenzae와 C. pneumoniae이 검출되었다.. 결 론:mRT-PCR은 비인두 상주균의 동정에 있어서 민감도가 높은 방법으로 생각된다. 하지만 비인두 상주균에 대한 PCR 결과가 소아들의 임상 양상과 어느 정도 일치할지에 대해서는 더 많은 연구가 필요할 것으로 생각된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제42권1호
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• pp.35-41
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• 1995

연구배경: 결핵성 경부임파선염의 진단은 임상소견, 흉부 X-선검사, 튜베르큘린검사의 비관혈적 방법으로 내리기 어려워, 경부 임파절 생검을 필요로 하는 경우가 많다. 저자들은 종합효소연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR) 기법을 이용하여 결핵성 경부임파선염을 진단할 수 있는지 알아보고, 가능하다면 그 유용성을 평가해 보고자 본 연구를 시행하였다. 방법: 경부 종물로 내원한 환자의 생검 조직과 세침흡인 검체 29예에서 DNA를 추출하여, 결핵균 DNA인 IS6110의 일부를 복제하기 위한 IS-1,-2를 primer로 사용하여 PCR을 시행하였다. 결과는 임상적 진단 및 병리, 세균학적 진단과 비교하였다. 결과: 평균 107.5mg의 생검조직과 2회 세침흡인 검체에서 추출한 DNA의 양은 각각 평균 $32.46{\pm}17.22mg$과 $220{\pm}140ng$이었고 $OD_{260}/OD_{280}$은 각각 $2.11{\pm}0.23,\;2.76{\pm}0.39$이었으며, 상존유전자인 $\beta$-actin 유전자를 목표로 하는 PCR은 전예에서 양성이었다. 병리학적으로 결핵으로 진단한 8예중 8예 전예에서, 병리소견상 확진되지 않았으나 임상적으로 결핵성 경부임파선염으로 진단한 8예중 5예에서, 병리학적으로 악성 임파절전이나 갑상선낭종으로 진단되어 결핵성 경부임파선염이 배제된 6예중 0예에서, 그리고 임상적으로 결핵성 경부임파선염이 배제된 7예중 2예에서, 결핵균 DNA를 목표로 한 PCR 결과가 양성이었다. 결론: 경부 임파절 조직과 세침흡인 검체의 결핵균 PCR 기법은 결핵성 경부임파선염의 진단에 유용한 방법이라고 생각한다.

• 생명과학회지
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• 제21권7호
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• pp.947-952
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• 2011

현재까지 다수의 역학연구를 통해 피부에 발생한 보통사마귀에서 제 1, 2, 3, 4, 7, 10, 27, 57 및 65형의 인유두종바이러스가 검출되었다. 그러나 기존의 중합효소연쇄반응(conventional polymerase chain reaction, PCR)을 이용하는 경우 절차가 복잡하여 시간이 오래 걸리는 단점이 있었다. 이번 연구를 통해 저자들은 보통사마귀에서 가장 흔히 검출되는 6가지 유전자형의 인유두종바이러스를 한번에 확인 가능한 간편한 muliplex PCR의 개발을 목표로 하였다. 인유두종바이러스의 염기서열분석을 통해, L1에서 E6, 그리고 E2에서 L2 사이의 유전자간영역(intergenic region)으로 부터 6쌍의 primer를 고안하였으며, L1 유전자서열 분석을 통해 multiplex PCR의 특이성을 확인하였다. 총 129개의 조직표본 중 109개에서 제 1, 2, 3, 4, 27, 57형의 인유두종바이러스를 확인하였다. 이번 연구의 primer를 이용한 인유두종바이러스 검출의 민감도와 특이도는 각각 85%와 99.5%였다. 이러한 primer 세트로 인유두종바이러스가 검출되지 않은 20개의 조직표본의 경우, 또 다른 HPV primer를 사용한 추가적인 multiplex PCR을 시행하여 7개 표본에서 제 7형 및 65형의 인유두종바이러스가 검출되었다. 이상의 결과는 본 연구를 통해 새롭게 고안된 multiplex PCR 기법을 통해 보통사마귀에서의 인유두종바이러스를 보다 정확하고 빠르게 검출할 수 있다는 것을 보여 준다.

• 한국수산과학회지
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• 제30권6호
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• pp.948-955
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• 1997

Immunomagnetic separation of virus coupled with .reverse transcription-polymerase chain reaction (IMS-PCR) was performed with infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV). A DNA fragment of expected size was synthesized in the RT-PCR with total RNA extracted from IHNV inoculated CHSE-214. In a SDS-PAGE analysis, a protein band of over 70kDa was detected from non-infected cells and cells inoculated with IHNV and infectious pancreatic necrosis virus (IPNV). This protein was detected in the Western blot analysis probably because of non-specific reaction to monoclonal antibody against IHNV nucleocapsid protein. In the immunomagnetic separation, magnetic beads coated with monoclonal antibody against the IHNV nucleocapsid protein was incubated with supernatant from IHNV inoculated CHSE-214 cells. During this process, the non-specifically reacting protein could be removed by washing the magnetic bead with PBS in the presence of an external magnetic field, and viral proteins were detected from the remaining, cleaned magnetic beads. It was necessary to extract viral RNA from the captured virus particles before RT-PCR, and no DNA product was detected when the captured virus was only heated 5 min at $95^{\circ}C$. A PCR-product of expected size was synthesized from IMS-PCR with magnetic beads double coated either by goat anti-mouse IgG antibody -monoclonal antibody or streptavidin - biotin conjugated monoclonal antibody.