• 생명과학회지
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• 제26권7호
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• pp.826-834
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• 2016

본 연구는 Hsp90 inhibitor 및 SIRT1 inhibitor의 병용처리가 항암제 다제내성(MDR) 인간 암세포의 증식 억제에 효과적임을 밝혔다. SIRT1 활성 억제가 Hsp90 inhibitor인 17-AAG의 세포 독성의 효과를 증강시켰으며, 이로 인해 Hsp90 inhibitors에 대한 내성을 극복시킬 수 있음을 인간 자궁암세포인 HeyA8의 MDR 변이주인 HeyA8- MDR 세포에서 확인하였다. SIRT1 inhibitor는 Hsp90 inhibitor에 의한 Hsp90 샤페론 기능 억제를 증강시키며, ubiquitin ligase CHIP의 발현 증강을 유발하여, Hsp90 client protein 인 mutant p53 (mut p53)의 분해를 촉진시킨다. Mut p53 의 발현 감소는 암세포의 Hsp90 inhibitor 내성 획득의 가장 중요한 원인으로 지적되는 heat shock factor 1 (HSF1)/heat shock proteins (Hsps)의 발현 억제와 관련됨을 알 수 있었으며, 이는 항암제 다제내성 세포에서 SIRT1 inhibitor에 의하여 Hsp90 inhibitor에 대한 감수성이 증강되는 분자적 기전임을 밝혔다. 그러므로, SIRT1 억제에 의한 mut p53/HSF1 발현 감소가 MDR 암세포의 Hsp90 inhibitors 내성 극복에 매우 유효함을 시사하는 결과를 얻었다.

• 생명과학회지
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• 제18권4호
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• pp.565-571
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• 2008

생물정보학의 발전으로 다양한 형태의 생물정보가 컴퓨터 프로그램에 의해 양산되고 있다. 단순한 서열간의 비교나 작은 규모의 자료를 처리하기 보다는 다각화된 정보와 대규모의 생물정보를 취급하고 있다. 그 중에서 시각화와 annotation를 위한 도구개발은 지난 10년간 많은 연구가 되고 있는 분야이다. 그럼에도 일반화된 도구 개발은 생물정보의 다양성과 사용자 요구의 다양화로 인해 매우 어렵다. 본 논문에서는 유전체간 알려진 정보와 다중 관계 그래프를 이용하여 이를 annotation하고 시각화하는 GenoVA 시스템을 제안한다. 다중 정렬을 위한 몇 개의 프로그램이 존재하지만 그 방법들이 서열내의 복잡성 때문에 많은 정보가 누락된다. 따라서 제안된 방법에서는 pairwise alignment를 확장하여 모든 유전체간 비교를 통해 연관성 도출한다. 유전체간 보존되는 영역의 빈도수와 BLAST 점수가 높은 것을 블록노드라 하고 이들 간의 연관관계를 다중 관계 그래프로 표현하였다. 또한 GenoVA는 알려진 정보, COG, 유전자를 시각화하고 다중 관계 그래프의 한 영역을 중심으로 클러스터링된 경로를 계층적으로 보여주었다. 이때 누락되거나 알려지지 않은 유전자나 다른 annotation정보 추출할 수 있다. 본 논문의 실험을 위해 열 개의 박테리아 유전체가 사용되었고 시각화와 annotation을 위한 자료로 활용하였다. GenoVA는 새로운 유전체에 대한 개략적이고 전산적 annotation을 직관적이고 편리하게 제공한다.

• 인터넷정보학회논문지
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• 제16권5호
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• pp.19-27
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• 2015

최근 SSD(Solid State Drive)는 빠른 읽기/쓰기, 저전력 등 다양한 장점을 가지고 있어 스마트폰, 노트북, 서버 등의 저장장치로 사용 영역이 확대되고 있다. 하지만, 플래시 메모리의 읽기 및 쓰기의 비대칭적 성능과 제한된 쓰기 횟수가 SSD의 수명을 단축시키는 문제가 있어서 캐쉬(cache)로 사용되는 SSD의 내용을 변경시키는 블록 교체 기법(block replacement policy)이 매우 중요하다. Hybrid SSD의 수명을 향상 시킬 수 있는 방법 중 하나로 LARC 기법이 있으나, LARC는 SSD블록 관리를 위해 기존 LRU알고리즘을 사용하기 때문에 빈번히 참조되는 블록이 오래된 블록 대신 교체되어 SSD 미스율을 증가시킴으로써 시스템의 성능이 저하되는 문제점이 발생한다. 따라서, 본 논문에서는 다양한 데이터 읽기, 쓰기 환경에 효과적으로 대응하기 위해 블록의 재사용 간격을 고려한 새로운 블록 교체 기법을 제안한다. 제안된 기법은 블록 재사용 간격(Reuse interval)과 Age를 기반으로 최근성(Recency)을 추출하고 참조빈도(Frequency)를 같이 고려하여 블록을 교체한다. Workload 기반 Trace를 이용한 실험결과, 제안하는 기법은 여러가지의 기존 블록 교체 기법 및 LARC 알고리즘과 비교하여 쓰기 횟수 감소와 히트율 향상을 통해 시스템 성능과 SSD의 수명을 연장시킨다.

• 인터넷정보학회논문지
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• 제13권4호
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• pp.23-31
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• 2012

인간의 동작 인식은 건강관리, 상황기반 응용 등 실제적인 삶의 여러 부분에서 이용할 수 있기 때문에 중요한 주제이다. 건강관리를 위한 조언을 제공하는데 사용될 수 있기 때문에 동작인식 중 일상생활 동작인식이 주로 연구되고 있다. 특별히 넘어짐은 심장문제로 발생할 수 있기 때문에 넘어짐 인식은 독거 노인의 건강한 삶에 중요한 역할을 할 수 있다. 넘어짐 인식은 여전히 어려운 연구과제이다. 넘어짐 인식을 위해 몸에 여러 종류의 센서를 부착하는 시스템이 제안되었지만 이는 사용자가 센서를 부착하는 것을 잊어버리거나 이런 시스템에 익숙하지 않기 때문에 유용성에 문제가 있다. 본 연구에서는 사용자가 휴대하고 있는 스마트 폰 내의 가속도 및 자이로센서 값의 변화를 분석하여 알려진 넘어짐 패턴과 유사성을 분석하여 넘어짐을 판단하는 방법을 제안한다. 이 연구를 위해 5명의 자원자를 모집하여 다양한 종류의 넘어짐을 실험하였다. 실험결과는 본 연구를 통해서 넘어짐 인식을 위한 제안한 방식이 유효하다는 것을 보여준다. 실험 알고리즘은 많이 사용되고 있는 G1 스마트 폰 위에 구현하였다.

• Journal of Hospice and Palliative Care
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• 제17권1호
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• pp.18-26
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• 2014

목적: 식욕부진은 호스피스 암환자의 흔한 증상이며 여러 문헌에서 먹는 행동(feeding behavior)을 조절하는데 있어 visfatin의 가능성을 제시하고 있다. 본 연구에서는 말기암환자에서 증가한 visfatin 농도가 식욕조절과 영양상태 항상성 조절에 관여할 것이라 가설을 세웠다. 방법: 2009년 7월부터 2010년 7월까지 13개월 동안, 만 20세 이상의 말기암환자 69명을 대상으로 혈장 visfatin 농도를 측정하였다. 나이, 성별, 체질량 지수, 활력 징후, 원발암 부위, 암 치료 경력, 투약상황, ECOG(Eastern Cooperative Oncology Group) 수행지수, 혈색소, 백혈구 수, C-반응성 단백질, 총 콜레스테롤, 알부민, 림프구수, 혈당, 혈액요소질소, 크레아티닌, TNF-${\alpha}$ (tumor necrosis factor-alpha), Interukin-6, 렙틴 등의 혈액검사를 시행하였다. 결과: 대상자의 평균 나이는 65.5세였고 단변량 분석상 맥박, ECOG 수행 지수, opioid 사용여부, visfatin 농도에 따라 식욕부진이 있는 군과 없는 군의 차이를 보였다. Visfatin 농도는 단변량 분석결과 식욕부진과 관련이 있는 것으로 나타났으나(P=0.0323) 식욕부진에 영향을 주는 인자들을 보정한 다중 로지스틱 회귀 분석 결과에서는 통계학적인 관련성이 사라졌다. 영양지표들 중 체질량 지수, 렙틴, 총 콜레스테롤과는 관련이 없었으나 림프구수(P=0.0198) 혈중 albumin 농도(P=0.0013)와 중간 정도의 음의 관련성을 나타냈다. 결론: 호스피스 암환자에서 visfatin과 식욕부진의 관련성은 통계적으로 유의하지 않았다. 향후 기전에 대한 연구와 전향적 연구가 필요할 것으로 생각된다.

• 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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• 제15권11호
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• pp.846-850
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• 2009

최근 환경 모니터링, 스마트 빌딩, 의료 분야, 농업 분야 등에서 센서 네트워크가 널리 활용되고 있다. 센서 노드는 배터리로 동작한다. 넓은 지역에 배포된 센서 노드의 배터리를 주기적으로 교체하는 것은 불가능하기 때문에 에너지는 센서 네트워크에서 가장 중요한 자원이다. 따라서, 센서 데이터를 수집하는 동안 네트워크 수명을 연장시키기 위한 에너지 효율적인 메커니즘에 대한 연구는 필수적이다. 대표적인 연구로는 송수신하는 데이터의 크기를 줄이기 위한 데이터 압축 기법과 통신간 충돌을 방지하여 에너지 사용의 효율을 높이기 위한 MAC 프로토콜 기법이 있다. 기존 데이터 압축 기법은 센서 데이터의 공간 또는 시간적인 연관성을 이용하며, 기존 MAC 프로토콜은 TDMA, FDMA, CDMA 등의 방법을 통해 데이터의 충돌을 방지한다. 본 논문에서는 MAC 프로토콜 중 하나로 널리 사용되고 있는 TDMA 스케줄을 조정하여 송수신되는 센서 데이터의 크기를 줄이는 새로운 압축 기법을 제안한다. 제안하는 기법은 데이터 전송 시점을 이용하여 센서의 측정값을 인코딩하여 데이터의 크기를 줄이고, 동적으로 시간 슬롯을 할당함으로써 발생되는 전송 지연을 줄인다. 시뮬레이션을 통해 제안하는 기법의 성능 평가를 수행하였으며, 실험 결과, 기존 데이터 수집 기법에 비해 통신 비용이 약 52% 감소하였다.

• 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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• 제1권2호
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• pp.109-114
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• 2012

봉와양폐(Honeycomb)는 직경 2~10mm 정도의 크기가 같지 않은 낭포(Cyst)가 경계가 명확한 섬유질(Fibrosis)로 이루어진 벽에 둘러싸여 밀집된 형태로 이루어져 있다. 봉와양폐가 발견될 경우 급성악화의 발생 빈도가 높으며 따라서 봉와양폐의 관찰 여부와 측정은 임상에서 중요한 지표가 된다. 따라서 본 논문에서는 봉와양폐 영역의 정량적 측정을 위하여 봉와양폐의 특징을 이용한 형태학적 기법과 군집성 평가 기법을 통해 자동 구획 방법을 제안하였다. 첫 번째로 영상의 잡음을 제거하기 위하여 가우시안 필터링을 적용하고, 모폴로지 기법 중 팽창 기법을 이용하여 폐 영역을 구획하였다. 두번째로, 주변 8방향 검사를 통해 봉와양폐를 구성하는 낭포의 후보군을 찾고, 영역 확장과 외곽선 검사를 통해 비 낭포들을 제거하였다. 마지막으로 군집화 검사를 통해 최종적으로 봉와양폐를 구획하였다. 제안한 방법은 80장의 고해상도 컴퓨터 단층촬영 영상에서 실험한 결과, 89.4%의 민감도와, 72.2%의 양성 예측도를 보였다.

• 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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• 제4권10호
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• pp.465-472
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• 2015

본 논문에서는 시차공간상의 평면검출 방법을 제안하고 그 성능을 평가한다. 다양한 표면을 평면으로 근사하고 검출함으로써 시차공간에 나타난 장면을 간소화하고 수식화하여 다루기 쉽도록 한다. 또한 시차공간에서 근사적으로 구한 평면은 3차원 공간상에서 실측 크기로 표현 가능하고 장애물 검출 및 카메라 위치 추정에 활용할 수 있다. 먼저 스테레오 매칭 기술을 이용해 두 개의 영상으로부터 2차원 공간상에 좌표쌍마다 시차값을 가지는 시차공간을 생성한다. x 또는 y축의 전체적인 추이를 반영하도록 돕는 선 단순화 기법을 이용하여 시차값의 접선 기울기를 추정한다. 기울기 쌍의 조합에 따라 10개의 라벨을 시차공간의 좌표쌍에 부여한다. 상하좌우 방향으로 인접하고 동일한 라벨을 가지는 좌표쌍을 연결하여 군집을 생성하고 최소자승법을 이용해 각 군집에 대한 평면식을 추정한다. 시차공간 내에서 평면식을 만족하는 점들이 가장 많은 평면을 검출하고 이를 시차공간을 가장 잘 간소화한 N개의 평면으로 선택한다. 평면검출의 성능을 정량적으로 평가하였고 그 결과는 3차원 원뿔과 원통에서 각각 97.9%, 86.6% 품질을 보였다. 스테레오 비전 알고리즘의 성능을 평가하기 위해 대표적으로 이용되는 Middlebury와 KITTI 실험데이터로부터 제안된 평면검출 방법은 훌륭하게 평면을 검출하였다.

• 한국작물학회지
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• 제66권3호
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• pp.265-269
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• 2021

본 연구는 새로운 종자형 잔디 개발을 위한 유전자원의 분석을 통해 기초자료를 제공하고자 수행되었다. 우리나라에 자생하고 있는 조이시아그래스종 잔디는 주로 포복경이나 지하경을 통해 번식하며, 자연적으로 발아가 잘 되지 않아 종자형 육종을 잘 이루어지지 않고 있었다. 하지만 종피 처리 기술이 개발된 이후, 종자형 잔디 개발이 이루어지고 있다. 종자형 잔디를 개발하기 위해 확보하고 있는 잔디 유전자원에서 꽃대 형성률을 확인할 필요성이 생겼으며, 이 실험에서 549개 라인을 확인해 본 결과, 43개 라인, 즉 7.83%의 라인에서만 꽃대가 출현한 것으로 확인할 수 있었다. 상관분석을 실시 해 본 결과, 이식 후 생존률과 포복경 생성률은 유의하게 양의 상관관계(Rho = 0.44)를 보였고, 이러한 경향은 20% 이상 꽃대를 형성한 것으로 나타난 라인에서 상관관계가 더 높은 경향(Rho = 0.55)을 보였다. 하지만 이식 후 생존률과 포복경 생성률은 꽃대 출현과 상관관계가 매우 낮은 것으로 확인할 수 있었고(Rho = -0.11 and Rho = -0.06), 20% 이상의 꽃대 출현을 보인 43개 라인에서는 유의한 결과를 얻지 못하였다. 따라서 종자형 잔디 개발을 위해서는 이식 후 꽃대 출현률이 저조한 것을 감안, 더욱 많은 유전자원을 확보하는 것이 필요하며, 꽃대 출현이 늦게 나타나는 것을 고려하여 이것과 상관관계가 초기 확인 가능한 특질을 찾아, 꽃대 출현을 조기에 예측할 수 있는 기법이 요구된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권9호
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• pp.1458-1468
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• 2019

Objective: As one of the most important metabolic organs, the liver plays vital roles in modulating the lipid metabolism. This study was to compare miRNA expression profiles of the Large White liver between two different developmental periods and to identify candidate miRNAs for lipid metabolism. Methods: Eight liver samples were collected from White Large of 70-day fetus (P70) and of 70-day piglets (D70) (with 4 biological repeats at each development period) to construct sRNA libraries. Then the eight prepared sRNA libraries were sequenced using Illumina next-generation sequencing technology on HiSeq 2500 platform. Results: As a result, we obtained 346 known and 187 novel miRNAs. Compared with the D70, 55 down- and 61 up-regulated miRNAs were shown to be significantly differentially expressed (DE). Gene ontology and Kyoto encyclopedia of genes and genomes enrichment analysis indicated that these DE miRNAs were mainly involved in growth, development and diverse metabolic processes. They were predicted to regulate lipid metabolism through adipocytokine signaling pathway, mitogen-activated protein kinase, AMP-activated protein kinase, cyclic adenosine monophosphate, phosphatidylinositol 3 kinase/protein kinase B, and Notch signaling pathway. The four most abundantly expressed miRNAs were miR-122, miR-26a and miR-30a-5p (miR-122 only in P70), which play important roles in lipid metabolism. Integration analysis (details of mRNAs sequencing data were shown in another unpublished paper) revealed that many target genes of the DE miRNAs (miR-181b, miR-145-5p, miR-199a-5p, and miR-98) might be critical regulators in lipid metabolic process, including acyl-CoA synthetase long chain family member 4, ATP-binding casette A4, and stearyl-CoA desaturase. Thus, these miRNAs were the promising candidates for lipid metabolism. Conclusion: Our study provides the main differences in the Large White at miRNA level between two different developmental stages. It supplies a valuable database for the further function and mechanism elucidation of miRNAs in porcine liver development and lipid metabolism.