Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)

  • 2002.11c
  • /
  • Pages.2403-2406
  • /
  • 2002
  • /
  • 2005-0011(pISSN)
  • /
  • 2671-7298(eISSN)
Korea Information Processing Society (한국정보처리학회)
권호 표지

Development of a Translator from PDB Data to PSAML

PDB 데이터에서 PSAML로의 변환도구 개발

  • Cho, Min-Su (Dept. of Computer Engineering, Changwon National University) ;
  • Lee, Su-Hyun (Dept. of Computer Engineering, Changwon National University) ;
  • Lee, Myung-Joon (School of Computer Engineering & Information Technology, University of Ulsan)
  • 조민수 (창원대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 이수현 (창원대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 이명준 (울산대학교 컴퓨터정보통신공학부)
  • Published : 2002.11.15
Download PDF
⟨ Previous Next ⟩

Abstract

현재의 단백질 구조비교 시스템들 사이의 호환성이나 상호작용성의 문제를 해결하고 단백질 구조를 비교하는 시스템을 신속히 개발하기 위해서 단백질 3차구조를 표현하기 위한 데이터를 추출하여 XML과 같은 표준 형식으로 기술된 데이터를 제공하는 것이 바람직하다. 이에 따라 단백질의 2차구조 구성요소와 그들 사이의 관계를 이용하여 단백질 구조를 기술하는 PSA가 제안되었으며, PSA를 기반으로 하여 단백질 데이터의 XML 표현기법인 PSAML이 제안되었다. 본 논문에서는 PSAML 데이터의 생성을 위하여 PDB에서 제공되는 데이터를 PSAML 형식으로 변환시키는 도구를 설계하고 구현하였다. 변환도구는 XML DOM과 Java를 이용하여 구현되었으며, 생성된 데이터는 단백질 구조 및 유사성을 비교하기 위한 단백질 구조비교 시스템에서 사용될 수 있다.

Keywords