• 동아시아식생활학회지
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• 제18권5호
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• pp.753-759
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• 2008

본 연구는 식품 샘플에서 단시간 내에 간단한 방법으로 Campylobacter jejuni를 검출하기 위하여 10가지의 Campylobacter genus-specific primer와 C. jejuni species-specific oligonucleotide를 제작하였고, amplification efficiency test를 통하여 4종으로 축소한 후 다시 specificity, sensitivity analysis를 통하여 최종적으로 CB4, CJ1 2종의 oligonucleotide primer를 선별하였다. 선별된 oligonucleotide primer는 각각 Campylobacter genus specific, Campylobacter jejuni에 대한 species specific한 특성을 지닌다. 또한, sensitivity analysis를 통하여 isolated colony에서 reaction tube당 $10^0{\sim}10^1$까지의 detection limit을 확보하였다. 육류 시료에서는 Sensitivity가 $10^1{\sim}10^2$으로 떨어지는 양상을 보였으며, 이는 쇠고기나 돼지고기에 존재하는 hemoglobin이나 immunoglobulin 등의 PCR inhibitor의 영향에 의한 것으로 추정된다.

• 한국환경생물학회:학술대회논문집
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• 한국환경생물학회 2001년도 학술대회
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• pp.90-90
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• 2001

• 한국동물위생학회지
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• 제30권4호
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• pp.527-532
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• 2007

In present study, we described the reliability of the dual priming oligonucleotide (DPO) multiplex polymerase chain reaction (PCR) for the detection of Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) and non-Mycobacterium tuberculosis (NMT) in blood samples of the Korea native cattle, Hanwoo. Among 340 samples 22 (6.5%) were positive in using DPO multiplex PCR, 21 (6.2%) were positive in PCR. The relative agreement between 2 tests was 99.7%, and the agreement quotient (kappa), was 0.95 (excellent). In these results, we demonstrated the successful application of DPO multiplex PCR for the diagnosis of bovine tuberculosis in Hanwoo. Multiplex PCR, using DPO primers, can be useful for the simple diagnosis of bovine tuberculosis in bovine blood samples.

• 동아시아식생활학회지
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• 제19권2호
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• pp.295-300
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• 2009

본 연구에서는 육류 식품 시료에서 단시간 내에 살모넬라를 검출하기 위하여 PCR을 이용한 검출용 프라이머들의 특이성과 민감성을 평가하였다. 실험에 사용된 프라이머들은 Salmonella Typhimurium의 mdh와 invA 유전자의 염기서열에 기초하여 제작되었다. 각각의 primer들의 검출 감도를 평가하여 최종적으로 broad spectrum primer SLM1과 S. Typhimurium specific primer SLT4를 선발하였다. 또한, 시료에 오염된 병원균의 최소 검출량이 어느 정도인지를 확인하기 위하여 살모넬라 균수를 reaction tube당 $10^0{\sim}10^3$ cell까지 다양하게 하여 검출 감도를 측정한 결과, 최소 1 cell에서도 PCR 산물을 나타내어 검출 감도가 매우 우수한 것으로 나타났다. 살모넬라 균주를 혼합한 소고기와 돼지고기 시료에서 각각 프라이머들의 검출 감도를 평가한 결과, 증균하지 않은 시료 자체와 세균학적 방법으로 증균 배양한 시료 그리고 증균 배양된 시료로부터 세균의 DNA를 추출한 시료 간에 큰 차이를 나타내지 않았다. 이에 육류 식품에서 살모넬라 혹은 S. Typhimurium의 검출을 위한 프라이머로서 효율적으로 사용이 가능할 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제8권3호
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• pp.285-293
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• 1998

이미 밝혀져 있는 mariner 전이인자의 전이효소를 암호화하는 부위에 대하여 퇴화성 primer를 사용하여 PCR 방법에 의해 누에(Bombyx mori)에서 ariner 유사 전이닌자의 잠정적인 전이효소 부위를 클로닝 하였다. BmoMAR로 망명된 이 PCR 클론으로부터 추론된 아미노산은 152개로 다섯 개의 종결코돈이 삽입되어 있었으며, Drosophila mauritiana의 active Mos 1에 37%의 아미노산 상동성을 보였다. 또한, 기존의 곤충들에서 밝혀진 mariner-like element에 대한 상동성은 DNA 수주에서는 Apis mellifera에 59% 그리고 아미노산 수준에서는 D. mauritiana 7.9 clone에 37% 상동성을 보였다. 이 결과는 mariner-like element가 B. mori에도 존재하고 있지만. 이들 전이인자의 전이효소를 암호화하는 부위에 종결코돈이 발견되는 것으로 보아서 비활성 전이인자 혹은 일존의 selenoprotein으로 추정된다.

• 대한의생명과학회지
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• 제4권1호
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• pp.43-56
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• 1998

최근 전세계적으로 문제가 되고 있는 장출형성 대장균 O157:H7을 분리배양 및 동정 없이 바로 시료를 분석하여 신속하게 검출하기 위한 다중 중합효소 연쇄반응 (multiplex PCR) 기법을 확립하고, 이 기법을 이용하여 국내 분리 균주 중에서 SLT-I.II, eaeA, 60-MDa plasmid gene을 가지고 있는 대장균을 유전자 수준에서 검출하고자 하였다. 장출혈성 대장균 O157:H7이 가진 SLT-I.II, 60-MDa plasmid 유전자들에 대한 특이 oligonucleotide primers (MK1'-MK2', NAE19-NAE20, MFSIF-MFSIR)를 함께 동시에 반응 완충액에 넣어 다중 중합효소 연쇄반응을 시행한 결과 317bp (eaeA), 228bp (SLT-I.II), 167bp (60-MDa plasmid)의 PCR 증폭 DNA생성물을 표준균주 (E. coli ATCC 35150)에서는 확인할 수 있었지만, 기타 다른 병원성 장내세균 13세균 13균주에서는 band를 확인할 수 없었다. 한편 다중 중합효소 연쇄반응의 template DNA 추출 방법에 따른 PCR 결과를 비교하였다. 각각의 DNA 추출 방법 중 boiling lysis 방법이 신속하고 간편하여 장출혈성 대장균 O157:H7에 의한 식중독의 임상진단에 다중 중합효소 연쇄반응 (multiplex PCR) 적용하는 데에는 boiling lysis법을 이용하는 것이 가장 적합한 방법으로 확인되었다.

• 한국수산과학회지
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• 제29권6호
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• pp.761-769
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• 1996

The random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique was used to characterize 18 reference strains of microalgae, mostly Chlorella species, collected from various localities around Korea peninsular. Eighteen strains consist of four genera of the family marine Chlorella from 12 samples, two genera of fresh water Chlorella from three samples, and three genera on Nannochloris. Twenty 10-mer anonymous primers were screened for amplification of genomic DNA extracted from samples using the CTAB extraction method. Nineteen of these oligonucleotide primers were positive or band producing. Three of 20 random primers (OPA 10, OPA 12, and OPA 18) resulted in both clear band and a high degree of reproducibility and showed some potential to be used to discriminate individual samples of both genetically hetero-and homogeneous populations, in determining phylogenetic relationships between species within a genus and developing individual fingerprints for each samples.

• 한국한의학연구원논문집
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• 제7권1호
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• pp.145-152
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• 2001

Dried parts of the herb medicines are difficult to distinguish morphologically. Heracleum moellendorffii cordata has often been sold instead of Aralia cordata in herbal medicine markets. Therefore, this study was conducted to develop the key for discrimination between them using the RAPD analysis and morphological characteristics. Thirty decarmer oligonucleotide primers were screened for the RAPD analysis, and four primers generated distinct RAPD markers specific to Aralia cordata, Angelica pubescens maxim f. biserrata, and Heracleum moellendorffii. The specific RAPD patterns generated by the selected primers were reproducible from dried materials. In comparison of morphological characteristics, Aralia cordata seems to be entirely developed in xylem fiber, but not developed in pith.

• Mycobiology
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• 제30권4호
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• pp.202-207
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• 2002

This study was carried out to develop specific primers for PCR detection of Phellinus linteus. Diverse genomes of 15 Phellinus spp. including five Phellinus linteus isolates were fingerprinted by Primer Universal rice primer(URP)1F. The URP-PCR pattern differentiated P. linteus isolates from other phellinus spp. A polymorphic band(2.8 kb), which is unique for P. linteus isolates, was isolated and sequenced. Twenty four-oligonucleotide primer pairs were designed based on information of DNA sequence. The primer set(PLSPF2/PLSPR1) amplified single band(2.2 kb) of expected size with genomic DNA from seven Phellinus linteus, but not with that of other Phellinus species tested. The primers could be used identically in both DNA samples from mycelium and fruit bodies. This specific primers could offer a useful tool for detecting and identifying P. linteus rapidly.

• The Plant Pathology Journal
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• 제20권2호
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• pp.147-154
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• 2004

A simple and reliable procedure for RT-PCR detection of Apple stem pitting virus (ASPV), Cherry rasp leaf virus (CRLV), and Cherry necrotic rusty mottle virus (CNRMV) was developed. Two virus specific primer sets for each virus were found to specifically detect each virus among fourteen sets of designed oligonucleotide primers. Total RNAs extracted from healthy and from ASPV-,CRLV- and CNRMV-infected plant tissues were used to synthesize cDNA using oligo dT primer and then amplified by virus-specific primers for each virus. Each primer specifically amplified DNA fragments of 578 bp and 306 bp products for ASPV (prAS CP-C and prAS CP-N primers, respectively); 697 bp and 429 bp products for CRLV (prCR4 and prCR5-JQ3D3 primers, respectively); and 370 bp and 257 bp products for CNRMV (prCN4 and prCN6-NEG 1 primers, respec-tively) by RT-PCR. DNA sequencing of amplified DNA fragments confirmed the nature of each amplified DNA. Altogether, these results suggest that these virus specific primer sets can specifically amplify viral sequences in infected tissues and thus indicate that they can be used for specific detection of each virus.