• Journal of Microbiology
• /
• 제43권6호
• /
• pp.529-536
• /
• 2005

Viral infection causes stress to the endoplasmic reticulum (ER). The response to endoplasmic reticulum stress, known as the unfolded protein response (UPR), is designed to eliminate misfolded proteins and allow the cell to recover. The role of hepatitis C virus (HCV) non-structural protein NS4B, a component of the HCV replicons that induce UPR, is incompletely understood. We demonstrate that HCV NS4B could induce activating transcription factor (ATF6) and inositol-requiring enzyme 1 (IRE1), to favor the HCV subreplicon and HCV viral replication. HCV NS4B activated the IRE1 pathway, as indicated by splicing of X box-binding protein (Xbp-1) mRNA. However, transcriptional activation of the XBP-1 target gene, EDEM (ER degradation-enhancing $\alpha-mannosidase-like$ protein, a protein degradation factor), was inhibited. These results imply that NS4B might induce UPR through ATF6 and IRE1-XBP1 pathways, but might also modify the outcome to benefit HCV or HCV subreplicon replication.

• BMB Reports
• /
• 제38권2호
• /
• pp.151-160
• /
• 2005

By a cDNA array representing 2308 signal transduction related genes, we studied the expression profiles of HeLa cells stably transfected by Hepatitis C virus nonstructural protein 4B (HCV-NS4B). The alterations of the expression of four genes were confirmed by real-time quantitative RT-PCR; and the aldo-keto reductase family 1, member C1 (AKR1C1) enzyme activity was detected in HCV-NS4B transiently transfected HeLa cells and Huh-7, a human hepatoma cell line. Of the 2,308 genes we examined, 34 were up-regulated and 56 were down-regulated. These 90 genes involved oncogenes, tumor suppressors, cell receptors, complements, adhesions, transcription and translation, cytoskeletion and cellular stress. The expression profiling suggested that multiple regulatory pathways were affected by HCV-NS4B directly or indirectly. And since these genes are related to carcinogenesis, host defense system and cell homeostatic mechanism, we can conclude that HCV-NS4B could play some important roles in the pathogenesis mechanism of HCV.

• 한국축산식품학회지
• /
• 제36권4호
• /
• pp.469-475
• /
• 2016

This study examined the relationship between NaCl sensitivity and stress response of Listeria monocytogenes. Nine strains of L. monocytogenes (NCCP10805, NCCP10806, NCCP10807, NCCP10808, NCCP10809, NCCP10810, NCCP10811, NCCP10920 and NCCP 10943) were exposed to 0%, 1%, 2% and 4% NaCl, and then incubated at 60℃ for 60 min to select strains that were heat-sensitized (HS) and non-sensitized (NS) by NaCl exposure. After heat challenge, L. monocytogenes strains were categorized as HS (NCCP 10805, NCCP10806, NCCP10807, NCCP10810, NCCP10811 and NCCP10920) or NS (NCCP10808, NCCP10809 and NCCP10943). Total mRNA was extracted from a HS strain (NCCP10811) and two NS strains (NCCP10808 and NCCP10809), and then cDNA was prepared to analyze the expression of genes (inlA, inlB, opuC, betL, gbuB, osmC and ctc) that may be altered in response to NaCl stress, by qRT-PCR. The expression levels of two invasion-related genes (inlA and inlB) and two stress response genes (opuC and ctc) were increased (p<0.05) in NS strains after NaCl exposure in an NaCl concentration-dependent manner. However, only betL expression was increased (p<0.05) in the HS strains. These results indicate that the effect of NaCl on heat sensitization of L. monocytogenes is strain dependent and that opuC and ctc may prevent NS L. monocytogenes strains from being heat sensitized by NaCl. Moreover, NaCl also increases the expression of invasion-related genes (inlA and inlB).

• Clinical and Experimental Pediatrics
• /
• 제52권11호
• /
• pp.1260-1266
• /
• 2009

목 적 : 특발성 신증후군은 소아의 가장 흔한 일차성 사구체 질환 중의 하나이다. 신증후군은 초기 경구 스테로이드 치료에 대한 반응에 따라서 임상적으로 스테로이드 반응성 신증후군과 스테로이드 저항성 신증후군으로 분류될 수 있다. 그러나 현재까지 신증후군에서 스테로이드의 정확한 작용 기전은 알려져 있지 않다. 신증후군 환자를 대상으로 여러 가지 유전자 다형성을 분석함으로써 스테로이드 치료에 대한 반응의 차이를 설명하려는 여러 시도들이 있어왔다. 방 법 : 본 연구에서는 190명의 신증후군 환자를 대상으로 NR3C1 유전자 다형성(ER22/23EK, N363S, BclI)을 확인하여 유전형과 임상-병리 양상의 연관성에 대해서 분석하였다. 결 과 : 신증후군 환자의 평균 연령은 4.95세였고 남아가 134명이었다. 11명의 환자는 신증후군의 가족력이 있었다. 그러나 이 환자들을 대상으로 NPHS2, WT1, ACTN4, TRPC6 유전자 분석을 시행한 결과 이상 소견은 발견되지 않았다. 80명의 환자(42.1%)는 초기 스테로이드 저항성이었고 그 중 31명의 환자는 말기 신질환으로 진행하였다. 신장 조직 검사는 113명의 환자를 대상으로 시행되었고 그 중 36명의 환자(31.9%)는 미세변화 신증후군이었고 77명의 환자(68.1%)는 초점성 분절성 사구체 경화증이었다. BclI 유전형을 비교하였을 때 G allele 빈도는 환자군과 대조군에서 차이가 없었다. ER22/23EK과 N363S 유전형은 각각 ER/ER과 NN으로 환자군과 대조군에서 동일한 양상을 보였다. BclI 유전형은 신증후군의 발병 나이, 초기 스테로이드 반응 여부, 신장의 병리학적 소견, 말기 신질환으로의 진행여부와 연관성을 보이지 않았다. 결 론 : 한국 신증후군 환아를 대상으로 한 이 연구 결과는 NR3C1 유전자의 ER22/23EK, N363S 및 BclI 유전자 다형성이 신증후군의 발병, 초기 스테로이드 치료에 대한 반응, 신장의 조직학적 소견 및 신 기능의 저하에 영향을 미치지 않음을 보여준다.

• 한국패류학회지
• /
• 제30권2호
• /
• pp.155-163
• /
• 2014

동양달팽이의 EST 에서 serpin 유전자는 2가지 type이 추정되었다. Ns-serpin type 1 (partial) 서열의 코딩 영역은 총 819 bp 이었으며, 272개의 아미노산으로 이루어져 있었으며, Ns-serpin type 2 (partial) 의 코딩영역은 총 555 bp, 185개의 아미노산으로 이루어져 있었다. Laminarin 처리 전에는 Ns-serpin type 1이 2개 발현되었으며 처리 후에는 Ns-serpin type 2가 1개 발현되고 있었다. BLAST 결과를 바탕으로 유사도가 높은 17개의 참고 서열과 동양달팽이의 Ns-serpin type 1, 2의 아미노산 서열을 MEGA6 프로그램의 clustalW 엔진을 이용하여 multiple sequence alignment 를 수행한 결과, 척색동물의 포유강 9종, 조류강 1종, 양서강 1종과 척색동물인 해초강, 절지동물의 거미강 1종과 곤충강 1종이 같은 군으로 묶였으며, 연체동물문의 경우 동양달팽이의 두 가지 type 을 포함한 복족강 4종이 같은 군으로 묶이는 것을 확인하였다. Psipred 프로그램을 활용하여 예측한 2D 구조도 multiple align 및 phylodendrogram 결과와 연관이 있음을 확인할 수 있었다. EST를 통해 밝힌 동양달팽이의 두 가지 type의 Ns-serpin 서열은 Aplysia californica 등의 근연종들의 서열과 유사하였다. 본 연구에서는 무척추동물에서의 선천성 면역과 연관이 있는 것으로 잘 알려진 두 종류의 serpin 유전자 서열을 동양달팽이 EST 결과에서 발굴 하였으며, 동양달팽이에서도 여러 가지 type의 serpin 이 존재 할 수 있음을 입증하였다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
• /
• 제64권7호
• /
• pp.355-363
• /
• 2021

Background: Nephrotic syndrome (NS) is a common renal disorder in children attributed to podocyte injury. However, children with the same diagnosis have markedly variable treatment responses, clinical courses, and outcomes, suggesting molecular heterogeneity. Purpose: This study aimed to explore the molecular responses of podocytes to nephrotic plasma to identify specific genes and signaling pathways differentiating various clinical NS groups as well as biological processes that drive injury in normal podocytes. Methods: Transcriptome profiles from immortalized human podocyte cell line exposed to the plasma of 8 subjects (steroid-sensitive nephrotic syndrome [SSNS], n=4; steroid-resistant nephrotic syndrome [SRNS], n=2; and healthy adult individuals [control], n=2) were generated using microarray analysis. Results: Unsupervised hierarchical clustering of global gene expression data was broadly correlated with the clinical classification of NS. Differential gene expression (DGE) analysis of diseased groups (SSNS or SRNS) versus healthy controls identified 105 genes (58 up-regulated, 47 down-regulated) in SSNS and 139 genes (78 up-regulated, 61 down-regulated) in SRNS with 55 common to SSNS and SRNS, while the rest were unique (50 in SSNS, 84 genes in SRNS). Pathway analysis of the significant (P≤0.05, -1≤ log2 FC ≥1) differentially expressed genes identified the transforming growth factor-β and Janus kinase-signal transducer and activator of transcription pathways to be involved in both SSNS and SRNS. DGE analysis of SSNS versus SRNS identified 2,350 genes with values of P≤0.05, and a heatmap of corresponding expression values of these genes in each subject showed clear differences in SSNS and SRNS. Conclusion: Our study observations indicate that, although podocyte injury follows similar pathways in different clinical subgroups, the pathways are modulated differently as evidenced by the heatmap. Such transcriptome profiling with a larger cohort can stratify patients into intrinsic subtypes and provide insight into the molecular mechanisms of podocyte injury.

• Clinical and Experimental Pediatrics
• /
• 제62권7호
• /
• pp.274-280
• /
• 2019

Purpose: To analyze the growth response to growth hormone (GH) therapy in prepubertal patients with Noonan syndrome (NS) harboring different genetic mutations. Methods: Twenty-three patients with prepubertal NS treated at Pusan National University Children's Hospital between March 2009 and July 2017 were enrolled. According to the disease-causing genes identified, the patients with NS were divided into 4 groups. Three groups were positive for mutations of the PTPN11, RAF1, and SOS1 genes. The five genes undetected (FGU) group was negative for PTPN11, RAF1, SOS1, KRAS, and BRAF gene mutations. The influence of genotype was retrospectively analyzed by comparing the growth parameters after GH therapy. Results: The mean chronological age at the start of GH treatment was $5.85{\pm}2.67years$. At the beginning of the GH treatment, the height standard deviation score (SDS), growth velocity (GV), and lower levels of insulin-like growth factor-1 (IGF)-1 levels were not statistically different among the groups. All the 23 NS patients had significantly increased height SDS and serum IGF-1 level during the 3 years of treatment. GV was highest during the first year of treatment. During the 3 years of GH therapy, the PTPN11, RAF1, and SOS1 groups showed less improvement in height SDS, IGF-1 SDS, and GV, and less increase in bone age-to-chronological age ratio than the FGU group. Conclusion: The 3-year GH therapy in the 23 prepubertal patients with NS was effective in improving height SDS, GV, and serum IGF-1 levels. The FGU group showed a better response to recombinant human GH therapy than the PTPN11, RAF1, and SOS1 groups.

• 한국패류학회지
• /
• 제29권3호
• /
• pp.171-179
• /
• 2013

동양달팽이의 arginine kinase 유전자는 염기서열 1065개로 이루어져있으며 355개의 아미노산으로 이루어져 있으며, BLAST 결과를 토대로 유사도가 높은 25개의 참고 서열과 동양달팽이의 arginine kinase의 아미노산 서열을 MEGA5 프로그램의 clustalW 모듈을 이용하여 multiple sequence alignment 를 수행한 결과, 연체동물문에 속하는 복족강 (5종), 두족강 (5종), 이매패강 (4종) 등에 속하는 생물들이 같은 군으로 묶였으며, 절지동물문 곤충강 에 속하는 나비목 (2종), 벌목 (1종), 노린재목 (2종) 등에 속하는 생물들이 같은 군으로 묶이고, 갑각강 (5종), 거미강 (1종) 에 속하는 생물들이 묶이는 것을 알 수 있었다. Psipred 소프트웨어를 통해 2D 구조를 비교 분석한 결과도 multiple align 및 phylodendrogram 결과와 밀접한 관계가 있음을 알 수 있었다. 시간에 따른 arginine kinase의 발현양상을 확인한 결과 control에 비하여 6시간에서 약 1.2배 정도 발현이 증가하는 것을 확인할 수 있었으며, 12시간이 지나면 점차 감소하는 것을 확인할 수 있었다. EST를 통해 밝혀진 N. samarangae 의 Ark 서열은 근연종들의 서열과 일치함을 알 수 있었으며, 본 연구 결과를 통해 무척추동물에서의 선천성 면역 관련 유전자 연구에 동양달팽이가 좋은 모델이 될 수 있음을 제시하고 있다.

• Journal of Plant Biotechnology
• /
• 제42권4호
• /
• pp.356-363
• /
• 2015

나무의 유전 공학적 연구를 위해서는 목본 고유의 유전자 및 프로모터 연구가 필수적이다. 우리는 포플러(P. alba ${\times}$ P. glandulosa)의 Pagns-LTP 유전자의 867 bp 프로모터를 분리하였고, ${\beta}$-glucuronidase (GUS) reporter 유전자를 이용한 프로모터의 형질전환 포플러를 제작하여 특성 분석하였다. Pagns-LTP 유전자는 어린뿌리에서 강하게 발현되었고 어린잎에서는 약하게 발현되었으며, 그밖에 다른 조직에서는 발현되지 않았다. 또한, 프로모터의 활성은 뿌리와 어린잎에서 한정되었으며 어린뿌리의 세포 전체에서 강한 활성을 나타내었다. 이에 포플러 ns-LTP 프로모터 내의 cis-element를 조사하고 현사시나무에서 Pagns-LTP 프로모터를 분리한 후 활성을 분석하였다. 프로모터 내의 cis-element를 분석한 결과, 조직 특이적 발현과 호르몬 및 스트레스에 반응하는 다양한 cis-element가 존재함을 확인하였다. 이를 통해 포플러의 ns-LTP는 생장뿐만 아니라, 스트레스에도 관여할 것이라고 추측할 수 있었다. 본 연구는 목본의 유전자 기능 분석 및 다양한 응용 연구를 위해 유용하게 이용될 수 있는 도구로서의 가능성을 제시하였다.

• 한국가금학회지
• /
• 제45권3호
• /
• pp.209-217
• /
• 2018

The innate immune recognition is based on the detection of microbial products. Toll-like receptors (TLRs) located on the cell surface and the endosome senses microbial components and nucleic acids, respectively. Chicken TLRs mediate immune responses by sensing ligands from pathogens, have been studied as immune adjuvants to increase the efficacy of vaccines. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) of TLR3 and TLR4 genes in chicken were associated with resistance and susceptibility to viral infection. In this study, SNPs of chTLR3 and chTLR4 genes were retrieved from public database and annotated with chicken reference genome. Three-dimensional models of the chTLR3 and chTLR4 proteins were built using a Swiss modeler. We identified 35 and 13 nsSNPs in chTLR3 and chTLR4 genes respectively. Sorting Intolerant from Tolerant (SIFT) and Polymorphism Phenotyping v2 (Polyphen-2) analyses, suggested that, out of 35 and 13 nsSNPs, 4 and 2 SNPs were identified to be deleterious in chTLR3 and chTLR4 gene respectively. In chTLR3, 1 deleterious SNP was located in ectodomain and 3 were located in the Toll / IL-1 receptor (TIR) domain. Further structural model of chTLR3-TIR domain suggested that 1 deleterious SNP be present in the B-B loop region, which is important for TIR-TIR domain interactions in the downstream signaling. In chTLR4, the deleterious SNPs were located both in the ectodomain and TIR domain. SNPs predicted for chTLR3 and chTLR4 in this study, might be related to resistance or susceptible to viral infection in chickens. Results from this study will be useful to develop the effective measures in chicken against infectious diseases.