• 미생물학회지
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• 제42권1호
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• pp.77-81
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• 2006

구름버섯균 KN9522로부터 분리한 Mn-peroxidase 동위효소 CVMP1, CVMP2, CVMP3 및 CVMP5를 코딩하는 게놈유전자를 분리하기 위해 4개의 동위효소 N-말단아미노산서열을 기준으로 제작한degenerate primer들이 사용되었다. 하나를 제외한 3개의 동위효소들은 그에 대응되는 염기서열 900정도 되는 PCR산물 (cmp1, cmp2 및 cmp5)을 얻었다. NCBI의 BLAST 프로그램을 사용하여 PCR산물들의 염기서열을 분석한 결과, cmp1, cmp2 및 cmp5는 구름버섯균 PRL572로부터 분리한 유전자 MPG-I (등록번호 Z30668) 및 PGV-II(등록번호 Z54279)와 유사하였다. cmp1과 cmp2는 MPG-I유전자의 염기서열과 각각 77%및 95%의 상동성을 보였고 cmp5는 PGV-II 염기서열과 88%의 상동성을 보였다. 본 실험을 통하여 저자들은 Mn-peroxidase 동위효소계의 아미노산 서열을 기준으로 제작된 degenerate primer들을 사용하여 게놈 DNA조각을 분리할 수 있었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제33권3호
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• pp.307-317
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• 2017

Satsuma dwarf virus (SDV) or Citrus mosaic sadwavirus (CiMV) were not consistently detected in RTPCR assay with the primer sets based on gene of Japan isolates. SDV and CiMV isolates were distinctively divided into two groups based on phylogenetic analysis of PP2 gene cloned from 22 Korean isolates, and the Korean CiMV and SDV isolates shared 95.5-96.2% and 97.1-97.7% sequence identity with Japanese isolate, respectively. We developed PP2-1 primer set based on the PP2 gene sequence of Korean isolates to simultaneously and effectively detect SDV and CiMV. And CTLV-2013 and CTV-po primer sets were newly designed for detection of Citrus tatter leaf virus (CTLV) and Citrus tristeza virus (CTV), respectively. Using these primer sets, a new multiplex PCR assay was developed as a means to simultaneously detect 4 citrus viruses, CTV, CTLV, SDV, and CiMV. The degree of detection by the multiplex PCR were consistent with those of uniplex RT-PCR for detection of each of the viruses. Therefore, the new multiplex PCR provides an efficient method for detecting 4 citrus viruses, which will help diagnose many citrus plants at the same time. We verified that 35.2% and 72.1% of 775 trees in 155 orchards were infected with SDV or CiMV (SDV/CiMV) and CTV by the multiplex-PCR assay, respectively, and CTLV was not detected in any of the trees tested.

• 생명과학회지
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• 제9권1호
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• pp.15-21
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• 1999

PCR 기법을 응용한 RAPD 방법은 대상 생물의 유전정보를 전혀 모르는 상태에도 arbitrary primer를 이용하여 증폭함으로써 생물 종간의 유전적 표식자를 확인할 수 있는 간편하고 유익한 유전분석 방법이다. 이같은 RAPD 방법을 이용하여 해조류 방사무늬 김, 미역, 구멍갈파래에 대하여 DNA를 추출하지 않고 직접 생 엽체 및 생 사상체, 생 배우체를 PCR template로 사용하여 PCR product를 생산하였다. 그러나 specific primer를 이용한 nulear r DNA의 internal trancribed spacer (ITS) 부위는 생성물을 만들지 못하였다. 간편한 LiCl 방법에 의하여 추출된 DNA를 사용하였을 때는 IST 및 RAPD 모두 PCR product를 생산하였다. 방사무늬 김의 엽체 (haploid)와 사상체 (dip-loid)로 부터의 ITS 생성물은 동일하였으나 RAPD 생성물은 사용한 arbitrary primer에 따라 36-50$\%$의 다른 band가 만들어졌다. 또한 직접 생 조직을 사용하였을때와 추출 DNA를 사용하였을 때도 53-57$\%$의 다른 band가 만들어 줬다. 그러므로 RAPD 방법으로 유전분석 실험에는 동일한 ploidy의 조직을 template로서 사용하는 것이 중요하다.

• 한국약용작물학회지
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• 제18권5호
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• pp.329-337
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• 2010

'Angelicae Pubescentis Radix' (APR) is an important oriental medical preparation. In Korea, Aralia continentalis has been recognized as the source plant of APR. Aralia cordata, which is difficult to distinguish from A. continentalis, and Heracleum moellendorffii, which is frequently used in lieu of A. continentalis, are traded in Korean herbal markets. In contrast, in China, Angelica pubescens is recognized as the source plant of APR. In this study, we devised a method not only to discriminate A. contientalis from A. cordata, but also to discriminate both A. contientalis and A. cordata from H. moellendorffii and A. pubescens. Based on the discrepancy in the sequences of specific regions of ITS, we designed a Cont F/ Cont R primer set to amplify a 173 bp PCR band that appears only in A. continentalis. Additionally, we designed an Ara F/ Ara R primer set to amplify a 278 bp PCR band that appears in both A. continentalis and A. cordata. Using these primer sets and the ST R primer to confirm the PCR amplification results, we developed a simple multiplex PCR method for differentiating A. continentalis from A. cordata and to concurrently differentiate both A. continentalis and A. cordata from other APR herbs.

• The Plant Pathology Journal
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• 제29권1호
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• pp.99-104
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• 2013

To detect five plant viruses (Beet black scorch virus, Beet necrotic yellow vein virus, Eggplant mottled dwarf virus, Pelargonium zonate spot virus, and Rice yellow mottle virus) for quarantine purposes, we designed 15 RT-PCR primer sets. Primer design was based on the nucleotide sequence of the coat protein gene, which is highly conserved within species. All but one primer set successfully amplified the targets, and gradient PCRs indicated that the optimal temperature for the 14 useful primer sets was $51.9^{\circ}C$. Some primer sets worked well regardless of annealing temperature while others required a very specific annealing temperature. A primer specificity test using plant total RNAs and cDNAs of other plant virus-infected samples demonstrated that the designed primer sets were highly specific and generated reproducible results. The newly developed RT-PCR primer sets would be useful for quarantine inspections aimed at preventing the entry of exotic plant viruses into Korea.

• 생명과학회지
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• 제20권8호
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• pp.1201-1206
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• 2010

현장의 환경 시료를 대상으로 Real-Time PCR법과 LC/MS법을 이용하여 마이크로시스틴 검출방법을 비교 연구하였다. 3종류의 primer쌍을 이용하여 3종의 Microcystis aeruginosa 표준균주를 대상으로 Real-Time PCR법을 실시한 결과 TOX2P/TOX2M primer를 이용한 균주에서만 마이크로시스틴이 검출되었다. 2009년 6~9월 사이에 남조류가 발생한 상수원수 시료를 정립된 Real-Time PCR법과 기존의 LC/MS법으로 실험한 결과 11개 시료 모두에서 마이크로시스틴이 검출되었고, 농도는 5.98~219.0 ${\mu}g/l$ 범위로 조사되었다. 정수처리 공정별 실험에서는 BAC 여과 단계에서 마이크로시스틴이 완전히 제거되는 것으로 나타났다. 실험결과 Real-Time PCR법은 기존의 표준시험방법인 LC/MS법 보다 분석시간을 많이 단축시키는 것으로 나타나 효과적인 마이크로시스틴 검출방법임을 알 수 있었다.

• 대한의생명과학회지
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• 제6권1호
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• pp.65-72
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• 2000

반추수에서 발생하는 Johne병의 조기 진단 방법을 제시하고 이 질병의 원인체와 미생물학적 특징 이 유사한 M. bovis, M. avium 등의 mycobacteria 감염증을 감별 진단하는 방법 을 개발하기 위하여 Mycobacterium 균속의 표준균주를 사용하여 중합효소 연쇄반응을 확립하였다. Johne병으로 의심되는 소의 혈액과 유즙을 채취하여 분리한 단핵구 및 거식세포로부터 genomic DNA를 추출하였다. 각 시료로부터 추출한 DNA를 template로 이용하여 Mycobacterium spp.에 특이적인 16S rDNA primer set를 이용한 PCR을 수행하여 시료내의 mycobacterial DNA 보유 여부를 확인하였다. 한편 mycobacteria 양성으로 확인된 시료는 M. avium complex 균종에 특이한 16S rDNA 염기서열을 기초로 하여 제작한 primer set와 M. paratuberculosis의 IS900 sequence에 특이한 primer set를 이용하여 duplex PCR을 수행하여 Johne병 원인체의 보균 여부를 조사하였으며, 이 결과를 oligonucleotide probe를 사용한 Southern blot hybridization을 통하여 다시 확인하였다. 이와 같은 duplex PCR기법을 실제 축산 현장에서 수집한 유즙과 말초혈액으로부터 분리한 단핵구 및 거식세포 시료에 적용한 결과 본 연구에서 확립한 duplex PCR기법 유용성을 확인할 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제27권7호
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• pp.746-753
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• 2017

참조기는 민어과에 속하는 우리나라의 중요한 산업 어종 중 하나이다. 최근 과도한 남획과 해양 환경의 변화로 참조기의 어획량이 줄어들자 일부 유통과정에서 유사어종인 부세, 흑조기 및 긴가이석태를 참조기로 둔갑시키는 사례가 빈번하게 발생하고 있다. 이에 본 연구에서는 종 특이 primer를 사용하여 참조기, 부세, 흑조기 및 긴가이석태를 신속하게 분석할 수 있는 방법을 마련하였다. 약 1,400 bp의 미토콘드리아 COI 유전자 분석을 통하여 종간 특이성을 나타내는 단일염기다형성 유전자를 탐색하였으며, PCR 증폭산물의 크기를 고려하여 4개의 종특이적 정방향 primer를 제작하였다. 단일 PCR을 이용한 종간 교차반응을 통하여 최적의 PCR 조건을 확립하였으며, 이후 제작된 4개의 정방향 primer를 혼합하여 4종에 대한 다중 PCR 반응을 진행하였다. 증폭된 산물은 전기영동을 통해 크기에 따라 1,540 bp, 1,013 bp, 470 bp 그리고 182 bp로 분리되었으며, 각각 참조기, 흑조기, 부세, 긴가이석태로 명확하게 판별이 가능하였다. PCR 민감도 측정에서도 모든 종에서 $0.1ng/{\mu}l$의 농도까지 검출 가능함을 확인하였다. 따라서, 본 연구에서 개발된 참조기와 유사어종에 대한 종특이 다중 PCR 분석법은 정확도와 민감도가 우수하여, 불법 유통가능성이 있는 제품에 대한 신속하고 정확한 판별로 식품안전관리에 효과적으로 활용될 것이라 사료된다.

• 한국버섯학회지
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• 제11권3호
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• pp.171-176
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• 2013

큰느타리버섯의 저온성적응성 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위하여 저온성 계통의 8균주와 대조구 8균주의 genomic DNA를 30 ug/ml의 농도로 bulking한 것을 주형 DNA로 사용하고 operon 사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 RAPD를 수행하였으며 이중에서 OP-S3 primer를 사용한 PCR 산물들이 대조구와 가장 뚜렷한 차이를 나타내었다. OP-S3 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 480 bp 부근에서 저온성 계통에 특이적인 DNA band가 관찰되었으며 이 DNA band의 염기서열을 근거로 SCAR marker로 사용할 specific primer인 OP-S3-1-F와 OP-S3-1-R를 디자인하였다. SCAR marker OP-S3-1 primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서는 저온성 계통에서만 480 bp 부근에서 대조구와 구별되는 DNA band를 확인할 수 있었으며 random primer인 OP-S3 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA band를 확인할 수 있었다.

• 한국식물병리학회지
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• 제12권4호
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• pp.432-436
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• 1996

역전사 중합효소 연쇄반응(RT-PCR)을 이용하여 담배(Nicotiana glutinosa)에 증식시킨 7종의 오이 모자이크 바이러스(CMV)를 검정하였다. RT-PCR을 위한 간단하고 신속한 바이러스 핵산의 조즙액 추출법이 개발되었으며, CMV 외피단백질 유전자 부위를 기초로 하여 제작한 20개의 염기로 구성된 primer를 사용하여 RT-PCR을 실시한 결과, 약 490 염기쌍의 DNA 단편들이 이병식물의 조즙액으로부터 증폭되었다. EcoRI 및 MspI을 이용한 RT-PCR 산물의 분석에 의하여, 공시한 7종의 바이러스는 모두 CMV subgroup I으로 동정되었다. Ouchterlony 한천젤 이중 확산법을 이용한 항혈청 검정에서도 7종의 바이러스 모두 CMV-Y의 항혈청과 단일의 침강선을 형성하였다.