• 생명과학회지
• /
• 제17권3호통권83호
• /
• pp.386-395
• /
• 2007

본 연구는 1999년에서 2001년도 걸쳐서 3년간 국내에서 분리된 환자유래 장염비브리오 18균주와 일본 후쿠오카 지역에서 2002년도에 환자에서 분리한 장염비브리오 9균주 등 총 27균주에 대하여 toxR 유전자의 검출, 혈청형별 검사, 약제내성의 양상, tdh, trh1 및 trh2 유전자의 보유상태 및 urease 생성성을 살펴보고, 혈청형 O3:K6 균주에 대하여 TDH의 생성성 검사, tdh 양성균주의 RFLP 형별, ORF 8의 분포, PFGE법과 RAPD법을 실시하였으며 결과는 다음과 같다. 1. 한국 및 일본의 환자유래 균주 대부분에서 urease음성이었으며, toxR 유전자로 확인 동정하였고 혈청형의 분포는 국내 분리 주의 O3:K6, O4:K9, O6:K46, O3:K57, O5:Kl5와 일본 분리주의 O3:K6, O1:K38, O4:K68, O4:Kl2의 혈청형으로 나타났다. 2. 항생제 감수성 시험에서는 vancomycin과 oxacillin은 27균주 (100%), penicillin은 26균주 (96.3%)로 높은 내성을 나타내었고, 14균주 (51.9%)가 4가지 이상의 항생제에 다제내성을 나타내었다. 항생제의 내성양상은 6종류로 혈청형에 관계없이 vancomycin, oxacillin, penicillin에 내성을 나타내는 V형이 15균주 (55.6%)로 가장 많이 나타났다. 3. tdh 유전자는 26균주가 PCR법과 DNA probe hybridization법의 결과에서 양성으로 나타났으며, urease양성이었던 일본 환자유래 혈청형 O3:K6 1균주만이 tdh유전자 음성, trh2 유전자 양성을 나타냈다. 혈청형 O3:K6의 TDH 생성성역가는 전 균주가 256배에서 2,048배 정도로 나타났으며, RFLP 양상은 모든 균주가 11.5 kb와 4.3 kb에 tdh 유전자를 보유하고 있었다. 또한 혈청형 O3:K6 균주들은 RAPD법과 PFGE법으로 유전자형별을 비교 검토한 결과 8형으로 거의동일한 유전자형별의 결과를 나타내었다. 4. ORF 8의 분포는 혈청형 O3:K6 전 균주에서 양성이었고, 특히 혈청형 O6:K46 4균주 모두에서 ORF 8 양성을 나타내어 새롭게 나타난 유행균주일 가능성을 시사 하였다. 따라서 ORF 8 유전자의 검출은 범세계적으로 유행하는 균주들을 동정하는데 있어 genetic marker로서 매우 유용한 것으로 사료된다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
• /
• 제65권4호
• /
• pp.383-386
• /
• 2022

Thermotoga maritima cellulose B 유전자의 The open reading frame (ORF)은 825 bp이고, cellulase B는 분자량이 약 31,732 kDa인 274개의 아미노산으로 구성되어 있다 이 중 N-말단의 17개 아미노산은 signal peptide로 추정된다. Signal peptide를 제외한 ORF를 pRSET 대장균 발현벡터에 삽입하여 pRBTmCelB를 제조하였다. 6-His tag을 포함하는 TmCelB 융합단백질의 cellulose 분해활성과 생화학적 특성을 분석하기 위해 pRBTmCelB를 대장균 BL21에서 과다발현하였고 순수분리하였다. TmCelB 융합단백질은 cellulose 분해활성을 나타내었고 이 있는 것으로 분석되었다. TmCelB 융합단백질은 약 95 ℃ 부근에서 가장 높은 효소 활성을 나타내었고, 100 ℃에서 최대 활성을 80% 이상 유지하는 것을 확인하였다. 또한 TmCelB 융합단백질은 약 pH 4.5 부근에서 최대 활성을 나타내었고, pH 4.0-6.0 범위에서 최대 활성을 60% 이상 유지하였다. TmCelB 융합단백질은 100 ℃에서 180분 후에도 효소활성을 80% 이상 유지하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제30권1호
• /
• pp.15-20
• /
• 2002

Diacylglycerol Kinase (DGK)는 E. coli 및 진핵세포에서의 신호전달에 관여하며, 또한 미생물에서 생리적 자극에 따라 다른 발현 양상을 보이는 것으로 밝혀져 있다. Bacillus subtilis에서 이 유전자에 대한 환경에서의 자극 신호들, 즉 pH 변화, 삼투압의 변화 및 온도의 변화에 따른 발현양상을 연구하였다. 이미 동정된 dgk locus의 KpnI-HindIII의 0.45 kb의 DNA fragment를 probe로 하여 Dot blot, Northern blot analysis를 통해 발현량을 조사해 본 결과 dgk 유전자는 pH변화, 삼투압의 변화 및 온도의 변화에 대응하여 발현되는 유전자임을 알 수 있었다. 특히 낮은 pH, 고 삼투압, 및 저온에서 dgk 유전자의 발현량이 많아짐을 확인 할 수 있었다. Northern hybridization에서 약 2.5kb의 mRNA가 관찰되었다. dgk gene의 ORF size는 약 0.4 kb로 관찰된 transcript size와는 일치하지 않았다. 따라서 Streptococcus mutans의 dgk gene과 마찬가지로 B. subtilis의 dgk 유전자도 polycistronic mRNA로 발현되는 것을 추정할 수 있었으며, 염색체상의 dgk gene에서 상류의 ORF2까지의 크기가 약 2.5 kb로 관찰된 mRNA size와 동일하였다. dgk gene 상류의 ORF2영역의 0.6 kb의 DNA fragment를 probe로 하여 northern blot hybridization을 수행한 결과, 2.5 kb의 mRNA가 관찰되었으며 발현되는 형태도 dgk probe를 이용한 결과와 동일하였다. 따라서 dgk gene은 상류부위의 ORF2 gene과 operon을 형성하여 polycistronic mRNA로 전사되는 것으로 판단된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제7권4호
• /
• pp.223-228
• /
• 1997

A DNA fragment containing the gene for cell wall hydrolase of alkalophilic Bacillus subtilis BL-29 was cloned into E. coli JM109 using pUC18 as a vector. A recombinant plasmid, designated pCWL45B, was contained in the fragment originating from the alkalophilic B. subtilis BL-29 chromosomal DNA by Southern hybridization analysis. The nucleotide sequence of a 1.6-kb HindIII fragment containing a cell wall hydrolase-encoding gene was determined. The nucleotide sequence revealed an open reading frame (ORF) of 900 bp with a concensus ribosome-binding site located 6 nucleotide upstream from the ATG start codon. The primary amino acid sequence deduced from the nucleotide sequence revealed a putative protein of 299 amino acid residues with an M.W. of 33, 206. Based on comparison of the amino acid sequence of the ORF with amino acid sequences in the GenBank data, it showed significant homology to the sequence of cell wall amidase of the PBSX bacteriophage of B. subtilis.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제50권1호
• /
• pp.63-70
• /
• 2022

Two small cryptic plasmids, pHG1 and pHG2, were isolated from Levilactobacillus zymae (formerly Lactobacillus zymae) GU240 and characterized. pHG1 is 1,814 bp in size with a GC content of 37.4% and contains two open reading frames. orf1 can potentially encode a protein of 101 amino acids (aa) with 99% identity with the copy number control protein of Lacticaseibacillus paracasei. orf2 can potentially encode a protein of 230 aa with 99% identity with a replication protein from multiple species. Six inverted repeats (IR I-VI) and six direct repeats (DR I-VI) were found in pHG1. pHG2 is 2,864 bp in size, with a GC content of 39.6%. pHG2 has two orfs. orf1 might encode a protein with 99% identity with the TrsL transmembrane protein. orf2 might encode a protein with 99% identity with plasmid recombination proteins from lactic acid bacteria. Both pHG1 and pHG2 may be useful as frames for constructing lactic acid bacteria-Escherichia coli shuttle vectors.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제65권4호
• /
• pp.698-719
• /
• 2023

Postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) is caused by a systemic inflammation after porcine circovirus type 2 (PCV2) infection. It was one of the most economically important pathogens affecting pig production worldwide before PCV2 vaccine was first introduced in 2006. After the development of a vaccine against PCV2a type, pig farms gradually restored enormous economic losses from PMWS. However, vaccine against PCV2a type could not be fully effective against several different PCV2 genotypes (PCV2b - PCV2h). In addition, PCV2a vaccine itself could generate antigenic drift of PCV2 capsid. Therefore, PCV2 infection still threats pig industry worldwide. PCV2 infection was initially found in local tissues including reproductive, respiratory, and digestive tracks. However, PCV2 infection often leads to a systemic inflammation which can cause severe immunosuppression by depleting peripheral lymphocytes in secondary lymphoid tissues. Subsequently, a secondary infection with other microorganisms can cause PMWS. Eleven putative open reading frames (ORFs) have been predicted to encode PCV2 genome. Among them, gene products of six ORFs from ORF1 to ORF6 have been identified and characterized to estimate its functional role during PCV2 infection. Acquiring knowledge about the specific interaction between each PCV2 ORF protein and host protein might be a key to develop preventive or therapeutic tools to control PCV2 infection. In this article, we reviewed current understanding of how each ORF of PCV2 manipulates host cell signaling related to immune suppression caused by PCV2.

• 원예과학기술지
• /
• 제29권1호
• /
• pp.53-60
• /
• 2011

Cytoplasmic male sterility (CMS) induced by mutant mitochondria genome, has been used for commercial seed production of $F_1$ hybrid cultivars in diverse crops. In pepper (Capsicum annuum L.), two sterile cytoplasm specific gene organization, atp6-2 and coxII were identified. An open reading frame, orf456 nearby coxII gene has been speculated to induce male sterility (MS) by mutagenic analysis. Moreover, molecular markers for atp6-2 and coxII of mitochondrial genotype (mitotype) were developed. However, the Cytoplasmic MS specific markers, atp6SCAR and coxIISCAR markers appeared in both N and S cytoplasms when polymerase chain reaction (PCR) cycles prolonged more than 40 cycles. Since the reported molecular markers were dominant markers, the presence of the faint sterile-specific band in normal cytoplasm may lead to the mis-classification of pepper breeding lines. To solve this problem, one common forward primer and two different reverse primers specific to normal coxII and sterile orf456 genes were designed after analyzing their gene organizations. By using these three primers, N and S coxII specific bands were co-amplified in male-sterile lines, but only normal coxII specific band was amplified in maintainer lines. Since the reverse primer for sterile coxII was specifically designed 275 bp downstream of orf456, relatively stable PCR amplification patterns were observed regardless of the number of PCR cycles. These primer sets easily identified different mitotypes among the divergent breeding lines, commercial cultivars and diverse germplasms.

• 한국동물위생학회지
• /
• 제22권4호
• /
• pp.363-370
• /
• 1999

돼지 호흡기 생식기증 바이러스(porcine reproductive and respiratory syndrome virus: PRRSV) 감염이 의심되는 농장으로부터 수집된 혈청가검물 646개로부터 MARC-145 cell을 이용하여 PRRSV 분리를 시도한 바 MARC-145 세포단층상에 세포변성효과(cytopathic effects : CPE)를 나타내는 바이러스 36주를 분리하였다. 분리된 36주가 PRRSV인지 여부를 확인하기 위하여 PRRSV를 실험적으로 접종한 혈청을 이용하여 간접형광항체시험과 혈청중화시험을 실시한 결과 36주 모두가 PRRSV로 동정되었다. 혈청학적인 동정법과 더불어 reverse-transcription polymerase chain reaction을 이용하여 PRRSV open reading frame 5(ORF5)의 유전자를 증폭한 결과 선발된 6주 모두에서 80bp의 flanking sequencing를 포함하여 약 680bp의 ORF5의 유전자를 증폭할 수 있었다.

• 한국동물위생학회지
• /
• 제27권3호
• /
• pp.273-280
• /
• 2004

The studies were performed for the PRRS antigen and antibody detection from breeding farms, artificial insemination(AI) center and growing farms in Jeonbuk province. 1. Specific PRRS primers were successfully amplified ORF6 617bp and ORF7 448 bp on agarose gel. 2. RT-PCR method has been establish by commercial kit and the thermal cycler program consisted of 30 cycles: $95^{\circ}C$ for 30 sec, $45^{\circ}C$ for 30 sec, and $72^{\circ}C$ for 45 sec. 3. The results of PRRS antibody test by ELISA method in AI centers were $6.6\%,\;53.3\%$ and breeding farms $65\%,\;65\%\;and\;38.7\%$, respectively. The serological positive of the antibody in gilt higher than sow. 4. The sero-positive of the PRRS antibody showed average $21\%$ in domestic farms, $56.2\%$ in breeding farms, and $29.9\%$ in AI center.

• Journal of Applied Biological Chemistry
• /
• 제57권2호
• /
• pp.137-140
• /
• 2014

A gene encoding thermostable pectinase (TmPec) was isolated from hyperthermophilic microorganism, Thermotoga maritima. The open reading frame (ORF) of TmPec gene is 1,104 bp long and encodes 367 amino acid residues with a molecular weight of 40,605 Da. To analyze the enzymatic activity and biochemical properties, the ORF of TmPec gene excluding putative signal sequence of 27 amino acids was introduced into the E. coli expression vector, pRSET-B, and overexpressed in E. coli BL21. Protein concentration of purified recombinant TmPec was 1.1 mg/mL with specific activity of 56 U/mg protein on pectin. The recombinant TmPec showed the highest activity at around $85-95^{\circ}C$, and at around pH 6.5. It was stable at temperature below $85^{\circ}C$. In the presence of $Ca^{2+}$, the activity of recombinant TmPec was increased to 146.3% of normal level. In contrast, $Ba^{2+}$ and Mn2+ showed strong inhibition to the recombinant TmPec.