• 대한수의학회지
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• 제45권1호
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• pp.45-53
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• 2005

GroE that is a heat shock protein composed of GroEL and GroES is known as an immunodominant target of both the humoral and cellular immune responses in bovine brucellosis. This study was carried out to characterize groE gene encoding heat shock proteins of B. abortus isolated in Korea and to evaluate the immunogenicity of the GroE protein expressed in E. coli system. In PCR the specific signals with the size of 2,077 bp were detected in five strains isolated from the mammary lymphnodes of the dairy cattle that were serologically positive and the reference strains. In comparison of the sequences of nucleotides and amino acids among the strains, GroES showed 100% identity in both sequences. GroEL was evaluated 99.0~99.9% in nucleotides and 98.0~100% homology in amino acids. The groE gene including groES and groEL was inserted into pET29a vector and constructed pET29a-GroE recombinant plasmids. The inserted groE was confirmed by digestion with Nco1 and EcoR1 endonucleases and nucleotide sequencing. E. coli BL (DE3) was transformed with pET29a-GroE, named as E. coli BL (DE3)/pET29a-GroE. In SDS-PAGE, it was evident that the recombinant plasmid effectively expressed the polypeptides for GroES (10 kDa) and GroEL (60 kDa) in 0.5, 1 and 2 hours after IPTG induction. The immuno-reactivity of the expressed proteins were proved in mouse inoculation and Western blot analysis.

• 한국어류학회지
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• 제23권2호
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• pp.95-105
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• 2011

이 연구는 cytochrome b 유전자 서열을 이용하여 쏘가리속 어류의 분자계통 진화적 관계와 쏘가리 지역 개체군 간의 유전적 차이를 조사함으로써 한극산 쏘가리의 분자진화적인 위치와 유래를 알기 위하여 실시하였다. 그 결과, 쏘가리속 어류의 진화초기에 S. roulei가 가장 먼저 분화하였으며 그 후 조사대상 어류인 쏘가리속 6개 종 (S. schezeri, S. undu-lata, S. fortis, S. obscura, S. knerii 및 S. chuatsi) 이 분화한 것으로 생각된다. 그러나 이들 어류들의 분화 우선순위는 통계학적으로 강하게 지지되지 못해서 명확하게 밝히기는 어려웠다. 한편 쏘가리 개체군은 크게 세 개의 집단으로 구분되었다. 첫 번째 집단은 한국산 개체군과 중국북부 (Liaoning, Henan) 개체군이다. 두 번째 집단은 Anhui, Fujian 및 Guangxi 개체군이며, 세 번째 집단은 Zhejiang 개체군이다. 첫 번째 집단 내 한국산 쏘가리 개체군과 중국 북부(Liaoning, Henan)개체군 사이의 염기서열 차이는 1~5 base pairs (bp)였으며 첫 번째 집단과 두 번째 집단의 염기서열 차이는 31~43 bp였다. 그리고 두 번째 집단과 세 번째 집단 사이의 염기서열 차이는 37~44 bp를 나타냈으며, 첫 번째 집단과 세 번째 집단 사이의 염기서열 차이는 27~29 bp였다. 따라서 한국산 쏘가리의 유래는 중국의 북부 개체군이 신생대 3기 Pliocene 기간 중에, 즉 초기 빙하기 이전 시기에 중국 중부 또는 남부의 쏘가리 개체군으로부터 최초로 분화된 후 빙하기를 거치면서 한반도로 그 분포범위를 확장함으로써 생겨난 것으로 추정된다.

• 한국패류학회지
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• 제26권2호
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• pp.185-188
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• 2010

- 본 웹 데이터베이스 서버의 구축을 통해 Haliotis 속간의 염기서열과 일치하는 서열을 자체 BLAST 를 통해 매우 빠른 속도로 추출 할 수 있었다. - Repeat elements, E. coli, vector 등의 서열들과 동시에 BLAST를 시행할 수 있어 cDNA 또는 genomic DNA 라이브러리를 구축할 때 라이브러리의 오염, 삽입체의 길이 등의 상태를 쉽게 확인 할 수 있었다. - Clustering Res. 인터페이스를 통해 SNPs 발굴이 용이하게 되었으며 자체 구축된 primer3 를 통해 실험용 시발체를 제작할 수 있게 되었다 (Evans et al. 2001). - 이러한 SNP 데이터베이스 구축은 SNP 발굴 작업을 극대화 시킬 수 있어 차후 수행될 Haliotis 관련 분자육종 관련연구에 많은 도움이 될 것으로 기대된다.

• 생명과학회지
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• 제13권3호
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• pp.291-297
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• 2003

인간 내생 레트로바이러스 HERV-W는 다발성 경화증 환자로부터 탐지된 MSRV와 연루되어 있다. 인간 태아의 뇌로부터 유래된 cDNA library를 이용하여 PCR법으로 2개의 HERV-W 패밀리(HWP-FB10과 HWP-FB12)를 동정하고 분석하였다. 그들은 HERV-W (accession no. AF009668)와 89%의 염기서열의 유사성을 보였다. Pol 유전자를 아미노산의 서열로 분석해 본 결과 점돌연변이 또는 삽입/결실로 말미암아 frameshift 및 종결코돈을 나타내었다. 유전자정보의 데이터베이스를 이용하여 HERV-W 패밀리간의 분자계통분류도를 작성해 본 결과 HWP-FB10은 인간의 염색체 7q21-22로부터 유래된 AC000064와 매우 가깝게 관련되어 있음을 시사하였다. 이들의 새로운 HERV-W pol 패밀리가 이웃하는 어떤 유전자와 상호 연결되어 있으며, 어떠한 기능을 수행하는지에 대한 전망에 대해 토의하였다.

• 생명과학회지
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• 제27권12호
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• pp.1415-1420
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• 2017

고구마 현탁배양세포의 EST library에 높은 빈도로 존재하는 metallothionein (MT) 유전자를 선별하였다(IbMT3). MT 유전자는 세포와 조직의 스트레스 조절과 연관되어 있다고 알려져 있다. 본 연구에서 IbMT3 cDNA의 전장을 확보하여 염기서열 분석을 한 결과, IbMT3 유전자는 구조적으로 유형 3에 속하는 MT 단백질을 암호화하고 있었다. 식물에서 유형 3에 속하는 MT 단백질의 기능은 명확히 알려지지 않다. Northern blot 분석 결과, IbMT3 유전자는 고구마 식물체 잎보다 현탁배양 세포에서 매우 강하게 발현되었다. 일반적으로 세포배양은 세포에 산화 스트레스 상태를 부과하는 것으로 알려져 있다. 이에, 고구마 식물체에 산화 스트레스를 처리하여 IbMT3 유전자의 발현이 어떻게 조절되는지 조사하였다. 제초제인 methyl viologen (MV)을 6, 12, 24시간 동안 처리했을 때, IbMT3 유전자의 발현은 6시간 후에 아주 강하게 유도되었고 그 이후에는 감소함을 알 수 있었다. 저온 스트레스($15^{\circ}C$)를 24, 48시간 동안 처리했을 때, IbMT3 유전자는 처리시간이 경과함에 따라 발현이 더 많이 유도되었다. 이로써, IbMT3 유전자는 환경 및 산화 스트레스에 반응하여 발현이 조절되는 유전자임을 알 수 있었다. IbMT3 isoform은 고구마 식물체 내에서 항산화제로써 작용할 가능성이 있을 뿐 아니라, 스트레스 하에서의 세포 적응 메커니즘에 중요한 기능을 할 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제32권4호
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• pp.245-251
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• 1994

영지속(Ganoderma)에 속하는 7종 10균주에 대하여 미토콘드리아 DNA의 제한효소 분절양상 비교를 통한 계통분석을 수행하였다. 여러 가지 제한효소들 중 생산된 절편이 충분한 정보를 가지고 있으면서 서로 구별할 수 있는 6가지의 제한효소를 분석에 이용하였다. 절편양상을 설 비교하여 전체 절편중 공통된 절편의 개수를 구하고 이로부터 염기위치당 염기치환율을 구하였으며, 이를 균주간의 진화거리로 계산하여 PHYLIP package의 Neighbor-joining 방법에 이한 계통도를 얻고 그 결과를 고찰하였다. 특이한점은 G. lucidum의 3균주와 G. lobatum 이 유연관계가 많이 있다는 점이다. 이러한 결과는 G. lucidum과 G. lobatum은 종의 다양성으로 인하여 과거부터 복합종으로 취급되어 왔으며 고전적인 영지속의 분류에 문제점이 많이 있음을 시사해 주고 있다. 따라서 영지속의 분류가 진화경로에 바탕을 둔 자연분류가 되기 위해서는 형태분류 뿐만 아니라 배양 분류와 분자생물학적이 sqnstjr등 다양한 기준에 의해서 재고되어야 할 것으로 판단된다.

• 미생물학회지
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• 제44권4호
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• pp.339-345
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• 2008

국내 대학병원에서 분리되어 imipenem 에 대한 최소억제농도가 $8{\mu}g/ml$ 이상인 51개의 포도당비발효 그람음성 간균들 중 metallo-${\beta}$-lactamase (MBL)을 생성하는 균주들을 분리하고, 그들 중에서 내성이 강한 Pseudomonas aeruginosa에 대한 항균제 병합요법의 효과를 알아보기 위하여 상승효과를 보이는 항균제 조합을 찾아보았다. 9개의 균주(Pseudomonas aeruginosa 2주 및 Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 7주)가 MBL 양성을 나타냈으며, PCR 결과 9주 모두에서 $bla_{VIM-2}$ 유전자가 관찰되었다. 이들 중에서 P. aeruginosa DK569는 aztreonam (MIC; $8{\mu}g/ml$)을 제외하고 실험한 모든 ${\beta}$-lactam 항균제, aminoglycoside, ciprofloxacin에 내성을 보여 aztreonam 함유 배지를 이용하여 상승효과률 보이는 항균제를 찾고자 하였다. One disk synergy test 에서 선별된 항균제 조합을 이용하여 생존률 검사 실험을 한 결과, aztreonam (AZT)와 piperacillin-tazobactam (TZP)의 병합은 항균제 노출 6시간 후에 AZT 또는 TZP의 단독 항균제 노출시 보다 균수가 1/18.7로 감소하였다. 그리고 AZT와 amikacin (AN)의 병합에서도 항균제 노출 6 시간 후에 AZT 또는 AN의 단독항균제의 투여보다 균수가 1/17.1 로 감소하였다. 결국 위 두 조합은 의미있는 상승효과를 보이지 못하여 위 세 항균제를 조합하여 실험하였다. 위의 세 항균제를 병합하였을 때 항균제 노출 8시간 후에 AZT, TZP 및 AN의 단독 투여에 비하여 병합요법에 의해 균수가 1/183.3 로 감소하여 의미있는 상승효과를 보였다. 이 결과는 치료가 쉽지 앓은 MBL 생성균에 의한 감염에 대한 치료에 AZT, TZP 및 AN의 세 가지 항균제 병합요법이 유용할 것이라는 것을 의미한다.

• KSBB Journal
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• 제16권2호
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• pp.188-199
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• 2001

10%의 $\alpha-(1\rightarrow3)$가지 결합을 갖고 $\alpha-(1\rightarrow6)$으로 연결된 댁스트란을 합성하는 텍스트란수크라제를 coding하는 유전자 (dsCB)를 Leuconostoc mesenteroides B-742CB로부터 분리하여 염기서열과 아미노산 서열을 결정하였다. dsCB가 포항된 6 6.lkb띄 DNA fragment는 4,536 bp의 염기로 구성된 하나의 open reading 잔ame(ORF)를 가지고 있었다. 추정된 아미노산 서열은 ORF의 698벤째 nucleotide 위치에 있는 start codon (ATG)으로부터 5,223번째 위치에 있는 slop codon(TAA)까지 였다. 구조 유전자의 아마노산은 1,5087H로 구성되고 분자량의 계산값은 168.6 kDa었고 non-denatured SDS-PAGE를 이용하여 활성 band툴 분석한 결과 170 kDa이었다. pDSCB를 까지고 있는 재조합 E. coli는 2 % sucrose배치에서 세포외로 댁스트란수크라제를 생산하였으며, soluble과 insoluble 텍스트 란을 생산하였다. 텍스트란수크라체의 효소 촉매작용에 관여 하는 것으로 얄려져있는 conserved region의 아미노산 중 Asp-492를 Asparagine으로 바꾸고자 point mutation을 시도하였고, 결과로 얻어친 D492N은 돌연변이 이전의 균에 비하여 활성이 1.6배 감소함을 확인하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권9호
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• pp.1701-1710
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• 2017

Classical swine fever virus (CSFV) is the etiologic agent of classical swine fever, a highly contagious disease that causes significant economic losses to the swine industry. The lapinized C-strain, a widely used vaccine strain against CSFV, has low growth efficiency in cell culture, which limits the productivity in the vaccine industry. In this study, a recombinant virus derived from C-strain was constructed and subjected to continuous passaging in PK-15 cells with the goal of acquiring a high progeny virus yield. A cell-adapted virus variant, RecCpp80, had nearly 1,000-fold higher titer than its parent C-strain but lost the ability to induce fever in rabbits. Sequence analysis of cell-adapted RecC variants indicated that at least six nucleotide changes were fixed in RecCpp80. Further adaption of RecCpp80 variant in swine testicle cells led to a higher virus yield without additional mutations. Introduction of each of these residues into the wild-type RecC backbone showed that one mutation, M979R (T3310G), located in the C-terminal region of E2 might be closely related to the cell-adapted phenotype. Rabbit inoculation revealed that $RecCpp40_{+10}$ failed to induce fever in rabbits, whereas $RecCpp80_{+10}$ caused a fever response similar to the commercial C-strain vaccine. In conclusion, the C-strain can be adapted to cell culture by introducing specific mutations in its E2 protein. The mutations in RecCpp80 that led to the loss of fever response in rabbits require further investigation. Continuous passaging of the C-strain-based recombinant viruses in PK-15 cells could enhance its in vitro adaption. The non-synonymous mutations at 3310 and 3531 might play major roles in the enhanced capacity of general virus reproduction. Such findings may help design a modified C-strain for improved productivity of commercial vaccines at reduced production cost.

• Mycobiology
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• 제45권4호
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• pp.379-384
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• 2017

In mating of Lentinula edodes, dikaryotic strains generated from certain monokaryotic strains such as the B2 used in this study tend to show better quality of fruiting bodies regardless of the mated monokaryotic strains. Unlike B2, dikaryotic strains generated from B16 generally show low yields, with deformed or underdeveloped fruiting bodies. This indicates that the two nuclei in the cytoplasm do not contribute equally to the physiology of dikaryotic L. edodes, suggesting an expression bias in the allelic genes of the two nuclei. To understand the role of each nucleus in dikaryotic strains, we investigated single nucleotide polymorphisms (SNPs) in laccase genes of monokaryotic strains to reveal nuclear origin of the expressed mRNAs in dikaryotic strain. We performed reverse transcription PCR (RT-PCR) analysis using total RNAs extracted from dikaryotic strains (A5B2, A18B2, and A2B16) as well as from compatible monokaryotic strains (A5, A18, and B2 for A5B2 and A18B2; A2 and B16 for A2B16). RT-PCR results revealed that Lcc1, Lcc2, Lcc4, Lcc7, and Lcc10 were the mainly expressed laccase genes in the L. edodes genome. To determine the nuclear origin of these laccase genes, the genomic DNA sequences in monokaryotic strains were analyzed, thereby revealing five SNPs in Lcc4 and two in Lcc7. Subsequent sequence analysis of laccase mRNAs expressed in dikaryotic strains revealed that these were almost exclusively expressed from B2-originated nuclei in A5B2 and A18B2 whereas B16 nucleus did not contribute to laccase expression in A2B16 strain. This suggests that B2 nucleus dominates the expression of allelic genes, thereby governing the physiology of dikaryons.