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Molecular Cloning, Characterization, and Expression Analysis of Chicken Δ-6 Desaturase

  • Kang, Xiangtao;Bai, Yichun;Sun, Guirong;Huang, Yanqun;Chen, Qixin;Han, Ruili;Li, Guoxi;Li, Fadi
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제23권1호
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    • pp.116-121
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    • 2010
  • Long-chain polyunsaturated fatty acids (LC-PUFA) promote the development of brain and vision of the fetus, relieve inflammation, inhibit oral dysplasia of rumor cell, decrease the incidence of cardiovascular disease and regulate arrhythmia. ${\Delta}-6$ desaturase is the rate-limited enzyme in the desaturation process. This study reports the cloning, characterization and tissue expression of a ${\Delta}-6$ desaturase gene in the chicken. PCR primers were designed based on the predicted sequence of chicken ${\Delta}-6$ desaturase (accession number: XM421053) and used to isolate a cDNA fragment of 1,323 bp from chicken liver. Based on the 1,323 bp fragment an EST (BI390105) was obtained by BLAST. The EST and 5'nd of the 1,323 bp fragment were partially overlapped. Gene specific primers derived from the EST were used for amplification of the 5'nd. Another gene-specific primer derived from the 1,323 bp fragment was used for amplification of the 3'nd by 3'ACE. Then the three overlapping cDNA sequences obtained were assembled with DNAMAN software and a full-length ${\Delta}-6$ desaturase of 2,153 bp was obtained. The full-length cDNA contained an ORF of 1,335 bp with a 5'ntranslated region of 147 nucleotides followed by an ATG initiation codon. Stop codon TGA was at position 1,481-1,483 bp. The deduced amino acids shared an homology above 77% with bovine, mice, orangutan, rat and human. The protein sequence had three histidine-rich regions HDFGH (HisI region), HFQHH (HisII region) and HH (HisIII region), a cytochrome $b_{5}$-like domain containing a heme-binding motif and two transmembrane domains. Sequence analysis of the chicken genomic DNA revealed that the coding sequence of chicken ${\Delta}-6$ desaturase included 12 exons and 11 introns. Semi-quantitative RT-PCR showed that the ${\Delta}-6$ desaturase expression levels were in turn liver, spleen, pancreas, lung, breast muscle, heart, and abdominal fat. The expression of ${\Delta}-6$ desaturase in liver was significantly higher than that in breast muscle (p<0.01). The expression of ${\Delta}-6$ desaturase in lung was significantly higher than that in abdominal fat (p<0.01). This is the first clone of chicken ${\Delta}-6$ desaturase.

Genetic diversity and population structure of indigenous chicken of Bangladesh using microsatellite markers

  • Rashid, Muhammad Abdur;Manjula, Prabuddha;Faruque, Shakila;Bhuiyan, A.K. Fazlul Haque;Seo, Dongwon;Alam, Jahangir;Lee, Jun Heon;Bhuiyan, Mohammad Shamsul Alam
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제33권11호
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    • pp.1732-1740
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    • 2020
  • Objective: The objectives of this study were to investigate the genetic diversity, population structure and relatedness among the five chicken populations of Bangladesh using microsatellite markers. Methods: A total of 161 individuals representing 5 chicken populations (non-descript Deshi [ND], naked neck [NN], hilly [HI], Aseel [AS], and red jungle fowl [JF]) were included in this study to investigate genetic diversity measures, population structure, genetic distance and phylogenetic relationships. Genotyping was performed using 16 selected polymorphic microsatellite markers distributed across 10 chromosomes. Results: The average observed and expected heterozygosity, mean number of alleles and polymorphic information content were found to be 0.67±0.01, 0.70±0.01, 10.7 and 0.748, respectively in the studied populations. The estimated overall fixation index across the loci (F), heterozygote deficiency within (FIS) and among (FIT) chicken populations were 0.04±0.02, 0.05 and 0.16, respectively. Analysis of molecular variance analysis revealed 88.07% of the total genetic diversity was accounted for within population variation and the rest 11.93% was incurred with population differentiation (FST). The highest pairwise genetic distance (0.154) was found between ND and AS while the lowest distance was between JF and AS (0.084). Structure analysis depicted that the studied samples can be categorized into four distinct types or varieties (ΔK = 3.74) such as ND, NN, and HI where AS and JF clustered together as an admixed population. The Neighbor-Joining phylogenetic tree and discriminant analysis of principal component also showed close relatedness among three chicken varieties namely AS, HI, and JF. Conclusion: The results reflected that indigenous chicken of Bangladesh still possess rich genetic diversity but weak differentiation among the studied populations. This finding provides some important insight on genetic diversity measures that could support the designing and implementing of future breeding plans for indigenous chickens of Bangladesh.

양산단층 남부일원에 분포하는 화강암질암의 지화학적 연구 (Geochemistry of Granitic Rocks Around the Southern Part of the Yangsan Fault)

  • 황병훈;양경희
    • 한국광물학회지
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    • 제18권3호
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    • pp.165-181
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    • 2005
  • 양산단층 남부지역에 분포하는 화강암류들은 야외산상 및 암석기재적 특징에 의해 다섯 암상으로 분류되며, 이 다섯 암상은 다시 성인과 관련하여 두 그룹(그룹 I과 그룹 II)으로 분류된다 그룹 I의 화강섬록암, 포유암 함량이 많은 반상화강암, 그리고 포유암 함량이 적은 반상화강암은 마그마혼합의 영향을 받은 특징을 잘 나타낸다. 반면에 이들을 관입한 그룹 II의 등립질화강암과 미문상화강암에서는 마그마혼합의 증거들이 나타나지 않는다. 양산단층을 경계로 그룹별로 나타나는 매우 뚜렷한 미량원소 및 동위원소 조성은 이 두 그룹의 마그마가 서로 다른 마그마로부터 진화된 것으로 해석된다. 그룹 I내의 세 암상은 사장석의 분별과정을 포함하는 마그마 혼합의 정도차이에 의해 형성되었으며, MME는 흑운모의 분별과정을 겪었다. 그룹 II의 두 암상은 그룹 I과는 다른 모 마그마로부터 정장석의 분별과정을 통하여 형성되었다. 그룹별로 Rb-Sr 전암연령을 구하여 보면, 동측지괴와 서측지괴의 그룹 I이 각각 $59.2\pm2.9Ma,\;58.9\pm6.2Ma$이고 그룹 II가 $53.3\pm2.2$(모두 $2{\sigma}$ 오차)Ma, 51.7Ma로 나타나, 양측지괴에서 그룹별로 서로 다른 군집된 연령을 보여주었다. Sm-Nd 동위원소 연구결과, 화강암류들의 근원물질은 그룹별로 달랐을 것으로 판단되며, 결핍맨틀에 의한 모델연령은 그룹 I이 약 $0.8\~0.9Ga$이며, 그룹 II는 이보다 $0.1\~0.2Ga$ 정도 젊은 약 $0.6\~0.7Ga$에 해당된다

예천전단대 북동부 명호지역 엽리상 화강암류와 압쇄 편마암류에 대한 지구화학 및 Nd-Sr 동위원소 연구 (Geochemical and Nd-Sr Isotope Studies for Foliated Granitoids and Mylonitized Gneisses from the Myeongho Area in Northeast Yecheon Shear Zone)

  • 김성원;이창윤;유인창
    • 자원환경지질
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    • 제41권3호
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    • pp.299-314
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    • 2008
  • 북동 방향의 호남전단대는 한국의 옥천대 남쪽 경계와 선캠브리아기 영남육괴 사이를 지나는 광역적인 우수향 주향 이동 단층대로 동아시아의 두드러진 지나 변형의 방향과 평행하다. 이 논문에서는 호남전단대의 한 지류인 예천전단대 명호지역의 선캠브리아기 압쇄 석영-백운모 편마암과 엽리상 각섬석-흑운모 화강암의 지화학 및 Nd-Sr 동위원소자료를 보고하고자 한다. 엽리상 각섬석-흑운모 화강암류를 $SiO_2$$Na_2O+K_2O$의 분별도에 도시하면 $SiO_2$의 함량은 61.9-67.lwt% 그리고 $Na_2O+K_2O$의 함량은 5.21-6.99wt%로 화강섬록암 영역에 대부분이 점시된다. 선캠브리아기 압쇄 석영-백운모 편마암은 화강암의 영역에 점시된다. $SiO_2$에 대한 수정된 알칼리-라임 지수 및 Fe#($FeO_{total}/(FeO_{total}+MgO)$)에 의한 관계도에서 엽리상 각섬석-흑운모 화강암류는 캘크-알카리 계열의 마크네슘 성분이 우세한 코딜러리안(Cordilleran)형 중생대 화강암류의 지화학 특징과 잘 부합된다. 또한 이들 암석들은 $Al_2O_3/(CaO+Na_2O+K_2O)$$0.89{\sim}1.10$로 중알루미나에서 약한 고알루미나질의 I형에 해당한다 하지만, 원남층의 압쇄 편마암은 $1.11{\sim}1.22$의 과알루미나질을 보여준다. 연구지역 엽리상 각섬석-흑운모 화강암류 및 압쇄 편마암류의 미량원소 성분을 초생맨틀(Primitive mantle) 값으로 규격화한 거미 성분도상에서는 저장력 원소(large ion lithophile element)이며 불호정성 원소인 Rb, Ba, Th 및 U이 부화되어 있고 Ta, Nb, P, Ti 가 상대적으로 다른 원소보다 결핍되어 있으며 이러한 지화학적 특징은 호상형(Arc-type) 화강암류와 전형적인 활동성 대륙연변부의 지각물질로부터 유래한 화강암류와 유사하다. ${\varepsilon}_{Nd}(T)$와 Sr 초생값은 엽리상 각섬석-흑운모 화강암류가 상부지각의 기원물질로부터 형성된 마그마로부터 생성되었음을 지시해 주고 있다. 연구지역을 포함한 영주저반의 엽리상 각섬석-흑운모 화강암류는 전단대에서 멀어지면서 변형에 의한 특정 원소들(Ti, P, Zr, V 및 Y)의 변화경향이 관찰되지 않는다. 이러한 원인으로, 많은 유체를 가지고 있는 엽리상 각섬석-흑운모 화강암류에서는 전단운동 변형동안 전단대 내와 외부의 유체의 흐름에 의한 질량 전달이 동일하게 일어나 암석 내의 부피변화 및 지화학 변질들을 야기 시키지 않았을 것으로 추정된다.

삼척탄전 장성일대에 분포하는 하부페름기 장성층 사암의 속성작용 (Sandstone Diagenesis of the Lower Permian Jangseong Formation, Jangseong Area, Samcheog Coalfield)

  • 박현미;유인창;김형식
    • 암석학회지
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    • 제7권2호
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    • pp.132-145
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    • 1998
  • 삼척탄전 장성일대에 분포하는 하부페름기 장성층은 사암, 셰일, 탄질 셰일, 및 석탄층이 교호하는 함탄쇄설성 윤회층이다. 이들 장성윤회층내의 사암에 대한 광물조성과 속성상의 연구를 통해 장성층 사암내 속성작용을 이해하기 위한 퇴적암석학적 연구가 시행되었다. 장성윤회층 사암은 60%의 석영(대부분 단결정질 석영)과 36%의 기질 및 교질물로 구성되며, 소량(<4%)의 장석, 암편 및 부수광물이 나타난다. 주요 구성광물로서 단결정질 석영과 기질 및 교결물로서 점토광물이 높은 함량을 차지함으로써, 장성층 사암은 석영질 기질 사암으로 분류되며, 일부 암편질 사암이 나타나기도 한다. 또, 장성층 사암에는 다짐작용, 석영과성장 및 점토광물(일라이트, 카올리나이트 및 녹니석)에 의한 교결화작용, 주요 구성광물의 용해 및 2차 공극 형성, 파이로필라이트의 침전 등을 포함하는 일련의 속성광물공생이 관찰된다. 이러한 속성광물공생은 장성사암의 주요구성광물과 지층수 사이에 일어났던 유기 및 무기 기원물의 상호 반응이 만들어낸 결과로 이해될 수 있다. 즉, 장성층 사암과 교호하는 탄질 셰일 및 셰일층의 속성작용으로부터 생성된 Si, Al 및 유기산은 셰일수와 함께 사암층내로 이동됨으로써 사암내 지층수를 변화시켰으며 이들 지층수는 사암의 주요구성광물과의 반응으로 사암내 석영과성장 및 카올리나이트, 일라이트 등의 자생 점토광물을 침전시켰다. 또, 파일로필라이트의 형성은 유기-무기 상호반응과 직접적인 관련은 없지만, 장성층 사암내 구성광물과 유기산 및 $CO_2$의 반응은 2차 공극을 발달시키고 외부로부터 실리카 풍부한 용액의 유입을 용이하게 함으로써 파이로필라이트의 형성에 간접적인 영향을 준 것으로 판단된다.암류의 암상과 연대, 그리고 동위원소적 특징은 서남 일본 산인 벨트에 분포하는 화강암의 특징과 잘 일치한다. 4) 온정리 화강암의 Sr-Nd 동위원소비는 경상분지와 서남일본 내대에 분포하는 백악기 이후 암체 중 비교적 초생적인 영역에 해당된다.법별로는 돼지고기를 볶기 ($150{\pm}7^{\circ}C$, 3분) 한 결과 균수는 $10^{6}\;CFU/g$ 수준으로 초기보다 약간 감소하였다. 삶기(20분) 한 결과 $60^{\circ}C$에서는 초기와 같은 $10^{7}\;CFU/g$ 수준, $63^{\circ}C$에서는 $10^{6}\;CFU/g$ 수준으로 볶기에서의 균수와 같게 나타났으며, $65^{\circ}C$에서는 $10^{4}\;CFU/g$ 으로 감소하였다. S. typhimurium에 오염된 돼지고기를 위와 같이 볶은것($10^{6}\;CFU/g$)을 사용하여 잡채를 만든 결과 (소요시간 :10{\pm}2분)균수가 $10^{7}\;CFU/g$으로 증가하여 Salmonella 식중독의 발생 위험성이 더욱 커진 것으로 나타났다. 이러한 결과로 볼 때 돼지고기에서는 S. typhimurium의 증식은 조리과정에 의하여 영향을 받는 것을 알 수 있다. 식중독을 야기할 수 있는 수준으로 오염된 돼지고기를 조리할 때에는 $65^{\circ}C$에서 20분 이상 삶아야만 식중독 발생 예방이 가능한 것으로 사려되었다. 또한 이상과 같은 결과로부터 이 잡채에 대한 위해분석(HA)에서 원재료 고기의 초기

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금산 함우라늄광상 분포지역의 항공자력/방사능 탐사자료 해석 (Interpretation of Airborne Magnetic and Radioactive Data for the Uranium Deposit in Geumsan Area)

  • 신은주;고광범;안동국;한경수
    • 지구물리와물리탐사
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    • 제16권1호
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    • pp.36-44
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    • 2013
  • 금산지역의 흑색셰일형 우라늄광상에 대하여 항공 자력 및 방사능 탐사를 수행하였다. 각 자료의 암상분석과 선구조 분석에 의한 전반적인 지질 및 구조지질적 특성을 살펴보고 이에 기반한 우라늄 광화대의 특성화를 시도하였다. 자극화변환과 하향연속 이상도에서 우라늄광상을 배태하고 있는 흑색 및 암회색 점판암대의 뚜렷한 양의 이상을 인지함으로써 자력탐사의 적용성을 확인하였다. 이차미분 및 곡률을 이용한 선구조 분석을 통해 회색 혼펠스대와 흑색 점판암대를 대표하는 선구조를 도출하고 우라늄 광화대의 추가 부존 가능영역을 추정하였다. 이에 대한 우라늄광 배태여부는 방사능 총이상 및 우라늄 이상도에서 최종 확인하였다. 결론적으로 열변성기원의 우라늄광화대는 국부적인 반면, 흑색셰일형 광화대는 조사지역 전체에 북동-남서방향으로 연속되어 있음을 확인하였다. 또한 우라늄 광화대는 방사능 총이상의 선구조 분석을 통해 단층과 교차하는 곳은 단절되는 전형적인 구조지질적 특징을 보여주었다. 이상의 고찰로부터 항공 자력 및 방사능 탐사는 상호 보완적이며 따라서 병행 수행하는 것이 자료분석 및 해석에 매우 효과적임을 확인하였다.

불완전 절단된 귀손상에서 단순봉합수술 및 거머리를 이용한 접합 치험례 (Survival of a Neartotally Amputated Auricle by Simple Closure and Medical Leech)

  • 하기영;김부영;김한중;김태연
    • 대한두개안면성형외과학회지
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    • 제10권2호
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    • pp.127-130
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    • 2009
  • Purpose: In an amputated auricle, a microvascular anastomosis is the best treatment of choice. But, the neartotally amputated auricle which is connected by very narrow tissue pedicle to the head, can survive by simple attachment without a microvascular anastomosis owing to the rich vascular network through the superficial temporal artery and posterior auricular artery. In cases of venous congestion resulting from a lack of vein anastomosis, medical leeches (Hirudo medicinalis) can solve the problem. We are reporting the case of a 6-year-old boy who had a neartotally amputated auricle with successful results by simple closure and medical leech treatment without a microvascular anastomosis. Methods: A 6-year-old male patient had an left auricular injury by an escalator accident. The left auricle was neartotally amputated from the temporal head with connection only by very narrow skin and subcutaneous pedicle (about 1 cm in width) at the helical root of upper and anterior part of auricle. Marginal bleeding from the avulsed auricle was noted and the arterial blood was supplied from a branch of upper auricular branch of the superficial temporal artery. The auricle was repaired by simple closure including cartilage and skin without any vascular anastomosis. After simple closure, the auricle showed good circulation with pink color. But on the 2nd day after the operation, there was a venous congestion with severe swelling, which resulted in a purplish colored auricle. The venous congestion disappeared after using medical leeches by the 5th day after the operation. Results: The repaired auricle showed aesthetically and functionally satisfactory result with normal development at the 9 months follow-up check after the operation. Conclusion: In cases of neartotally amputated auricles of children or crushing injury in which microsurgery is difficult, we can try simple closure with the use of medical leeches in treating a of venous congestion for a successful result.

Kinetics and Mechanism of the Benzylaminolysis of O,O-Diphenyl S-Aryl Phosphorothioates in Dimethyl Sulfoxide

  • Adhikary, Keshab Kumar;Lee, Hai-Whang
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제32권5호
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    • pp.1625-1629
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    • 2011
  • Kinetic studies of the reactions of O,O-diphenyl Z-S-aryl phosphorothioates with X-benzylamines have been carried out in dimethyl sulfoxide at 55.0 $^{\circ}C$. The Hammett (log $k_2$ vs ${\sigma}_X$) and Bronsted [log $k_2$ vs $pK_a(X)$] plots for substituent X variations in the nucleophiles are biphasic concave downwards with a maximum point at X = H, and the unusual positive ${\rho}_X$ and negative ${\beta}_X$ values are obtained for the strongly basic benzylamines. The sign of the cross-interaction constant (${\rho}_{XZ}$) is negative for both the strongly and weakly basic nucleophiles. Greater magnitude of ${\rho}_{XZ}$ value is observed with the weakly basic nucleophiles (${\rho}_{XZ}$ = -2.35) compared to with the strongly basic nucleophiles (${\rho}_{XZ}$ = -0.03). The deuterium kinetic isotope effects ($k_H/k_D$) involving deuterated benzylamines [$XC_6H_4CH_2ND_2$] are primary normal ($k_H/k_D$ > 1). The proposed mechanism is a concerted $S_N2$ involving a frontside nucleophilic attack with a hydrogen bonded, four-center-type transition state for both the strongly and weakly basic nucleophiles. The unusual positive ${\rho}_X$ and negative ${\beta}_X$ values with the strongly basic benzylamines are rationalized by through-space interaction between the ${\pi}$-clouds of the electron-rich phenyl ring of benzylamine and the phenyl ring of the leaving group thiophenoxide.

Description of Nearly Completed Mitochondrial Genome Sequences of the Garden Chafer Polyphylla laticollis manchurica, Endangered in Korea (Insecta: Coleoptera)

  • Kim, Min Jee;Kim, Ki-Gyoung;Kim, Iksoo
    • International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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    • 제27권1호
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    • pp.185-202
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    • 2013
  • In this study, we present the nearly complete mitogenome sequences of the garden chafer, Polyphylla laticollis manchurica, which is listed as an endangered species in Korea. The P. l. manchurica mitogenome, which includes unfinished whole A+T-rich region and a partial srRNA was 14,473-bp long, possessing typical sets of genes (13 PCGs, 22 tRNA genes, and 2 rRNA genes). Gene arrangement of the P. l. manchurica mitogenome was identical to the common one found in the majority of insects. The 5 bp-long motif sequence (TAGTA) that has been suggested to be the possible binding site for the transcription termination peptide for the major-strand was also found in the P. l. manchurica mitogenome between $tRNA^{Ser}$(UCN) and ND1. The start codon for COI gene and ATPase8 was designated as a typical TTG. All tRNAs of the P. l. manchurica showed a stable canonical clover-leaf structure of other mt tRNAs, except for $tRNA^{Ser}$(AGN), DHU arm of which could not form stable stemloop structure. As has been previously determined, the high A/T content was unanimously observed in P. l. manchurica in terms of A/T bias in the third codon position (73.5%) compared with the first (66.4%) and second codon position (66.2%). The PCGs encoded in major-strands are slightly T-skewed, whereas those of the minor-strand are A-skewed, indicating strand asymmetry in nucleotide composition in the Coleoptera including P. l. manchurica.

Protective Effects of Ecklonia stolonifera Extract on Ethanol-Induced Fatty Liver in Rats

  • Bang, Chae-Young;Byun, Jae-Hyuk;Choi, Hye-Kyung;Choi, Jae-Sue;Choung, Se-Young
    • Biomolecules & Therapeutics
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    • 제24권6호
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    • pp.650-658
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    • 2016
  • Chronic alcohol consumption causes alcoholic liver disease, which is associated with the initiation of dysregulated lipid metabolism. Recent evidences suggest that dysregulated cholesterol metabolism plays an important role in the pathogenesis of alcoholic fatty liver disease. Ecklonia stolonifera (ES), a perennial brown marine alga that belongs to the family Laminariaceae, is rich in phlorotannins. Many studies have indicated that ES has extensive pharmacological effects, such as antioxidative, hepatoprotective, and antiinflammatory effects. However, only a few studies have investigated the protective effect of ES in alcoholic fatty liver. Male Sprague-Dawley rats were randomly divided into normal diet (ND) (fed a normal diet for 10 weeks) and ethanol diet (ED) groups. Rats in the ED group were fed a Lieber-DeCarli liquid diet (containing 5% ethanol) for 10 weeks and administered ES extract (50, 100, or 200 mg/kg/day), silymarin (100 mg/kg/day), or no treatment for 4 weeks. Each treatment group comprised of eight rats. The supplementation with ES resulted in decreased serum levels of triglycerides (TGs), total cholesterol, alanine aminotransferase, and aspartate aminotransferase. In addition, there were decreases in hepatic lipid and malondialdehyde levels. Changes in liver histology, as analyzed by Oil Red O staining, showed that the ES treatment suppressed adipogenesis. In addition, the ES treatment increased the expression of fatty acid oxidation-related genes (e.g., PPAR-${\alpha}$ and CPT-1) but decreased the expression of SREBP 1, which is a TG synthesis-related gene. These results suggest that ES extract may be useful in preventing fatty acid oxidation and reducing lipogenesis in ethanol-induced fatty liver.