• KSBB Journal
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• 제20권4호
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• pp.323-327
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• 2005

조직을 이용한 역전사 (RT)-PCR법을 이용하면 원하는 특정유전자의 발현을 비교적 정확하게 알 수 있지만 조직의 RNA를 이용하므로 세포단위의 정확한 유전자 발현을 알기에는 한계가 있다. 특히 그 기능과 성질이 다른 세포가 무수하게 많이 혼재하는 두뇌와 같은 조직은 신경계의 각종 뉴런(신경세포), 글리어 (glial cell) 등이 서로 얽혀 있다. 대표적인 신경세포의 degeneration 질병으로는 파킨슨병 (Parkinson's disease; PD)이 있다. 파킨슨병은 사람의 신경세포 관련 질병에 있어서 가장 일반적인 질병의 하나이다. PD의 가장 중요한 원인은 도파민 생성 신경세포의 퇴행 혹은 사멸에 기인하여 도파민 (dopamine)이라는 신경전달물질이 감소하는 것이 그 원인이다. 도파민과 같은 카테콜아민의 생합성에 관련된 효소는 타이로신 하이드록실레이스 (TH), 도파 데카르복실레이스 (DDC) 등이 알려져 있다. 그러나 그런 효소들의 생화학적 연구는 많이 되어 있음에도 불구하고 단일 흑질 신경세포에서의 이들 관련 유전자의 발현 양상에 대해서는 알려진 바가 거의 없다. PD와 관련된 유전자의 발현 정도를 밝히기 위하여, 레이저 다이섹터 (laser micro-dissector)에 의한 단일 신경세포의 분리에 착수하였다. 정해진 방법에 따라 정상 대조구 (비PD)와 PD 환자에서 각각 한 개 또는 여러 개를 성공적으로 분리한 흑질 신경세포를 이용하여 유전자 특이적 프라이머를 사용하여 RT-PCR을 행하였다. 그 결과, 단 한 개의 신경세포에서도 여러 개의 세포를 사용한 것과 같은 동일한 결과를 얻는 데 성공하였다. PD환자의 뇌에서 분리한 10개의 독립적인 세포의 예에서는 각 세포간의 발현차이가 인정되었으며, 특히 TH 유전자의 발현은 상당히 높은 확률로 검출되지 않았다. 이 결과로 단일 신경세포에서의 mRNA양을 검출하기 위해서는 본 본문의 RT-PCR법이 효과적인 방법임을 알 수 있다.

• KSBB Journal
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• 제14권4호
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• pp.460-464
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• 1999

Methicillin-resistant Staphlococcus aureus(MRSA)는 다양한 항생제에 저항성을 나타내며 제 3세대 cephalosporin계가 보급된 1980년대 이후 원내 감염의 중요 원인균으로 대두되고있다. 그러나 MRSA 동정의 오류나 실수로 인한 부적절한 치료에 문제가 있으며 항생제의 오용으로 인한 다제약제 내성획득이 임상에서 심각한 문제가 되거 있다. 따라서 MRSA 감염의 적절한 치료는 이 원인 균의 신속하고 믿을 수 있는 동정을 필요로 한다.본 연구에서는 분자 생물학적인 동정법을 확립하기 위하여 항생제의 내성 기구인 페니실린 결합 단백질 2‘(PBP2')를 암호화하는 mec A 유전자를 PCR 방법으로 증폭하여 MIC test 결과와 비교하여 MRSA를 동정하는데 PCR법이 유용한지를 판명하였다.각 환자의 다종 검체로부터 S. aureus 120균주를 분리하여 oxcillin으로 MIC test를 한 결과 MRSA의 비율로는 농에서는 MRSA가 61.9%로 가장 높게 판명되었다. 120균주 중 MRSA 40균주, MSSA 40균주를 성별하여 PCR 방법으로 동정하여 MIC test와 비교 한 결과, MRSA 1균주(2.5%), MSSA는 2균주(5%)의 차이만이 MIC test와 상이성을 나타내었다. 이러한 결과로 볼 때 PCR법으로 MRSA를 동정하는 것은 유용하며 일상검사 업무로서 활용성이 높을 것으로 판단되었다.

• 생명과학회지
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• 제31권1호
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• pp.66-72
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• 2021

국내 유통되고 있는 새우젓은 다양한 작은 새우의 집합체로, 최근 어획량 감소로 인해 국내산 새우젓의 경우 수입산에 비해 두배 이상 높은 가격에 거래되고 있으며, 이에 중국 및 베트남 등으로부터 수입된 새우젓이 국내산으로 둔갑되어 판매되는 사례가 빈번하게 발생되고 있다. 본 연구에서는 새우젓 Acetes japonicus, A. chinensis (Korea, China), A. indicus (I, II), Palaemon gravieri 6종류에 대하여 PCR-RFLP 마커를 개발하였다. 새우젓에서 에탄올로 염을 제거한 후 gDNA를 추출하였고, 새우젓 COI 유전자의 특이 프라이머를 제작, PCR을 진행하여 519 bp의 증폭시켰다. 증폭된 PCR산물의 염기서열분석을 토대로 Acc I, Hinf I 두 가지의 제한효소를 마커로 선정하였고, 전기영동을 통해 결과를 확인하였다. Acc I을 처리한 결과, A. japonicus, A. chinensis (Korea), A. indicus (II)는 272, 247 bp로, P. gravieri는 271, 202, 46 bp, A. chinensis (China), A. indicus (I)는 519 bp로 band를 형성하는 것을 확인할 수 있었다. 또한 Hinf I을 처리한 결과로는 A. chinensis (Korea, China), P. gravieri는 519 bp로 잘리지 않은 것을 확인한 반면, A. japonicus와 A. indicus (I)는 2 band, A. indicus (II)는 3 band를 형성하는 것을 확인할 수 있었다. 따라서 위의 결과는 국내산과 수입산이 혼합되어있는 새우젓에 있어 보다 신속한 종판별을 할 수 있음을 시사한다.

• 한국가금학회지
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• 제20권4호
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• pp.177-188
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• 1993

닭에서 적절한 성감별 방법을 개발하고 닭의 성분화 기작의 기초자료를 얻기 위하여 배아의 섬유아세포의 염색체를 분석하고, W 염색체 특이적인 반복염기서열과 50∼60％의 유사성을 보이는 random primer로 PCR 증폭을 실시하여 성을 판별하는 방법이 이용되었으며, 닭에서 성분화에 관련된 유전자를 분리하기 위해 W 염색체 특이적인 반복염기서열을 클로닝하였고, PCR을 이용하여 ZFY와 SRY 염기서열을 증폭하였다. 닭의 배아섬유세포의 염색체 분석 결과 Z 염색체와 W 염색체를 구분함으로써 배아의 성을 직접적으로 판별하는 것이 가능하였으며 , 암닭의 DNA를 Xho Ⅰ와 Eco RI로 절단하여 생성되는 band를 이용하여 성을 판별하는 것이 가능하였다. Xho Ⅰ와 Eco RI family를 클로닝하고, colony hybridization을 통해 Xho Ⅰ과 염기서열이 유사한 80∼100개의 clone을 동정하여, 이들 두 그룹간 DNA homology는 매우 유사하였다. 150개의 random primer 중 W 염색체 특이적인 반복 염기서열과 유사성을 보이는 primer 7개를 screening하였으며, 이 중 3개의 primer는 닭에서 자성과 웅성간의 차이를 나타내었다. 닭에서 성분화에 관련된 유전자를 동정하기 위하여 포유류의 ZFY와 SRY유전자의 PCR증폭을 실시하였다. ZFY를 증폭한 결과, 자성과 웅성간의 차이를 발견할 수 없었으며, 이는 닭에서 ZFY는 상염색체 또는 Z 염색체에 존재함을 시사한다. SRY의 증폭에서는 성간의 차이가 확인되었으나, 이 유전자가 Z 염색체에 존재하는지 W 염색체에 존재하는지 혹은 상염색체 존재하는지 여부는 연구가 필요하리라 사료된다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.138.1-138
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• 2003

Potato mop-top virus(PMTV) was identified from Solanum tuberosum cv. Gawon showing bright chlorotic mottle symptom in Namwon, Korea. Samples were collected green-house in February, 2003. Electron microscopic examination of negatively stained preparation revealed that PMTV were rigid-rod shaped particles about 100-150, 250-300 nm x 18-20 nm in length. In ultrathin sections of leaf tissue from diseased potato plants, cluster of viruses particles were observed in the cytoplasm. TAS-ELISA determined that the virus was serologically related to PMTV. PMTV produced double ring necrotic local lesion in inoculated leaf of Chenopodium amaranticolor in incubated at 15$^{\circ}C$. The PMTV could be detected with RT-PCR using PMTV detectable primer set designed to amplify about 540 bp of the partial CP gene of PMTV

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2002년도 생물공학의 동향 (X)
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• pp.539-542
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• 2002

We propose new encoding method for numerical data in DNA using temperature gradient. To represent numerical values in DNA sequences, we introduce melting temperature. Since DNA strands representing smaller values have a lower Tm, they tend to denature with ease and also easily amplified by denaturation temperature gradient PCR. We also implement a local search molecular algorithm using temperature gradient, which is contrasted to conventional exhaustive search molecular algorithms. The proposed methods are verified by solving an instance of the travelling salesman problem. We could effectively amplify the correct solutions and the use of temperature gradient made the detection of solutions easier.

• 대한의생명과학회지
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• 제18권1호
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• pp.76-78
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• 2012

MMP3 (Matrix metalloproteinase-3) is an important gene in the development of cardiovascular and metabolic diseases. It is also reported that the genotype of MMP3 could be a factor for disease conditions. So, SNP analysis is a prerequisite to study MMP3 related diseases. However, statistical data or analytical reports of this gene in the Korean population is not available. We have employed PCR and ARMS technique to amplify the position of Lys45Glu which is located within chromosome 11q22.3 and exon 2. Genomic DNA were extracted from 201 people. We found that, 17 individuals had the wild homozygote type (W/W, 8%), 98 individuals had the SNP homozygote type (S/S, 49%), 86 had the heterozygote type (W/S, 43%). This study should facilitate research on the cause of cardiovascular diseases due to polymorphisms in the MMP3 gene and to develop further therapy at the genetic level.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.151.1-151
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• 2003

Chinese yam(D. opposita Thunb. cv. Jang-Ma) plants showing necrotic mosaic symptom were collected from their growing fields in Andong, Korea. Electron microscoptic examination of negatively stained preparations showed filamentous particles of 660nm in length. The virues purified partially were used to isolate Viral RNA as template for RT-PCR to amplify the CP gene with ChYNMV specific and oligo dT primers. Amino acids sequeces revealed that the viruses shared 99.3％ similarity with ChYNMV(AB044386) which was known as the member of macluravirus. So the viruses from Chinese yam(D. opposita Thunb. cv. Jang-Ma) plants were identified as ChYNMV. Comparing the amino aced sequences of ChYNMV strains with other macluraviruses such as CdMV, NLV and MacMV revealed that N-terminal was the most variable region and conserved regions were present within the genus Macluravirus.

• 한국동물위생학회지
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• 제46권3호
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• pp.235-241
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• 2023

Noroviruses are a major cause of gastroenteritis in humans and animals worldwide. In 2021, canine norovirus (CNoV) infection was detected at an animal clinic in Gwangju area, South Korea. A semi-nested polymerase chain reaction was developed to amplify a 478 bp fragment of the RdRp gene of CNoV. The phylogenetic analysis of this fragment confirmed the strain to be genogroup IV.2 (Dog/GIV.2/gw/s377/2021/KOR), which exhibited the highest similarity to the feline NoV strain GIV.2/CU081210E/USA/2010 (accession no. NC_045762) with 95.1% nucleotide (nt) identity and 98.7% amino acid (aa) identity. These research findings indicate that the detected norovirus in dogs is genetically similar to a feline-origin norovirus, suggesting easy cross-species transmission among animals.

• 식물병연구
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• 제21권4호
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• pp.326-329
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• 2015

후자린산은 Fusarium이 생성하는 독소로서 다른 Fusarium 독소와 함께 독성을 증진시킬 수 있다. 후자린산 독소를 특이적으로 검출하기 위해 후자린산의 생합성유전자 중 전사인자인 FUB10을 증폭하는 프라이머를 제작하였다. Fub10-f와 Fub10-r 프라이머쌍으로 PCR을 수행했을 때, F. oxysporum, F. proliferatum, F. verticillioides, F. anthophilum, F. bulbicola, F. circinatum, F. fujikuroi, F. redolens, F. sacchari, F. subglutinans, F. thapsinum에서 약 550 bp의 단일밴드가 증폭되었으며 이들은 모두 후자린산을 생성하는 것으로 알려졌다. 반면 트라이코쎄신을 생성하는 종에서는 FUB10 특이 밴드가 증폭되지 않았다. 후자린산은 푸모니신을 생성하는 종에서 함께 생성될 수 있기 때문에 FUB10 프라이머와 푸모니신 생합성유전자인 FUM1 프라이머를 이용한 multiplex PCR을 수행하였다. 그 결과 푸모니신 생성종인 F. proliferatum과 F. verticillioides에서 밴드가 모두 증폭되었으며 이는 두 가지 독소를 생성할 수 있는 종에서 동시 검출이 가능함을 시사하였다.