• 한국치위생학회지
• /
• 제17권1호
• /
• pp.13-25
• /
• 2017

Objectives: The purpose of this study was to compare colony forming unit (CFU) method and multiplex real-time polymerase chain reaction (MRT-PCR) method for accurate quantitative analysis of bacteria. Methods: We compared the CFU method and the MRT-PCR method, which are still used in Korea, for Prevotella intermedius (P. intermedius), a periodontal disease pathogen selected by MRT-PCR, and Streptococcus mutans (S. mutans), a dental caries causative organism. The subjects of this study were 30 patients who visited the C dental hospital. Results: Total microorganisms in MRT-PCR method were significantly higher in both types of bacteria (p<0.05), since DNA of dead bacteria was also analyzed. This was because the periodontal dise(-) anaerobes, and even dead bacteria contain large amounts of toxic substances called LPS in the extracellular membrane, and fimbriae and pili, which are motility structures, still remain as a strong toxic substance in periodontal tissue. Conclusions: Therefore, in terms of the total amount of bacteria found, the MRT-PCR method will be a useful technique for searching all the bacteria in the oral cavity including live bacteria, as well as sterilization.

• 미생물학회지
• /
• 제38권3호
• /
• pp.198-204
• /
• 2002

폴리오 바이러스는 전형적인 장관계 바이러스로 마비, 무균성 수막염, 뇌염 등을 유발한다. 폴리오 바이러스는 분변-구강 경로를 통해 전파되며, 오염된 물을 음용수로 사용할 시 공중 보건에 문제가 될 수 있으므로 먹는 물에서 폴리오 바이러스를 검출하는 것은 중요하다. 감염성이 있는 바이 러스와 불활성화(열처리와 자외선 처리)시킨 바이러스를 세포배양법, 역전사 중합효소 연쇄반응법(reverse transcription-polymerase chain reaction: RT-PCR)그리고 세포배양-중합효소 연쇄반응 통합법(integrated cell culture-PCR: ICC-PCR)으로 검출 실험을 했다. 감염성이 있는 폴리오 바이러스는 세 가지 방법으로 모두 검출이 되었으며, 이 중에서 바이러스를 검출하는데 ICC-PCR 방법이 가장 민감했다. 세포배양법은 적은 수의 바이러스를 검출하는데 약 2주의 긴 시간이 걸렸다. 열처리나 자외선 처리로 불활성화된 바이 러스는 세포배양과 ICC-PCR방법으로는 검출이 되지 않았다. 자외선 처리한 바이러스는 RT-PCR 방법으로 검출되지 않았으나 열처리한 바이러스는 검출되었다. RT-PCR 방법은 감염성 바이러스뿐 아니라 불활성화된 바이러스도 검출할 수 있으므로 감염성이 있는지 없는지를 구분할 수 없는 단점이 있다. 이와 같은 결과는 감염성 있는 바이러스를 가장 민감하고 효과적으로 검출하는 방법이 ICC-PCR 방법이라는 것을 제시하여 준다.

• Journal of Microbiology
• /
• 제35권4호
• /
• pp.354-359
• /
• 1997

Methods for the extraction of DNA from water sample were approximated. Four different procedures of DNA extraction were carried out with pellets obtained from centrifugation of 4 liter water samples. The recovery efficiency and purity of DNA extracted by each method from different sources were compared. DNA yield varied with extraction methods, Method I, which involves enzymatic and freeze-thaw lysis steps and phenol and phenol-chloroform purification of extracted nucleic acid, showed a significantly higher yield and purity than the other methods. The use of glass beads in the DNA extraction methods improved the purity of DNA suitable for PCR. Bovine serum albumin in the PCR reaction mixture was useful in reducing inhibitory effects of contaminants. The efficiency of an extraction method was determined by the detection of the aer of Aeromonas hydrophila with PCR. The lower limit of detection of A. hydrophila from seeded tap water was 2 CFU/ml in PCR when method I was used for DNA preparation.

• 대한수의학회지
• /
• 제47권4호
• /
• pp.399-407
• /
• 2007

Cause of high lethality and dissemination to human being, new development of rapid method for the detection of highly pathogenic Avian Influenza Virus (AIV) is still necessary. For the detection of AIV subtype H5N1, typical pathogenic AIV, new method to confirm sub-typing of this virus is also needed. For the purpose of ultra-rapid detection and sub-typing of hemagglutinin and neuraminidase of AIV, this study was planned. As the results we could demonstrate an ultra-rapid multiplex real-time PCR (URMRT PCR) for the detection of AIV In this study, the URMRT PCR were optimized with synthesized AIV H5- and AIV Nl-specific DNA templates and GenSpector TMC, which is a semiconductor process technology based real-time PCR system with high frequencies of temperature monitoring. Under eight minutes, the amplifications of two AIV subtype-specific PCR products were successfully and independently detected by 30 cycled ultra-rapid PCR, including melting point analysis, from $1{\times}10^3$ copies of mixed template DNA. The URMRT PCR for the detection of AIV H5N 1 developed in this study could be expected to apply not only detections of different AIVs, but also various pathogens. It was also discussed that this kind of the fastest PCR based detection method could be improved by advance of related technology in near future.

• 한국자원식물학회지
• /
• 제14권3호
• /
• pp.235-240
• /
• 2001

Polyphenol 화합물이 다량 함유된 식물종의 유연관계 분석이나 형질전환 유전자 확인 등을 위해 PCR을 이용할 경우 다량의 재료로부터 신속 간편하게 분리한 DNA를 이용할 수 있는 조건을 설정 하였다. 폴리페놀 함량이 높은 포도, 사과, 복분자와 같은 과수류에서 간편법에 의해 추출된 DNA를 이용한 PCR 반응액에 2%의 BLOTTO를 첨가함으로서 DNA의 재현적 증폭이 가능하였다. 간편 추출 DNA를 이용한 PCR에서 의 BLOTTO효과는 primer, 품종, 식물종에 관계없이 일반적으로 발현되었다. 상추의 형질전환 유전자 검색을 위한 PCR에서 도 BLOTTO 효과가 확인되었다. 따라서 PCR 반응액에 2% BLOTTO를 첨가하면 간편 법 에 의해 추출된 polyphenol 화합물 고함유 식물종의 DNA를 이용하여서도 PCR에 의한 유전배경 및 특정 유전자의 대량 신속 분석이 가능할 것이다.

• Applied Biological Chemistry
• /
• 제50권4호
• /
• pp.276-280
• /
• 2007

메밀은 과민한 사람에게 식품알레르기를 일으킬 수 있다. 메밀 보통종의 BW10KD 단백질은 알레르기 유발단백질중의 하나로 알려져 있다. 가공식품에 함유된 메밀성분을 검출하기 위하여 메밀의 알레르기 유발단백질인 BW10KD의 유전자에 특이적인 primer를 사용하는 Polymerase Chain Reaction(PCR) 방법을 개발하였다. BW10KD유전자의 cDNA 염기서열을 이용한 5종의 primer sets로 7종의 다른 곡류 및 두류(보리, 밀, 조, 수수, 대두, 팥, 검은콩)에 대해 PCR을 수행한 결과, 사용한 primer set 모두 메밀에만 특이적인 반응을 나타냈다. 메밀 특이적 PCR방법을 이용하여 12종의 가공식품(메밀가루, 메밀국수, 메밀묵, 밀국수, 라면, 검은깨죽, 선식, 과자, 미숫가루 및 3종류의 시리얼)을 조사한 결과 메밀가루, 메밀묵 그리고 메밀국수가 메밀 성분을 함유하고 있는 것으로 나타났다. 메밀특이적 PCR 방법은 메밀 보통종의 DNA를 1 ng까지 검출할 수 있었다. 본 PCR 방법은 식품 중에 함유된 메밀 성분을 신속 정확하게 검출하는데 활용할 수 있을 것으로 기대된다.

• 치위생과학회지
• /
• 제12권6호
• /
• pp.660-665
• /
• 2012

본 연구는 회전법과 변형 스틸맨법간의 치면세균막 감소효과를 비교하기 위하여 천안 소재 대학교 31명의 대학생을 대상으로 무작위 배정한 순수실험을 설계하여 치면세균막 관리프로그램을 시행한 결과 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 중재 전후에 따른 각 잇솔질의 치면세균막 관리를 비교한 결과 중재 전에 측정한 SPS Score와 ${\Delta}R30$에서 두 잇솔질 방법간의 차이는 나타났으나(p<0.05), 나머지 측정값들과 중재 후의 측정값에서 유의한 관련성을 보이지 않았다(p>0.05). 2. 각 잇솔질 방법에 따른 중재 전 후의 치면세균막 관리를 비교한 결과 PCR, QLF-PCR, ${\Delta}R30$, ${\Delta}R60$에서 회전법과 변형 스틸맨법 집단은 통계적으로 유의한 차이가 있었다(p<0.05). 또한, 회전법보다 변형 스틸맨법 집단에서 치면세균막 지수는 더 큰 감소를 보였고, 잇솔질 교육 중재를 실행한 후 치면세균막 지수가 감소하는 것으로 나타났다. 3. PCR과 QLFD 촬영 측정값의 관계에서 PCR과 육안검사 QLF-PCR의 관계, SPS Score와 그 하위 척도 ${\Delta}R$값들의 상관관계는 보였으나, PCR와 QLF값의 상관관계는 보이지 않았다. 이상의 결과를 종합해보면, 회전법과 변형스틸맨법의 치면세균막 관리 효과는 통계적으로 유의하지 않았으나, 회전법보다 변형 스틸맨법 집단에서 치면세균막 감소차이는 더 큰 것으로 확인되었고, 잇솔질 교육을 실행함으로써 치면세균막 지수가 감소하는 것으로 나타났다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제15권3호
• /
• pp.672-677
• /
• 2005

The standard reference collection of strains for E. coli, the ECOR collection, was analyzed by a genome-based typing method. Seventy-one ECOR strains were subjected to repetitive extragenic palindromic PCR genome fingerprinting with BOX primers (BOX-PCR). Using a similarity value of 0.8 or more after cluster analysis of BOX-PCR fingerprinting patterns to define the same genotypes, we identified 28 genotypes in the ECOR collection. Shannon's entropy-based diversity index was 3.07, and the incident-based coverage estimator indicated potentially 420 genotypes among E. coli populations. Chi-square test of goodness-of-fit showed statistically significant association between the genotypes defined by BOX-PCR fingerprinting and the groups previously defined by multi-locus enzyme electrophoresis. This study suggests that the diversification of E. coli strains in natural populations is actively ongoing, and rep-PCR fingerprinting is a convenient and reliable method to type E. coli strains for the purposes ranging from ecology to quarantine.ine.

• 대한임상검사과학회지
• /
• 제36권1호
• /
• pp.1-6
• /
• 2004

The enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCR is a recently described DNA fingerprinting technique based on amplification of repetitive element distributed in bacteria. We applied of ERIC-PCR to clinical isolates of Vibrio parahaemolyticus and other bacteria associated diarrhea. Twenty isolates of V. parahaemolyticus were used for intragenic genotyping, which were isolated from 2001 to 2002 in Chungbuk National University hospital. For interspecies genotyping, V. vulnificus, V. alginolyticus, V. parahaemolyticus, Escherichia coli, Salmonella and Shigella spp. were used. The genotyping were analyzed by ERIC-PCR. The genotyping of V. parahaemolyticus were grouped two major pattern (A, B) and were subdivided into 10 subtypes (A1, A2, B1-B8) by ERIC-PCR. These method distinctly differentiated bacterial species associated diarrhea. Those results show that ERIC-PCR can be reliable and efficient method for genotyping of V. parahaemolyticus and bacteria associated diarrhea.

• 대한수의학회지
• /
• 제39권1호
• /
• pp.118-125
• /
• 1999

Porcine Proliferative Enteropathy(PPE) is an infectious enteric disease and a major cause of economic loss in swine industry due to weight loss, poor growth and sudden death in growing and finishing pigs at 6 to 20 weeks of age. PPE has been diagnosed by clinical signs, syndrom and lesions in the intestine in Korea. However, the diagnostic method had several problems in the detection of infected or carrier pigs. Therefore, in this study, we established the polymerase chain reaction(PCR) which was a fast, specific and sensitive method for identification of Lawsonia intracellularis (L intracellularis). We designed and synthesized primer on the 16S rDNA and p78 gene encoding L intracellularis. Specificity of the method was confirmed by comparison of the PCR results using other enteric bacteria and the study has shown that PCR method was sensitive to detect 1ng of genomic DNA as a template. Identity of the PCR products was confirmed by comparison of pattern of restriction endonuclease analysis with restriction enzyme Hae III and Pst I. Also, the PCR method was applicable to the naturally affected pigs with PPE. Based on the results from this study, the PCR method could be used as a fast and specific diagnostic tool for PPE.