• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.56-60
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• 2001

탄저균의 분자적 다양성 분석은 다양한 DNA표지의 부족으로 쉬운 일이 아니어서, 본 연구에서는 random amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR을 이용하여 Bacillus 속으로부터 탄저균을 구별할 수 있는 새로운 DNA 표지를 개발하고자 하였다. RAPD-PCR을 이용한 분석은 다양한 Bacillus 종으로부터 탄저균을 동정할 수 있었으며, 아울러 Bacillus 종 사이에서 확실한 유전적인 변이를 확인할 수 있었다. 이러한 분석은 간단, 신속하고, 그리고 정확하게 탄저균을 진단하는데 활용할 수 있다고 본다.

• 식물병연구
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• 제13권3호
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• pp.137-144
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• 2007

거봉 포도나무에 혹병을 일으키는 A. vitis 균주간의 DNA 다양성 평가를 하기 위하여 12종류의 URP primer 적용 성을 조사한 결과 URP1F, URP2F, URP2R, URP4R, URP17R primer가 균주 간 DNA 다형성검정에 유용하였다. 국내외에서 분리한 59 A. vitis 균주를 URP-PCR 증폭하였던 바 균주간의 매우 다양한 PCR 다형성 밴드를 형성 하였으며 12 strain type으로 나눌 수 있었으며 거봉포도로부터 분리된 A. vitis 균주는 4 strain type의 비교적 단순한 유전적 다양성으로 나타났으나, 거봉이외의 다른 포도 품종이나 국외에서 도입된 A. vitis 균주는 8 strain type의 많은 유전적 다양성을 보여 거봉품종 유래 국내 균주와는 PCR 다형성 type에 있어 차이점을 보였다. URP-PCR 다형성 밴드를 집괴 분석하여 UPGMA dendrogram을 작성한 결과 7개의 대 Group으로 분류할 수 있었으며, 그룹 간에는 $62{\sim}100$%까지 다양한 유전적 유사성이 나타났다.

• 한국가축번식학회지
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• 제25권4호
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• pp.359-369
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• 2001

황해와 남해산이 각각 50마리씩 총100마리의 조피볼락 (Sebastes schlegeli)의 DNA를 혈액으로부터 추출하여 30개의 무작위 primer를 사용한 RAPD(random amplified polymorphic DNAs)-PCR (polymerase chain reaction) 방법으로 분석하였다 genomic DNA의 독특한 특징들이 그 어종군의 특징을 알아내기 위해서 사용되었다. 30개의 primer 중에서 7개의 primer로 부터 증폭된 전체 산물 (307) 중에서 약 67.4%인 207개의 다형성의 산물 (polymorphic products)이 나타났고, 1개의 primer당 약 2.7개의 다양성의 산물 (polymorphic bands)이 확인되었다. 황해산의 경우 bandsharing analysis를 통해서 볼 때 0.22로부터 0.63까지의 bandsharing value가 확인되었고, 이러한 수치는 0.39$\pm$0.02의 평균값을 나타내었다. 황해산과 남해산 2개체군의 RAPD-PCR산물의 전기영동적 분석을 통해서 볼 때 황해산 조피볼락의 개체들 사이에서 변이가 약간 높게 나타났지만 매우 유사한 특징을 나타내었다. 그러나 일부 개체에서 적은 수이지만 polymorphic bands가 확인되었다. 더 많은 개체군과 다른 연구방법을 통한 연구가 있어야 되겠지만, 이러한 결과는 RAPD 방법을 통하여 2 지역산 조피볼락의 유전적 차이를 어느 정도 확인할 수 있는 가능성을 제시해 주고 있다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제6권1호
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• pp.13-19
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• 2003

Genomic DNA from the muscle of marsh clam (Corbicula leana) from Gochang, Muan and a Chinese site was extracted to identify genetic differences and similarity by randomly amplified polymorphic DNAs-polymerase chain reaction (RAPD- PCR). Out of 20 primers, seven primers produced amplified fragments which were consistently polymorphic. A total of 1,246 amplified products were produced of which 530 were polymorphic $(42.5\%)$. The number of polymorphic bands produced per primer varied from 40 to 122 with an average of 75.7 in marsh clam from Gochang. 3.28 of the 23.0 polymorphic bands per lane were found to be polymorphic. Also, about $4.34\%$ of total polymorphic bands were specific to marsh clam from Gochang. The major common bands of 0.28 kb generated by primer OPB-15 (GGAGGGTGTT) were present in every individuals, which were polymorphic. This common bands in every individuals should be diagnostic of specific strains, species and/or their relatedness. Primer OPB-19 (ACCCCCGAAG) produced the highest number of 12 specific bands. The intra-population variation was revealed in the band patterns identified by this primer. The random primer OPB-12 (CCTTGACGCA) yielded the amplified fragments which were consistently polymorphic between the marsh clams from Gochang and from Muan. This primer produced a total of 77 polymorphic bands: 31 bands from Gochang, 14 from Muan and 32 from the Chinese populations. An average of polymorphic bands were 1.8 from Gochang and 2.5 from the Chinese populations. This value obtained from the Chinese population was higher than those from the two domestic populations. Generally, the RAPD polymorphism generated by these primers may be useful as a genetic marker for strain or population identification of marsh clam.

• 원예과학기술지
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• 제16권4호
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• pp.503-507
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• 1998

본 연구는 RAPD표지를 이용하여 국내외에서 수집된 고추 유전자원들간의 유전적관계를 평가하고자 수행되었다. Random primer를 이용한 고추의 PCR반응은 $MgCl_2$ 3mM, Taq. DNA polymerase 1.5U, 주형 DNA 10ng, dNTPs $200{\mu}M$, random primer 200nM 그리고 $42^{\circ}C$의 annealing 온도조건으로 최적화하였다. 80개의 random primer로부터 높은 밴드선명도와 재현성을 보이는 16개가 선발되었으며 70%의 GC함량을 갖는 primer들이 GC함량이 60%인 것보다 DNA증폭에 있어 효과적이었다. 31개의 고추품종및 계통들에 대해 71개의 polymorphic밴드와 22개의 monomorphic밴드를 포함하는 총 93개의 DNA밴드가 선발된 16개의 random primer들로부터 형성되었다. Primer당 약 4.4개의 polymorphic밴드가 형성되었다. 이들 71개의 polymorphic밴드를 이용하여 유사도지수가 구해졌으며 이를 근거로 31고추 계통 또는 품종들을 뚜렷이 구분하는 dendrogram이 작성되었다.

• 한국식물병리학회지
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• 제14권2호
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• pp.164-170
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• 1998

This study was carried out to develop DNA probe for specific detection of Erwinia carotovora subsp. carotovora. Universal rice primer (URP, 20 mer) developed from repetitive sequence of rice was applied for producing PCR DNA fingerprints of Erwinis spp. In E. carotovora subsp. carotovora strains, primer URP2F amplyfied polymorphic bands which are distinguisable from other Erwinia spp. A PCR band of 0.6 kb selected from PCr polymorphic bands of E. carotovora subsp. carotovora strains was cloned and evaluated as a diagnostic DNA probe. Among 28 bacterial strains including 22 Erwinia spp, the probe (pECC2F) only hybridized to total DNAs from e. carotovora subsp. carotovora strains and E. carotovora subsp. wasabiae, but sizes of hybridized bands were different between these subspecies, 10.0 kb and 3.5 kb respectively. In dot blot assays using probe pECC2F, as few as 103 colony forming units (CFU) of E. carotovora subsp. carotovora could be detected in a suspension containing about 1$\times$103 CFU of soil bacteria.

• 산업식품공학
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• 제21권2호
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• pp.174-179
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• 2017

For preliminary molecular typing, PCR-based fingerprinting using random amplified polymorphic DNA (RAPD) is the method of choice. In this study, 14 bacterial strains were isolated from different Korean food sources, identified using 16S rRNA gene sequencing, and characterized through RAPD-PCR. Two PCR primers (239 and KAY3) generated a total of 130 RAPD bands, 14 distinct PCR profiles, 10 polymorphic bands, one monomorphic band, and four unique bands. Dendrogram-based analysis with primer 239 showed that all 14 strains could be divided into seven clades out of which clade VII had the maximum of seven. In contrast, dendrogram analysis with the primer KAY3 divided the 14 L. citreum strains into four clades out of which clade IV consisted of a maximum of 10 strains out of 14. This research identified and characterized bacterial populations associated with different Korean foods. The proposed RAPD-PCR method, based on sequence amplification, could easily identify and discriminate the lactic acid bacteria species at the strain-specific level and could be used as a highly reliable genomic fingerprinting tool.

• Mycobiology
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• 제30권4호
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• pp.202-207
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• 2002

This study was carried out to develop specific primers for PCR detection of Phellinus linteus. Diverse genomes of 15 Phellinus spp. including five Phellinus linteus isolates were fingerprinted by Primer Universal rice primer(URP)1F. The URP-PCR pattern differentiated P. linteus isolates from other phellinus spp. A polymorphic band(2.8 kb), which is unique for P. linteus isolates, was isolated and sequenced. Twenty four-oligonucleotide primer pairs were designed based on information of DNA sequence. The primer set(PLSPF2/PLSPR1) amplified single band(2.2 kb) of expected size with genomic DNA from seven Phellinus linteus, but not with that of other Phellinus species tested. The primers could be used identically in both DNA samples from mycelium and fruit bodies. This specific primers could offer a useful tool for detecting and identifying P. linteus rapidly.

• 식물분류학회지
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• 제34권1호
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• pp.43-61
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• 2004

한국산 제비꽃속 32분류군과 일본산 2집단 등 총 34집단에 대한 유연관계를 알아보기 위하여 RAPD(randomly amplified polymorphic DNA), ISSR(inter simple sequence repeat) 및 PCR-RFLP(restriction fragment length polymorphism) 분석을 실시하였다. RAPD 분석에서는 40개의 primer 중 6개가 분류군 전체에서 반응을 보였고 이로부터 총 70개(98.6%)의 다형화 밴드를 얻었으며, ISSR 분석에서는 4개의 primer로 부터 28개(96.6%)의 다형화밴드를 얻었다. 엽록체 DNA의 non-coding부분을 이용한 PCR-RFLP 분석에서는 반응이 일어난 4지역에서 증폭된 약 6.78 kb의 DNA 각각에 대하여 15가지 제한효소를 처리한 결과 총 80개의 restriction site를 얻었으며 그중 16 site는 polymorphic하게 나타나 20%의 다형화를 보였다. 본 연구에서 다룬 3가지 형질에 의한 유집분석 결과 각각의 형질에 의해서는 서로 일치하지 않는 유집형태를 보였지만 3가지 형질을 통합한 결과는 진정제비꽃절(sect. Nomimium)내 아절과 계열간 구분이 명확하게 나타났으며 무경종과 유경종도 구별이 가능하여 외부형태형질에 의한 기존의 분류체계와 일치하였다. 그러나 노랑제비꽃절(sect. Chamaemelanium)은 진정제비꽃절과 독립적인 군을 형성하지 않고 진정제비꽃절 내 무경종그룹인 Patellares아절과 Vaginatae아절 사이에 위치하여 나타났다. 형태적인 변이가 매우 심한 분류군으로 알려진 태백제비꽃군(V. albida complex)은 Patellares아절 내에서 하나의 군으로 유집되어 Pinnatae계열로 처리하는 것이 타당할 것으로 생각된다. 본 연구에서 사용한 3가지 형질 중 RAPD 분석방법은 ISSR과 PCR-RFLP 분석보다 제비꽃속의 종간 유연관계를 밝히는데 더 유용한 것으로 판단된다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제32권1호
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• pp.17-26
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• 2005

Objective: Preimplantation genetic diagnosis (PGD) is reserved for couples with a risk of transmitting a serious and incurable disease, and hence avoids the undesirable therapeutic abortion. In this study, we evaluated the efficacy of PGD for Duchenne muscular dystrophy (DMD) cases by the fluorescent PCR with polymorphic linked markers and the conventional duplex-nested PCR methods. Methods: Biopsy of one or two blastomeres was done from the embryos fertilized by ICSI on the third day after fertilization. We performed two cases of PGD-DMD by the duplex-nested PCR for the causative mutation loci and the SRY gene on Y chromosome. The triplex fluorescent PCR for the mutation loci, the SRY gene and the polymorphic microsatellite marker on X chromosome was applied for two cases of PGD-DMD. Results: By the duplex-nested PCR, successful diagnosis rate was 95.5% (21/22), but we could not discriminate the female embryos whether normal or carrier in this X-linked recessive disease. However, the triplex fluorescent PCR method showed 100% (27/27) of successful diagnosis rate, and all female embryos (n=17) were distinguished normal (n=10) from carrier (n=7) embryos. Unaffected and normal embryos were transferred into mother's uterus after diagnosis. A healthy normal male was achieved after PGD with the duplex-nested PCR method and a twin, a male and a female, were delivered with triplex fluorescent PCR method. The normality of dystrophin gene was confirmed by amniocentesis and postnatal genetic analysis in all offsprings. Conclusion: The fluorescent PCR with polymorphic marker might be useful in improving the specificity and reliability of PGD for single gene disorders.