• ALGAE
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• 제38권4호
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• pp.253-264
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• 2023

The Ceramiales is the most diverse and species-rich group (2,669 spp.) of red algae, and it is widely distributed from tropical to polar oceans. Mitochondrial genomes (mitogenomes) and other genes have contributed to our knowledge regarding the classification and phylogeny of this diverse red algal group; however, the mitogenome architecture remains understudied. Here, we compared 42 mitogenomes, including 19 newly generated in this study, to expand our knowledge. The number of genes in mitogenome varied from 43 to 68 due to gene duplication. The mitogenome architecture was also variable, categorized into four types (A-D): type A = ancestral type with a basic composition; type B = those with inverse transpositions; type C = those with inverted duplications; and type D = those with both inversion and duplication. The palindromic and inverted repeats were consistently found in flanking regions of the rearrangement, especially near the cob and nad6 genes. The three rearranged mitogenome architectures (types B, C, D) are the first report of these in red algae. Phylogenetic analyses of 23 protein-coding genes supported the current familial classification of the Ceramiales, implying that the diversity of mitogenome architecture preceded the phylogenetic relationships. Our study suggests that palindromic and inverted repeats may drive mitogenome architectural variation.

• 천문학회지
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• 제24권2호
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• pp.217-271
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• 1991

We have observed dense core around young stellar objects, DR21, S140, Orion-KL, and L1551 using four millimeter-wave transitions of $HC_3N\;J$=4-3, J=5-4, J=10-9, and J=12-11. The spatial distribution of $HC_3N$ emission closely resembles the morphology of the previous CS observations that trace high density gas. These observations reveal the existence of $HC_3N$ dense cores around central IR source, elliptical in shape and almost perpendicular to the CO bipolar outflow axis. Small differences can be explained by that $HC_3N$ molecular line is more optically thin and is seen to be more detailed structure in the neighborhood of central IR sources. In S140 and Orion-KL, massive(${\sim}10\;M_{\odot}$), slowly rotating dense cores lie near at the central IR sources of bipolar outflows. The velocity channel maps of DR21 show that the bipolar outflow gas may have a correlation with the dense core of DR21. We analyzed intensities of the four lines to derive physical conditions in dense core from two methods, LTE and LVG. The column density of $HC_3N$, $N(HC_3N)$, between LTE and LVG calculations agree well with each other. The abundances of $HC_3N$ in each observing source have been estimated using the average values of $n(H_2)$ and $N(HC_3N)$ and assuming the size of dense core. The fractional $HC_3N$ abundances in massive dense cores of DR21, S140, and Orion-KL have a range of $(2-7){\times}10^{-10}$, while that of low mass dense core, L1551, has one order of magnitude greater value of $2{\times}10^{-9}$. This should be considered good agreement with the result by Morris et al.(1976). It may be considered that dense cores of DR21, S140, and Orion-KL may have almost same stage of chemical evolution, and their abundances have a small values relative to that of L1551. The column density $N(HC_3N)$ decreases with increasing distance from the densest part of the cloud, the central infrared source, and have the relation of $N(HC_3N){\varpropto}R^{\alpha}$, where a has a range of 0.65 to 0.89. The values of $n(H_2)$ are not varied with increasing distance from the dense core, and have almost same values. Therefore, it is considered that the dense cores in these regions probably consist of dense clumps in diffuse molecular gas medium, and $n(H_2)$ of each clump is ${\sim}10^5\;cm^{-3}$. Levels in the $T_{ex}$ increases with $n(H_2)$. It is considered that the $HC_3N$ dense cores are not completely thermalized. We examine the relationships between the luminosity of central infrared sources versus mass of the dense cores, and the luminosity of central infrared sources versus molecular hydrogen column density. Luminosities of the central IR sources show good correlation with mass and hydrogen column density of the dense core. Same has been found from CS observations. However, mass and size derived from $HC_3N$ observations are one order of magnitude smaller than those from CS. It can be interpreted that we see more central part of the cloud cores in $NC_3N$ lines than CS lines.

• 한국광학회지
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• 제14권1호
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• pp.23-32
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• 2003

타원법(ellipsometry)을 사용하여 광기록 매체용 Ge$_2$ Sb$_2$ Te$^{5}$ (GST) 박막의 성장과정에 따른 타원상수 Ψ와 $\Delta$를 측정하여. GST 박막의 최적성장조건을 연구하였다. 아르곤기체압력과 DC 출력 그리고 기판의 온도를 변화시키면서 GST 박막을 성장시켰다. 제작된 시료들의 분광타원 데이터를 모델링 분석하여 GST박막의 밀도분포를 구하고 한편으로는 GST 박막이 성장하는 동안 측정한 in situ 타원 성장곡선을 분석하여 박막의 밀도분포의 변화를 추적하였다. 아르곤기체압력이 7 mTorr일 때 박막의 상대적인 밀도분포가 고르게 되었고 DC출력이 증가함에 따라 그리고 기판의 온도가 증가함에 따라 GST 박막의 밀도 균일성은 크게 향상되었다. 주사형전자현미경(SEM)을 사용하여 최적 밀도 균일성을 가지는 성장조건(7 mTorr, 45 W, 15$0^{\circ}C$)에서 제작된 GST 시료가 가장 균일한 구조를 보여줌을 확인하였다. 균일한 밀도 분포를 가지는 GST 박막의 성장조건 확립을 통하여 여러번 기록/재생할 때 광기록 박막의 안정성을 유지하는데 크게 기여할 것이다.

• 생명과학회지
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• 제18권2호
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• pp.264-272
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• 2008

풀망둑(Acanthogobius hasta) 조직의 젖산탈수소효소(EC 1.1.1.27 Lactate dehydrogenase, LDH) 동위 효소의 특성을 생화학적, 면역화학적 및 역학적 방법에 의해 연구하였다. 풀망둑 골격근과 눈 조직의 젖산탈수소효소 활성이 65.30과 53.25 units였고, 심장과 간 조직에서는 낮게 나타났다. 골격근 조직의 LDH/CS는 22.29로 가장 높고, LDH 특이활성도는 뇌 56.45, 눈 38.04 및 골격근 11.04 units/mg였다. 각 조직에 대해 $A_4,\;B_4$, eye-specific $C_4$, 및 liver-specific $C_4$에 대한 항혈청으로 면역 침강 반응시킨 후 Polyacrylamide gel 전기영동 하였다. 골격근, 뇌 및 눈 조직에서 $A_4$ 동위효소가 우세하게 확인되었고, 심장에서는 $A_4$ 동위효소가 확인되었다. 또한 양극의 eye-specific t와 음극의 liver-specific $C_4$가 한 종에서 함께 발현되었으며, 눈 조직의 eye-specific $C_4$는 활성이 크고 간 조직의 liver-Specific $C_4$의 활성은 낮게 나타났다. 결과 $A_4$와 $C_4,\;A_4$와 $B_4$ 및 eye-specific $C_4$와 liver-specific $C_4$의 분자구조의 일부가 서로 유사하지만 $B_4$와 $C_4$의 구조는 서로 다른 것으로 나타났으므로 하부단위체 A는 보존적이고 하부단위체 B는 하부단위체 A보다 빠르게 진화된 것으로 사료된다. 골격근 조직의 LDH $A_4$ 동위효소는 affinity chromatography에서 $NAD^+$를 함유한 buffer를 유입한 후 용출된 분획에서 정제되었고, eye-specific $C_4$ 동위효소는 $A_4$ 분획에 이어 용출되었으므로 eye-specific $C_4$가 $A_4$의 분자 구조와 유사한 것으로 보인다. 그리고 LDH에 대한 피루브산의 저해 실험 결과 35.22-43.47% 의 활성이 남았고, $Km_{pyr}$은 0.080-0.098 mM이고 골격근과 눈조직의 Vmax은 153.85와 35.09 units였다. 또한 $B_4$ 동위효소가 열에 대해 가장 안정하였고 $C_4$는 $A_4$보다 안정하였으며, 최적 pH는 6.5로 나타났다. 본 실험 결과 풀망둑은 저 산소 환경조건에 적응되어져 조직들의 동위효소들이 $A_4$와 $B_4$ 동위효소 사이의 특성을 나타냈고, 골격근과 눈 조직에서 피루브산에 대한 LDH의 친화력이 상당히 크므로 LDH가 혐기적 조건에서 효율적으로 기능을 하는 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제18권12호
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• pp.1733-1738
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• 2008

SLC6A18은 neurotransmitter로서 고혈압과 연관성이 보고 되었고, 유전자 내에 총 8개의 minisatellites가 존재함이 밝혀졌다. 본 연구에서 8개 minisatellites 중 가장 높은 heterozygosity를 나타내는 SLC6A18-MS5 영역에 대하여 생물정보학적 방법으로 Transfac software를 이용하여 transcription factor binding site를 분석한 결과, Pax4와 HNF4의 binding site를 발견하였다. HNF4는 당뇨병 대사에 관여하는 것으로 고혈압과의 연관성이 있을 것으로 사료된다. 그러므로 본 연구에서는 SLC6A18-MS5 영역과 고혈압과의 연관성을 조사하기 위하여, 대조군 301명과 고혈압 환자군 184명의 genomic DNA를 이용하여 대립형질의 패턴을 조사하였다. SLC6A18-MS5의 대립형질 분포와 고혈압은 직접적인 영향을 주지 않는 것으로 나타났다. 반면 높은 heterozygosity를 나타내는 SLC6A18-MS5에 친자확인 및 DNA typing 마커로서의 유용성을 알아보기 위해 20가족의 샘플을 이용하여, 감수분열 후 자손에의 분리 형태를 조사한 결과 부모에게서 자손으로 정확히 전달되는 멘델의 법칙에 의해 분리됨을 확인하였다. 또한 SLC6A18 유전자 내의 minisatellites들의 진화적 관계를 조사한 결과, 인간과 원숭이에서만 보존적으로 나타났다. 이러한 결과는 intron영역의 minisatellites 분석이 영장류의 비암호화 영역의 중요한 진화 마커로 사용될 수 있음을 나타내어, 영장류 특이적 진화를 이해하는데 도움이 될 것으로 사료된다.

• 공업화학
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• 제20권3호
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• pp.322-328
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• 2009

Octamethylcyclotetrasiloxane (OMCTS)을 에멀젼 상태에서 초음파를 조사하여 polydimethylsiloxane (PDMS)을 중합하였다. 중합에 활용된 초음파 반응기는 주파수가 20 KHz의 horn 유형과 40 KHz의 bath 유형이었으며, horn과 bath를 혼용한 경우의 중합 공정의 특성도 평가해 보았다. 고려된 주요 변수들은 반응 온도와 초음파 조사 시간 이었으며, 중합물에 대하여 각 시료의 고유 점도와 전환율 측정을 통하여 각 중합공정의 효율성과 특성을 조사하고, 최적의 공정 조건을 도출해 보고자 하였다. Horn 유형의 반응기에서는 수 분 이내에 80% 이상의 전환율이 달성되고 높은 점도의 PDMS를 얻을 수 있었으나, 조사 시간에 따라 전환율과 점도는 최대값을 보인 이후에 감소하는 경향을 나타내었다. 초음파의 강도가 상대적으로 약하게 유지되는 bath 유형의 반응기에서는 1 h 이상의 조사가 필요하였으며, horn 유형과 달리 전환율과 점도가 조사 시간에 따라 지속적으로 증가하는 경향이 지배적이었다. Horn유형과 bath유형을 조합한 혼합형 반응기에서는 다른 반응기와는 매우 다른 결과들이 나타났으며, 각 반응기의 특성은 전산 모사를 이용한 반응기 내의 음파 해석을 바탕으로 설명되었다.

• 생명과학회지
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• 제20권4호
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• pp.481-486
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• 2010

유럽마가목에서 핵 및 엽록체 유전자의 서열을 이용하여 동의 및 비동의치환율을 산출하였다. 유럽마가목 엽록체 유전자의 서열은 핵 유전자에 비해 평균적으로 움진화가 느리게 일어나고 있음을 나타내었으며 다른 쌍자엽식물과 유사하였다. 핵에서 동의치환율(Ks)은 2.45-2.60이었으며 비동의치환율(Ka=1.15-1.30)보다 약 2배 정도 높았다. 엽록체에서 Ks는 1.20-1.26이었으며 엽록체에서 Ka (0.26-0.42) 보다 약 6배 높았다. 유럽마가목에서 핵 및 엽록체 Ka/Ks은 각각 0.178과 0.056이었다. 이 Ka/Ks의 비율이 1보다 작다는 것은 음의 도태에 있다는 것을 나타낸다. 엽록체 유전자는 유효유전자코돈(ENC)이 22.4-32.2로 핵의 값(35.8-38.7)에 비해 낮았다. G+C 함량 분석에서 엽록체 유전자는 동의코돈 A와 T에 대해 높은 선호성(G+C 함량은 28.4-29.1%에 불과)을 나타낸 반면 핵에서는 G와 C가 더 선호성을 나타내었다(G+C 함량은 63.2-64.2%).

• 한국광물학회지
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• 제24권4호
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• pp.289-300
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• 2011

규산염 물질의 탄소 용해도에 대한 미시적 연구는 규산염 물질의 성질 변화와 지구 시스템 진화에 탄소가 미치는 영향의 이해에 매우 중요하다. 본 연구에서는 탄소가 용해된 엔스테타이트 시료에 대하여 라만(Raman) 분광분석을 실시하고, 양자 화학 계산을 통해 결정구조 내에 용해된 탄소의 원자 환경과 핵자기공명 분광 특성을 예측하였다. 1.5 GPa $1,400^{\circ}C$의 온도 압력 조건에서 2.4 wt%의 비정질 탄소와 함께 합성한 엔스테타이트의 라만 실험에서 엔스테타이트의 진동양상은 확인할 수 있었으나, $CO_2$나 탄산염 이온의 진동양상에 대한 정보는 획득하지 못하였다. 이는 엔스테타이트 내에 용해된 탄소의 양이 매우 적어 시료를 구성하는 원자들의 집합적인 진동양상을 측정하는 라만 분광분석으로는 검출이 어려움을 지시한다. 특정 핵종 중심의 핵자기공명 분광분석을 이용하면, 구조 내에 존재하는 탄소만 선택적으로 측정할 수 있다. 특히 $^{13}C$ NMR 화학 이동(chemical shift)은 원자 환경에 따라 민감하게 변하므로, 양자 화학 계산을 이용하여 $CO_2$와 C가 치환된 엔스테타이트 클러스터의 $^{13}C$ NMR 화학 차폐 텐서(chemical shielding tensor)를 계산하였다. 계산 결과 $CO_2$의 피크는 125 ppm에서 나타나며 이는 기존의 실험결과와 일치하며, 상압에서는 생성이 어렵지만 고압환경에서 생성될 가능성이 있는 배위수가 4인 C의 화학 이동 값은 ~254 ppm으로 예측되었다. 이와 같은 양자 화학 계산 결과는 고분해능 $^{13}C$ NMR 실험의 이해를 돕고 탄소의 원자 환경을 연구하는데 도움을 줄 것이다.

• 한국진공학회:학술대회논문집
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• 한국진공학회 2016년도 제50회 동계 정기학술대회 초록집
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• pp.77-77
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• 2016

Thin films synthesized by plasma processes have been widely applied in a variety of industrial sectors. The structure control of thin film is one of prime factor in most of these applications. It is well known that the structure of this film is closely associated with plasma parameters and species of plasma which are electrons, ions, radical and neutrals in plasma processes. However the precise control of structure by plasma process is still limited due to inherent complexity, reproducibility and control problems in practical implementation of plasma processing. Therefore the study on the fundamental physical properties that govern the plasmas becomes more crucial for molecular scale control of film structure and corresponding properties for new generation nano scale film materials development and application. The thin films are formed through nucleation and growth stages during thin film depostion. Such stages involve adsorption, surface diffusion, chemical binding and other atomic processes at surfaces. This requires identification, determination and quantification of the surface activity of the species in the plasma. Specifically, the ions and neutrals have kinetic energies ranging from ~ thermal up to tens of eV, which are generated by electron impact of the polyatomic precursor, gas phase reaction, and interactions with the substrate and reactor walls. The present work highlights these aspects for the controlled and low-temperature plasma enhanced chemical vapour disposition (PECVD) of Si-based films like crystalline Si (c-Si), Si-quantum dot, and sputtered crystalline C by the design and control of radicals, plasmas and the deposition energy. Additionally, there is growing demand on the low-temperature deposition process with low hydrogen content by PECVD. The deposition temperature can be reduced significantly by utilizing alternative plasma concepts to lower the reaction activation energy. Evolution in this area continues and has recently produced solutions by increasing the plasma excitation frequency from radio frequency to ultra high frequency (UHF) and in the range of microwave. In this sense, the necessity of dedicated experimental studies, diagnostics and computer modelling of process plasmas to quantify the effect of the unique chemistry and structure of the growing film by radical and plasma control is realized. Different low-temperature PECVD processes using RF, UHF, and RF/UHF hybrid plasmas along with magnetron sputtering plasmas are investigated using numerous diagnostics and film analysis tools. The broad outlook of this work also outlines some of the 'Grand Scientific Challenges' to which significant contributions from plasma nanoscience-related research can be foreseen.

• BMB Reports
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• 제40권4호
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• pp.459-466
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• 2007

The cDNA sequence of the Japanese flounder (Paralychthys olivaceus) IgD has been previously reported (GenBank accession no. AB052658) and this was followed by the detection of IgD mRNA expression in some flounder organ tissues. However, it has not been determined whether the flounder IgD gene is virtually expressed into IgD protein. To characterize the flounder immunoglobulins utilized in elucidating the mechanism, evolution and diversity of the flounder immune system, antibodies specific to IgD and IgM were necessary. In the present study, partial flounder recombinant IgD (rIgD), IgM (rIgM) and the conserved regions of IgD and IgM (rCIg) were produced by cloning the cDNA sequence using isotype specific primers which were designed to produce unique fragments of IgD and IgM specific amino acid sequences. The production of recombinant Igs was ascertained by SDS-gel electrophoresis and immunoblot analysis using anti-T7$\cdot}$Taq antibody. The produced recombinant Igs were purified using affinity columns, and used as immunogens. Antibodies specific to the isotype of flounder Igs were generated by immunizing rabbits with rfIgs and the antibodies produced were identified by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and immunoblotting. Specificities of the generated antibodies were evaluated by testing cross-reactivity between recombinant IgM and IgD. By ELISA, rabbit antibodies against the rfIgD fragment (anti-rfIgD) failed to recognize any kind of flounder serum Igs, whereas respective antibodies against rfCIg (anti-rfCIg) and rfIgM fragments (anti-rfIgM) reacted with serum Igs. Likewise, in immunoblot assays, though anti-rfIgD did not, both anti-rfCIg and anti-rfIgM bound with the ~85 kd flounder IgM heavy chain. By flow cytometry analysis, anti-rfCIg, anti-rfIgD and anti-rfIgM reacted with 6%, 3% and 6.5% of cells, respectively, suggesting that flounder IgD is not secreted in serum but expressed on flounder B-like cell surfaces as in mammals. Antibodies produced against recombinant flounder Igs could be used to develop sandwich assay systems for detecting flounder Igs and for further investigating the flounder immune system.