• 한국축산식품학회지
• /
• 제37권6호
• /
• pp.799-803
• /
• 2017

In the present study, centrifugation and filtration pretreatments were evaluated to decrease sample preparation time and to improve the sensitivity and specificity of multiplex polymerase chain reaction (PCR) for the detection of low levels of pathogenic Escherichia coli in various foods. Pathogenic E. coli (E. coli NCCP11142, E. coli NCCP14037, E. coli NCCP 14038, E. coli NCCP14039, and E. coli NCCP15661) was inoculated into pork, beef, and baby leafy vegetables at 1, 2, and 3 Log CFU/g. The samples were shaken 30 times (control), then centrifuged or filtered. DNA extracts from the samples were subjected to PCR using the $Powerchek^{TM}$ Diarrheal E. coli 8-plex Detection Kit. In the pork samples, no E. coli was detected in the control samples, while E. coli were detected in 100% of 3-Log CFU/g inoculated and centrifuged samples, and in 100% of 2 and 3-Log CFU/g inoculated, and filtered samples. In the beef samples, all control samples appeared to be E. coli-negative, while E. coli was detected in 50-75% of centrifuged samples, regardless of inoculated level, and in 100% of 2 and 3-Log CFU/g inoculated, and filtered samples. In baby leafy vegetables, E. coli were not detected in 25-50% of the control samples, while E. coli were detected in 0-25% of the centrifuged samples, and 75-100% of the filtered samples, depending on the inoculum amount. In conclusion, filtration pretreatment can be used to minimize sample preparation time, and improve the sensitivity and specificity of rapid detection of pathogenic E. coli in various foods.

• 대한의생명과학회지
• /
• 제17권2호
• /
• pp.151-155
• /
• 2011

Short tandem repeats (STRs) loci are the genetic markers used for forensic human identity test. With multiplex polymerase chain reaction (PCR) assays, STRs are examined and measured PCR product length relative to sequenced allelic ladders. In the repeat region and the flanking region of the commonly-used STR may have DNA sequence variation. A mismatch due to sequence variation in the DNA template may cause allele drop-out (i.e., a "null" or "silent" allele) when it falls within PCR primer binding sites. The STR markers were co-amplified in a single reaction by using commercial PowerPlex$^{(R)}$ 16 system and AmpFlSTR$^{(R)}$ Identifiler$^{(R)}$ PCR amplification kits. Separation of the PCR products and fluorescence detection were performed by ABI PRISM$^{(R)}$ 3100 Genetic Analyzer with capillary electrophoresis. The GeneMapper$^{TM}$ ID software were used for size calling and analysis of STR profiles. Here, this study described a forensic human identity test in which allelic drop-out occurred in the STR system D18S51. During the course of human identity test, two samples with a homozygous (16, 16 and 21, 21) genotype at D18S51 locus were discovered using the PowerPlex$^{(R)}$ 16 system. The loss of alleles was confirmed when the samples were amplified using AmpFlSTR$^{(R)}$ Identifiler$^{(R)}$ PCR amplification kit and resulted in a heterozygous (16, 20 and 20, 21) genotype at this locus each other. This discrepancy results suggest that appropriate measures should be taken for database comparisons and that allele should be further investigated by sequence analysis and be reported to the forensic community.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제15권6호
• /
• pp.2733-2737
• /
• 2014

Objective: Molecular pathology tests are often carried for clinicopathological diagnosis and pathologists have established large collections of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue (FFPE) banks. However, extraction of DNA from FFPE is a laborious and challenging for researchers in clinical laboratories. The aim of this study was to compare two widely used DNA extraction methods: using a QIAamp DNA FFPE kit from Qiagen and a Cobas Sample Preparation Kit from Roche, and evaluated the effect of the DNA quality on molecular diagnostics. Methods: DNA from FFPE non-small cell lung carcinoma tissues including biopsy and surgical specimens was extracted with both QIAamp DNA FFPE and Cobas Sample Preparation Kits and EGFR mutations of non-small cell lung carcinomas were detected by real-time quantitative PCR using the extracted DNA. Results and Conclusion: Our results showed that DNA extracted by QIAamp and Cobas methods were both suitable to detect downstream EGFR mutation in surgical specimens. Howover, Cobas method could yield more DNA from biopsy specimens, and gain much better EGFR mutation results.

• 약학회지
• /
• 제55권6호
• /
• pp.456-461
• /
• 2011

The aim of the present study is to investigate the anti-inflammatory effect of a Rice Bran Ethanol Extract (RBE). Inflammation, such as a bacterial infection in vivo metabolites, such as external stimuli or internal stimuli to the defense mechanisms of the biological tissue a variety of intracellular regulatory factors deulin inflammatory TNF-${\alpha}$, IL-$1{\beta}$, IL-6, IL-8, such as proinflammatory cytokines, prostagrandin, lysosomal enzyme, free radicals are involved in a variety of mediators. The present study was designed to determine the effect of the RBE on pro-inflammatory factors such as NO, iNOS expression and TNF-${\alpha}$, IL-$1{\beta}$, IL-6 in lipopolysaccharide (LPS) - stimulated RAW264.7 macrophages cells. The cell toxicity was determined by MTS assay. To evaluate of anti-inflammatory effect of RBE, amount of NO was measured using the NO detection kit and the iNOS expression was measured by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). And proinflammatory cytokines were measured by ELISA kit. As a result, the RBE reduced NO, iNOS expression and TNF-${\alpha}$, IL-$1{\beta}$, IL-6 production without cytotoxicity. Our results suggest that the RBE may have an anti-inflammatory property through suppressing inflammatory mediator productions and appears to be useful as an anti-inflammatory material.

• 약학회지
• /
• 제57권1호
• /
• pp.70-75
• /
• 2013

The present study was designed to determine the effect of the Sandalwood Essential Oil (Santalum album) on pro-inflammatory factors such as NO, iNOS expression and IL-$1{\beta}$, IL-6, TNF-${\alpha}$ in lipopolysaccharide (LPS) - stimulated RAW264.7 macrophages cells. The cell toxicity was determined by MTS assay. To evaluate of anti-inflammatory effect of Sandalwood Essential Oil, amount of NO was measured using the NO detection kit and the iNOS expression was measured by western blot analysis and reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). And proinflammatory cytokines were measured by ELISA kit. As a result, Sandalwood Essential Oil reduced NO, iNOS expression and IL-$1{\beta}$, IL-6, TNF-${\alpha}$ production without cytotoxicity. Our results suggest that the Sandalwood Essential Oil may have an anti-inflammatory property through suppressing inflammatory mediator productions and appears to be useful as an anti-inflammatory oil.

• 미생물학회지
• /
• 제44권4호
• /
• pp.293-298
• /
• 2008

HCV는 HIV등과 함께 수혈이나 혈장된 획물질을 통하여 감염되는 주요 바이러스이다. 주로 혈액이나 혈장에서 HCV에 대한 항체를 검출함으로서 HCV의 감염을 방지하고 있다. 그러나 바이러스에 감염되었으나 항체가 생성되기 이전이나 항체의 양이 적은 경우에는 HCV의 검출이 어렵다. 따라서 핵산중폭시험(nucleic acid amplification tests, NAT)을 이용한 HCV 유전자를 검출하려는 시도들이 진행되고 있다. 이 연구의 목적은 혈장분획물질에서 HCV RNA를 검출할 수 있는 핵산증폭시험 방법을 개발하는 것이다. 5종류의 PCR primer를선별하여 실험에 이용하였다. 혈장분획물질의 HCV RNA 추출에는 컬럼 방법을 이용하는 것이 유용한 것으로나타났다. 핵산중폭시험의 결합 온도는 $48^{\circ}C$가 가장 적절한 것으로 나타났다. 또한 2차 PCR의 경우, 1차 PCR 산물 $1{\mu}l$와 30 pmol의 primer즐 사용하였을 때 높은 민감도와 특이성을 보이는 것을 알 수 있었다. 혈장 분획물질에 HCV를 주입하여 혈장중폭시험을 수행한 결과, 100 IU/ml까지 검출 할 수 있었다. 한편 근육주사용항체(IMIG)의 경우 핵산중폭시험을 통한 검출한계는 100IU/ml로 COBAS amplicor HCV2.0의 500 IU/ml 이상의 검출한계보다 민감도가 더 높은 것으로 나타났다. 이러한 결과들로 보아 본 실험에 이용된 핵산증폭시험이 혈장분획물질에서 HCV RNA를 검출하는데 유용한 방법으로 사용될 수 있을 것으로 생각된다.

• 한국임상수의학회지
• /
• 제24권2호
• /
• pp.77-81
• /
• 2007

본 연구는 개에서 심장사상충을 검출하기 위하여 표준검사를 적용하지 않은 상황에서 중합연쇄반응검사 (PCR)의 진단 능력을 평가하였다. 효소면역검사법 (ELISA)과 PCR 검사를 동시에 사용한 경우 PCR 검사의 민감도와 특이도는 두 검사의 조건부 독립을 가정한 상태에서expectation-maximization (EM) 알고리즘을 이용한 최대우도법과 Bayesian 기법으로 두 집단 검사 모형으로 분석하였다 2002-2004년 기간 중 심장사상충검사 결과를 기록한 의무기록에서 무작위로 266개 결과를 추출하여 133개씩 2회의 시험으로 배치하였다. 2회의 분석결과를 종합할 때 EM 알고리즘에서 PCR 검사의 민감도와 특이도는 각각 96.4-96.7%와 97.6-98.8%, Bayesian기법에서는 94.4-94.8h와 97.1-98%로 추정되었다. PCR 검사는 심장사상충을 스크리닝하는 도구로 유용하며, 표준검사를 적용하지 않은 상황에서 진단검사의 특성을 추론하는 방법으로 Bayesian 기법은 매우 유용함을 확인하였다.

• 한국식품영양과학회지
• /
• 제37권10호
• /
• pp.1343-1356
• /
• 2008

18개교 일반 중 고등학교와 1개교 특수학교에서 수거한 식재료 및 조리식품은 비전처리 채소가 38종, 전처리 채소가 13종, 육류 9종, 어패류(냉동 혹은 조미 포함) 3종, 건어물 7종, 반가공 혹은 가공 식재료 20종이었다. 수거한 식재료 중 전처리 야채(8종)에서 대장균군이 $3.4{\sim}4.3\;log\;CFU/g$ 수준으로 검출되었으며, 육류(4종)에서는 대장균군이 $2.2{\sim}4.3\;log\;CFU/g$ 수준으로 검출되었다. 조리식품인 생채와 샐러드에서 "학교급식 위생관리 지침"에서 제시한 대장균 검출 기준치(g당 1,000 CFU이하)를 넘어선 수준의 $2.3{\sim}55\;log\;CFU/g$ 수준의 대장균군이 검출되었고, 가열처리를 거친 조리식품에서도 $1.0{\sim}3.5\;log\;CFU/g$수준으로 대장균군이 검출되었다. 수거한 식재료와 조리식품 중 16종의 식품에서 대장균이 검출되어 식품의약품안전청(8)에서 고시한 "신선편이식품 및 즉석식품의 미생물적 품질기준(대장균, 음성)"에 부적합하였다. 병원성 식중독 세균 중에서 B. cereus는 16종의 비전처리 채소, 2종의 전처리 채소, 3종의 가공식재료, 3종의 비가열조리 식품, 8종의 가열조리식품에서 검출되었으며, 정량검사를 실시한 결과, 당근 $3.6\;log\;CFU/g$, 무우 $2.9\;log\;CFU/g$, 부추 $2.5\;log\;CFU/g$, 건새우 쥐어채볶음 2.3 log CFU/g 수준으로 검출되었다. 용혈성 대장균인 E. coli O157:H7은 가공식품인 탕수육용 냉동돼지고기(k교)에서 검출되었고, API kit를 이용하여 생화학적 방법으로 확인 동정되었다. C. jejuni 는 i교에 공급된 비전처리 채소인 무와 r교의 전처리 채소인 채썬 양배추, f교의 오이채, 당근채에서 검출되었다. V. parahaemolyticus는 g교의 비전처리 채소류인 당근, 피망, 양배추, 깻잎과 전처리 채소인 깐 적양배추, 오이채, 깐 양상추에서 검출되었으며 조리된 식품인 비빔채 소국수에서 검출되었고, e교와 f교에 공급된 전처리 채소인 오이채와 e교에 공급된 가공식품인 냉동 미트볼에서 검출되었다. 이는 식품의약품안전청에서 제시한 '즉석섭취식품', '즉석조리식품', '신선편이식품'에서의 V. parahaemolyticus는 '음성' 검출기준에 적합치 않은 것으로 나타났다. Salmonella spp.는 r교에 공급된 냉동 닭고기에서 1건이 검출되었고 API kit 및 Salmonella 항혈청에 대한 응집반응을 통해 확인 동정하였다.

• 한국식품영양과학회지
• /
• 제46권9호
• /
• pp.1097-1105
• /
• 2017

본 연구는 돼지고기로 제조된 소시지에 저가원료인 닭고기 혼합비율을 정량하기 위해 real-time PCR 법과 소량 함유된 닭의 정량의 정확도를 높이기 위해 닭의 내부 표준물질을 첨가하는 방법을 적용함으로써 소시지의 진위판별 가능성을 제시하였다. DNA 회수율과 PCR 증폭효율을 높이기 위해 QIAamp DNA Micro Kit을 사용하였고, 최종 PCR 반응액 $20{\mu}L$에 template DNA($5{\sim}10ng/{\mu}L$)는 $3.0{\sim}5.0{\mu}L$, primer 농도는 $0.5{\mu}L(10pmol)$, $2{\times}$ Cybrgreen buffer는 $10{\mu}L$로 조정하였을 때 가장 적합하였고, PCR 증폭조건은 annealing 온도를 $62^{\circ}C$, extension 온도를 $68^{\circ}C$, final extension 시간은 33초, 최종 PCR cycle은 40 cycle로 했을 때 가장 PCR 증폭효율이 좋은 것으로 평가되었다. 돼지와 닭의 DNA를 50 ng에서 0.05 ng으로 순차적으로 10배씩 희석한 template DNA를 이용해 민감도(최소 검출한계)를 확인한 결과 돼지와 닭 모두 0.05 ng 이상으로 각각 확인되었다. 표준곡선의 결정계수($R^2$)도 모두 0.995 이상으로 표준곡선의 linearity가 정량에 적합한 것으로 확인되었다. 돼지고기와 닭고기를 각각 70:30 비율로 혼합한 3점의 시료를 $70^{\circ}C$에서 10분간 열처리한 후 정량분석을 실시하여 기대치에 의한 측정치를 비교한 결과, 64.3:35.7의 비율로써 평균 5.7%의 차이를 나타내 생육(raw meat) 또는 가열처리된 시료의 상태에 따라 DNA에 영향을 주어 PCR 증폭효율 및 DNA 정량 값에 일부 영향을 주는 것으로 판단되었다. 소시지에 함유된 돼지고기와 닭고기의 함량을 분석한 결과 돼지고기에 비해 닭고기 함량이 적은 소시지에서는 닭고기(6%, 12%, 25%, 38%)의 검출이 어려웠고, Ct(threshold cycle) 값에 따른 DNA 정량값이 매우 낮아 배합비율을 환산이 어려웠다. 그러나 소시지에 닭의 표준물질 DNA(50 ng)를 첨가함으로써 배합비율이 증가할수록 Ct값도 점차 낮아져서 배합비율을 반영하고 있음에 따라 Ct값의 평균치${\pm}$오차범위 값으로 간접적으로 배합비율을 추정할 수 있을 것으로 생각되었다.

• 대한의생명과학회지
• /
• 제22권2호
• /
• pp.29-36
• /
• 2016

Among the several agents causing carbapenem resistance of Acinetobacter baumannii, the most common cause is OXA-23 ${\beta}$-lactamase, which is known to hydrolyze carbapenem. To effectively control dissemination of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii (CRAB), development of both rapid and easy-to-use detection methods are required. The aim of this study is to develop a novel immunochromatographic assay (ICA) for rapid detection of OXA-23 ${\beta}$-lactamase. Of the seven monoclonal antibodies (mAbs) screened by ELISA, four mAbs (4G6, 4H6, 6G4, 9A4) exhibited high reactivity. Of these four specific antibodies, the combination of 6G4/4G6 showed the greatest reactivity and this combination of mAbs (6G4/4G6 mAbs) was used to develop the OXA-23 ${\beta}$-lactamase ICA. Of 102 A. baumannii isolates tested, the OXA-23 ${\beta}$-lactamase ICA results were consistent with PCR analysis except one false positive and one false negative isolate. The overall sensitivity and specificity were 98.36% and 97.56%, respectively. In conclusion, to the best of our knowledge, we have developed the first specific antibody set to detect OXA-23 ${\beta}$-lactamase using an ICA kit. This novel ICA can be used as a reliable and easy-to-use immunological assay for detection of OXA-23 ${\beta}$-lactamase producing CRAB in clinical laboratories.