• Journal of Species Research
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• 제7권1호
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• pp.50-59
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• 2018

During the course of investigation of indigenous prokaryotic species in Korea, a total of 30 bacterial strains belonging to the phylum Firmicutes were isolated from diverse environmental sites such as soil, avian feces, wastewater treatment plants, fermented vegetables, seawater, algae, sea cucumber, octopus and tidal flat sediment. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences revealed that each strain showed high sequence similarity (${\geq}98.7%$) to the closest type strain and formed a robust phylogenetic clade with the most closely related species in the phylum Firmicutes. To date, there is no official record of these 30 species in Korea. Therefore, we report 26 species of 12 genera in the order Bacillales and 4 species of 4 genera in the order Lactobacillales which have not been reported in Korea. Morphological and biochemical characteristics, isolation sources and NIBR deposit numbers are described in the species descriptions.

• Journal of Species Research
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• 제9권3호
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• pp.233-246
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• 2020

A scientific name is one of changeable terms in biology whenever additional research results of specific taxa is accumulated. The Database of the National Species List of Korea (DBNKo) was developed to manage taxonomic information of Korean species, designed to describe the changeable and complex taxonomical structure and information. A Korean Taxonomical Serial Number (KTSN) was assigned to each taxon, different from the normally used systems that the scientific name was considered as primary key to manage higher rank of taxa systematically. Common names were also treated with the KTSN, reflecting that common name is considered as one type of taxon. Additional taxonomic information (e.g., synonyms, original names, and references) was also added to the database. A web interface with an intuitive dashboard presenting taxonomic hierarchical structure is provided to experts and/or managers of the DBNKo. Currently, several biological databases are available in the National Institute of Biological Resources (NIBR) such as a specimen database, a digital library, a genetic information system, and the shared species data based on the DBNKo. The DBNKo started sharing species information with other institutions such as the Nakdonggang National Institute of Biological Resources. It is an ideal centralized species database to manage standardized information of Korean species.

• Journal of Species Research
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• 제1권2호
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• pp.105-132
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• 2012

The saga of Megascolides orthostichon (Schmarda, 1861)-the first native worm described from Australasia-continues as its type-locality is unequivocally returned from Hobart, Tasmania to Mt Wellington, Auckland where a brief survey failed to unearth it. Since it has not been seen for 150 yrs, it may qualify under NZTCS or IUCN classification as 'Nationally Critical' if not 'Extinct'. New reports are for exotic Megascolecidae Anisochaeta kiwi sp. nov. and A. kiwi mihi sub-sp. nov. plus addition to the NZ faunal list of Australian Anisochaeta macleayi (Fletcher, 1889) that, due to its wide distribution in Australia and now New Zealand, may be a candidate model-species suitably resilient for eco-toxicological culture and monitoring. For holarctic Lumbricidae, new records are of Dendrobaena attemsi (Michaelsen, 1903) and the Murchieona muldali (Omodeo, 1956) morph or subspecies of M. minuscula (Rosa, 1906), neither lumbricid previously uncovered in Asia/Australasia. Also found for the first time outside its East Asian homeland is Eisenia japonica (Michaelsen, 1892) (which is compared to Japanese E. japonica hiramoto sub-sp. nov. and to E. anzac Blakemore, 2011). Records of these exotics plus recent new native species described by the author-including two, Rhododrilus mangamingi and Deinodrilus orcus spp. novae, herein-raise the numbers of megadriles known from New Zealand to 228 (sub-)species in five families. Preliminary mtDNA COI sequence barcodes are presented. Genus Tokea Benham, 1904 is revived on its lack of dorsal pores, losing or gaining some species with Megascolides M'Coy, 1878. An updated checklist of all 228 New Zealand taxa is appended.

• Journal of Species Research
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• 제9권4호
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• pp.346-361
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• 2020

In the project of a comprehensive investigation of indigenous prokaryotic species in Korea, a total of 39 bacterial strains phylogenetically belonging to the classes Betaproteobacteria and Gammaproteobacteria were isolated from various environmental sources such as soil, cultivated soil, sludge, seawater, marine sediment, algae, human, tree, moss, tidal flat, beach sand and lagoon. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences revealed that 39 strains showed the high sequence similarities (≥98.7%) to the closest type strains and formed robust phylogenetic clades with closely related species in the classes Betaproteobacteria and Gammaproteobacteria. In the present study, we report 14 species of 9 genera of four families of two orders in the class Betaproteobacteria and 25 species of 21 genera of 15 families of eight orders in the class Gammaproteobacteria, which have not been reported in Korea. Morphological, biochemical, and physiological characteristics, isolation sources, and NIBR deposit numbers are described in the species descriptions.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제62권2호
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• pp.123-127
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• 2019

핑크왐피는 피부병, 말라리아, 복통, 이질 및 장염 치료를 위한 약용 식물로 사용되고 있다. 본 연구의 목적은 핑크왐피의 안전성을 확인하기 위하여, 수컷 ICR 마우스를 이용하여 핑크왐피를 3주 반복 경구 투여하여 최대무독성용량을 평가했다. 핑크왐피를 100, 250, 500, 1000, 및 2000 mg/kg으로 투여한 결과, 모든 시험물질 투여군에서 이상이 관찰되지 않았다. 사망률, 임상 증상, 체중 변화, 혈액 학적 검사 및 혈청 생화학 검사에서 유의적인 차이는 없었고, 경미한 변동은 핑크왐피의 투여로 인한 영향이 아닌 정상 범위 내에서의 변화로 간주 되어진다. 결과적으로, 핑크왐피는 모든 시험물질 투여군에서 독성 영향을 미치지 않았으며, 핑크왐피의 최대무독성용량은 2000 mg/kg 이상으로 간주되었다.

• 식물분류학회지
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• 제49권2호
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• pp.179-197
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• 2019

전라남도 고흥군에 위치하는 외나로도의 관속식물상을 조사하고 분포가 확인된 주요식물에 대해 논의하였다. 2015년 3월부터 2017년 10월까지 3년 동안 총 21회의 현지조사에서 확보된 표본에 근거하여 관속식물목록을 작성하였고, 국립생물자원관 표본관(KB)과 대전대 생물학과 표본실(TUT)에 수장하였다. 본 조사에서 생육이 확인된 관속식물은 122과 364속 538종 6아종 41변종 2품종의 총 587분류군이다. 멸종위기야생생물로는 혹난초, 지네발란, 대흥란, 석곡 4분류군을 확인하였다. 한반도고유종은 변산바람꽃, 해변싸리, 거제물봉선 등 14분류군이었고, 식물구계학적 특정식물로는 V등급 4분류군, IV등급 4분류군, III등급 47분류군, II등급 18분류군, I등급 64분류군으로 총 137분류군이 조사되었다. 적색식물목록종으로는 위급종(critically endangered) 꽃꿩의다리를 포함하여16분류군을 확인하였다. 귀화식물로는 가시상추, 물참새피 등 46분류군이 조사되었다.

• 대한본초학회지
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• 제39권2호
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• pp.1-9
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• 2024

Objectives : Paeng-hwal is described as an insect herbal medicine used for digestive diseases in the Dong-ui-bo-gam. The origin of this herbal medicine is limited to several small crabs, such as Helice tridens. These crab species cohabitat in the same environment and share similar morphological characteristics, making it very difficult to distinguish and collect the individual species for use in dietary supplements or herbal medicines. This study was conducted to develop a genetic identification tool for discriminating among these closely related small crab species. Methods : CO1 DNA barcode regions of 15 samples from 6 species of small crabs were analyzed to obtain the individual sequences. To identify the correct species, comparative analyses were carried out using the database of the NCBI GenBank and the NIBR. SCAR primers were designed to develop simple and rapid assay methods using inter-species specific sequences. Optimal SCAR assay conditions were established through gradient PCR, and the limit of detection (LOD) was determined. Results : Six species of small crabs (Helicana tridens, Macrophthalmus abbreviatus, Helicana tientsinensis, Helicana wuana, Chiromantes dehaani, and Hemigrapsus penicillatus), which are distributed as Paeng-hwal, were identified through CO1 sequences analysis. We also developed SCAR markers to distinguish between six small crabs at the species level. Furthermore, we established the optimal PCR assay methods and the LOD of each individual species. Conclusions : The rapid and simple SCAR-PCR assay methods were developed to identify the species and control the quality of herbal medicines for Paeng-hwal based on the genetic analyses of CO1 DNA barcodes.

• 생명과학회지
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• 제32권10호
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• pp.784-791
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• 2022

본 연구는 노니와 해죽순을 혼합 급여하였을 때 흰점박이꽃무지유충(꽃벵이)에 미치는 물리화학적 변화를 관찰하기 위해 수행되었다. 노니와 해죽순을 복합 급여 시 꽃벵이 절식 동안에 사멸율, 수율 등을 개선하는 것으로 나타났다. 건조굼벵이 분말의 처리구에서 pH는 소량 증가하였으며, 명도가 증가되는 반면에, 적색도는 감소되는 것으로 나타났다. 일반성분 분석에서 지방이 약간 증가되었지만, 단백질 및 탄수화물은 유사한 것으로 관찰되었다. 처리구에 미네랄 함량은 전반적으로 상승되었으며, 특히 칼륨이 매우 높게 관찰되었다. 처리구에서 총구조아미노산은 감소된 반면에, 총유리아미노산은 증가되어 상반되는 결과를 보였다. 처리구에 구조아미노산들은 전반적으로 감소되는 경향성을 보였다. 그러나 유리아미노산은 특이적인 경향성을 보이지 않았고, 각 성분별 다른 결과를 보였다. 유리아미노산 중 트립토판, 포스포-세린, 메틸-히스티딘은 높게 증가한 반면에, 트레오닌, 메티오닌, 아스파라긴 등은 높은 감소를 보였다. 처리구에서 총포화지방산은 증가되었지만, 일가 및 다가불포화지방산은 감소되었다. 포화지방산 중에서 Heptadecanoic acid (C17:0)가 특이적으로 증가했다. 다른 한편으로 다가불포화지방산 중에서 오메가-3계열인 cis-5,8,11,14,17-Eicosapentaenoic acid (C20:5n3)가 약간 상승되는 경향성을 보였지만, 오메가-6계열은 감소되었다. 따라서 본 연구에서 미네랄, 총유리아미노산, 오메가-3 계열 지방산 등이 증가되었기 때문에, 노니와 해죽순 복합급여 사료는 기능성 증진 물질 생산을 위한 먹이원으로써 활용가능성이 있는 것으로 제의된다.

• 생명과학회지
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• 제33권11호
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• pp.897-904
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• 2023

본 연구는 Bacillus velezensis K10의 유전체 분석결과에 따른 유전자의 고유한 특성을 이용하여 유전자마커를 탐색하고 확립하여 산업현장에서 활용하기 위해서 수행하였다. B. velezensis K10은 총 4,159,835 bps를 유지하였으며, 5,136개의 단백질을 발현하는 것으로 조사되었다. B. velezensis K10은 표준균주에 비교하여 전반적으로 외부요인에 기인되는 유전자의 이동이 훨씬 많은 것으로 나타났다. 이와 같은 양상에 기인하여 B. velezensis K10은 특유의 유전적 서열을 유지할 수 있는 것으로 추정되었다. 선발마커 발굴을 위해 recombinase, integrase, transposase, phage-related genes, 등 유전자 변이 유발이 쉬운 게놈상의 영역에 대해 탐색을 실시하였다. 그 결과, 선발마커로써 가능성이 높은 9개 부위를 확보하였다. 후보마커는 일부 다른 영역에서 특이성을 보이는 영역들이 존재했지만, phage 연관 유전자들에서 매우 특이성이 높았기 때문에, 모두 phage 관련 부위에서 모두 탐색되었다. 종간 후보 선발마커로써 B. licheniformis K12, B. velezensis K10, B. subtilis, B. cereus 등에 대해 PCR 분석을 실시하였다. 그 결과 BV3, BV5~9까지 총 6 프라이머 세트에서 B. velezensis K10 특이적인 PCR 산물이 형성되는 것을 확인하였다. 다른 한편으로, subspecies 수준에서 분석 결과, BV3, 5, 8, 9 등 4 프라이머 세트에서 B. velezensis K10 특이적인 PCR 산물이 형성되는 것을 관찰했다. 분석된 마커 중에서 BV5와 8가 가장 특이성이 높았기 때문에 종(species) 및 아종(sub-species) 수준에서 B. velezensis K10 유전자 선발마커로써 BV5와 8을 활용 가능할 것으로 제의된다.

• 생명과학회지
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• 제33권10호
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• pp.808-819
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• 2023

본 연구에서는 미생물균총에서 B. licheniformis K12 균주의 양상을 확인하기 위한 선발마커 개발을 시도하였다. Bacillus licheniformis는 바위게 내장에서 유산생산균주로써 분리되었다. 본 균주는 중온에서 성장이 양호할 뿐만 아니라 유전체 분석결과 protease, amylase, cellulase, lipase, protease, xylanase 등 다양한 고분자 물질들을 분해할 수 있는 효소류들을 보유하고 있는 것으로 나타났다. 선발마커 발굴을 위해 recombinase, integrase, transposase, phage-related genes, bacteriocin 등 유전자 변이 유발이 쉬운 게놈상의 영역에 대해 탐색을 실시하였다. 그 결과, 선발마커로써 가능성이 높은 5개 부위를 확보하였다. 후보마커는 recombinase 부위 3개(BLK1, 2, 3) integrase 부위 1개(BLK4), phase 관련 1개(BLK5)로 나타났다. 후보 선발마커로써 Bacillus species가 다른 B. licheniformis, B. velezensis, B. subtilis, B. cereus 등에 대해 PCR 분석을 실시하였다. 그 결과 BLK1 recombinase, BLK2 recombinase family protein, BLK4 site-specific integrase 등에서 B. licheniformis에서 특이적인 위치에 PCR 산물이 나타나는 것을 확인하였다. 또한, B. licheniformis 표준균주로써 subspecies에 대한 PCR을 수행한 결과 BLK1 및 3이 선발마커로써 양호한 것으로 나타났다. 따라서 BLK1이 미생물균총에서 종(species) 및 아종(subspecies) 선발마커로써 활용 가능할 것으로 판단된다.