• 제목/요약/키워드: Multi-species

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연체동물 NGS 데이터 분석을 위한 PANM 데이터베이스 업데이트 (Version II) (The Protostome database (PANM-DB): Version 2.0 release with updated sequences)

  • 강세원;박소영;;황희주;정종민;송대권;박영수;이준상;한연수;박홍석;이용석
    • 한국패류학회지
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    • 제32권3호
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    • pp.185-188
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    • 2016
  • 본 연구를 통하여 업데이트된 PANM 데이터베이스 버전 II는 버전 I 에 비해 많은 양의 정보가 추가되었다. 하지만 여전히 NCBI nr 데이터베이스에 비해 적은 양으로서, NGS 분석에 있어 많은 시간을 절약하게 해줄 수 있다. 또한 웹 인터페이스의 개선으로 인하여 직관성 및 신뢰성을 더욱 더 확보할 수 있었다. 개별적인 서버를 운용하여 NGS 데이터를 분석하는 연구자들을 위해 PANM 데이터베이스의 다운로드가 가능하도록 하였고 이로 인해 NGS 데이터 분석 시간이 줄어들 수 있을 것이다. 앞으로 꾸준한 PANM 데이터베이스 업데이트를 통하여 연체동물을 연구하는 연구자들은 물론 절지동물, 선형동물을 연구하는 연구자들에게도 많은 도움이 될 것으로 생각되며, 추가적으로 구축된 두족류 전용 데이터베이스 역시 두족류를 연구하는 연구자들에게 매우 유용하리라 사료되어진다.

도시공원에 식재된 왕벚나무 수종을 중심으로 한 수목활력도의 정량평가지표 개발 및 이론적 고찰에 관한 연구 (Indicators for the Quantitative Assessment of Tree Vigor Condition and Its Theoretical Implications : A Case Study of Japanese Flowering-cherry Trees in Urban Park)

  • 송영근
    • 한국환경복원기술학회지
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    • 제17권4호
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    • pp.57-67
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    • 2014
  • The vigor condition of trees is an important indicator for the management of urban forested area. But difficulties in how to assess the tree vigor condition still remain. Previous efforts were limited in the 1) measurement of single indicator rather than using multiple indices, 2) purpose-oriented measurement such as for air-pollution effect or specific pathological symptom, and 3) ordinal-scale evaluations by field crews 4) despite human errors based on his/her experiences or prior knowledge. Therefore, this study attempted to develop a quantitative and objective methodology for assessing tree vigor condition, by measuring multiple modules and building the profile inventory. Furthermore, the possibility and limitations were discussed in terms of schematic frames describing tree vigor condition. The vigor condition of 56 flowering cherry plants in urban park were assessed by in-situ measurements of following eight items; growth of crown(Gc), growth of shoots, individual tree volume(Vol), plant area index, woody area index, leaf area index, leaf chlorophyll content(Lc) and leaf water content(Lw). For validation, these measurements were compared with the ranks of holistic tree vigor condition, which were visually assessed using a 4-point grading scale based on the expert's knowledge. As a result, the measures of each evaluation item successfully highlighted a variety of aspects in tree vigor condition, including the states of both photosynthetic and non-photosynthetic parts. The variation in the results depending on evaluated parts was shown within an individual tree, even though the broad agreement among the results was found. The result of correlation analysis between the tested measurements and 4-point visual assessment, demonstrated that the state of water-stressed foliage of the season (Lw) or the development of plant materials since sapling phase (Vol) could be better viewed from the outer appearance of trees than other symptoms. But only based on the visual assessment, it may be difficult to detect the quality of photosynthesis (Lc) or the recent trend in growth of trees (Gc). To make this methodology simplified for the broad-scale application, the tested eight measurements could be integrated into two components by principal component analysis, which was labelled with 'the amount of plant materials' and 'vigor trend', respectively. In addition, the use of these quantitative and multi-scale indicators underlies the importance of assessing various aspects of tree vigor condition, taking into account the response(s) on different time and spatial scale of pressure(s) shown in each evaluated module. Future study should be advanced for various species at diverse developing stages and environment, and the application to wide areas at a periodic manner.

프로바이오틱 제품 개발 동향과 과제 (Development of Probiotic Products and Challenges)

  • 서재구;이과수;김진응;정명준
    • KSBB Journal
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    • 제25권4호
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    • pp.303-310
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    • 2010
  • 프로바이오틱스는 위장관에서 고유의 생리활성을 발휘하기 때문에 섭취 후 최대한 장까지 사멸하지 않고 도달하도록 하는 코팅이나 encapsulation 기술이 개발되어 왔다. 이와 함께 제품의 형태도 여러 종류의 유산균이 포함된 multispecies probiotics가 선호되는 추세이며 높은 생균수를 가지는 제품들이 개발되고 있다. 프로바이오토틱 시장은 현재까지 생균 중심의 제품들이 대부분을 차지하고 있으나 사균체 제품 또는 박테리오신과 같은 항균물질을 포함하는 제품 또한 다양한 분야에 적용될 수 있고 생균제와 비교하여 여러가지 장점을 가지고 있어 관련 제품개발이 이루어져야 할 것으로 보인다. 프로바이오틱 제품들은 살아 있는 생균제로서 질환특이적 효능을 바탕으로 개발되고 있으나 질환개선 효능 표시에 대한 규제가 강화되고 있어 이에 대한 대비가 필요하다. 이를 위해 제품에 사용된 strain의 동정, 안전성 및 기능성에 대한 과학적 증거가 제시되어야 할 것이며 임상을 통한 안전성과 효능에 대한 검증 자료가 필요할 것으로 보인다. 이와 같은 프로바이오틱스 제품의 헬스클레임에 대한 엄격해진 검증은 앞으로 프로바이오틱 시장에 큰 영향을 미칠 것으로 판단된다.

새로운 항균활성을 보이는 토양 분리 세균 Paenibacillus polymyxa DY1의 분류와 동정 (Identification and Characterization of Paenibacillus polymyxa DY1 Isolated from Korean Soil with New Antibacterial Activity)

  • 신은석;이희무;이복권;김성훈;권순일;유관희
    • 미생물학회지
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    • 제43권1호
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    • pp.47-53
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    • 2007
  • 항생제 내성 세균의 출현으로 새로운 항생물질의 개발에 대한 필요성이 대두되고 있다. 본 연구에서는 새로운 항균활성물질을 개발하고자 강원도 대암산 용늪 토양으로부터 새로운 항균물질을 생산하는 균을 분리하였고, 이를 동정하였다. 생화학적인 시험과 16S ribosomal DNA 염기서열 분석결과 Paenibacillus polymyxa균과 가장 높은 상동성을 보여주었다. 지방산 조성의 분석에서도 이 균주는 Paenibacillus polymyxa와 가장 가까웠다. 이 균주가 생산하는 항균물질은 1군 법정 전염병을 일으키는 Samonella enterica serovar Typhi와 Shigella dysentery, enterohaemorrhagic Eschelichia coli, 그리고 Vibrio cholera등의 병원성 세균에 성장억제 효과를 나타냈으며, 다른 일반 식중독 장내세균에서도 성장억제 효과를 나타냈다. 이 균주가 생산하는 항균활성 물질은 과거에 보고된 것과 다른 새로운 것으로 보이며, 광범위한 항균활성으로 인하여 새로운 항생물질 개발 후보로 많은 잠재력을 가진 것으로 평가된다.

무 탄저병을 일으키는 Colletotrichum속의 종 동정 및 병원성 (Identification and Pathogenicity of Colletotrichum Species Causing Anthracnose of Korean Radish (Rhaphanus sativus) in Korea)

  • 최효원;김점순;홍성기;이영기
    • 한국균학회지
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    • 제47권4호
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    • pp.393-406
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    • 2019
  • 2017년 8월경, 강원도 홍천군, 정선군, 평창군 소재 무 재배 포장에서 잎자루와 잎의 주맥에 형성된 탄저병 병징이 관찰되었다. 회색 내지 짙은 갈색을 띤 1-2 mm 크기의 점무늬가 아래 잎과 잎의 주맥에 형성되었다. 이러한 점무늬는 점차 확대되고 합쳐지면서 갈색을 띤 불규칙한 병반으로 나타났다. 병든 무 잎에서 10개의 Colletotrichum균을 분리하였다. 분리 균주의 형태적 특성과 internal transcribed spacers and intervening 5.8S rDNA (ITS), partial beta-tubulin gene (TUB2), partial actin gene (ACT) 및 partial chitin synthase-1 gene (CHS-1) 부위를 사용한 다자위 분자 계통 분석(multilocus molecular phylogenetic analysis)에 의해 8개 균주는 Colletotrichum higginsianum, 2개 균주는C. truncatum으로 동정되었다. 무(시래기무, 오사리무)와 배추(품종: 추노, 스마트)를 대상으로 상처와 무상처로 구분하여 포자현탁액을 떨어뜨려서 접종하는 방법을 사용하여 병원성 검정을 수행하였다. 무에서는C. truncatum 1개 균주를 제외하고 상처와 무상처 접종에서 모두 병징을 나타냈고, 배추의 경우는C. higginsianum 접종구에서만 상처의 유무에 관계없이 병이 발생하였다. 국내에는 기존에 C. higginsianum은 무와 배추의 탄저병균으로 보고되었으며, C. truncatum에 의한 무 탄저병의 발생은 본 연구에서 국내 최초로 보고한다.

소양호 다중매체 내 수은오염실태 조사 (Study on Mercury Contamination in Multimedia Environment in Lake So-Yang)

  • 박상영;유성;신형철;김성락;김평래;안명찬;한영지
    • 대한환경공학회지
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    • 제33권3호
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    • pp.202-211
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    • 2011
  • 본 연구는 소양호를 대상으로 장기간 동안 다매체 내 수은 농도 분포를 조사하였으며 소양호 총수은(TM; total mercury) 농도는 $1.17{\pm}1.09ng/L$ 나타났다. 표층수 총 수은 농도를 보면 시간적 및 공간적 변이에 대한 통계적 유의성을 찾아볼 수 없었으나, 탁도 및 입자성 유기탄소(particulate organic carbon; POC)의 농도와 뚜렷한 양의 상관성(P-value<0.01)이 있는 것으로 관측되었다. 또한 소양호의 경우 수은 유입원이 선행연구에서 언급된 대기 침적보다는 장마철 runoff로 인한 유입이 더 중요하다는 것을 나타낸다. 어류 내 수은은 한강과 소양호에서 총 22종의 어류를 채취하였으며, 어류 내 평균 총수은 농도는 0.073 ppm(습중량)으로 나타나, 우리나라의 기준치(0.5 ppm) 및 미국 EPA의 기준치(0.3 ppm)에 비해 낮은 농도를 보였다. 그러나 미국 EPA의 RfD(reference dose)를 바탕으로 본 연구에서 계산된 적정 기준치인 0.07 ppm을 상회하는 어류가 전체의 42%를 차지해 우리나라만의 어류섭취 관리대책이 필요하다. 어류를 채취한 세 지점, 한강, 신이리, 양구는 동일한 종에서 뚜렷하게 다른 농도 분포를 보였는데, 상류일수록 더 높은 농도를 나타냈다. 이는 호수의 부영양화 차이로 인한 지점별 어류 성장 속도의 차이가 원인인 것으로 생각된다. 소양호 저서퇴적물의 수은 농도 분포는 $69.9{\sim}98.3{\mu}g/kg$으로 나타나 미국 미네소타 주의 Voyageurs National Park에서의 연구 결과($102{\sim}364{\mu}g/kg$)보다 약간 낮게 나타났다.

미중부지역 농지보전 프로그램에 의한 경관구조 변화분석 (Spatial Analysis of Landscape Structure Changes Caused by the US Conservation Reserve Program in the Central High Plains)

  • 박선엽
    • 한국지역지리학회지
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    • 제9권4호
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    • pp.519-533
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    • 2003
  • 미전역에 걸쳐 80년대 중반부터 시행된 미농지보전 프로그램(CRP)은 1992년까지 약 1480만 헥타르에 이르는 농경지를 초지, 임지, 삼림, 또는 기타 보전용도로 전환하였다. CRP 시행에 의한 한 가지 주요결과는 수백만 헥타르에 이르는 초지를 확보함으로써 야생동물을 위한 잠재서식처 면적을 현저하게 증가시킨 점이다. 본 연구는 CRP 시행에 따른 자연경관의 공간구조변화를 지역적으로 살펴보고자 하였다. 이를 위해, 계절별 Landsat Thematic Mapper 자료를 이용하여 캔자스주 남서부 6개 카운터에 대한 CRP 시행 이전과 이후의 경지 및 초지분포 지도를 생성하였다. 다음으로, 분류후 차이분석기법(post-classification differencing)을 적용하여 경지에서 초지로 전환된 지역의 분포를 파악해내었다. 공간구조분석 프로그램 FRAGSTATS을 이용하여 지표피복의 공간패턴을 나타내는 10개 주요 총계지표를 계산함으로써 CRP 시행에 따르는 경관구조변화를 살펴보았다. 연구지역에 미친 CRP의 주요 영향은 전반적으로 자연초지 분포의 분절화가 현격하게 감소했다는 것이다. 야생동물 서식처관리의 측면에서 CRP 초지의 도입은 지편(地片)의수, 평균 지편 크기, 지편 내부면적 등을 크게 증가시키는 효과를 낳았다. 또한, CRP 시행은 녹지간 연결성 및 결합도를 높였는데, 이는 넓게 연속된 서식처를 요하는 종들을 보호하는 데에 잠재적인 가치를 지닐 것으로 보인다. 끝으로, CRP는 이웃한 녹지간 거리를 감소시킴으로써 생물종들의 녹지간 이동을 용이하게 할 것이다. CRP 시행은 캔자스주남서부 지역의 자연공간구조를 현저히 변화시킨 주요요인으로 나타났으며, 이는 향후 야생동물 서식처 보호를 위한 중요한 의미를 갖는다.

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배출량 목록에 따른 수도권 PM10 예보 정합도 및 국내외 기여도 분석 (Impact of Emission Inventory Choices on PM10 Forecast Accuracy and Contributions in the Seoul Metropolitan Area)

  • 배창한;김은혜;김병욱;김현철;우정헌;문광주;신혜정;송인호;김순태
    • 한국대기환경학회지
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    • 제33권5호
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    • pp.497-514
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    • 2017
  • This study quantitatively analyzes the effects of emission inventory choices on the simulated particulate matter (PM) concentrations and the domestic/foreign contributions in the Seoul Metropolitan Area (SMA) with an air quality forecasting system. The forecasting system is composed of Weather Research and Forecasting (WRF)-Sparse Matrix Operator Kernel Emissions (SMOKE)-Community Multi-Scale Air Quality (CMAQ). Different domestic and foreign emission inventories were selectively adopted to set up four sets of emissions inputs for air quality simulations in this study. All modeling cases showed that model performance statistics satisfied the criteria levels (correlation coefficient >0.7, fractional error <50%) suggested by previous studies. Notwithstanding the apparently good model performance of total PM concentrations by all emission cases, annual average concentrations of simulated total PM concentrations varied up to $20{\mu}g/m^3$ (160%) depending on the combination of emission inventories. In detail, the difference in simulated annual average concentrations of the primary PM coarse (PMC) was up to $25.2{\mu}g/m^3$ (6.5 times) compared with other cases. Furthermore, model performance analyses on PM species showed that the difference in the simulated primary PMC led to gross model overestimation in general, which indicates that the primary PMC emissions need to be improved. The contribution analysis using model direct outputs indicated that the domestic contributions to the annual average PM concentrations in the SMA vary from 44% to 67%. To account for the uncertainty of the simulated concentration, the contribution correction factor method proposed by Bae et al. (2017) was applied, which resulted in converged contributions(from 48% to 57%). We believe this study shows that it is necessary to improve the simulated concentrations of PM components in order to enhance the accuracy of the forecasting model. It is deemed that these improvements will provide more accurate contribution results.

다파장 Dual-spot Aethalometer를 이용한 갈색탄소의 광흡수계수 평가 (Estimation of Light Absorption by Brown Carbon Particles using Multi-wavelength Dual-spot Aethalometer)

  • 유근혜;유재명;박승식
    • 한국대기환경학회지
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    • 제34권2호
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    • pp.207-222
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    • 2018
  • In this study, light absorption of carbonaceous species in $PM_{2.5}$ was investigated using a dual-spot 7-wavelength Aethalometer(model AE33) with 1-min time interval between January 01 and September 30, 2017 at an urban site of Gwangju. During the study period, two Asian dust (AD) events occurred in April (AD I) and May (AD II), respectively, during which light absorption in total suspended particles was observed. Black carbon (BC) was the dominant light absorbing aerosol component at all wavelengths over the study period. Light absorption coefficients by aerosol particles were found to have 2.7~3.3 times higher at 370 nm than at 880 nm. This would be attributed to light absorbing organic aerosols, which is called brown carbon (BrC), as well as BC as absorbing agents of aerosol particles. Monthly average absorption ${{\AA}}ngstr{\ddot{o}}m$ exponent ($AAE_{370-950nm}$) calculated over wavelength range of 370~950 nm ranged from 1.10 to 1.35, which was lower than the $AAE_{370-520nm}$ values ranging from 1.19~1.68 that was enhanced due to the presence of BrC. The estimated $AAE_{370-660nm}$ of BrC ranged from 2.2 to 7.5 with an average of 4.22, which was fairly consistent to the values reported by previous studies. The BrC absorption at 370 nm contributed 10.4~28.4% to the total aerosol absorption, with higher contribution in winter and spring and lower in summer. Average $PM_{10}$ and $PM_{2.5}$ concentrations were $108{\pm}36$ and $24{\pm}14{\mu}g/m^3$ during AD I, respectively, and $164{\pm}66$ and $43{\pm}26{\mu}g/m^3$ during AD II, respectively, implying the greater contribution of local pollution and/or regional pollution to $PM_{2.5}$ during the AD II. BC concentration and aerosol light absorption at 370 nm were relatively high in AD II, compared to those in AD I. Strong spectral dependence of aerosol light absorption was clearly found during the two AD events. $AAE_{370-660nm}$ of both light absorbing organic aerosols and dust particles during the AD I and II was $4.8{\pm}0.5$ and $6.2{\pm}0.7$, respectively. Higher AAE value during the AD II could be attributed to mixed enhanced urban pollution and dust aerosols. Absorption contribution by the light absorbing organic and dust aerosols estimated at 370 nm to the total light absorption was approximately 19% before and after the AD events, but it increased to 32.9~35.0% during the AD events. In conclusion, results from this study support enhancement of the aerosol light absorption due to Asian dust particles observed at the site.

시설원예단지 조성이 농업생태계의 식생다양성에 미치는 영향 분석 (The Change Analysis of Plant Diversity in Protected Horticulture of Agricultural Ecosystems)

  • 손진관;공민재;강동현;박민정;윤성욱;이시영
    • 한국습지학회지
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    • 제18권2호
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    • pp.173-182
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    • 2016
  • 인간은 생태계로부터 다양한 공익적 기능을 제공받고 있지만 시설원예단지 조성은 불투수면적 확장과 생물서식처 손실로 인해 기능저하의 원인이 될 수 있다. 시설원예단지 조성이 식물 종 다양성에 미치는 영향을 파악하였다. 식생분포 특성 분석결과 논에 비해 시설원예단지의 식물다양성이 상당히 낮다는 것을 알 수 있었다. 따라서 저 영향개발, 서식공간 배치, 식물 보전, 화학비료 사용제한, 서식처 조성, 보전비용 등을 제안하였다. 생활형 분석을 통해 일년생식물과 수생식물의 생육기반 환경 조성을 제시하였다. 귀화식물은 총 10과 20종류가 확인되었으며, 귀화율은 유리온실과 연동형 온실이 매우 높게 분석되어 콘크리트 피복을 지양하고 자연토양 피복을 유도 할 것을 제안하였다. 연구결과는 통계분석을 통해 확인하고 불투수면적을 자연형 토양으로 전환을 제안하였다. 본 연구결과는 지속가능한 농업경관 유지와 대규모 간척지 개발 사업에 있어 친환경, 생태적 시설원예단지 조성을 위한 정책자료에 활용되길 기대한다.