• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2002년도 추계학술발표논문집 (하)
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• pp.2403-2406
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• 2002

현재의 단백질 구조비교 시스템들 사이의 호환성이나 상호작용성의 문제를 해결하고 단백질 구조를 비교하는 시스템을 신속히 개발하기 위해서 단백질 3차구조를 표현하기 위한 데이터를 추출하여 XML과 같은 표준 형식으로 기술된 데이터를 제공하는 것이 바람직하다. 이에 따라 단백질의 2차구조 구성요소와 그들 사이의 관계를 이용하여 단백질 구조를 기술하는 PSA가 제안되었으며, PSA를 기반으로 하여 단백질 데이터의 XML 표현기법인 PSAML이 제안되었다. 본 논문에서는 PSAML 데이터의 생성을 위하여 PDB에서 제공되는 데이터를 PSAML 형식으로 변환시키는 도구를 설계하고 구현하였다. 변환도구는 XML DOM과 Java를 이용하여 구현되었으며, 생성된 데이터는 단백질 구조 및 유사성을 비교하기 위한 단백질 구조비교 시스템에서 사용될 수 있다.

• 한국지하수토양환경학회:학술대회논문집
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• 한국지하수토양환경학회 2005년도 총회 및 춘계학술발표회
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• pp.211-214
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• 2005

Bench-scale experiments conducted to evaluation of the biostimulation and bioaugmentation techniques in treatment of petroleum contaminated soil. The soil bioreactors were operated for a 52 day-period. PDB population in the stimulated treatments increased from $7{\times}10^4MPN/g$ soil in zero day to $7{\times}10^7MPN/g$ soil after 23 days. However, despite the initially higher PDB population in the augmented treatments, it was decreased PDB population with respect to time. The average biodegradation rate in the augmented treatments were greater than of the stimulated treatment in the early stage, but the average biodegradation rate in the latter stage were calculated $3{\sim}5mg/kg-day$ in the augmented treatments and 10.38mg/kg-day in the stimulated treatments. The TPH removal rate was calculated $20{\sim}30%$ in the augmented treatments and 53% in the stimulated treatments.

• 한국정보과학회논문지:정보통신
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• 제29권6호
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• pp.706-711
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• 2002

본 논문에서는 차등화서비스모델(differentiated service model)을 지원하는 라우터를 리눅스상에서 구현하였다. 구현한 라우터는 기존 구현과 달리 입력 단에서부터 패킷마킹이 가능하도록 하였다. 입력 단에서부터 패킷마킹이 가능한 에지 라우터는 네트워크 병목현상이 발생한 경우에도 각 클래스간 독립적으로 서비스를 보장해 줄 수 있다. 구현된 라우터는 기존 라우터와의 성능비교를 하였으며, 망의 입력 라우터의 트래픽 조절 규칙과 망 내외 PHB(per hop behavior) 특성을 규격화하여 정의되는 PDB(perdomain behavior) 실험을 통하여 성능을 측정하며 검증하였다.

• 한국해양학회지
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• 제29권2호
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• pp.164-170
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• 1994

포항분지 내의 천북층에서 산출되는 변질되지 않은 개형충 화석을 대상으로 중기 마이오세 동안에 한반도 남서부 부근에 영향을 주었던 고해양학적 조건을 이해하기 위 하여 동위원소 분석을 실시하였다. 서정리, 송학동 및 물천리 지역의 변질되지 않은 개형충의 산소동위원소 성분은 각각 -.2.2~ -0.7$\textperthousand$(PDB), -0.7~0.0$\textperthousand$ 과 -2.0~ -0.8$\textperthousand$이며, 이 성분에 의한 고해양해수의 온도는 각각 20~27$^{\circ}C$ (평균=24$^{\circ}C$), 17~2 $0^{\circ}C$ (평균=18$^{\circ}C$)과 20~26$^{\circ}C$ (평균=23$^{\circ}C$) 정도이다. 만일 중기 마이오세 동안에 포항 분지내 천해 해수의 산소동위원소 성분이 약 -0.34$\textperthousand$ (SMOW)이었다고 가정하면, 중기 마이오세 동안에 포항분지내 천해 해수의 고온도(paleotemperature)는 현재 포항부근 천해의 평균여름 온도와 거의 비슷하였거나 약간 높았던 것으로 추정된다. 분석된 개 형충 중 Cythere omotenipponica의 탄소동위원소 성분은 -0.8$\textperthousand$(PDB)로서 해수내의 탄 산염이온의 탄소동위원소 성분을 잘 반영하고 있으나, Aurial okumurai, Trachyleberis niitsmai, Urocythereis sp., Urocythereis cf. gorokuensis, and Acanthocythereis mutsuensis와 같은 나머지 개형충의 탄소동위원소 성분은 -5.2~ -3.4$\textperthousand$(PDB)로서 주위의 해수와 비평형상태를 이루고 있었던 것으로 나타난다. 이러한 결과는 고해양해수의 온도나 생산력의 차이에 의한 영향이라기 보다는 개형충 자체 내 의 생리적 영향에 기인한 것으로 여겨진다.

• 한국지반공학회:학술대회논문집
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• 한국지반공학회 2003년도 봄 학술발표회 논문집
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• pp.761-766
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• 2003

In environmental and economical views Plastic Board Drain(PBD) has many problems which is generally used in improving soft grounds. In order to improve these, Rags drain and Sponge drain are developed in this study, and the application to drains is presented though comparing with PDB and Sand drain In consolidation effects. Test results show that the consolidation effects, including consolidation rate and stregth, increase in order of Sand and Rags, PDB and Sponge drain.

• 한국지반신소재학회논문집
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• 제7권4호
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• pp.37-45
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• 2008

친환경배수재에 대한 현장 적용성을 평가하기 위해 연직배수재와 수평배수재 설치 조합으로 현장시험시공을 수행하였다. 본 시험시공에서는 기존의 천연섬유배수재(FDB)와 새로 개발한 볏짚배수재(SDB) 그리고 플라스틱배수재(PDB)를 연직배수재로 설치하였으며, 화이버매트와 샌드매트를 수평배수재로 사용하였다. 볏짚배수재(SDB) 설치지역을 제외하고는 플라스틱배수재(PDB)와 천연섬유배수재(FDB) 설치 지역에서 측정한 지표침하발생속도와 과잉간극수압 발생/소산 양상은 거의 유사한 것으로 나타났으며, 1차 압밀방치기간동안 측정된 상부 연약층의 콘관입저항력도 설치된 연직배수재 종류와 상관없이 일정하게 증가한 것으로 나타나 천연섬유배수재가 기존의 플라스틱이나 모래재료를 대체할 수 있을 것으로 판단된다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2003년도 가을 학술발표논문집 Vol.30 No.2 (2)
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• pp.826-828
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• 2003

이제까지 Protein이나 RNA와 같은 분자의 구조는, 대부분 X-ray crystallography나 Nuclear Magnetic Resonance (NMR) 방법을 통해 분석이 이루어 졌다. 이 방법들은 실제 분자를 직접 원자레벨에서 분석하는 방법으로, 분자를 구성하는 모든 원자의 3차원 좌표 정보를 얻어 낼 수 있다. 원자의 3차원 좌표 정보는 분자의 전체적인 모양과 구조를 이해하는데 유용한 정보이다. 하지만, 분자의 구조를 좀 더 완벽히 이해하기 위해서는 원자 레벨의 좌표 정보 보다는 좀 더 높은 차원에서의 구조 정보가 필요하다. 특히 분자의 구조를 예측하거나, 분자들 사이에 결합 관계를 예측하기 위해서는, 원자 레벨의 정보만으로는 필요한 모든 정보를 얻을 수 없다. 이러한 경우, 분자의 2차원 또는 3차원 구조 요소 (structural elements)가 더욱 좋은 정보를 제공해 줄 수 있다. Protein 분자의 경우. 이미 3차원 좌표 정보를 이용해서, 2차원 구조 요소를 알아내는 자동화된 방법이 알려져 있다. 그러나 RNA의 경우 protein에 비해 알려진 결정 구조가 적기 때문에. 아직까지 2차원 구조 요소나 3차원 구조 요소를 알아내는 자동화된 방법이 알려져 있지 않다. 따라서, 이제까지는 RNA의 구조 요소를 알아내기 위해, 사람이 직접 RNA분자의 3차원 좌표 정보를 분석함으로써 많은 시간과 노력이 필요했다. 이 때문에, 우리는 RNA의 원자들의 3차원 좌표 정보를 이용해서, 2차원 구조요소와 3차원 구조 요소 정보를 자동화된 방법으로 밝혀내는 알고리즘을 개발하였다. 우리는 분자를 구성하고 있는 원자들의 3차원 좌표 정보를 Protein data bank (PDB)에서 가져왔다. 우리의 알고리즘은 PDB file형태의 데이터라면 protein-RNA 복합체나 RNA 분자 모두에서 RNA의 2차원 구조 요소나 3차원 구조 요소를 얻어낼 수 있다. 우리의 연구는 RNA의 원자레벨의 3차원 좌표 정보를 이용해서 RNA의 구조 요소를 뽑아내는 첫 번째 시도로, 우리의 알고리즘을 통해 얻어진 구조 정보는 RNA의 구조 예측 연구나. protein-RNA complex의 결합 예측 연구에 많은 도움을 줄 수 있으리라 기대된다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제50권1호
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• pp.77-81
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• 2007

인산가용화균 Aspergillus sp. PS-104를 생물비료화하기 위하여 이 균주의 액침배양 시 mycelial pellet 형성을 억제하는 배양조건(배지 종류, 초기접종량)과 배지 첨가물(점토광물, 계면활성제, PEG 200)의 종류에 대하여 조사하였다. 그 결과 이 균주는 배지 종류를 달리하여 배양했을 때 SDB=YPD>PDB 순으로 pellet 크기가 감소하였다. 또한 이 균주는 $1{\times}10^{3}{\sim}1{\times}10^{7}$ conidia/ml 범위의 초기접종농도에서는 농도가 높을수록 pellet의 크기가 감소하였다. 또한 bentonite를 제외한 점토광물인 zeolite, diatomite, 황토, kaoline과 talc를 0.1% 농도로 배지에 첨가하였을 경우 pellet 크기가 대조군에 비해서 1/6${\sim}$1/4로 감소하였다 계면활성제인 Tween 80과 Triton X-100 및 PEG 200을 0.1% 농도로 첨가하였을 경우 pellet의 크기가 감소하였고, SDS를 첨가한 경우에는 균의 성장이 완전히 저해되었다.

• 미생물학회지
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• 제30권3호
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• pp.187-192
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• 1992

서해 경기만의 6개 정점을 대상으로 1990년 3월부터 1991년 10월까지 총 8외에 걸처 석유 분해세균의 공간적, 시간적 분포를 조사하였다. 또한, 서로 다른 배양 조건하에서의 해양 세균 군집의 석유 뷴해능도 연구하였다. 연구 기간 중, 종속 영양세균수와 석유분해세균수는 각각 7,000-108,000 CFU/ml, 0-2, 800 MPN/100 ml 로 측정되었다. 석유분해세균의 공간적 분포는 석유 탄화수소의 존제에 의하여 심하게 영향을 받은 것으로 나타났다. 실혐실내 실험에서, 석유 분해는 배양액에 yeast extract, cell free extract 의 첨가 그리고 석유뷴해세균의 접종에 의하여 증진되었다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005
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• pp.325-330
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• 2005

We are generally interested in the analysis, detection and prediction of structural motifs in proteins, in order to infer compatibility of amino acid sequence to structure in proteins of known three-dimensional structure available in the Protein Data Bank. In this context, we are analyzing some of the well-characterized structural motifs in proteins. We have analyzed simple structural motifs, such as, ${\beta}$-turns and ${\gamma}$-turns by evaluating the statistically significant type-dependent amino acid positional preferences in enlarged representative protein datasets and revised the amino acid preferences. In doing so, we identified a number of ‘unexpected’ isolated ${\beta}$-turns with a proline amino acid residue at the (i+2) position. We extended our study to the identification of multiple turns, continuous turns and to peptides that correspond to the combinations of individual ${\beta}$ and ${\gamma}$-turns in proteins and examined the hydrogen-bond interactions likely to stabilize these peptides. This led us to develop a database of structural motifs in proteins (DSMP) that would primarily allow us to make queries based on the various fields in the database for some well-characterized structural motifs, such as, helices, ${\beta}$-strands, turns, ${\beta}$-hairpins, ${\beta}$-${\alpha}$-${\beta}$, ${\psi}$-loops, ${\beta}$-sheets, disulphide bridges. We have recently implemented this information for all entries in the current PDB in a relational database called ODSMP using Oracle9i that is easy to update and maintain and added few additional structural motifs. We have also developed another relational database corresponding to amino acid sequences and their associated secondary structure for representative proteins in the PDB called PSSARD. This database allows flexible queries to be made on the compatibility of amino acid sequences in the PDB to ‘user-defined’ super-secondary structure conformation and vice-versa. Currently, we have extended this database to include nearly 23,000 protein crystal structures available in the PDB. Further, we have analyzed the ‘structural plasticity’ associated with the ${\beta}$-propeller structural motif We have developed a method to automatically detect ${\beta}$-propellers from the PDB codes. We evaluated the accuracy and consistency of predicting ${\beta}$ and ${\gamma}$-turns in proteins using the residue-coupled model. I will discuss results of our work and describe databases and software applications that have been developed.