국내외에서 육성된 배 품종 및 유전자원에 대한 DNA 프로파일 데이터 베이스를 구축하여 유전적 연관성을 조사하고자 수행하였다. 배 동양 및 서양배 8품종을 387개의 microsatellite 마커를 이용하여 대립유전자의 패턴이 우수하면서 다형성 정도가 높은 11개를 선발하였다. 이들 마커와 배 품종 및 유전자원 72점에 대해 분석한 결과, 133개의 대립유전자가 검출되었으며, 분자 마커에 따라 4 22개까지 다양한 대립유전자의 분포 양상을 나타냈다. PIC 값은 0.557 - 0.879 사이에 분포하였으며 평균 0.743으로 높게 나타났다. Microsatellite 마커에 의해 나타난 대립유전자를 근거로 계통도를 작성하였을 때 72품종 및 유전자원의 유전적 유사도는 0.02 1.00까지 넓은 범위에 속하였고, 배나무의 식물분류학적 특성 및 품종 육성 계보에 따라 4개 대그룹으로 크게 나누어졌다. 대부분의 품종이 11개의 microsatellite 마커의 유전자형에 따라 식별이 가능하였다. 본 연구에서 microsatellite 마커에 기반한 배 품종 및 유전자원의 데이터베이스는 품종보호 출원품종의 구별성, 균일성, 안정성을 재확인하는데 매우 유용하게 활용될 수 있을 것이다.
A total of sixty-six samples of Nuruk, a fermention starter used to make the Korean traditional rice wine, Makgeolli, were collected from central and southern regions of Korea in 2013 and 2014. We classified two groups of the Nuruk samples, "commercial" and "home-made", according to the manufacturing procedure and purpose of use. Commercial Nuruks were made in a controlled environment where the temperature and humidity are fixed and the final product is supplied to Makgeolli manufacturers. Home-made Nuruks were made under uncontrolled conditions in the naturally opened environment and were intended for use in the production of small amounts of home-brewed Makgeolli. We obtained more than five hundred isolates including filamentous fungi and yeasts from the Nuruk samples followed by identification of fungal species. Also we stored glycerol stocks of each single isolate at $-70^{\circ}C$. We identified the species of each isolate based on the sequences of ITS regions amplified with two different universal primer pairs. We also performed morphological characterization of the filamentous fungi and yeast species through observations under the microscope. We investigated the major fungal species of commercial and home-made Nuruks by counting the colony forming units (CFU) and analyzing the occurrence tendency of fungal species. While commercial Nuruks contained mostly high CFU of yeasts, home-made Nuruks showed relatively high occurrence of filamentous fungi. One of the representative Nuruk manufacturers used both domestic wheat bran and imported ones, mainly from US, as raw material. Depending on the source of ingredient, the fungal diversity was somewhat different. Another commercial Nuruk sample was collected twice, once in 2013 and again in 2014, and showed different diversity of fungal species in each year. Nuruks obtained from the southern regions of Korea and Jeju island showed high frequency of yeast such as Saccharomycopsis fibuligera and Pichia species as well as unique filamentous fungus, Monascus species. S. fibuligera was easily found in many Nuruk samples with high CFU. The major filamentous fungi were Aspergillus, Lichtheimia, Mucor and Penicillium species. In order to further our understanding of the isolates and their potential industrial applications, we assayed three enzymes, alpha amylase, glucoamylase and acid protease from 140 isolates out of about five hundred isolates and selected about 10 excellent strains with high enzyme activities. With these fungal isolates, we will perform omics analyses including genomics, transcriptomics, metabolic pathway analyses, and metabolomics followed by whole genome sequencing of unique isolates associated with the basic research of Nuruk and that also has applications in the Makgeolli making process.
Park, Jong Myong;You, Young-Hyun;Park, Jong-Han;Kim, Hyeong-Hwan;Ghim, Sa-Youl;Back, Chang-Gi
Mycobiology
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제45권3호
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pp.160-171
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2017
Larvae of Bradysia agrestis, an insect vector that transports plant pathogens, were sampled from geographically isolated regions in Korea to identify their cutaneous fungal and bacterial flora. Sampled areas were chosen within the distribution range of B. agrestis; each site was more than 91 km apart to ensure geographical segregation. We isolated 76 microbial (fungi and bacteria) strains (site 1, 29; site 2, 29; site 3, 18 strains) that were identified on the basis of morphological differences. Species identification was molecularly confirmed by determination of universal fungal internal transcribed spacer and bacterial 16S rRNA gene sequences in comparison to sequences in the EzTaxon database and the NCBI GenBank database, and their phylogenetic relationships were determined. The fungal isolates belonged to 2 phyla, 5 classes, and 7 genera; bacterial species belonged to 23 genera and 32 species. Microbial diversity differed significantly among the geographical groups with respect to Margalef's richness (3.9, 3.6, and 4.5), Menhinick's index (2.65, 2.46, and 3.30), Simpson's index (0.06, 0.12, and 0.01), and Shannon's index (2.50, 2.17, and 2.58). Although the microbial genera distribution or diversity values clearly varied among geographical groups, common genera were identified in all groups, including the fungal genus Cladosporium, and the bacterial genera Bacillus and Rhodococcus. According to classic principles of co-evolutionary relationship, these genera might have a closer association with their host insect vector B. agrestis than other genera identified. Some cutaneous bacterial genera (e.g., Pseudomonas) displaying weak interdependency with insect vectors may be hazardous to agricultural environments via mechanical transmission via B. agrestis. This study provides comprehensive information regarding the cutaneous microflora of B. agrestis, which can help in the control of such pests for crop management.
본 연구에서는 생리활성물질을 생성하는 해양미생물을 분리하기 위하여 연근해역의 해면을 조사하였다. 해면 중의 미생물은 $1.2{\times}10{\sim}2.1{\times}10^3/g$ 범위에 있었고, 이들 중 방선균은 $0.01{\sim}0.5\%$(data 생략)로 나타났다. 분리된 미생물은 각각 배양하여 항균물질을 검토하였으며, 검토하던 중에 비교적 강한 항균물질을 생산하는 균주 No. 101을 분리, 선발하였다. 선발된 균의 특징은 sclerotia로 형태가 다양하였고, 다양한 배지에서 생육이 가능하였고, 기균사의 색깔은 회백색, 배면의 색깔은 주로 회백색에서 갈색으로 나타났으며, 젤라틴 액화능과 전분 분해능을 가지나 myo-inositol은 이용하지 못하였다. 이 균의 배양학적 특성은 최적 pH 및 온도가 $6.5{\sim}7.0$ 및 $30^{\circ}C$였으며, 탄소원으로는 starch가 30g/l, 질소원으로는 casamino acid 10g/l가 적합한 것으로 나타났다. 방선균 No. 101의 균체 및 균배양액의 추출물에 대한 항균 및 항진균성에서는 Staphylococcus aureus와 Bacillus subtilis에서 강한 항균력을, 효모와 곰팡이에 대하여는 낮은 항진균성을 나타내었다.
자연 감염된 담배가루이로부터 곤충병원성진균을 분리 동정하고, 이 균주에 대하여 배양특성, 자연발병 요인, 그리고 주요 온실해충인 담배가루이, 점박이응애, 대만총채벌레에 대한 살충력을 검정하였다. 분리 균주의 형태적 특성은 직립한 분생자병에 윤생으로 호리병 형태의 4-6개 phialide를 지녔고, 분생포자의 크기는 $3.0-3.4{\mu}m$ 이었다. 분리 균주의 rDNA의 ITS영역 염기서열 분석에서 Isaria fumosorosea (AF461747)와는 99%의 높은 염기서열 유사도를 보였다. Potato dextrose agar, Sabouraud maltose agar+yeast extract 그리고 Sabouraud dextrose agar+yeast extract 배지에서 IFs 균주는 $24^{\circ}C$의 SDAY 배양에서 균사 성장이 가장 양호하였으며, $15^{\circ}C$보다는 $35^{\circ}C$의 고온에서 균사 성장이 좋았다. I. fumosorosea IFs-08, -09 균주는 담배가루이에 대하여 각각 96.7, 93.9%의 높은 살충율을 보였으며, 점박이응애(92.0, 84.9%) 그리고 대만총채벌레(84.4, 81.5%)에서도 80-90%정도의 살충율을 보인 반면 KACC로부터 분양받은 Isaria tenuipes, Isaria farinosa, Isaria fumosorosea 균주들은 10-20% 내외의 낮은 살충율을 나타내었다.
2011년과 2012년 하계에 제주도 서귀포에서 줄자돔속 어류로 추정되는 치어 7개체(체장 16.1~29.1 mm)가 채집되었다. 그중 5개체(체장 20.8~29.1 mm)는 몸 중앙에 황색의 뚜렷한 가로줄무늬와 가슴지느러미 기저에 작은 검은색 반점이 1개 있고 꼬리지느러미가 노란색을 띠는 점에서 동갈자돔(Abudefduf notatus)과 유사하였다. 그러나, 상대적으로 크기가 작은 2개체(체장 16.1 mm, 17.0 mm)는 다열의 밝은 가로줄무늬가 있고 두부의 앞쪽과 배지느러미를 제외한 모든 지느러미 연조부가 투명한 점에서 앞서 5개체와 차이를 보였다. 미토콘드리아 16S rRNA 영역 578bp를 분석한 결과, 본 개체는 동갈자돔 성어와 95% bootstrap 값으로 일치하였다(genetic distance, d=0.002). 따라서, 본 연구를 통해 동갈자돔 치어 중 20.8 mm 이상 개체는 성어와 유사한 체색을 나타내었으나 그보다 작은 16.1 mm개체에서는 성어와 다른 체색을 보여 본 종은 어린 시기에 체색이 변하는 것을 확인할 수 있었다. 이는 이들이 어린 시기에 포식자로부터 자신을 방어하기 위한 생존전략으로 사료된다
대극과 대극속 Zygophyllidium절의 한계와 종간 유연관계를 알아보기 위하여 Zygophyllidium절과 Poinsettia아속에 속하는 12종 종자를 광학현미경과 주사전자현미경으로 관찰하였다. 12종에 대해 종자의 특징을 기재하였으며, 검색표를 작성하였다. 9개의 종자 형질을 이용한 수리분석 결과를 바탕으로 다음과 같이 6개의 유형으로 구분하였다. Type I(Euphorbia uniglandulosa)는 종자표면에 작은 구멍이 있으며, 세포표면에 미세입자가 존재한다. Type II(E. exstipulata, E. lagunensis, E. bilobata, E. hexagonoides, E. chersonesa)는 종자 표면의 testa cell 사이에 미세과립을 가진다. Type III(E. cyathophora)는 종자의 선단이 뾰족, 세포 표면에는 동심원의 주름을 가진다. Type IV(E. dentata와 E. pentadactyla)는 종부를 갖고 있으며 testa cell 사이에 미세과립이 없다. Type V(E. hexagona)는 둥근 난형으로 세포 간 미세과립이 존재하지 않는다. Type VI(E. eriantha, E. lacera)는 종자의 모양이 사각형이며, 종부를 가지고 있다. 본 연구를 통해 Zygophyllidium절을 E. exstipulata, E. lagunensis, E. bilobata, E. hexagonoides, E. chersonesa만을 포함하는 Type II의 분류군들로 설정하는 것을 제안하며, 전통적으로 Zygophyllidium절에 포함시켰던 E. hexagona는 Poinsettia아속의 E. dentata와 유연관계가 있음을 시사하고 있다.
최근 사과원에서 복숭아순나방붙이(Grapholita dimorpha)의 발생이 보고되었다. 복숭아순나방붙이는 이와 유사한 복숭아순나방(G. molesta)이 발생하는 또 다른 기주에서도 동시에 발생이 가능하다고 제기되었다. 본 연구는 국내 여러 지역의 배과원에서 복숭아순나방붙이의 발생이 있음을 보고한다. 복숭아순나방붙이의 종 동정은 형태적 특징과 분자마커를 이용하여 실시되었다. 이들 두 종의 공통된 성페로몬 주성분으로 상호 교차 포획이 이뤄질 수 있다. 복숭아순나방붙이 페로몬트랩에 복숭아순나방붙이와 복숭아순나방이 포획되고, 복숭아순나방 페로몬트랩에 복숭아순나방과 복숭아순나방붙이가 포획되었다. 복숭아순나방붙이 트랩에 이뤄진 교차 포획비율은 지역적으로 다른 배과원에서 상호 뚜렷한 차이가 나타났다. 더욱이 이 두 종의 발생 피크도 조사한 모든 야외 지역에서 시기적으로 뚜렷한 차이를 보였다. 이러한 결과는 배 과수원에서 두 종의 성페로몬 트랩으로 얻은 모니터링 자료는 각각 서로 다른 종의 포획이 혼재하며, 이는 해당종의 발생빈도와 발생밀도가 확대 해석될 수 있음을 본 연구 자료는 제시하고 있다.
본실험은 3년간 동일한 조건하에서 생육한 해장죽(1)과 해장죽(2)의 비교해부학적 연구를 기반으로 하여 서로 상이한 종임을 재확인하였다. 조직학적 연구에 의하여 대과의 진화과정을 다소 구명할 수 있었다. 주맥유관속의 크기, 통기조직, 순관의 크기, 후탄유조직의 비후, 제형세포에 있어서 두종의 뚜렸한 차이를 발견하였다. 외부형태에 있어서도 해장죽(1)과 해장죽(2)는 상위하였으며 해장죽(1)은 절간이 길고 해장죽(2)보다 협과이며 동일한 토양조건에 있어서도 생장율의 차가 생겼다. 두종간의 Paper chrmatography에 의한 정성분기에서도 상이하였다. 이상 제약인에 의해서 해장죽(1)과 해장죽(2) 상위한 종으로써 해장죽(2)는 해장죽(1)의 변종임을 결론지을 수 있었다.
클로탈라리아는 국내에서 토양개량을 위한 질소고정, 토양침식 감소, 잡초 및 선충 억제를 위해 풋거름작물로 이용하고 있다. 2014년, 클로탈라리아를 풋거름작물로 재배하는 완주 지역의 포장에서 시들음 증상이 관찰되었다. 감염된 식물체의 잎은 아래잎부터 황화 되면서 시들기 시작하였고, 위쪽 잎도 황화 되었으며, 결국 식물체는 완전히 고사하였다. 감염된 식물체 줄기에서 어두운 색의 자낭각이 다수 관찰되었고, 이 자낭각으로부터 자낭포자를 단포자 분리하여 6개 균주를 분리하였다. 균학적 특성에 의해 분리균은 Fusarium udum(완전세대: Gibberella indica)로 동정되었다. 대형포자의 정단세포는 대부분 갈고리 모양으로 굽어 있고, 소형포자는 단경자에서 false head 상으로 형성되었다. 후벽포자는 균사에서 단일 혹은 무리지어 풍부하게 형성되었다. 이와 같은 동정 결과는 translation elongation factor 1 alpha(TEF), calmodulin (CAL), histone 3 (HIS3) 유전자 염기서열 분석으로 재확인되었다. 그 결과, 분리 균주는 NCBI GanBank에 등록된 F. udum과 TEF 유전자는 94.4~96.2%, CAL 유전자는 99.7%, HIS3 유전자는 99.6~99.8%의 상동성을 보였다. 클로탈라리아와 두 품종의 콩을 대상으로 포자현탁액을 토양에 관주 접종하여 병원성 검정을 수행한 결과, 접종 14~21일 이내에 접종한 클로탈라리아와 태광콩에서 병징이 관찰되었다. 따라서 이 병을 F. udum에 의한 클로탈라리아 시들음병으로 명명하고자 제안하며, 국내에서 처음으로 보고한다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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