• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제34권4호
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• pp.259-266
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• 1996

형태학적 제3군 가시아메바의 taxonomic validity는 아직 확실하지 않다. 이번 연구에서 제3군에 속하는 6종의 가시 아메바 즉 A. culbertsoni A. healyi A. palestinensis. A. pustulosa, A. royreba 및 A. lenticulata의 type strain들의 동위효소. 미토콘트리아 DNA 및 small subunit(ssu) rDNA의 Restriction Fragment Length Polymorphism(RFLP) 양상을 비교하여 이들의 taxonomic validity를 검토하였다. 미토콘드리아 DNA의 RFLP 양상은 분리주간에 서로 심한 차이를 보였다. A. palestinensis와 A. pustulosc는 거의 동일한 rDNA RFLP(추정 염기 치환율 2.6%) 및 동위효소의 양상을 보여 A. palestinensis와 A. pustulosc는 같은 종으로 판단되었다. 그외의 종들은 서로 아주 다양한 rDNA RFLP 및 동위효소의 양상을 나타내어 독립종으로 인정되었다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제37권1호
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• pp.23-30
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• 1998

DNA의 제한요소단편 다형현상(RFLP)이 유전변이 연구에 널리 이용되고 있다. 본 연구는 파밤나방(Spodoptera exigua(H bner)) 미토콘드리아 DNA(mtDNA)의 RFLP방법을 개발하기 위해 게놈 크기 측정 및 PCR primer들을 선발하였다. 파밤나방의 mtDNA 전체크기는 약 16kb였다. 대부분 곤충 mtDNA에 적합하게 구성된 (Simon et al., 1994)29개 promer들중 21개가 파밤나방의 mtDNA증폭에 적합했다. 이들 primer들을 이용하여 여러 유전자 영역(CO-I, CO-II, Cyt-B, ND-1, 12S rRNA, 16S rRNA 및 일부 tRNA)의 일분 또는 전체를 포함하는 유전자 절편을 증폭시켰다. 일반적으로 다형을 보이는 primer조합을 중심으로 4염기 제한부위를 인식하는 8종의 제한 효소를 통해 분석된 PCR-RFLP는 서로 다은 지역(안동, 경산, 순천) 집단들간에 제한부위에 있어서 차이가 없었으나 일부 영역에서는 길이 차이를 보여 유용한 유전지표로서의 가능성을 제시했다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제21권3호
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• pp.229-236
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• 2005

Molecular profIles of PCR-RFLP and sequence analysis of internal transcribed spacer (ITS) regions of rDNA were compared between morphologically distinguishable species of Trichoderma isolated from substrates of oyster mushroom in Korea, T. atroviride, T. citrinoviride, T. harzianum, T. longibrachiatum, T. virens, and two unidentified species, Trichoderma sp. 1 and 2. PCR­RFLP analysis divided the Trichoderma spp. into six RFLP groups, A, B, C, D, E, and F. The RFLP groups were generally agreed with described morphological species, except that the RFLP group A containing the two unidentified species. A neighbor-joining tree based on ITS sequences well supported RFLP groups observed by RFLP analysis of ITS regions of rDNA. Additionally, the two unidentified species, Trichoderma sp. 1 and 2, which could not be distinguished by PCR­RFLP analysis, were separated in sequence analysis of ITS regions of rDNA.

• 한국축산식품학회지
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• 제27권2호
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• pp.209-215
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• 2007

본 연구는 mt DNA 12S rRNA 유전자의 PCR-RFLP 분석기법을 이용하여 다양한 식육자원 및 각종 가공 육제품의 원료육에 대한 정확하고 재현성 높은 축종 및 육종 감별기술을 개발하기 위하여 수행되었다. 국내에서 유통되고 있는 9종류 축종(소, 돼지, 양, 염소, 말, 사슴, 닭, 오리 및 칠면조)의 육류로부터 12S rRNA유전자의 특정 염기서열을 포함하는 primer를 설계 제작하여 PCR-RFLP 분석을 실시하였다. 각 공시축의 근육조직으로부터 genomic DNA를 추출하고 PCR 증폭 반응을 수행한 후 얻어진 PCR 증폭산물(약 455 bp)을 Tsp5091와 MboI 제한효소로 각각 절단한 결과 Tsp5091 제한효소는 포유류 6종간에서 그리고 MboI 제한효소는 가금류 3종간에서 명확한 차이를 보이는 종 특이적인 PCR-RFLP profile을 검출하였다. 따라서 본 연구에서 개발한 12S rRNA 유전자의 종 특이적 DNA 분자표지는 각종 원료육 및 가공 육제품의 육종 및 축종 판별에 매우 유용한 동물 종 감별 DNA marker로 이용될 수 있을 것이다.

• Journal of Microbiology
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• 제41권2호
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• pp.157-160
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• 2003

To estimate genetic relationships within the genus Rhizopus, genetic variations in 20 strains were investigated by DGGE and PCR-RFLP of rDNA ITS region (ITSI, ITS2,5.8S). The size of the amplified products showed the interspecific polymorphisms, 650 bp,700 bp, and 900 bp. The DGGE approach allowed the separation of PCR amplicons of the same length according to their sequence variations. When the rDNA ITS region was digested with six restriction enzymes, 20 strains were classified into five RFLP haplotypes. The range of similarity between the 20 strains by PCR-RFLP was 42.3-100%. Based on the results of DGGE aud PCR-RFLP, the 20 strains were divided into four groups, R. oryzae, R. stolonifer, R. microsporus and R. homothallicus. Further study of R. homothallicus is required.

• BMB Reports
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• 제38권4호
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• pp.491-499
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• 2005

DNA-based molecular markers for differentiation of five penaeid shrimps (Penaeus monodon, P. semisulcatus, Feneropenaeus merguiensis, Litopenaeus vannamei and Marsupenaeus japonicus) were developed based on polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and single-stranded conformation polymorphism (SSCP) of 16S ribosomal (r) DNA. Differentiation of P. monodon, P. semisulcatus and L. vannamei can be unambiguously carried out by PCR-RFLP of 16S $rDNA_{560}$ whereas P. semisulcatus and M. japonicus shared a BABB mitotype. These shrimps were successfully discriminated by SSCP analysis of 16S $rDNA_{560}$. Nevertheless, the amplification success for L. vannamei and F. merguiensis was not consistent when tested against larger sample sizes. As a result, 16S $rDNA_{560}$ of an individual representing the most common mitotype of each species was cloned and sequenced. The new primer pair was designed and tested against the large sample sizes (312 bp product, N = 185). The amplification success was consistent across all species. PCR-RFLP of 16S $rDNA_{312}$ was as effective as that of 16S $rDNA_{560}$. Differentiation of all shrimp species were successfully carried out by SSCP analysis.

• 한국물환경학회지
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• 제24권6호
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• pp.817-822
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• 2008

In order to identify various Cryptosporidium species in environment, nested PCR-RFLP and DNA sequencing method were used. The sensitivity of nested PCR-RFLP based on 18s rRNA gene was shown to 1 oocyst. Therefore, we applied nested PCR-RFLP method to environmental samples. As a result, only 4 samples out of 8 samples confirmed as Cryptosporidium parvum by standard method of Cryptosporidium were identified as Cryptosporidium parvum by nested PCR-RFLP and DNA sequencing method. The rest of 4 samples among 8 samples were identified as Cryptosporidium muris, Cryptosporidium bailey. Therefore, in addition to standard method of Cryptosporidium, supplementary verification through nested PCR-RFLP and DNA sequencing should be needed to give more accurate information about risk of Cryptosporidium.

• 한국식물병리학회지
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• 제14권2호
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• pp.157-163
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• 1998

Genetic diversity among 27 isolates of Rhizoctonia solani, which were obtained from diseased crops in Korea and classified into 9 intraspecific groups by anastomosis test and cultural characteristics, was studied by PCR-RFLP. Gene regions of nuclear 17S ribosomal DNA and internal transcribed spacers including 5.8S rDNA of the isolates were amplified with polymerase chain reaction and digested with 12 restriction enzymes. Differences of restriction patterns were not shown among isolates within each intraspecific groups, however, each anastomosis group and culturala type sowed unique restriction fragment length polymorphisms by restriction patterns using HaeIII, Cfr13I and MspI. The results suggest that PCR-FRLP of rDNA using three restriction enzymes could be used to differentiate intraspecific groups of Rhizoctonia solani in Korea.

• 생명과학회지
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• 제15권6호
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• pp.879-883
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• 2005

한국산과 중국산 피조개의 신속 진단, 유전적 특성 및 유연관계를 분석하기 위하여 DNA 수준에서 확인 할 수 있는 PCR-aided RFLP를 사용하였다. 피조개 mtDNA 165 rDNA gene를 제한효소로 처리하여 그 band 양상을 조사하고자 하였다. 165 rDNA gene을 분리하기 위하여 ArkF-3, ArkR-3 primer를 사용한 결과 한국산과 중국산 피조개 모두 분자량이 720 bp band가 나타났다 PCR에 의하여 증폭된 16S rRNA gene을 총 8종류의 제한효소(PvuII, BamHI, HinfI, HaeIII, EcoRI, RsaI, Ksp221, BstX21)로 절단하여 RFLP 양상을 보았다. HinfI의 제한효소 처리 시 득량, 가막, 남해, 진해, 태안산 피조개 모두 275 band절편이 관찰되었으나, 중국산은 나타나지 않았다. HinfI를 제외한 나머지 제한효소는 다형형이 관찰되지 않았고 한국산과 중국산 모두 700 bp의 동일한 band를 보였다. HaeIII에서도 득량, 가막, 태안과 남해와 진해산 PCR product가 700 bp위치에서 상이하게 보였다. 또한 한국산과 중국산 절편이 다르게 나타났다. 한국산 피조개 종내 restriction 쇼pe에 의해 유연관계의 결과에 의하면 득량, 가막, 태안은 동일한 유사도를 보였고, 남해와 진해와는 거리가 7 정도로 나타났다. 특히 한국산과 중국산 거리는 25로 나타났다. 이상의 결과를 보아서,HinfI 제한효소는 한국산과 중국산을 구별하는데 매우 유용한 molecular marker가 될 수 있을 것으로 판단되며, 유전적으로 거리가 먼 것으로 보인다. 또한 HaeIII은 한국산 종내 구분 및 중국산 신속 동정에 좋은 molecular tool로 사용될 것으로 예상된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제38권4호
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• pp.455-460
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• 2010

16S rDNA 특이적 PCR과 증폭산물의 제한효소 처리 후, 나타나는 단편의 크기를 분석하는 PCR-RFLP 분석법을 김치에서 빈번하게 검출되는 Weissella 속 균주 10종의 신속하고 정확한 동정에 적용하였다. Weissella 속 균주 16S rDNA의 특이적 증폭에는 기존에 보고된 PCR primer를 사용하였지만, annealing 온도는 기존의 조건보다 $4^{\circ}C$ 높게 설정한 $65^{\circ}C$에서 PCR을 수행하였다. 증폭산물은 예상크기인 727bp와 일치하였으며, 제한효소 AluI, MseI, BceAI의 처리를 통하여 나타난 단편의 크기는 제한효소 절단위치 분석으로부터 추정한 단편의 크기와 일치하였다. W. kandleri, W. koreensis, W. confusa, W. minor, W. viridescens, W. cibaria, W. soli는 제한효소 AluI과 MseI의 사용으로 구분이 가능하였으며, W. hellenica, W. paramesenteroides의 경우, BceAI을 사용하면 독립적인 구분이 가능하였다. W. thailandensis의 경우, 본 실험에서 사용한 제한효소 AluI, MseI, BceAI에 의해 독립적인 band 양상은 나타나지 않았지만 나머지 9종과의 절단 양상 비교를 통해 구분이 되었으며, 제한효소 MspI을 사용하면 신속하게 동정할 수 있다.