• 정보관리연구
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• 제40권4호
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• pp.109-133
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• 2009

생명정보 중에서 미국의 국립생명공학정보센터(NCBI)에서 제공하는 GenBank는 전 세계적으로 연구자들이 가장 많이 사용하는 대표적인 유전자정보 데이터베이스이다. 한국과학기술정보연구원(KISTI)은 GenBank의 최신 버전을 데이터베이스로 재구축하여 Bio-KRISTAL 검색엔진을 이용하여 국내 생명과학 연구자들에게 제공하고 있다. 본 논문에서는 GenBank 데이터베이스를 활용하여 과학기술정보 통합서비스인 NDSL의 논문정보, 특허정보, 생물다양성정보 등의 콘텐트와 GenBank reference 필드와 organism 필드를 상호 연계하는 서비스 모델을 설계하고 프로토타입 시스템을 개발하였다. 이를 위하여 1) NCBI FTP 사이트에서 GenBank 데이터를 수집하여, 2) GenBank 텍스트 파일을 유전자 기본정보와 참고정보로 나누어 데이터베이스로 재구축하여, 3) GenBank reference 필드에서 논문 및 특허 정보 추출을 통한 새로운 테이블을 생성하여, 4) 데이터 맵핑 기술을 이용하여 GenBank 데이터와 NDSL 데이터가 상호 연계되어 서비스되는 프로토타입 시스템을 구현하여 이종의 콘텐트간 연계 및 융합 서비스의 가능성을 확인하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제23권5호
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• pp.623-629
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• 2013

Gibberellins (GAs) are a group of phytohormones that control many developmental processes in higher plants. We report the cloning and expression pattern of gibberellin biosynthesis genes from a new GA-producing fungus, Fusarium proliferatum (strain KGL0401). These genes sequences are deposited in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) under accession numbers EF119831, EF119832, DQ313173, DQ313174, DQ313175, DQ313176, and DQ313177. The expression level of these genes was maximal at a 0.5 M : 0.17 M carbon : nitrogen ratio, and minimal at a 0.25 M : 0.47 M carbon : nitrogen ratio.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제52권2호
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• pp.163-178
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• 2024

Pan-genome analysis is used to interpret genome heterogeneity and diversification of bacterial species. Here, we present pan-genome analysis of 22 strains of Enterococcus mundtii. The GenBank file of E. mundtii strains that have been isolated from different sources i.e., human fecal matter, soil, leaf, dairy products, and insects was downloaded from National Center for Biotechnology Information (NCBI) database and analyzed using BPGA-1.3.0 (Bacterial Pan Genome Analysis) pipeline. Out of a total, 4503 gene families, 1843 belongs to the core genes whereas 1,762 gene families represent the accessory genes and 898 gene families depict the unique genes among all the selected genomes. Majority of the core genes belongs to the categories of Metabolism (37.83%) and Information storage & processing (29.84%) whereas unique genes belongs to the category of Information storage & processing (48.08%). Further, accessory genes are almost equally present in both functional categories i.e. Information storage & processing and Metabolism (34.34% and 32.27% respectively). Further, subset analysis on the basis of the origin of isolates exhibits presence and absence of exclusive gene families. The observation suggests that even closely related strains of a species show extensive disparity in genome owing to their ability to adapt to a specific environment.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제4권1호
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• pp.25-31
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• 2001

4-Aminobutyrate aminotransferase plays an essential role in the 4-aminobutyric acid shunt, converting 4-aminobutyrate to succinic semi aldehyde. We isolated and sequenced' a fish cDNA fragment that encodes 4-aminobutyrate aminotransferase. A brain cDNA library from flounder (Paralichthys olivaceus) was constructed using the ZAP- III XR vector and screened for the fish 4-aminobutyrate aminotransferase gene using a probe derived from the conserved sequences of known mammalian 4-aminobutyrate aminotransferases. A partial cDNA for 4-aminobutyrate aminotransferase was cloned and found to be 700 bp in length corresponding to 66 amino acids. Nucleotide sequence of the clone was aligned with NCBI (National Center for Biotechnology Information) DNA sequence data base. The result showed high sequence identity with previously reported mammalian 4-aminobutyrate aminotransferases. The trans­criptional level of flounder 4-aminobutyrate aminotransferase was detected with the presence of mRNA at different flounder tissues by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). The expression of flounder 4-aminobutyrate aminotransferase was also tested and detected from the flounder tissues of the brain, liver, kidney and pancreas.

• 생명과학회지
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• 제27권3호
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• pp.351-354
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• 2017

본 연구에서 밝혀진 갓끈동부의 ITS1, 5.8S 및 ITS2의 염기서열은 NCBI (National Center for Biotechnology Information)의 GenBank에 Vigna sinensis AY195581로 등록하였다. ITS1, 5.8S 및 ITS2의 총 염기서열 507 염기서열을 이용한 Vigna sinensis (AY195581)의 분자계통분석에서 Vigna unguiculata 및 그 아종들과 98~100% 범위의 염기서열 상동성을 보였다. Vigna unguiculata는 계통분석에 이용된 다른 종들로부터 독립된 하나의 cluster로 그룹핑(grouping)이 됨을 확인하였다. 본 계통분석은 Vigna unguiculata가 Vigna 속의 다른 종에 비해 비교적 최근에 분화되었으며, 현재 유전적인 변화가 많이 일어나고 있음 보이고 있다. 또한, Vigna 속, Vigna longifolia, Vigna vexillata, Vigna membranacea, Vigna friesiorum, Vigna monophylla, Vigna schimperi, Vigna nigritia, Vigna lasiocarpa, Vigna trichocarpa, Vigna diffusa의 다른 종들과 비교하여 유전적으로 독립적인 종임을 확인하였다. 본 연구의 Vigna sinensis의 ITS1, 5.8S 및 ITS2를 이용한 계통분석은 Vigna sinensis를 Vigna unguiculata로 분류하는 것이 타당한 것으로 보여진다. 본 종은 국내에서 멸종된 것으로 알려져 있었으나 최근 토착 식물로써 발견되었고 이 갓끈동부의 관련 식물 종들과의 분자계통학적 위치를 명확히 밝힘에 의의가 있다고 하겠다.

• Genomics & Informatics
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• 제14권1호
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• pp.29-33
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• 2016

A retron is a bacterial retroelement that encodes an RNA gene and a reverse transcriptase (RT). The former, once transcribed, works as a template primer for reverse transcription by the latter. The resulting DNA is covalently linked to the upstream part of the RNA; this chimera is called multicopy single-stranded DNA (msDNA), which is extrachromosomal DNA found in many bacterial species. Based on the conserved features in the eight known msDNA sequences, we developed a detection method and applied it to scan National Center for Biotechnology Information (NCBI) RefSeq bacterial genome sequences. Among 16,844 bacterial sequences possessing a retron-type RT domain, we identified 48 unique types of msDNA. Currently, the biological role of msDNA is not well understood. Our work will be a useful tool in studying the distribution, evolution, and physiological role of msDNA.

• 한국초지조사료학회지
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• 제38권3호
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• pp.190-195
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• 2018

Cold, salt and heat are the most critical factors that restrict full genetic potential, growth and development of crops globally. However, clarification of genes expression and regulation is a fundamental approach to understanding the adaptive response of plants under unfavorable environments. In this study, we applied an annealing control primer (ACP) based on the GeneFishing approach to identify differentially expressed genes (DEGs) in Italian ryegrass (cv. Kowinearly) leaves under cold, salt and heat stresses. Two-week-old seedlings were exposed to cold ($4^{\circ}C$), salt (NaCl 200 mM) and heat ($42^{\circ}C$) treatments for six hours. A total 8 differentially expressed genes were isolated from ryegrass leaves. These genes were sequenced then identified and validated using the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database. We identified several promising genes encoding light harvesting chlorophyll a/b binding protein, alpha-glactosidase b, chromosome 3B, elongation factor 1-alpha, FLbaf106f03, Lolium multiflorum plastid, complete genome, translation initiation factor SUI1, and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase. These genes were potentially involved in photosynthesis, plant development, protein synthesis and abiotic stress tolerance in plants. However, this study provides new insight regarding molecular information about several genes in response to multiple abiotic stresses. Additionally, these genes may be useful for enhancement of abiotic stress tolerance in fodder crops as well a crop improvement under unfavorable environmental conditions.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제36권4호
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• pp.331-341
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• 2021

본 연구에서는 DNA barcode 시험법을 이용하여 시중 유통 중인 도미와 옥돔 수산가공식품의 위변조현황을 분석하였다. 참돔 12건, 돌돔 4건, 황돔 7건, 감성돔 2건, 나일틸라피아 7건, 옥돔 6건, 옥두어 8건 총 46건의 시료에 대해 실험을 진행하였다. 생물 종 판별에 주로 이용되는 mitochondrial DNA의 COX I (cytochrome C oxidase subunit I) 유전자 영역을 분석하여 원재료의 종을 판정하였다. NCBI에서 제공하는 BLAST Search 프로그램을 이용하여 분석된 염기서열과 NCBI에 등록된 각각 어류의 유전자 염기서열을 비교하였다. 분석 결과 염기서열 상동성(identity)이 97% 이상인 종을 원재료 종으로 판별하였다. DNA barcode 시험법을 이용해 시중 유통되는 참돔, 돌돔, 황돔, 감성돔, 나일틸라피아, 옥돔, 옥두 수산가공품 46건에 대해 조사한 결과 위변조 사례는 나타나지 않았다. 그러나 시장에서 통용되는 일반명칭과 식품공전에 기술된 표준명칭이 상이하여 소비자의 혼란을 야기할 수 있어 수산물 가공식품 표기에 일반명칭과 더불어 표준명칭 또는 학명을 같이 기술하여야 할 것으로 판단되었다.

• Genomics & Informatics
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• 제19권4호
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• pp.45.1-45.8
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• 2021

Brassica napus is the third most important oilseed crop in the world; however, in Korea, it is greatly affected by cold stress, limiting seed growth and production. Plants have developed specific stress responses that are generally divided into three categories: cold-stress signaling, transcriptional/post-transcriptional regulation, and stress-response mechanisms. Large numbers of functional and regulatory proteins are involved in these processes when triggered by cold stress. Here, our objective was to investigate the different genetic factors involved in the cold-stress responses of B. napus. Consequently, we treated the Korean B. napus cultivar Naehan at the 4-week stage in cold chambers under different conditions, and RNA and cDNA were obtained. An in silico analysis included 80 cold-responsive genes downloaded from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database. Expression levels were assessed by reverse transcription polymerase chain reaction, and 14 cold-triggered genes were identified under cold-stress conditions. The most significant genes encoded zinc-finger proteins (33.7%), followed by MYB transcription factors (7.5%). In the future, we will select genes appropriate for improving the cold tolerance of B. napus.

• 한국지능정보시스템학회:학술대회논문집
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• 한국지능정보시스템학회 2007년도 한국지능정보시스템학회
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• pp.341-350
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• 2007

DNA 염기 서열 배치 알고리즘은 분자 생물학 분야에서 단백질과 핵산 서열들의 분석에서 중요한 방법이다. 생물학적인 염기 서열들은 그들 사이의 유사성과 차이점을 나타내기 위해 정렬된다. 본 논문에서는 기존의 DNA 염기 서열 배치 방법을 개선하기 위하여 DP(Dynamic Programming) 알고리즘의 비용증가( O (nm) ) 문제를 해결하는 Quadrant 방법과 품질 정보 및 퍼지 추론시스템(fuzzy inference system)을 적용한 DNA 염기 서열 배치 알고리즘을 제안한다. 본 논문에서 제안한 DNA 염기 서열 배치 알고리즘은 Quadrant 방법을 적용하여 Needleman-Wunsch의 DP 기반 알고리즘에서의 행렬 생성 단계에서 발생하는 불필요한 정렬 계산을 제거하여 전체 수행 시간을 단축하고, 각 DNA 염기 서열 단편 각각의 길이 차이와 낮은 품질의 DNA 염기 빈도를 퍼지 추론 시스템에 적용하여 지능적으로 갭 비용(gap cost)을 동적으로 조정한다. 제안된 알고리즘의 성능 평가를 위해 NCBI (National Center for Biotechnology Information)의 실제 유전체 데이터로 성능을 분석한 결과, 제안된 알고리즘이 기존의 품질정보만을 이용한 알고리즘보다 개선된 것을 확인하였다.