• Animal Bioscience
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• 제34권5호
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• pp.789-800
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• 2021

Objective: Conservation and genetic improvement of cattle breeds require information about genetic diversity and population structure of the cattle. In this study, we investigated the genetic diversity and population structure of the three cattle breeds in the Korean peninsula. Methods: Jeju Black, Hanwoo, Holstein cattle in Korea, together with six foreign breeds were examined. Genetic diversity within the cattle breeds was analyzed with minor allele frequency (MAF), observed and expected heterozygosity (HO and HE), inbreeding coefficient (FIS) and past effective population size. Molecular variance and population structure between the nine breeds were analyzed using a model-based clustering method. Genetic distances between breeds were evaluated with Nei's genetic distance and Weir and Cockerham's FST. Results: Our results revealed that Jeju Black cattle had lowest level of heterozygosity (HE = 0.21) among the studied taurine breeds, and an average MAF of 0.16. The level of inbreeding was -0.076 for Jeju Black, while -0.018 to -0.118 for the other breeds. Principle component analysis and neighbor-joining tree showed a clear separation of Jeju Black cattle from other local (Hanwoo and Japanese cattle) and taurine/indicine cattle breeds in evolutionary process, and a distinct pattern of admixture of Jeju Black cattle having no clustering with other studied populations. The FST value between Jeju Black cattle and Hanwoo was 0.106, which was lowest across the pair of breeds ranging from 0.161 to 0.274, indicating some degree of genetic closeness of Jeju Black cattle with Hanwoo. The past effective population size of Jeju Black cattle was very small, i.e. 38 in 13 generation ago, whereas 209 for Hanwoo. Conclusion: This study indicates genetic uniqueness of Jeju Black cattle. However, a small effective population size of Jeju Black cattle indicates the requirement for an implementation of a sustainable breeding policy to increase the population for genetic improvement and future conservation.

• 한국콘텐츠학회논문지
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• 제21권3호
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• pp.645-652
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• 2021

이 논문에서는 상품의 포장디자인이 단순히 도안에 불과한 것이 아닌 상표로서의 식별력을 가질 수 있음을 인정하여 화제가 되었던 일명 '허니버터아몬드 판결'을 분석하였다. 위 판결에서는 다툼의 대상이 된 등록상표의 식별력 여부와 선사용상표와의 유사성 여부가 쟁점이 되었다. 우선 다툼의 대상이 된 등록상표의 식별력과 관련하여, 법원은 포장 전면 도형 부분의 표현 방법과 전체적인 구도 등의 특수성이 흔히 사용되는 표현 방식과 구분되는 이상 해당 도안은 출처의 식별표지로서 기능할 수 있다고 하였고 특히 과자 등 저관여 제품에서는 포장 전면 도형을 통해 출처를 식별하는 것이 일반적이라는 점도 이를 뒷받침한다는 등의 이유로 해당 등록상표의 식별력을 인정하였다. 한편 선사용상표(과자 '허니버터칩')와는 그 호칭 및 관념상 차이가 있어 그 지배적 인상이 유사하다고 보기 어렵다고 하였다. 위 판결은 상품의 포장디자인도 그 구도와 표현 방식의 독특성을 통해 상표로서의 식별력을 획득할 수 있다고 보아 포장 도안의 상품 표지로서의 기능을 인정한 데 의의가 있다. 다만 독점부당성을 부인하면서도 그에 대한 구체적 설명은 다소 부족하다는 점은 아쉬운 부분이다.

• 한국동물위생학회지
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• 제44권4호
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• pp.185-194
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• 2021

Polyglutamine extension in the coding sequence of mutant huntingtin causes neuronal degeneration associated with the formation of insoluble polyglutamine aggregates in Huntington's disease (HD). Mutant huntingtin can form aggregates within the nucleus and processes of neurons possibly due to misfolding of the proteins. To better understand the mechanism by which an elongated polyglutamine causes aggregates, we have developed an in vitro binding assay system of polyglutamine tract from truncated huntingtin. We made GST-HD exon1 fusion proteins which have expanded polyglutamine epitopes (e.g., 17, 23, 32, 46, 60, 78, 81, and 94 CAG repeats). In the present emergence of new study adjusted nanotechnology on protein chip such as surface plasmon resonance strategy which used to determine the substance which protein binds in drug discovery platform is worth to understand better neurodegenerative diseases (i.e., Alzheimer disease, Parkinson disease and Huntington disease) and its pathogenesis along with development of therapeutic measures. Hence, we used strengths of surface plasmon resonance (SPR) technology which is enabled to examine binding specificity and explore targeted molecular epitope using its electron charged wave pattern in HD pathogenesis utilize conjugated mutant epitope of HD protein and its interaction whether wild type GST-HD interacts with mutant GST-HD with maximum binding affinity at pH 6.85. We found that the maximum binding affinity of GST-HD17 with GST-HD81 was higher than the binding affinities of GST-HD17 with other mutant GST-HD constructs. Furthermore, our finding illustrated that the mutant form of GST-HD60 showed a stronger binding to GST-HD23 or GST-HD17 than GST-HD60 or GST-HD81. These results indicate that the binding affinity of mutant huntingtin does not correlate with the length of polyglutamine. It suggests that the aggregation of an expanded polyglutamine might have easily occurred in the presence of wild type form of huntingtin.

• 한국동물생명공학회지
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• 제38권1호
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• pp.32-37
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• 2023

This study has evaluated the genomic estimated breeding value (GEBV) of the commercial Hanwoo population using the genomic best linear unbiased prediction (GBLUP) method and genomic information. Furthermore, it analyzed the accuracy and realized accuracy of the GEBV. 1,740 heads of the Hanwoo population which were analyzed using a single nucleotide polymorphism (SNP) Chip has selected as the test population. For carcass weight (CWT), eye muscle area (EMA), back fat thickness (BFT), and marbling score (MS), the mean GEBVs estimated using the GBLUP method were 3.819, 0.740, -0.248, and 0.041, respectively and the accuracy of each trait was 0.743, 0.728, 0.737, and 0.765, respectively. The accuracy of the breeding value was affected by heritability. The accuracy was estimated to be low in EMA with low heritability and high in MS with high heritability. Realized accuracy values of 0.522, 0.404, 0.444, and 0.539 for CWT, EMA, BFT, and MS, respectively, showing the same pattern as the accuracy value. The results of this study suggest that the breeding value of each individual can be estimated with higher accuracy by estimating the GEBV using the genomic information of 18,499 reference populations. If this method is used and applied to individual selection in a commercial Hanwoo population, more precise and economical individual selection is possible. In addition, continuous verification of the GBLUP model and establishment of a reference population suitable for commercial Hanwoo populations in Korea will enable a more accurate evaluation of individuals.

• Animal Bioscience
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• 제37권8호
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• pp.1355-1366
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• 2024

Objective: The analysis of runs of homozygosity (ROH) has been applied to assess the level of inbreeding and identify selection signatures in various livestock species. The objectives of this study were to characterize the ROH pattern, estimate the rate of inbreeding, and identify signatures of selection in the red-brown Korean native chickens. Methods: The Illumina 60K single nucleotide polymorphism chip data of 651 chickens was used in the analysis. Runs of homozygosity were analysed using the PLINK v1.9 software. Inbreeding coefficients were estimated using the GCTA software and their correlations were examined. Genomic regions with high levels of ROH were explored to identify selection signatures. Results: A total of 32,176 ROH segments were detected in this study. The majority of the ROH segments were shorter than 4 Mb. The average ROH inbreeding coefficients (F_ROH) varied with the length of ROH segments. The means of inbreeding coefficients calculated from different methods were also variable. The correlations between different inbreeding coefficients were positive and highly variable (r = 0.18-1). Five ROH islands harbouring important quantitative trait loci were identified. Conclusion: This study assessed the level of inbreeding and patterns of homozygosity in Red-brown native Korean chickens. The results of this study suggest that the level of recent inbreeding is low which indicates substantial progress in the conservation of red-brown Korean native chickens. Additionally, Candidate genomic regions associated with important production traits were detected in homozygous regions.

• 한국광학회지
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• 제31권5호
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• pp.213-217
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• 2020

본 논문에서는 아디아바틱(adiabatic) 광섬유 테이퍼의 습식 식각 기반 제조 방법에 대해 보고하고 1550 nm 파장에서의 아디아바틱 성질 및 테이퍼드 광섬유에서 HE₁₁ 모드의 전개에 대해 설명하고자 한다. 제조한 결과물은 아디아바틱 성질을 잘 만족하며 far field 패턴 측정 결과로부터 테이퍼 전체에 걸쳐 고차 모드 커플링 없이 기본 HE₁₁ 모드가 유지되는 것을 보여준다. 측정한 far field 패턴의 경우에 시뮬레이션 결과와 잘 일치하는 것을 검증하였고, 테이퍼드 광섬유는 다수의 광자 응용에 적용할 수 있으며 특히 광섬유-칩 패기지에 적용할 수 있다. 시뮬레이션을 통해서 제작한 아디아바틱 광섬유 테이퍼를 모델링한 후 역방향 테이퍼드 실리콘 도파관 사이의 광 전송률 시뮬레이션을 살펴보았을 때, 1 dB 초과 손실(실리콘 도파관 각도 1°)이 약 ~60 ㎛ 길이라는 여유있는 공간 치수 공차를 보이며, 0.4 dB 미만의 삽입 손실(실리콘 도파관 각도 4°)을 보인다. 또한, 본 연구자들이 제시하는 아디아바틱 커플러가 O 밴드 및 C 밴드 대역을 넘어, 초 광대역 결합 효율 가능성을 보이는 것을 확인하였다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제16권10호
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• pp.2237-2246
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• 2012

본 논문에서는 구강센서를 소형화하고 제조 원가를 낮추기 위해 구강센서에서 필요로 하는 바이어스 회로를 구강센서 칩 내부에서 만들어주었다. 제안된 DC-DC 변환기 회로는 기준전류 발생기(reference current generator) 회로의 IREF를 이용하여 전압 레귤레이터(voltage regulator)에 필요한 기준전류와 바이어스 전류를 각각 공급해준다. 이들 전류가 각각의 전압 레귤레이 회로에서 해당되는 기준전압을 생성하여 부궤환(negative feedback)에 의해 목표전압을 regulation하게 된다. 그리고 기준전류가 전류 복사비(current mirror ratio)에 의해 mirroring되어 정전류인 IB0/IB1을 공급해주고, VREF 전압을 공급해주도록 설계하였다. $0.18{\mu}m$ X-ray CMOS 이미지 센서 공정을 이용하여 설계된 구강센서의 DC-DC 변환기의 출력 전압의 평균 전압, ${\sigma}$와 $4{\sigma}$는 양호한 측정 결과를 얻었다. 그리고 line-pair pattern 영상은 blurring 없이 높은 해상도 특성을 보였으며, 좋은 구강 영상을 획득하였다.

• 생명과학회지
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• 제22권11호
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• pp.1552-1557
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• 2012

Pipernonaline은 후추나무과에 속하는 필발(Piper longum Linn.)의 유도체로서 전립선 암세포에 대한 항암활성이 보고되고 있다. 하지만 실제 암세포 내에서 생물학적 정보를 가진 수 많은 유전자들에 대한 발현이 어떻게 이루어지고 있는지 알려진 바가 없다. 본 연구에 사용된 microarray 분석은 동시에 수 만개 이상의 유전자 발현양상을 한번에 관찰할 수 있는 기술로서 특정 질병의 유전학적 특성과 기전 연구를 더 광범위하게 연구 할 수 있는 기술이다. 본 연구에서는 전립선 암세포인 PC-3 세포에 pipernonaline을 처리하여 cDNA microarray를 실시하였다. 이후, DAVID database를 이용하여 gene ontology의 Biological Process를 분석하여 세포사멸과 세포주기, 세포성장 및 증식에 관련된 유전자들을 우선적으로 분석하였다. 그 결과, 세포주기관련 256개, 세포사멸관련 197개, 세포성장 및 증식관련에 154개의 유전자가 확인 되었다. 이러한 결과는 pipernonaline은 전립선 암세포 내에 존재하는 생물학적 신호전달체계에 관련된 유전자 발현을 조절함으로써 항암활성을 나타내 것을 알 수 있었고, 이후 이러한 microarray의 추가적인 분석은 암세포 내 새로운 유전자의 탐색 및 메커니즘을 규명하는데 유용하게 사용할 수 있을 것으로 사료된다.

• 대한전자공학회논문지SP
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• 제49권2호
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• pp.149-156
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• 2012

서포트벡터머신 (support vector machine)을 이용한 음성/음악 분류기는 높은 분류 정확도로 주목받고 있으나 많은 계산 량과 저장 공간을 요구하므로 특히 임베디드 시스템과 같이 자원이 제한 적인 경우에는 효율적인 구현이 필수적이다. 특히, 서포트벡터 (support vector)의 차원과 개수에 의해 결정되는 서포트벡터의 저장 공간의 크기는 일반적으로 임베디드 프로세서의 캐시 (cache)의 크기보다 훨씬 크므로 캐시에 존재하지 않는 서포트벡터를 메인 메모리로부터 읽어야 하는 경우가 많다. 메모리에서 데이터를 가져오는 데는 캐시나 레지스터와 비교했을 때 상대적으로 긴 시간과 많은 에너지가 소비되어 분류기의 실행시간과 에너지 소비를 증가시키는 요인이 된다. 본 논문에서는 분류기의 데이터 접근 양식을 보다 시간적 근접성을 가지게 변환하여 일단 프로세서 칩으로 불려진 데이터를 최대한 활용함으로써 메모리의 접근 횟수를 줄여 전체적인 서포트벡터의 실행시간의 단축시키는 기법을 제안한다. 실험을 통해 메모리로의 접근 회수의 감소와 이에 따른 실행시간 그리고 에너지 소비의 감소를 확인하였다.

• Applied Microscopy
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• 제30권4호
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• pp.337-345
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• 2000

사파이어 기판을 이용한 GaN 박막성장에서 완충층의 사용과 기판의 질화처리는 GaN 박막 내의 격자결함을 줄이는 가장 보편적인 방법이다. GaN박막의 초기 핵생성과 성장 거동을 향상시키기 위한 새로운 방법으로 사파이어 표면을 질소 활성화 이온빔으로 처리하는 방법이 시도되었다. 활성화 이온빔 처리의 결과 약 10nm두께의 비정질 $AlO_xN_y$ 층이 형성되었으며 GaN의 성장온도에서 부분적으로 결정화되어 계면 부위에 고립된 비정질 영역으로 존재하였다. 계면에 존재하는 비정질 층은 기판과 박막사이에서 발생하는 열응력을 효과적으로 감소시키는 역할이 가능하며 이를 확인하기 위하여 활성화 이온빔 처리에 의한 GaN박막 내의 격자변형량 차이를 비교하였다. GaN박막에서 얻어진 $[\bar{2}201]$ 정대축고차 Laue도형을 전산모사 도형과 비교하여 격자변형량을 측정하였다. 본 연구의 결과 활성화 이온빔 처리를 하지 않은 기판 위에 성장시킨 GaN박막의 격자변형량은 처리한 경우에 비해 6배 이상 높은 값을 가졌으며 따라서 활성화 이온빔 처리에 의해 GaN박막의 열응력은 크게 감소함을 확인하였다.