• 제목/요약/키워드: Open coding

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Nucleotide Sequencing Analysis of a Gene Coding for 3-Isopropylmalate Dehydrogenase of Kluyveromyces fragilis

  • Hong, Soon-Duck;Kim, Jong-Guk;Lee, Dong-Sun;Woo, Ju-Hyung;Lee, Sang-Yong
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제3권2호
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    • pp.91-94
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    • 1993
  • A 3-isopropylmalate dehydrogenase (3-IPMD) gene was cloned from Kluyveromyces fragilis. pJK104 could complement Escherichia coli leuB and Saccharomyces cerevisiae leu2 auxotrophs. The coding region was subcloned and the nucleotide sequence was determined. A 1.8 Kb EcoRI/SphI fragment of pJK104 subcloned in pUC18 could still complement the leuB mutation. An open reading frame of 1164 bp that corresponds to a polypeptide of 387 amino acids was found in the cloned fragment. The homology between the 3-isopropylmalate dehydrogenase of S. cerevisiae and that of K. fragilis was 68.13% in nucleotides.

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Characterization of the Genes of Salmonella typhimurium conferring the penetration of cultured HEp-2 and Chinese hamster cells

  • 박정욱;정미연;김미림;정영기;주우홍
    • 한국생물공학회:학술대회논문집
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    • 한국생물공학회 2000년도 춘계학술발표대회
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    • pp.584-587
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    • 2000
  • The invasion genes from Salmonella typhimurium were identified by the construction of a cosmid library and subcloning genes into a plasmid vector, pGEM-7Z. The 4.65 kb fragment of the invasion-conferring genomic region of the subclone, pSV6235 was sequenced in both direction. The three open reading frames, which were located at downstream of a promoter region, were designated as sir (Salmonella invasion region)A coding for the 36 amino acids, sirB coding for the 132 amino acids and sirC for the 82 amino acids, respectively. Interesingly, the genomic region of pSV6235 was highly homologous to Yersinia enterocolitica genomic DNA for a high pathogenicity island and Salmonella enteritidis insertion element IS1351 and IS200 DNA. These results show that there could be a significant relationship between S. typhimurium, Y. enterocolitica and S. enteritidis with respect to horizontal evolution process and acquisition of virulence determinants by means of transposon, plasmid or bacteriophage.

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차세대 동영상 코덱 압축 효율 비교: HEVC vs VP9 (Coding Efficiency Comparison between Next Generation Video Codecs: HEVC vs VP9)

  • 김일구
    • 한국방송∙미디어공학회:학술대회논문집
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    • 한국방송공학회 2013년도 하계학술대회
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    • pp.176-179
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    • 2013
  • 본 논문에서는 JCT-VC 에서 2013 년 1 월에 표준화가 완료된 High Efficiency Video Coding (HEVC)과 구글에서 2013 년 6 월에 개발 완료 예정인 VP9 의 압축 효율 비교를 수행한다. HEVC 는 UHD 등 고화질 방송 등에 대응하도록 디자인 되었으며, VP9 은 유튜브 (YouTube) 등과 같은 인터넷 비디오 스트리밍에 적합하도록 디자인되었다. VP9 의 경우 HEVC 와는 달리 로열티 프리 (royalty-free)를 지향하며 오픈소스 (open source) 방식으로 개발이 진행되고 있다. 본 논문에서는 HEVC 와 VP9 의 디자인 차별점을 소개하고, 랜덤 액세스 환경(Random Access, RA)과 저지연 환경 (Low Delay, LD)에서 HEVC 와 VP9 의 압축 효율을 비교한다. 실험 결과에 따르면, 방송 및 패키지 미디어 등에서 많이 사용될 랜덤 액세스 환경에서는 VP9 이 HEVC 대비 32.7% 열세를 보인다. 비디오 컨퍼런스등과 같은 저지연 환경에서는 VP9 이 HEVC 대비 26.7% 열세를 보인다. VP9 의 경우 개발이 완료된 것이 아니므로, 향후 압축 효율의 향상이 있을 것으로 기대된다.

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Extracting meeting location from seminar and conference announcement in English

  • Kim, Anatoliy;Choi, Dong-Hyun;Choi, Key-Sun
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2011년도 한국컴퓨터종합학술대회논문집 Vol.38 No.1(C)
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    • pp.258-261
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    • 2011
  • Living in the age of information people face problems related to information overload. Information is easy to produce, store and distribute through various communication channels, one of which is emails. With the appearance of the mobile devices, such as smart phones and tabs, people can have access to email inbox at any moment of time from everywhere. In this paper we present information extraction system with a specific goal of extracting meeting location from the announcement of seminar or conference. We apply a machine learning method (conditional random fields, CRF), train the system using annotated corpus of seminar and conference announcements and validate results by applying various extracted correction rules and patterns. Furthermore, we normalize extracted location, and reference using geo-coding databases, OpenStreetMap and Wikipedia resources to determine real geographical coordinates.

Spatial Multiuser Access for Reverse Link of Multiuser MIMO Systems

  • 신오순
    • 한국통신학회논문지
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    • 제33권10A호
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    • pp.980-986
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    • 2008
  • Spatial multiuser access is investigated for the reverse link of multiuser multiple-input multiple-output (MIMO) systems. In particular, we consider two alternative a aches to spatial multiuser access that adopt the same detection algorithm at the base station: one is a closed-loop approach based on singular value decomposition (SVD) of the channel matrix, whereas the other is an open-loop approach based in space-time block coding (STBC). We develop multiuser detection algorithms for these two spatial multiuser access schemes based on the minimum mean square error (MMSE) criterion. Then, we compare the bit error rate (BER) performance of the two schemes and a single-user MIMO scheme. Interestingly, it is found that the STBC approach can provide much better BER performance than the SVD approach as well as than a single-user MIMO scheme.

광대역 부호분할다원접속(WCDMA) 이동통신 환경하에서 송수신 다이버시티 기법의 성능 분석 (Performance Analysis of the Open Loop Transmitter and Receiver Diversity in the Wide Band CDMA network)

  • 박상조;노용우
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제11권2호
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    • pp.201-211
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    • 2006
  • 현재 이동통신 시장이 급성장하고 있으며 무선통신 환경에서의 다양한 멀티미디어 서비스의 요구에 부합하고 한정된 주파수를 효율적으로 사용하기 위하여, 데이터 전송의 고속화가 가능하고 다중 안테나를 이용하는 3세대 이동통신 표준화가 진행되고 있다. 본 논문에서는 3세대 이동통신 표준화 기구인 3GPP에서 다루어지는 개루프 송신 다이버시티 기법 중 STTD(Space Time Transmit Diversity) 기법 및 STTD를 기본으로 확장되어진 STTD-OTD, CL-STTD 그리고 4TX-STTD 들에 대한 성능을 분석한다. 그리고 각 기법에서 수신 다이버시티를 추가한 개루프 송신 및 수신 다이버시티 기법을 제안한다. 플랫 페이딩 채널 환경하에서 이들 기법들을 적용하여 모의 수치계산을 수행하고 성능을 비교 분석한다.

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Bacillus pumilus TX703 유래 Xylanase 유전자(xynK)의 Cloning과 염기서열 분석 (Molecular Cloning and Analysis of Nucleotide Sequence of Xylanase Gene (xynk) from Bacillus pumilus TX703)

  • 박영서
    • 생명과학회지
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    • 제12권2호
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    • pp.188-199
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    • 2002
  • Xylanase를 생산하는 내열성 Bacillus pumilus TX703의 chromosomal DNA로부터 xylanase 유전자를 cloning하여 그 염기배열 순서를 결정한 다음 이로부터 유전자 발현에 관련된 구조를 분석하였다. Xylanase 유전자의 cloning을 위해 제한효소 HindIII로 절단한 B. pumilus TX703의 chromosomal DNA와 pUC19을 ligation시켜 E. coli DH5 $\alpha$에 형질전환시킨 후 형질전환체 중에서 xylanase 활성을 나타내는 재조합 plasmid pXES106을 분리하였다. 재조합 plasmid pXES106은 pUC19의 HindIII 부위 내에 2.24 kb의 외래 DNA가 삽입되었고, 이 plasmid DNA를 분리하여 E. coli DH5 $\alpha$에 재형질전환시킨 결과 vector 내에 xylanase 유전자가 cloning되었음을 확인하였다. Cloning된 유전자의 염기배열을 분석한 결과 이 유전자의 총 크기는 2,187 bp였고 이는 409개기 아미노산을 coding 하는 open reading frame 1,227 bp를 포함하고 있었다. 이 염기배열은 ATG개시 codon으로부터 각각 193과 216 base 상류에 TTTAAT의 -10 box와 TCGAAA인 -35 box로 추정되는 염기배열이 존재하였고 -10 box로부터 7 bp하류에 전사개시점인 A가 위치하고 있었다. 또한, 개시 codon으로부터 432 bp 상류에 공통염기배열과 14개의 염기 중 11개의 염기가 일치하는 TGATGGCGTCGGCA의 catabolite responsive element (CRE)가 존재하였다. B. pumilus TX703의 xylanase와 아미노산배열의 유사성이 가장 높은 xylanase는 Hordeum vulgare의 isozyme X-I이었고 본 xylanase는 208번째와 322번째에 glutamic acid 잔기를 가지고 있어 Clostridium thermocellum, Dictyoglomus thermophilum, Thermotoga neapolitana 등에서 밝혀진 바와 같이 glutamic acid 부위가 xylanase의 활성부위라 여겨진다.

Bacillus alcalophilus AX2000 유래 xylanase 유전자 (XynT)의 Cloning과 염기서열 분석 (Molecular Cloning and Nucleotide Sequence of Xylanase gene (xynT) from Bacillus alcalophilus AX2000.)

  • 박영서
    • 생명과학회지
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    • 제15권5호
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    • pp.734-738
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    • 2005
  • Xylanase를 생산하는 알칼리 내성 Bacillus alcalophilus AX2000의 chromosomal DNA로부터 xylanase 유전자를 cloning하여 그 염기배열 순서를 결정한 다음 이로부터 유전자 발현에 관련된 구조를 분석하였다. Xylanase 유전자의 cloning을 위해 제한효소 PstI으로 절단한 B. alcalophilus AX2000의 chromosomal DNA와 pUC19을 ligation 시켜 E. coli $DH5\alpha$에 형질전환시킨 후 형질전환체 중에서 xylanase 활성을 나타내는 재조합 plasmid pXTY99를 분리하였다. 재조합 plasmid pXTY99은 pUC19의 PstI 부위 내에 7kb의 외래 DNA가 삽입 되 었다. Cloning된 xylanase 유전자(xynT)의 염기배열을 분석한 결과 유전자의 크기는 1,020 bp이었고 이는 340개의 아미노산으로 구성된 분자량 40 kDa의 poly-peptide를 coding하고 있었다. 이 염기배열은 AUG 개시 codon으로부터 각각 259와 282 base상류에 TACAAT의 -10 box와 GTTCACA인 -35 box로 추정되는 염기배열이 존재하였으며 ribosome 결합부위가 존재하였다. B. alcalophilus AX2000의 xylanase와 아미노산배열의 유사성이 가장 높은 xylanase는 Bacillus sp. N137과 B. stearothemophilus 21 유래의 xylanase로 각각 $61\%$$59\%$의 유사성을 나타내었다.

Transcriptional Activator Elements for Curtovirus C1 Expression Reside in the 3' Coding Region of ORF C1

  • Hur, Jingyung;Buckley, Kenneth J.;Lee, Sukchan;Davis, Keith R.
    • Molecules and Cells
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    • 제23권1호
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    • pp.80-87
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    • 2007
  • Beet curly top virus (BCTV) and Beet severe curly top virus (BSCTV), members of curtoviruses, encode seven open reading frames (ORFs) within a ~3 kb genome. One of these viral ORFs, C1, is known to play an important role in the early stage of viral infection in plants during initiation of viral DNA replication. We used promoter:: reporter (${\beta}$-glucuronidase) gene fusions in transgenic Arabidopsis to identify the putative promoter region of BCTV ORF C1. Unlike other geminiviruses, the intergenic region of BCTV was not sufficient to promote C1 expression in transgenic plants. When sequences extending into the coding region of C1 were tested, strong expression of the reporter protein was observed in vascular tissues of transgenic plants. This expression was not dependent on the presence of the intergenic regions or proximal 5' portions of the C1 coding region. Transgenic plants expressing a reporter gene under control of the putative complete C1 promoter were inoculated with virus to determine if any viral transcript affected C1 expression. Virus inoculated plants did not show any altered pattern or change in of reporter gene expression level. These results suggest that (1) important transcriptional activator elements for C1 expression reside in the 3' portion of C1 coding area itself, (2) C1 protein does not auto-regulate its own expression and (3) C1 expression of two curtoviruses is controlled differently compared to other geminiviruses.

지리교사들의 교사학습공동체 참여 경험에 대한 근거이론적 연구 (A grounded Theory Study on Experience of Geography Teachers Participating in a Teacher Learning Community)

  • 김대훈
    • 대한지리학회지
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    • 제49권6호
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    • pp.970-984
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    • 2014
  • 본 연구는 근거이론을 적용하여 지리교사들의 교사학습공동체 참여 경험을 탐색하였다. 이를 위해 국내의 자생적인 교사학습공동체 중 하나를 선정하여 참여 관찰을 시도했고, 그 과정에서 11명의 연구 참여자를 선정하여 심층 면담을 수행하였다. 수집된 자료는 Strauss and Corbin(1990, 1998)이 제시한 방법에 따라 분석되었다. 개방 코딩 결과 125개 개념, 43개의 하위범주, 17개의 범주를 발견했고 패러다임 모델에 따라 축 코딩을 수행한 결과 중심 현상, 조건, 작용/상호작용, 결과를 도출하였다. 선택코딩 결과 핵심범주를 발견하고 참여자를 4가지 유형으로 구분하였으며 상황 모형도 함께 개발하였다. 이러한 연구 결과 첫째, 지리교사들의 교사학습공동체 참여 요인, 장애 요인, 참여지속 요인을 다차원적으로 파악할 수 있었다. 둘째, 지리교사들의 협력적 교사학습 원리와 협력적 교사학습을 촉진시키는 요인을 추출해 낼 수 있었다. 셋째, 교사학습공동체를 통한 지리교사의 전문성 발달 내용을 이해할 수 있었다.

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