• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제52권1호
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• pp.93-97
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• 2014

Subolesin (4D8), the ortholog of insect akirins, is a highly conserved protective antigen and thus has the potential for development of a broad-spectrum vaccine against ticks and mosquitoes. To date, no protective antigens have been characterized nor tested as candidate vaccines against Dermacentor silvarum bites and transmission of associated pathogens. In this study, we cloned the open reading frame (ORF) of D. silvarum 4D8 cDNA (Ds4D8), which consisted of 498 bp encoding 165 amino acid residues. The results of sequence alignments and phylogenetic analysis demonstrated that D. silvarum 4D8 (Ds4D8) is highly conserved showing more than 81% identity of amino acid sequences with those of other hard ticks. Additionally, Ds4D8 containing restriction sites was ligated into the pET-32(a+) expression vector and the recombinant plasmid was transformed into Escherichia coli rosetta. The recombinant Ds4D8 (rDs4D8) was induced by isopropyl ${\beta}$-D-thiogalactopyranoside (IPTG) and purified using Ni affinity chromatography. The SDS-PAGE results showed that the molecular weight of rDs4D8 was 40 kDa, which was consistent with the expected molecular mass considering 22 kDa histidine-tagged thioredoxin (TRX) protein from the expression vector. Western blot results showed that rabbit anti-D. silvarum serum recognized the expressed rDs4D8, suggesting an immune response against rDs4D8. These results provided the basis for developing a candidate vaccine against D. silvarum ticks and transmission of associated pathogens.

• The Plant Pathology Journal
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• 제18권5호
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• pp.251-258
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• 2002

A potyvirus was isolated from cultivated Iris plants showing leaf streak mosaic symptom. Reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) product of 1 kb long which encoded partial nuclear inclusion B and N-terminal region of viral coat protein (CP) genes for potyviruses was successfully amplified with a set of potyvirus-specific degenerate primers with viral RNA samples from the infected leaves: The RT-PCR product was cloned into the plasmid vector and its nucleotide sequences were determined. The nucleotide sequence of a CDNA clone revealed that the virus was an isolate of Ornithogalum moseic virus (OrMV) based on BLAST search analysis and was denoted as OrMV Korean isolate (OrMV-Ky). To further characterize the CP gene of the virus, a pair of OrMV-specific primers was designed and used for amplification of the entire CP gene of OrMV-Kr, The virus was easily and reliably detected from virus-infected Iris leaves by using the RT-PCR with the set of virus-specific primers. The RT-PCR product of the CP gene of the virus was cloned and its sequences were determined from selected recombinant CDNA clones. Sequence analysis revealed that the CP of OrMV-Kr consisted of 762 nucleotides, which encoded 253 amino acid residues. The CP of OrMV-Ky has 94.1-98.0% amino acid sequence identities (20 amino acid alterations) with that of other three isolates of OrMV, Two NT rich potential N-glycosylation motif sequences, NCTS and NWTM, and a DAC triple box responsible for aphid transmission were conserved in CPs of all the strains of OrMV. The virus has 58.5-86.2% amino acid sequence identities with that of other 16 potyviruses, indicating OrMV to be a distinct species of the genus. OrMV-Ky was the most related with Pterostylia virus Yin the phylogenetic tree analysis of CP at the amino acid level. This is the first report on the occurrence of OrMV in Iris plants in Korea. Data in this study indicate that OrMV is found in cultivated Iris plants, and may have mixed infection of OrMV and Iris severe mosaic virus in Korea.

• 식물병연구
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• 제15권3호
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• pp.165-169
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• 2009

남양주와 안성의 GM 고추 격리포장에서 모자이크 병징이 뚜렷한 이병주들로부터 바이러스를 채집하여 그 특성을 조사하였다. CMV RNA3의 외피단백질 유전자를 포함하는 3' 말단 부분에 대한 특이 프라이머를 이용하여 RT-PCR을 실시한 결과, 예상되었던 약 950 bp의 밴드가 확인되었다. 이 PCR 산물을 이용하여 클로닝을 실시하였으며 분석된 외피단백질유전자 염기서열을 토대로 기존에 알려진 Fny-CMV 외피단백질유전자 염기서열과 비교하였다. 남양주와 안성에서 채집된 각 분리주들은 Fny-CMV 염기서열과의 상동성에 있어 특별한 차이를 보이지 않았지만 염기서열을 이용한 계통발생분석에서는 두 지역간 CMV가 확연히 다른 그룹으로 나타났다. 한편, 분리된 각 CMV의 외피단백질유전자 염기서열을 통해 확인된 아미노산서열과 Fny-CMV의 외피단백질 아미노산 서열을 비교한 결과, 남양주에서 분리된 CMV가 96.8%에서 97.3%의 유사성을 보인 반면, 안성의 고추포장에서 분리된 CMV는 95.9%에서 96.8%의 유사성을 보였다. 특히 남양주에서 분리된 CMV와 Fny-CMV 모두 88번째 잔기에서 Lysine(K)을 포함하지만 안성에서 분리된 CMV는 Arginine(R)을 포함하였으며, 91번째 잔기에서 전자는 Leucine(L)을 포함하지만 후자는 Valine(V)을 포함하는 것이 확인되었다. 이 같은 결과를 종합해볼 때, 남양주와 안성의 고추에서 각각 분리된 CMV는 서로 다른 지역적 특색을 나타내는 것으로 확인되었다.

• 원예과학기술지
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• 제35권3호
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• pp.333-343
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• 2017

Bloomless cucumber fruits are commercially produced by grafting onto the pumpkin stocks (Cucurbita moschata) to restricted silicon ($SiO_2$) absorption. Inhibition of silicon absorption in bloomless stocks is conferred by a mutant allele of the CmLsi1 homologous to Lsi1 in rice. In this study, we characterized the Lsi1 homologs in pumpkin (C. moschata) and its cold-tolerant wild relative C. ficifolia ('Heukjong') in order to develop a DNA marker for selecting a bloomless trait and to establish the molecular basis for breeding bloomless stock cultivars of C. ficifolia. A Cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) marker (CM1-CAPS) was designed based on a non-sysnonymous single nucleotide polymorphism (SNP, C>T) of the CmLsi1 mutant-type allele, and its applicability for Marker-assisted selection (MAS) was confirmed by evaluating three bloom and five bloomless pumpkin stock cultivars. Quantitative RT-PCR of the CmLsi1 for these stock cultivers implied that expression level of the CmLsi1 gene does not appear to be associated with the bloom/bloomless trait and may differ depending on plant species and tissues. A full length cDNA of the Lsi1 homolog [named CfLsi1($B^+$)] of 'Heukjong' (C. ficifolia), was cloned and sequence comparison between CmLsi1($B^+$) and CfLsi1($B^+$) revealed that there exists total 24 SNPs, of which three were non-synonymous. Phylogenetic analysis of CfLsi1($B^+$) and Lsi1 homologs further revealed that CfLsi1($B^+$) is closesly related to Nodulin 26-like intrinsic proteins (NIPs) and most similar to CpNIP1 of C. pepo than C. moschata.

• 생명과학회지
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• 제21권6호
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• pp.819-828
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• 2011

본 연구에서는 2009년부터 2010년까지 부산, 경남 및 울산 지역의 145 개 지하수 시료들을 대상으로 norovirus의 오염실태를 조사하였다. 먼저 norovirus의 검출을 위한 두 세트의 primer를 제작하였으며 이를 이용하여 최적 nested reverse transcription (RT)-PCR 조건을 확립하였다. 지하수의 norovirus 오염실태 조사에 의하면, 건기(4월~6월)와 우기(7월~8월)에 각각 21개(25.9%)와 15개(23.4%)의 시료에서 norovirus가 검출되었다. 부산, 울산 및 경상남도의 시료에서 각각 15%, 7% 및 32%의 norovirus가 검출되어 지역적인 차이를 나타내었다. norovirus 양성시료에서 GI과 GII가 각각 5개와 31개가 검출되어GI에 비하여 GII가 우세함을 알 수 있었다. norovirus 분리주들의 계통분류학적 분석 결과에 의하면, GI 분리주들은 모두 GI.5 유전자형으로 분류되었으며, GII 분리주들은 GII.3과 GII.4로 양분되었다. norovirus의 검출은 pH, 온도, 산화-환원전위 및 용존산소 등의 이화학적 인자들과 일반세균, 총대장균군 및 대장균과 같은 미생물 수질지표들과 통계적인 유의성이 있는 상관관계를 나타내지 않았다. 반면에 norovirus의 검출과 저탁도(<0.50 NTU) 사이에는 밀접한 상관성이 있음이 밝혀졌다. 본 연구를 통하여 지하수 중 norovirus의 분포실태를 어느 정도 파악할 수 있었으며 수인성 질병의 예방과 국민 보건위생을 위해서는 지하수의 주기적인 norovirus 모니터링이 필요함을 제시하였다.

• 생명과학회지
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• 제19권6호
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• pp.711-719
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• 2009

본 연구는 2006년 8월부터 2007년 9월까지 여수, 남해, 진도, 무안, 거문도, 서산 및 중국의 산동에서 포획한 낙지 유전자 집단을 분석하기 위하여 미토콘드리아 16S rRNA 염기서열로 조사했다. 유전자 분석은 총 28 개체로부터 11개의 haplotype이 발견되었다. 유전자 분화율은 0.2-1.2% 범위로 나타났다. Haplotype에 대한 PHYLIP 및 network 조사에 따르면 낙지는 두개의 clade (clade AIclade B)로 나뉘어지며, clade 사이의 분화율은 0.4%로 나타났다. 지역적 거리에 따라 haplotype이 다음과 같이 분화되었다. 하나는 여수, 남해, 무안, 진도 haplotype과 다른 하나는 서산, 거문도, 산동 haplotype으로 나뉘어졌다. 계충구조 분석에서도 한국 낙지집단 및 중국과의 유전적 차이를 볼 수 있으나, 현저한 지역적 차이는 나타나지 않았다. 따라서 한국연안에 서식하고 있는 일부 낙지집단은 gene flow에 의해서 유전적 동질성을 나타낼 수 있지만, 한국집단 간 뿐만 아니라 중국집단과의 유전적 분화는 지역적 거리 및 장벽으로 인하여 제한적인 gene flow로 설명될 수 있다.

• 생명과학회지
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• 제16권5호
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• pp.812-827
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• 2006

멸치의 유전적 집단구조 및 지리적 거리를 조사하기 위하여 한국근해 및 외해역 12개 정점에서 채집된 멸치의 미토콘드리아 DNA control 부위를 대상으로 염기서열을 상호 비교 및 분석했다. 염기서열 분석결과 89개체 중 29 haplotype이 나타났고, 상호 염기치환율은 0-3.5% 차이를 보였다. E9 haplotype이 근해 및 외해역에서 가장 넓게 분포하고 있는 것으로 나타났다 (58.3%). 반면에, E26, E27, E28, E29 haplotype 들은 서남해역 (정점 10)에서만 보였다. PHYLIP 프로그램을 이용한 유전적 관계에서도 두개의 clade로 분리되었다. E26, E27, E28, E29 haplotype을 제외한 나머지 haplotype 들은 상호 잘 유지되는 것으로 나타났다 (bootstrap 75% 이상). 그러나 clade A와 B bootstrap은 매우 약하게 나타났다 (51%). haplotype 간의 상호분석 결과 다양도는 0.75-1.00, 염기다양도는 0.015-0.0244로 보였다.

• 식물병연구
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• 제21권3호
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• pp.235-242
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• 2015

2014년 전국 무 포장의 바이러스병 발생양상과 분포조사를 실시하였다. 바이러스 병징을 나타내는 108개 시료 중 47개 시료는 TuMV가 진단되었으며 RaMV는 3개, CMV는 2개 시료에서 각각 진단되었다. TuMV와 RaMV, RaMV와 CMV의 복합감염은 나타나지 않았으나 TuMV와 CMV의 복합감염이 2개 시료에서 진단되었다. N. benthamiana에 대한 TuMV 병원성 테스트 결과, 병징의 세기에 따라 세 개의 분리주를 나누었으며 외피단백질의 아미노산 서열 분석을 통하여 약한 병징을 나타내는 분리주 R007, 강한 병징을 나타내는 분리주 R041, R065를 선발하여 계통수 분석에 이용하였다. TuMV 계통수분석과 BLAST 검색결과 TuMV 분리주 3개와 기 보고된 분리주들 간의 외피단백질 아미노산 서열은 약 98-99%의 상동성을 나타내었으며, RaMV의 외피단백질의 경우 99%의 상동성을 나타내었고, CMV의 외피 단백질은 국내 기 보고된 분리주(GenBank : GU327363)와 동일하였다. TuMV 계통수에서 R007과 R041, R065는 서로 다른 그룹에 속하였으며 그룹간의 차이는 바이러스의 기주 선호도와 관련이 있을 것이라 예상하며 추후 TuMV의 병원성 결정인자 연구에 도움이 될 것으로 사료된다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제56권3호
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• pp.275-280
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• 2018

In the present study, we identified a Spirometra species of Myanmar origin (plerocercoid) by molecular analysis using mitochondrial cox1 and nad1 genes, as well as by morphological observations of an adult tapeworm. Spargana specimens were collected from a paddy-field in Taik Kyi Township Tarkwa Village, Yangon, Myanmar in December 2017. A total of 5 spargana were obtained from 20 frogs Hoplobatrachus rugulosus; syn: Rana rugulosa (Wiegmann, 1834) or R. tigrina (Steindachner, 1867). The plerocercoids were used for experimental infection of a dog. After 4 weeks of infection, an adult tapeworm was recovered from the intestine of the dog. Morphologically, the distinct features of Spirometra sp. (Myanmar origin) relative to S. erinaceieuropaei and S. decipiens include a uterine morphology comprising posterior uterine coils that larger than the terminal uterine ball and coiling of the uteri diagonally (swirling) rather than spirally. The cox1 sequences (1,566 bp) of the Myanmar-origin Spirometra species showed 97.9% similarity to a reference sequence of S. decipiens (GenBank no. KJ599679) and 90.5% similarity to a reference sequence of S. erinaceieuropaei (GenBank no. KJ599680). Phylogenetic tree topologies were identical and presented high confidence level of values for the 3 major branches of the 3 Spirometra species in cox1 and nad1 genes. These results indicated that Myanmar-origin Spirometra species coincided with those of S. ranarum and may be considered as a valid species.

• 생명과학회지
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• 제20권11호
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• pp.1697-1703
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• 2010

족도리풀속은 쥐방울덩굴과에 속하는 키 작은 초본이며 아시아의 온대지역에서 많은 종이 주로 분포한다. 이속에 속하는 우리나라 자생 식물 아홉 분류 간 계통 관계를 평가하기 위해 엽록체 게놈의 trnL - trnT 부위로 평가하였다. DNA 서열 배당은 많은 갭(gaps)을 가지고 있었다. 이 속 내 서열 변이는 일부 삽입과 결실이 발견되었지만 주로 핵산의 삽입/결실에 기인하였다. 서열 분화의 또 다른 원천은 이 속의 trnL - trnT 부위에서 발생한 짧은 반복 서열에 의한 길이 변화이다. 이 속의 9개 분류군에 대한 trnL - trnT 부위에서 A+T 함량은 74.7~78.3%로 피자식물의 평균(64.5~67.1%)보다 높았다. 이 속의 금오족도리풀은 세 계통도(MP, ML, and NJ)에서 모두 현저하게 차이가 났다. 그런데 일부 내부 분지마디는 낮은 지지도를 보였으며 네 종은 분리되지 않았다. 기존의 형태학적 특성과 trnL - trnT의 계통도 간 불일치에 대해 논의하였다.