The polymerase chain reaction was used to study the genes inducible under stress from the heavy metal cadmium. Schizosaccharomyces pombe, grown in the presence or absence of sublethal concentration of cadmium, was isolated to purify the total RNAs. The Induced RNA Random Fishing (IRRF) method in which random oligonucleotides were used as primers was applied to the identification of cadmium-induced gene expressions. A PCR-DNA product of 400-bp was cloned and sequenced. Computer analysis showed that this DNA has no homology with any known DNA sequences in GenBank or EMBL databases. The induction of this gene was confirmed by Northern blot analysis of total RNAs isolated from both cadmium-treated and untreated yeast cells.
An Infectious hematopoietic necrosis virus strain (IHNV-RTK) was isolated from cultured rainbow trout at Kumi and Jechun area in Korea during 2000 and 2001. In the RT-PCR amplification with the specific primer set designed from IHNV G protein region, a 540 bp PCR product was amplified from the RTK strain. The RTK strain showed higher sequence homology with the published IHNV G protein genes (RB-76, LR-73, Col-85, and Carson-89)
Heo, Hyun Young;Kim, Yong Tae;Chen, Yuchao;Choi, Jong Young;Seo, Tae Seok
한국진공학회:학술대회논문집
/
한국진공학회 2013년도 제45회 하계 정기학술대회 초록집
/
pp.273-273
/
2013
Recently, Point-of-care (POC) testing microdevices enable to do the patient monitoring, drug screening, pathogen detection in the outside of hospital. Immunochromatographic strip (ICS) is one of the diagnostic technologies which are widely applied to POC detection. Relatively low cost, simplicity to use, easy interpretations of the diagnostic results and high stability under any circumstances are representative advantages of POC diagnosis. It would provide colorimetric results more conveniently, if the genetic analysis microsystem incorporates the ICS as a detector part. In this work, we develop a reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) microfluidic device integrated with a ROSGENE strip for colorimetric influenza H1N1 virus detection. The integrated RT-PCR- ROSGENE device is consist of four functional units which are a pneumatic micropump for sample loading, 2 ${\mu}L$ volume RT-PCR chamber for target gene amplification, a resistance temperature detector (RTD) electrode for temperature control, and a ROSGENE strip for target gene detection. The device was fabricated by combining four layers: First wafer is for RTD microfabrication, the second wafer is for PCR chamber at the bottom and micropump channel on the top, the third is the monolithic PDMS, and the fourth is the manifold for micropump operation. The RT-PCR was performed with subtype specific forward and reverse primers which were labeled with Texas-red, serving as a fluorescent hapten. A biotin-dUTP was used to insert biotin moieties in the PCR amplicons, during the RT-PCR. The RT-PCR amplicons were loaded in the sample application area, and they were conjugated with Au NP-labeled hapten-antibody. The test band embedded with streptavidins captures the biotin labeled amplicons and we can see violet colorimetric signals if the target gene was amplified with the control line. The off-chip RT-PCR amplicons of the influenza H1N1 virus were analyzed with a ROSGENE strip in comparison with an agarose gel electrophoresis. The intensities of test line was proportional to the template quantity and the detection sensitivity of the strip was better than that of the agarose gel. The test band of the ROSGENE strip could be observed with only 10 copies of a RNA template by the naked eyes. For the on-chip RT-PCR-ROSGENE experiments, a RT-PCR cocktail was injected into the chamber from the inlet reservoir to the waste outlet by the micro-pump actuation. After filling without bubbles inside the chamber, a RT-PCR thermal cycling was executed for 2 hours with all the microvalves closed to isolate the PCR chamber. After thermal cycling, the RT-PCR product was delivered to the attached ROSGENE strip through the outlet reservoir. After dropping 40 ${\mu}L$ of an eluant buffer at the end of the strip, the violet test line was detected as a H1N1 virus indicator, while the negative experiment only revealed a control line and while the positive experiment a control and a test line was appeared.
본 연구에서는 축산물가공품 중 식육원료의 진위여부를 판별하기 위하여 분자생물학적 기법을 이용한 시험법을 개발하였다. 식육원료의 종 판별을 위한 유전자로는 미토콘드리아 DNA에 존재하는 12S 또는 16S 유전자를 대상으로 하였으며, 가공식품에 적용하기 위하여 PCR 산물의 크기는 200bp 내외가 되도록 프라이머(species-specific primer)를 설계하였다. 대상 식품원료로는 축산물 10종을 대상으로 하였으며 프라이머를 사용하여 유전자증폭(PCR) 후 전기영동 하여 예상되는 PCR 산물의 생성유무를 확인하였다. PCR을 실시한 결과 가축인 소고기, 돼지고기, 염소고기, 양고기, 사슴고기, 말고기에 대하여는 각각 131, 138, 168, 144, 191, 142bp에서, 가금류인 닭고기, 오리고기, 칠면조 고기, 타조고기에 대하여는 각각 281, 186, 174, 238bp에서 예상크기의 PCR 산물을 확인하였다. 그리고 프라이머 별로 유사 종에서는 비 특이적 PCR 산물(non-specific PCR product)은 생성되지 않았다. 본 연구에서 개발된 프라이머를 이용한 유전자분석법을 돼지고기 및 닭고기를 함유하는 축산물가공품, 소고기를 함유하는 복합조미식품을 대상으로 시험한 결과 적용 가능함이 확인되어 향후 축산물가공품 중 식육원료의 진위여부 판별에 활용이 가능할 것으로 판단된다.
본 연구는 축산물 유래 L. monocytogenes에 대한 역학적 연구로서 분리균의 hemolysin(LLO) 및 lecithinase(LCP)생산성, Congo red dye(CRA)흡수성 및 hemolysin activity를 조사하는 한편 inlA, inlBV, actA, hlyA, plcA 및 plcB의 virulence gene을 PCR법으로 분석하였다. LLO, LCP 및 CRA의 양성률은 L. monocytogenes의 경우 68균주 중 각각 100%, 94.1% 및 77.9%이었고, L. ivanovii와 L. seeligeri를 제외한 다른 Listeria spp.(L. innocua, L. gray, L. murrayi, L. welchimeri)는 음성이었다. LLO와 LCP간에는 통계적인 유의성은 없었으나 CRA는 약간 낮게 나타났으며(p<0.05), serotype 1/2b 및 4b 간에도 유의성이 인정되지 않았다. 면양적혈구에 대한 용혈성(MHU)에서 L. monocytogenes의 경우 2배에서 16배까지 다양한 반응을 보였으나 L. ivanovii와 L. seeligeri를 제외한 다른 Listeria spp.는 음성이었다. hemolysin activity(HU)는 L. monocytogenes의 경우 대부분의 균주가 1.0 HU/mg 이상이었으나 다른 Listeria spp.는 대부분 0.04 HU/mg 이하였다. PCR 증폭하여 virulence gene을 분석한 결과 모든 L. monocytogenes는 각기 예상한 크기의 PCR 증폭산물이 검출되어 hlyA, plcA, plcB, inlA 및 inlB gene을 보유하고 있음이 확인되었으나 다른 Listeria spp.는 어떠한 증폭산물도 보이지 않았다. 또한 actA gene에 대한 증폭산물은 385bp와 268bp 크기의 2종류로 각각 57.4%와 42.6%의 분포를 나타내었다. actA gene의 size 분포에서 국내산 쇠고기, 닭고기, 유가공장에서는 큰 size가 많았는데 반하여 미국산 수입쇠고기에서는 작은 size가 많은 것으로 나타났다.
Kim, Dong-Hyeon;Chon, Jung-Whan;Kim, Hyunsook;Kim, Hong-Seok;Choi, Dasom;Kim, Young-Ji;Yim, Jin-Hyeok;Moon, Jin-San;Seo, Kun-Ho
한국축산식품학회지
/
제34권5호
/
pp.665-673
/
2014
We compared standard culture methods as well as conventional PCR and real-time PCR for the detection of Listeria monocytogenes (L. monocytogenes) in milk, cheese, fresh-cut vegetables, and raw beef that have different levels of background microflora. No statistical differences were observed in sensitivity between the two selective media in all foods. In total, real-time PCR assay exhibited statistically excellent detection sensitivity (p<0.05) and was less time consuming and laborious as compared with standard culture methods. Conventional culture methods showed poor performance in detecting L. monocytogenes in food with high levels of background microflora, generating numerous false negative results. While the detection of L. monocytogenes in fresh cut vegetable by culture methods was hindered only by L. innocua, various background microflora, such as L. innocua, L. welshimeri, L. grayi, and Enterococcus faecalis appeared on the two selective media as presumptive positive colonies in raw beef indicating the necessity of improvement of current selective media. It appears that real-time PCR is an effective and sensitive presumptive screening tool for L. monocytogenes in various types of foods, especially foods samples with high levels of background microflora, thus complementing standard culture methodologies.
The competitive quantitative PCR method targeting pcbC gene was developed for monitoring 4-chlorobiphenyl(4CB)-degrading bacteria, Pseudomonas sp. strain DJ-12, in soil microcosms. The method involves extraction of DNA from soil contaminated with 4CB, PCR amplification of a pcbC gene fragment from the introduced strain with a set of strain-specific primers, and quantification of the elec-trophoresed PCR product by densitometry. To test the adequacy of the method, Pseudomonas sp. strain DJ-12 was introduced into both contaminated and non-contaminated soil microcosms amended with 4CB. Pseudomonas sp. strain DJ-12 was monitored and quantified by a competitive quantitative PCR in comparison with 4CB degradation and the result was compared to those obtained by using the conventional cultivation method. We successfully detected and monitored 4CB-degrading bacteria in each microcosm and found a significant linear relationship between the number of 4CB-degrading bacteria and the capacity for 4CB biodegradation. The results of DNA spiking and cell-spreading experiments suggest that this competitive quantitative PCR method targeting the pcbC gene for monitoring 4CB- degrading bacteria appears to be rapid, sensitive and more suitable than the microbiological approach in estimating the capacity of 4CB biodegradation in environmental samples.
A PCR assay for the rapid detection of Vibrio vulnificus strains was developed using a virulence gene for elastase found in various Vibrio species. The DNA sequences in the elastase gene facilitated the identification of a species-specific probe for pathogenic V. vulnificus strains from both clinical and environmental sources. Using an elastase gene-based PCR reaction, a species-specific 507-bp PCR product was visualized by agarose gel electrophoresis. Three different DNA extraction methods were then compared to improve the simplicity and rapidity of detection. A PCR assay using the conventional DNA extraction or boiling method was able to detect as few as 25 V. vulnificus cells, making the detection limits at least 1-log-scale lower than that for the EDT A-treated DNA extraction method. In particular, the boiling method, which does not require purification of the chromosomal DNA, was very effective in terms of simple and rapid detection. Meanwhile, the detection limit in a mixed bacterial culture that included other bacteria, such as Escherichia coli or Bacillus subtilis, was two V. vulnificus cells, which was 1-log-scale lower than that for the control. Accordingly, when coupled with a new DNA extraction method, the elastase gene-based PCR can provide a rapid, specific, and sensitive method for identifying V. vulnificus in clinical and environmental samples.
Objectives : The application of polymerase chain reaction (PCR) for the discrimination of the herbal medicine Leonuri Herba (Leonurus japonicus) was evaluated by the comparison of the DNA sequence with Lamiaceae herbal medicine. Method : Genetic analysis showed that phylogenetic tree and comparing sequences through the DNA analysis of rbcL (ribulose-1, 5-bisphosphatecarboxylase) region and trnL-F (tRNA-Leu, trnL-trnF intergeni cspacer, and tRNA-Phe) region of chloroplast DNA from six Lamiaceae sold in market. And we developed IMCF and IMCR primers in order to distinction Leonuri Herba in six Lamiaceae using rbcL and trnL-F sequences. Results : Genetic analysis showed that six Lamiaceae showed individual group on phylogenetic tree. PCR amplification product of Leonuri Herba and another five Lamiaceae were developed for amplification of a 281 bp sequence and the specific PCR amplification of a 460 bp sequence that was exclusive to Leonuri Herba was designed using IMCF and IMCR primers. Conclusion : PCR analysis based on the chloroplast DNA sequences allows the discrimination of Leonuri Herba-based medicine.
국제 무역 및 전세계 수산물 소비의 증가로 인해 다양한 수산물이 국내로 수입되어 유통되고 있다. 최근 수입 수산물의 종명 및 원산지 표시사항을 허위로 기재하는 경우가 급증하여 식품안전성에 심각한 문제가 야기되고 있다. 불법적으로 유통되는 수산물의 안전관리를 위해 DNA 기반 기술을 이용한 종 판별법 마련이 시급하다. 본 연구에서는 전세계적으로 중요한 대형선망어업 어종 중 하나인 전갱이속 어류의 종을 판별하기 위해 duplex-PCR을 사용한 검출 방법을 개발하였다. 국내에 유통되는 T. japonicus과 T. novaezelandiae의 시료를 확보하여 COI 영역의 염기서열 분석을 통하여 종간 특이성을 나타내는 단일염기다형성 유전자를 탐색하였으며, PCR 증폭 산물의 크기를 고려하여 2개의 종 특이적인 정방향 primer를 설계하였다. Duplex-PCR 분석 결과, T. japonicus (103 bp), T. novaezelandiae (214 bp)와 같은 단일 밴드를 전기영동상에서 확인 할 수 있었으며 상호간의 비 특이적 밴드는 형성되지 않았다. 또한 duplex-PCR 방법을 통한 T. japonicus과 T. novaezelandiae에서 최저 $0.01ng/{\mu}l$까지 검출됨을 확인 할 수 있었다. 따라서 본 연구에서 개발된 duplex-PCR 분석법을 이용한 전갱이속 어류의 종 판별법은 정확도와 민감도가 우수하여 수산물의 수출입 및 시중에 불법적으로 유통 가능성이 있는 제품을 신속하고 과학적으로 판별할 수 있어 수산물안전관리에 활용도가 매우 클 것으로 기대된다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.