• 대한임상검사과학회지
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• 제38권3호
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• pp.158-165
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• 2006

Although Mycobacterium tuberculosis complex strains remain responsible for the majority of diseases caused by mycobacterial infections worldwide, the increase in HIV infections has allowed for the emergence of other non-tuberculous mycobacteria as clinically significant pathogens. However, Mycobacterium species has a long period of incubation, and requires serious biochemical tests such as niacin, catalase, and nitrate test that are often tedious. The development of rapid and accurate diagnostics can aid in the early diagnosis of disease caused by Mycobacterium. The current DNA amplification and hybridization methods that have been developed target several genes for the detection of mycobacterial species such as hps65, 16S rDNA, rpoB, and dnaj. These methods produce rapid and accurate results. In this study, PCR-restriction fragment length polymorphism analysis(PCR-RFLP) based on the region of the rpoB gene was used to verify the identification of non-tuburculosis Mycobacterium species. A total of 8 mycobacterial reference strains and 13 clinical isolates were digested with restriction enzymes such as Msp I in this study. The results of using this process clearly demonstrated that all 13 specimens were identified by rpoB gene PRA method. The PCR-RFLP method based on the rpoB gene is a simple, rapid, and accurate test for the identification of Mycobacterium.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권10호
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• pp.1368-1374
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• 2005

To investigate the genetic relationships among various cattle breeds, bovine mtDNA D-loop region was used in 411 animals of 18 cattle breeds, including 8 Asian Bos taurus, 7 European Bos taurus, 1 Asian Bos indicus, and 2 African Bos indicus. The size of amplified PCR products from mtDNA D-loop region was 964 bp and the products were digested by 15 different restriction enzymes. Two different band patterns were identified in eight restriction enzymes (BstXI, Hae III, Msp I, Apa I, Taq I, Alu I, BamH I, EcoN I) and the rest of restriction enzymes showed more than 3 different band patterns among which Apo I and MspR9 resulted in 7 different restriction patterns. The genotypes, number of haplotype, effective number of haplotype, and degree of heterozygosity were analyzed. Based on all the PCR-RFLP data, different haplotypes were constructed and analyzed for calculating genetic distances between these breeds using Nei's unbiased method and constructing a phylogenetic tree.

• 식물병연구
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• 제23권3호
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• pp.241-248
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• 2017

강원도 고랭지배추 포장에서 검출된 사탕무씨스트선충(H. schachtii)과 콩씨스트선충(H. glycines)을 구별할 수 있는 신속진단법을 개발하고자 하였다. 이를 위해 mtDNA COI 유전자 영역의 계통분석으로 동정된 사탕무씨스트선충 GC147, GC408, PM001 개체군과 콩씨스트선충 YS224, DA142, BC115 개체군을 대상으로 PCR-RFLP와 본 연구에서 개발한 특이 프라이머 세트를 이용한 PCR을 수행하였다. 사탕무씨스트선충과 콩씨스트선충 각각 3개 개체군의 mtDNA COI 영역 PCR 증폭산물에 8종류의 제한효소를 처리하여 DNA 절편길이다형성을 확인하였으며, 2종류의 제한효소 RsaI과 HinfI을 처리하면 DNA 밴드 양상의 차이로 사탕무씨스트선충과 콩씨스트선충 두 종을 구별할 수 있었다. 또한, 본 연구에서 개발한 프라이머 세트(JBS1, JBG1과 JB3R)는 사탕무씨스트선충 mtDNA COI 영역의 277과 339 bp, 콩씨스트선충의 339 bp의 특정 DNA 단편을 증폭시켰으며, 뿌리혹선충 3종과 뿌리썩이선충 2종의 식물기생선충은 증폭시키지 않았다. 따라서, 본 연구에서 개발한 프라이머 세트를 이용하여 PCR을 수행하면 사탕무씨스트선충과 콩씨스트선충을 구별할 수 있었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제35권2호
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• pp.127-134
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• 1997

콘택트렌즈 보존 용기 유래 가시아메바 KA/LS주의 세포질 내에 존재하는 bacterial endosymbiont(내공생세균)를 투과전자현미경으로 관찰하여 확인하였다. 숙주인 가시아메바 KA/LS주는 형태학적으로 제2군에 속하였고 rDNA PCR-RFLP 결과 A. lugdunensis로 동정되었다. 미토콘드리아 DNA RFLP와 동위효소 분석상 이 충주는 국내 콘택트렌즈 보존용기에서 가장 흔히 분리되는 type인 KA/L1주, 국내 임상 분리주 중 하나인 KA/E2주, 내공생세균을 가지는 것으로 보고된 병원 냉각수 유래 KA/W4주 및 L3a주와 동일하거나 매우 유사한 성적을 보였다. 내 공생세균은 약 $1.38{\;}{\times}{\;}0.50{\;}{\mu\textrm{m}}$의 크기였고, 아메바 세포질 내에 불규칙하게 분포하고 있었으며 그 표면에 아메바의 ribosome이 부착되어 있었다. 내공생세균을 둘러싼 lacunae나 막과 같은 구조는 관찰되지 않았다. Legionoun 특이 primer를 이용한 효소중합반응(PCR)에서 내공생세균의 염색체 DNA는 증폭되지 않았다 A. lugdunensis의 우리말 이름을 담수가시아메바로 제안한다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제37권3호
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• pp.181-188
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• 1999

We investigated the value of mitochondrial small subunit rRNA gene (mt SSU rDNA) PCR-RFLP as a taxonomic tool for Acanthamoeba isolates with close inter-relationships. Twenty-five isolates representing 20 species were included in the analysis. As in nuclear 18s rDNA analysis, two type strains (A. astronyxis and A. tubiashi) of morphological group 1 diverged earliest from the other strains, but the divergence between them was less than in 18s riboprinting. Acanthamoeba griffini of morhological group 2 branched between pathogenic (A. culbertsoni A-1 and A. healyi OC-3A) and nonpathogenic (A.palestinensis Reich, A. pustulosa GE-3a, A. royreba Oak Ridge, and A lenticulata PD2S) strains of morphological group 3. Among the remaining isolates of morphological group 2, the Chang strain had the identical mitochondrial riboprints as the type strain of A. hatchetti. AA2 and AA1, the type strains of A. divionensis and A. paradivionensis, respectively, had the identical riboprints as A. quina Vil3 and A. castellanii Ma. Although the branching orders of A. castellanii Neff, A. polyphaga P23, A. triangularis SH621, and A. lugdunensis L3a were different from those in 18S riboprinting analysis, the results obtained from this study generally coincided well with those from 18S riboprinting. Mitochondrial riboprinting may have an advantage over nuclear 18S rDNA riboprinting beacuse the mt SSU rDNAs do not seem to have introns that are found in the 18S genes of Acanthamoeba and that distort phylogenetic analyses.

• 식물병연구
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• 제11권2호
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• pp.140-145
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• 2005

제주지역의 감자 줄기검은병징으로부터 분리한 12균주의 유전적 특성을 분석하기 위해 Eca-specific PCR, PCR-RFLP, ERIC-PCR을 실시하여 그 결과를 E. carotovora대조균들과 비교하였다. Eca-specific PCR 결과 Eca 대조균들은 특이적 밴드를 형성한 반면, 줄기검은병균은 특이적 밴드를 형성하지 않았다. 또한, pel유전자의 RFLP분석 결과 줄기검은병균은 pattern 2를 나타내었으나, Eca 균주는 pattern 3을 나타내어 Eca와는 다른 특성을 보여주었다. 16S rDNA의 RFLP분석결과 이번 실험에 이용된 대부분의 균주가 pattern 1을 나타냈지만, 12개의 줄기검은병균 중 11개의 균이 pattern 2을 나타내어 Ecc와도 다른 특성을 보여주었다. 제주지역의 무름병징과 줄기검은병징을 나타내는 균주들의 유전적 관계를 분석하기 위해 ERIC-PCR을 실시한 결과 줄기검은병균들은 특이적 밴드를 형성하였으며, 서로 높은 유연관계를 보여주었다. 따라서 제주지역의 줄기검은병징으로부터 분리한 균주들은 Eca, Ecc균들과는 다른 특성을 가지고 있음을 알 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제40권4호
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• pp.307-312
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• 2004

폐수처리에 중요한 역할을 담당하고 있는 세균 군집의 다양성과 폐수종류에 따른 군집차이를 알아보기 위해 분자생물학적 분석방법을 사용하였다. 국내 폐수처리장 슬러지 시료로부터 16S rDNA 클론 라이브러리를 구축하였고, HaeIII RFLP pattern과 염기서열을 분석하였다. 하수처리장 시료에서는 총 1,151개의 클론에서 699개의 서로 다른 RFLP pattern이, 화학산업 폐수처리장 시료에서는 총 1,228개의 클론에서 300개의 서로 다른 RFLP pattern이 관찰되었다. Shannon-Weiner diversity index의 계산결과 하수처리장 슬러지 시료는 8.7,화학산업 폐수처리장 슬러지 시료는 6.1로 하수처리장시료가 더 다양한 군집을 구성하고 있었다. 두 시료에서 우점하는 RFLP pattern에 해당되는 40개의 클론을 선정하여 염기서열 분석과 상동성 검색을 수행하였다. 분석된 서열의 $70\%$인 28개의 클론은 배양이 보고되지 않은 균주의 16S rRNA와 유사도가 높았고, 두 시료 모두 ${\beta}-Proteobacteria$가 우점하였다. 그러나, 하수처리장의 경우 활성슬러지에서 분리된 균주들과 유사한 군집이 많았던 반면, 화학산업 페수처리장의 경우 고온이며, 혐기성이고,탄화수소나 황이 많이 존재하는 환경에서 분리된 균주들과 유사한 군집이 많았다. 이러한 결과는 유입수의 조성에 따른 차이로 생각된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권5호
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• pp.815-820
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• 2008

Two culture-independent methods, namely ribosomal DNA libraries and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), were adopted to examine the microbial community of a Malaysian light crude oil. In this study, both 16S and 18S rDNAs were PCR-amplified from bulk DNA of crude oil samples, cloned, and sequenced. Analyses of restriction fragment length polymorphism (RFLP) and phylogenetics clustered the 16S and 18S rDNA sequences into seven and six groups, respectively. The ribosomal DNA sequences obtained showed sequence similarity between 90 to 100% to those available in the GenBank database. The closest relatives documented for the 16S rDNAs include member species of Thermoincola and Rhodopseudomonas, whereas the closest fungal relatives include Acremonium, Ceriporiopsis, Xeromyces, Lecythophora, and Candida. Others were affiliated to uncultured bacteria and uncultured ascomycete. The 16S rDNA library demonstrated predomination by a single uncultured bacterial type by >80% relative abundance. The predomination was confirmed by DGGE analysis.

• 미생물학회지
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• 제46권4호
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• pp.366-374
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• 2010

비배양에 근거한 16S rDNA-DGGE fingerprinting 방법을 적용하여 공생세균 군집구조를 조사하였다. Zobell 배지와 천일염 배지를 사용하여 총 164균주를 선별하였다. 이들 균주로 부터 증폭한 16S rDNA를 제한효소 HaeIII와 MspI을 사용하여 절단한 후 각각의 다른 RFLP 패턴으로 구분하였다. RFLP패턴으로부터 유래한 16S rDNA의 염기서열 분석 결과, 알려진 염기서열들과 95% 이상의 유사도를 나타내었으며 Proteobacteria (Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria), Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes의 4개의 문이 나타났으며 우점 군집은 Alphaproteobacteria였다. 해면에서 분리한 total gDNA로 부터 증폭한 16S rDNA의 DGGE 분석 결과 5개의 DGGE band가 확인 되었고, 각각의 band의 염기서열 분석 결과 알려진 염기서열들과 96% 이상의 유사도를 나타내었으며 band로부터 밝혀진 모든 서열들은 배양되지 않은 세균 클론들과 높은 상동성을 나타내었다. DGGE에 의한 공생세균 군집은 Proteobacteria (Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria), Actinobacteria, Spirochetes, Chloroflexi로 4개의 문(phylum)으로 나타났다. Spirastrella abata의 공생세균 군집에 대한 RFLP와 DGGE 적용 결과, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria의 공통 세균 그룹이 발견되었으나 전체적인 공생세균 군집구조는 분석 방법에 따른 차이를 나타내었다.

• 한국균학회지
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• 제32권1호
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• pp.1-7
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• 2004

본 연구는 망태버섯속(Dictyophora species) 균의 종 구분을 위하여 국내수집 5균주와 국외도입 6균주에 대한 rDNA ITS 영역의 PCR-RFLP 및 염기서열을 분석하였다. 그 결과, ASI 32001, 32003, 32005, 32006, 32011이 D. indusiata, ASI 32002, 32007, 32008, 32010이 D. echinovolvata, 그리고 ASI 32004와 Phallus rugulosus ASI 25007은 같은 군으로 그룹화 되었다. 이 결과는 기존에 조사된 배양온도, 배지pH, 선택배지 등 배양적 특성과 재배적, 형태적 특성에 의한 구분과 일치하는 경향이었다. 따라서 rDNA ITS 영역의 PCR-RFLP 및 염기서열분석은 Dictyophora속 보존균주의 종 구분에 있어서 선행적, 보충적 수단으로 활용하기에 충분하다고 판단된다.