• 한국해양학회지
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• 제26권3호
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• pp.255-261
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• 1991

중앙 북부 태평양의 두 개의 해산(Horizon guyot와 Magellan rise) 상의 수층에서 박테리아의 생체량과 생산력이 1987년 3월에 조사되었다. 이 기간에 관찰된 표층수의 박테 리아 개체수는 (0.9-2.3$\times$10/SUP 8/l/SUP -1/) 빈영양 해역에서 보고 된 박테리아의 개체수에 비해 낮은 값은 나타냈다. 또한 mesopelagic zone 의 박테리아 개체수도 (대 개 < 5$\times$10/SUP 7/l/SUP -1/) 다른 아열대 지역에서 보고 된 것보다 훨씬 낮았다. 표층수에서의 박테리아 생산력(20-466 ng C l/SUP -1/ d/SUP -1/)또한 다른 빈영양 해 역과 비교시 낮았다. 그러나 표층수의 박테리아 생산력을 이 지역에서 발표된 일차 생 산력과 비교한 경우, 유기물의 이용에 있어서 박테리아의 역할이 중요한 것으로 추정 되었다. 이 연구에서 보고 된 박테리아 생산력의 공간적 분포에 대한 자료는 충분하진 않으나, 매우 빈영양인 수서 환경에서 소규모 그리고 대규모적 공간상의 박테리아 생 산력 분포에 대한 연구의 필요성을 제시하고 있다.

• Mycobiology
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• 제48권5호
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• pp.410-417
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• 2020

Fungal ecological interactions play a key role in structuring community assemblages. These associations may involve both antagonistic and synergistic relationships, which are commonly influenced by abiotic factors such as nutrient conditions. However, information for extreme, oligotrophic systems remain poor. Herein, interactions among key members of the aquatic transient fungal community (Aspergillus niger, Cladosporium sp., and Coprinellus micaceus) of a low-nutrient freshwater system in the Cuatro Ci enegas Basin, Mexico were studied. Pairwise interaction bioassays were explored in vitro under different nutrient conditions, including carbohydrates-rich, carbohydrates and amino peptides-rich, and low nutrients. Our results indicated that antagonistic patterns prevail among the studied taxa. However, nutrient-dependent changes were observed in Cladosporium sp. shifting to synergy under carbohydrates-rich conditions, suggesting changes in the fungal community composition as a result of nutrient enrichment. Remarkably, our findings contrast with previous work demonstrating mainly synergistic interactions between our tested fungal isolates and co-occurring autochthonous bacteria (Aeromonas spp. and Vibrio sp.) under low-nutrient conditions. This observation may indicate that bacteria and fungi exhibit distinct community-level responses, driven by nutrient conditions. This contributes to the knowledge of fungal community dynamics and interspecific interactions in an oligotrophic ecosystem, highlighting the relevance of nutrient-based shifts and antagonistic interactions in ecosystem dynamics.

• 한국해양생명과학회지
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• 제6권1호
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• pp.9-22
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• 2021

We determined the composition of water and sediment bacterial assemblages from the East Sea using 16S rRNA gene sequencing. Total bacterial reads were greater in surface waters (<100 m) than in deep seawaters (>500 m) and sediments. However, total OTUs, bacterial diversity, and evenness were greater in deep seawaters than in surface waters with those in the sediment comparable to the deep sea waters. Proteobacteria was the most dominant bacterial phylum comprising 67.3% of the total sequence reads followed by Bacteriodetes (15.8%). Planctomycetes, Verrucomicrobia, and Actinobacteria followed all together consisting of only 8.1% of the total sequence. Candidatus Pelagibacter ubique considered oligotrophic bacteria, and Planctomycetes copiotrophic bacteria showed an opposite distribution in the surface waters, suggesting a potentially direct competition for available resources by these bacteria with different traits. The bacterial community in the warm surface waters were well separated from the other deep cold seawater and sediment samples. The bacteria exclusively associated with deep sea waters was Actinobacteriacea, known to be prevalent in the deep photic zone. The bacterial group Chromatiales and Lutibacter were those exclusively associated with the sediment samples. The overall bacterial community showed similarities in the horizontal rather than vertical direction in the East Sea.

• 환경생물
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• 제41권1호
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• pp.89-100
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• 2023

하계 동중국해 북부해역의 표층은 CDW와 HSW 해역으로 구분되며, CDW 해역은 DIN 농도, 총 Chl-a 농도 및 소형 Chl-a 비중이 높았고, 박테리아와 섬모충류 개체수도 높게 나타났다. 상대적으로 영양염 농도가 낮은 HSW 해역에서는 총 Chl-a 농도가 낮고, CDW 해역에 비해 소형 Chl-a 비중은 감소하고, 초미소 Chl-a 비중이 증가한 것으로 나타났다. 박테리아 개체수는 CDW 해역과 유의한 차이가 나타나지 않았지만, 섬모충류 개체수는 감소한 것으로 나타났다. CDW 해역에서는 박테리아가 식물플랑크톤 외에도 용존유기탄소로부터 유기물을 공급받을 것으로 생각되지만, HSW 해역에서는 박테리아가 초미소식물플랑크톤으로부터 배출되는 유기물에 의존하는 것으로 나타났다. 두 해역 모두에서 박테리아와 섬모충류 간의 유의한 상관성이 관찰되지 않아, 조사해역에서는 박테리아가 섬모충류의 주요 먹이원이 아닌것으로 여겨진다. Chl-a 농도가 감소할수록 박테리아 탄소량/식물플랑크톤 탄소량이 증가했으며, 이는 영양염이 풍부한 CDW 해역에 비해 빈영양 수괴의 영향을 받은 HSW 해역에서는 미생물 먹이망의 역할이 더욱 강하게 작용한다는 것을 가리킨다. 본 연구 결과는 CDW 및 빈영양 대마난류의 세기 변화가 식물플랑크톤의 크기 및 군집 분포에 영향을 미치며, 이에 따라 해양 먹이망 내 미생물 먹이망의 기여도가 다르게 나타난다는 것을 시사한다.

• 한국어병학회지
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• 제31권2호
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• pp.93-99
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• 2018

Edwardsiella tarda predominantly causes edwardsiellosis in fish at high temperature, but is rarely isolated from water when water temperature is low. However, E. tarda is viable but nonculturable (VBNC) in low water temperature, but it can be revived when water temperature rises and cause disease to fish. Therefore, in order to prevent disease, it is very important to identify pathogens that are in the VBNC state in environmental water. In this study, E. tarda cells in the VBNC state were detected by the ethidium monoazide (EMA)-PCR method using the low-temperature oligotrophic sea water microcosm obtained by inoculation of E. tarda at a concentration of $10^8CFU/ml$. In order to distinguish between live and dead bacteria in E. tarda, each sample was treated with EMA at different concentrations, photoactivated with a 500 W halogen lamp, and PCR was performed with E. tarda specific primer. At the concentration of $10^7CFU/ml$ bacterium, DNA amplification was observed only in the live cells when treated with $60{\mu}g/ml$ of EMA, and smaller amounts of live cells could be distinguished from dead cells by adjusting the EMA concentration. In addition, the VBNC cells of E. tarda in the oligotrophic low temperature seawater microcosm were estimated to be in the range of $10^4{\sim}10^5CFU/ml$ by EMA-PCR. Therefore, it is possible to detect VBNC cells that will act as potential pathogens in environmental water using EMA-PCR method, and quantitative confirmation using concentration change is also possible.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제41권1호
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• pp.79-87
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• 2013

An unstable yet efficient phenanthrene-degrading bacterium strain Ph-3 was isolated from a petroleum-contaminated site at the Mathura Oil Refinery, India. The strain was identified as Pseudomonas sp. using a polyphasic approach. An analysis of the intermediates and assays of the degradative enzymes from a crude extract of phenanthrene-grown cells showed a novel and previously unreported pattern of 1, 2-dihydroxy naphthalene and salicylic acid production. While strain Ph-3 lost its phenanthrene- degrading potential during successive transfers on a rich medium, it maintained this trait in oligotrophic soil conditions under the stress of the pollutant and degraded phenanthrene efficiently in soil microcosms. Although the maintenance and in vitro study of unstable phenotypes are difficult and such strains are often missed during isolation, purification, and screening, these bacteria constitute a substantial fraction of the microbial community at contaminated sites and play an important role in pollutant degradation during biostimulation or monitored natural attenuation.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제39권2호
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• pp.119-125
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• 2011

전국 경작지 토양에서 분리한 저 영양 세균 3,800주를 대상으로 암 억제유전자의 작동과 관여하는 전사인자인 Egr-1의 promoter 활성화를 유도하는 세 균주(SSG5, SSG6, SSG10)가 Egr-1 reporter assay와 western blotting 분석으로 최종 선발되었다. 이들 선발 균주들은 16S rDNA와 상업용 생화학적 키트(API 20NE, API ZYM, ID 32GN) 분석에 의해 모두 Pseudomonas koreensis인 것으로 최종 동정되었다. 이들 균주들은 Egr-1 발현을 유도하는 물질뿐만 아니라 다양한 세균의(B. subtilis, S. aureus, and L. monocytogenes) 성장을 저해하는 항균물질도 생산하는 것을 확인하였다.

• Ocean and Polar Research
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• 제35권4호
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• pp.415-425
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• 2013

In order to understand phytoplankton and bacterial distribution in tropical coral reef ecosystems in relation to the mangrove community, their biomass and activities were measured in the sea waters of the Chuuk and the Kosrae lagoons located in Micronesia. Chlorophyll a and bacterial abundance showed maximal values in the seawater near the mangrove forests, and then steeply decreased as the distance increased from the mangrove forests, indicating that environmental conditions for these microorganisms changed greatly in lagoon waters. Together with chlorophyll a, abundance of Synechococcus and phototrophic picoeukaryotes and a variety of indicator pigments for dinoflagellates, diatoms, green algae and cryptophytes also showed similar spatial distribution patterns, suggesting that phytoplankton assemblages respond to the environmental gradient by changing community compositions. In addition, primary production and bacterial production were also highest in the bay surrounded by mangrove forest and lowest outside of the lagoon. These results suggest that mangrove waters play an important role in energy production and nutrient cycling in tropical coasts, undoubtedly receiving large inputs of organic matter from shore vegetation such as mangroves. However, the steep decrease of biomass and production of phytoplankton and heterotrophic bacteria within a short distance from the bay to the level of oligotrophic waters indicates that the effect of mangrove waters does not extend far away.

• 농업과학연구
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• 제16권2호
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• pp.163-168
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• 1989

분리(分離)된 저영양세균(低營養細菌)중, 질소고정균(窒素固定菌)과 메타놀 이용균(利用菌)의 대부분이 분류학상(分類學上)새로운 균(菌)으로서 특정지을 수 있었다. 분리된 질소고정균의 경우 형태적 생리적인면에서 Azospirillum에 대응하는 균이라 생각되어 졌으나, 균체지방산조성 및 키논종(種)에 있어서 명확한 차이점을 보여 Azospirillum 속의 새로운 균주로써 추정되었다. 메타놀이용균중 부속기갖는 세포로된 균주들은 prosthecate bacteria(Hyponycrobium sp.)에 대응하는 균이라고 추정되어졌다. 그이외의 regular irregular rods를 나타내는 메타놀이용균에 대해서는 균체지방산조성면에 있어서 서로 다르다는 것이 주목되어져 균체지방산조서의 분석결과(分析結果)를 갖고 화학분류(化學分類)의 측면에서 재검토한 결과 유사도(類似度) 85-90% level에서 8개 cluster로 나뉘어졌다. 일부, cluster에 속하는 균주는 Pseudomonas sp.와 유사한 균으로 추정되었으며, 그 외의 균주들에 대해서는 분류학적 검토가 더욱더 필요로 한다.

• 미생물학회지
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• 제35권1호
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• pp.47-52
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• 1999

세균군집의 분포에 따른 지하수의 세균학적인 안전성을 평가하기 위하여 음용을 목적으로 개발된 4곳의 관정에서 심층피압대수층의 지하수를 채수하여 물리화학적 환경요인, 세균의 분포와 활성, 지표세균의 분포 및 종속영양세균의 종조성을 조사하였다. 조사한 4개의 관정은 모두 빈영양생태계의 특징을 나타냈으나 관정 C-2는 무기이온의 농도, 유기탄소, 종속영양세균의 수 및 활성, 지표세균의 수가 다른 관정에 비해 매우 높았다. C-1을 제외한 모든 관정에서 분변성 오염이 존재하였으며 특히, 관정 C-2는 다른 관정들에 비해 그람양성 세균의 비율이 낮았으며, 총대장균군, 분변성대장균군, fecal streptococcus 가 각각 시료 250ml 에 최고 61, 33, 55 CFU로 존재하여 지표에서 분변성 오염물질이 지하수로 유입되고 있음이 확인되었다. 종속영양세균의 동정결과 55 CFU 로 존재하여 지표에서 분변성 오염물질이 지하수로 유입되고 있음이 확인되었다. 종속영양세균의 동정결과 지하수에 주로 존재하는 세균속은 Acinetobacter, Eikenella, Moraxella, Pseudomonas, Bacillus, Micrococcus 속이었다. 한편, 지하수에 일반적으로 존재하지 않는 Enterobacteriaceae 그룹과 Staphylococcus 속과 Enterococcus 속이 조사과정에서 검출됨에 따라 이들 세균이 지하수 분변성 오염 판정의 지표세균으로 사용할 수 있음이 확인되었다.