As next-generation sequencing technologies have advanced, enormous amounts of whole-genome sequence information in various species have been released. However, it is still difficult to assemble the whole genome precisely, due to inherent limitations of short-read sequencing technologies. In particular, the complexities of plants are incomparable to those of microorganisms or animals because of whole-genome duplications, repeat insertions, and Numt insertions, etc. In this study, we describe a new method for detecting misassembly sequence regions of Brassica rapa with genotyping-by-sequencing, followed by MadMapper clustering. The misassembly candidate regions were cross-checked with BAC clone paired-ends library sequences that have been mapped to the reference genome. The results were further verified with gene synteny relations between Brassica rapa and Arabidopsis thaliana. We conclude that this method will help detect misassembly regions and be applicable to incompletely assembled reference genomes from a variety of species.
Park, Hyeon-Chun;Shin, Juyoun;Cho, Sung-Min;Kang, Shinseok;Chung, Yeun-Jun;Jung, Seung-Hyun
Genomics & Informatics
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제18권1호
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pp.5.1-5.5
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2020
Highly pathogenic avian influenza (HPAI) viruses have caused severe respiratory disease and death in poultry and human beings. Although most of the avian influenza viruses (AIVs) are of low pathogenicity and cause mild infections in birds, some subtypes including hemagglutinin H5 and H7 subtype cause HPAI. Therefore, sensitive and accurate subtyping of AIV is important to prepare and prevent for the spread of HPAI. Next-generation sequencing (NGS) can analyze the full-length sequence information of entire AIV genome at once, so this technology is becoming a more common in detecting AIVs and predicting subtypes. However, an analysis pipeline of NGS-based AIV sequencing data, including AIV subtyping, has not yet been established. Here, in order to support the pre-processing of NGS data and its interpretation, we developed a user-friendly tool, named prediction of avian influenza virus subtype (PAIVS). PAIVS has multiple functions that support the pre-processing of NGS data, reference-guided AIV subtyping, de novo assembly, variant calling and identifying the closest full-length sequences by BLAST, and provide the graphical summary to the end users.
Lee, Na-Young;Hwang, Il-Soon;Yoo, Han-Ill;Song, Chang-Rock;Park, Sang duk;Yang, Jun-Seog
한국원자력학회:학술대회논문집
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한국원자력학회 1997년도 춘계학술발표회논문집(1)
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pp.199-206
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1997
For the Korean Next Generation Reactor(KNGR) development, LBB is considered for the Main Steam Line(MSL) piping inside its containment to achieve cost and safety Improvement. To apply LBB concept to MSL, leak sensors highly sensitive to humidity is required. In this paper, a ceramic material, MgCr$_2$O$_4$-TiO$_2$ has been developed as a humidity sensor for MSL applications. Experiments peformed to characterize the electrical conductivity shows that the conductivity of MgCr$_2$O$_4$-TiO$_2$ responds sensitively to both temperature and humidity changes. At a constant temperature below 10$0^{\circ}C$, the conductivity increases as the relative humidity increases, which makes the sensor favorable for application to the outside of MSL insulation layer But as temperature increases beyond 10$0^{\circ}C$, the sensor composition should be adjusted for the application to KNGR is to be made at temperature above 10$0^{\circ}C$.
In this paper, one general approach is proposed for the design of power system that can be applicable for next generation LEO satellite application. The power system consists of solar panels, battery, and power control and distribution unit(PCDU). The PCDU contains solar array modules, battery interface modules, low-voltage power distribution modules, high-voltage distribution modules, heater power distribution modules, on-board computer interface modules, and internal DC/DC converter modules. The PCDU plays roles of protection of battery against overcharge by active control of solar array generated power, distribution of unregulated electrical power via controlled outlets to bus and instrument units, distribution of regulated electrical power to selected bus and instrument units, and provision of status monitoring and telecommand interface allowing the system and ground operate the power system, evaluate its performance and initiate appropriate countermeasures in case of abnormal conditions. We review the functional schemes of the main constitutes of the PCDU such as the battery interface module, the auxiliary supply module, solar array regulators with maximum power point tracking(MPPT) technology, heater power distribution modules, spacecraft unit power distribution modules, and instrument power distribution module.
NGN(Next-Generation Network)의 구조는 전 IP 유무선 통합망으로서 다양한 관점에서 연구되어져왔으며 이러한 네트워크의 성능은 가장 중요한 쟁점의 하나이다. 본 연구에서는 다양한 유무선 통합망에서 음성 서비스를 제공할 때에 발생할 수 있는 문제점과 요인들을 발견하기 위하여 OPnet 시뮬레이터를 활용하여 성능분석을 수행하였다. 단일의 유선망이나 무선망과는 달리 유무선 통합망에서만 보이는 특성을 측정하고 분석하였다. 특히, 유무선 통합망에서는 네트워크의 전송이 빈번하지 않은 환경에서도 전반적인 망의 성능이 저하되는 결과를 측정하였으며 그밖에도 노드수의 증가와 전송량의 변화에 따른 망의 성능을 비교 분석하였다.
SK커뮤니케이션즈가 운영하는 온라인 교육 사이트 이투스(www.etoos.com)가 웹2.0 시대에 맞춰 수강생들의 참여 공간을 늘리고, 온라인을 통해 '학습'과 '재미'를 강화한 개방형 홈페이지로 2007년 초 전면 개편되는 등 기존의 e-Learning 콘텐츠 회사들이 웹2.0 기반의 비즈니스 모델을 통해 콘텐츠 차별화를 꾀하려는 움직임이 매우 활발하다. 본 연구에서는 웹2.0 시대를 맞은 e-Learning 콘텐츠의 현황을 대표적인 중고등 교육 e-Learning 콘텐츠를 중심으로 분석해 보고, 차세대 e-Learning의 발전 방향을 효과적인 피드백이 제공되는 학습자 중심의 콘텐츠 개발과 웹2.0의 본질에 입각한 집단 지성을 이끌어내는 데서 찾고, 'e-Learning 콘텐츠 내의 virtual 개인 과외 선생님 community 형성에 관한 프로젝트'를 제안해 본 것이다.
차세대 유럽형 디지털 지상파 방송 표준으로 알려진 DVB-T2 시스템은 ASO(Analogue Switch Off) 이후, HD급 이상의 고품격 방송 서비스 제공을 위해서 DVB 프로젝트에 의해 개발된 최신 유럽형 지상파 방송 표준이다. 본 논문에서는 DVB-T2 시스템의 전체적인 시스템 구조 및 특징을 대략적으로 기술하고, 다양한 채널환경에서 성능을 분석하였다. 실험에 사용한 채널은 AWGN 채널, 레일리 채널, 라이시안 채널, 0db-echo 채널이며, ETSI EN 302 755 표준에 따라서 제작된 Full 시뮬레이터를 통해 전산실험을 수행한 후, Implementation Guideline에서 제시하고 있는 성능과 비교 평가하였다.
Resistance random access memory (ReRAM) is a promising candidate for next-generation nonvolatile memory because of its advantageous qualities such as simple structure, superior scalability, fast switching speed, low-power operation, and nondestructive readout. We investigated the resistive switching behavior of tantalum oxide that has been widely used in dynamic random access memories (DRAM) in the present semiconductor industry. As a result, it possesses full compatibility with the entrenched complementary metal-oxide-semiconductor processes. According to previous studies, TiN is a good oxygen reservoir. The TiN top electrode possesses the specific properties to control and modulate oxygen ion reproductively, which results in excellent resistive switching characteristics. This study presents fully room temperature fabricated the TiN/$TaO_x$/Pt devices and their electrical properties for nonvolatile memory application. In addition, we investigated the TiN electrode dependence of the electrical properties in $TaO_x$ memory devices. The devices exhibited a low operation voltage of 0.6 V as well as good endurance up to $10^5$ cycles. Moreover, the benefits of high devise yield multilevel storage possibility make them promising in the next generation nonvolatile memory applications.
차세대 군 전술용 정보 네트워크는 상용 인터넷 기술을 기반으로 전술환경에서 데이터, 음성 및 영상 등의 다양한 정보 제공을 목표로 하는 전술용 인터넷(TI : Tactical Internet)으로 발전되는 추세이다. 한편, 미군(美軍)을 중심으로 전술용 인터넷에 상용 정보통신 기술의 도입이 급속히 진행됨에 따라 전술용 인터넷에 대한 위협과 공격유형은 점차 다양한 형태로 변화하고 있다. 본 논문에서는 차세대 전술용 정보 네트워크로써 전술용 인터넷을 수용하는 경우, 고려할 수 있는 보안요소 및 기술들을 살펴보고 이를 기반으로 전술용 인터넷에 대한 보안 방안에 대해 논하고자 한다.
차세대 IP 기반 무선 액세스 네트워크는 단말의 이동성을 지원하기 위하여 Mobile IP(Mobile IPv4) 프로토콜을 제시하고 있다. Mobile IPv4는 고장망을 대상으로 설계된 IP를 기반으로 하기 때문에 삼각라우팅과 핸드오프 지연에 의한 성능저하 요인을 갖고 있다. 그래서 이를 보완하고 QoS 보장형 서비스를 제공하기 위한 방안으로 최근 차세대 IP기반 무선 액세스 네트워크에 MPLS(Multi Protocol Label Switching)의 적용에 관한 관심이 증가되고 있다. 따라서 본 논문은 우리의 앞선 연구에서 제안한 IP 이동성 관리기법인 MCS&MNMCA를 MPLS망과 연동하였을 경우의 성능을 분석한다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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