Siberian chipmunks, Tamias sibiricus, are one of several popular companion animals found in the pet shops of South Korea. At present, however, there have been no studies done in South Korea examining their origin even though they could be potential carriers of zoonotic diseases, and are a species of concern for efficient conservation and management strategies. Sequences of the mitochondrial cytochrome b gene (1140 bp) were determined to investigate the origin of Siberian chipmunks sold in four South Korean pet shops through comparison with sequence data from animals of known locality. Nine Siberian chipmunks were collected from pet shops in South Korea, which resulted in nine haplotypes. One (AR) of these coincided with the haplotype previously described. Phylogenetic and network analyses using 53 haplotypes including 45 haplotypes from GenBank showed three phylogenetic groups in South Korea, almost concordant to locality, designated as northern, central, and southern parts as described in a previous study. Of the nine individuals examined from the pet shops, eight were clustered into the northern phylogroup but one (cgrb9153) was grouped with the southern phylogroup, implying that at least the Siberian chipmunks examined in this study did not originate from other countries. It is likely that most individuals sold in the pet shops of Seoul were caught in the wild in Gyeonggi-do and Gangwon-do, or are maternal descendants of captive-bred individuals originating from the northern part of South Korea. It is recommended that conservation and management units of Korean chipmunks should be examined in further detail.
아미노아실-tRNA 합성효소는 단백질을 만드는 번역(translation)단계에서 아미노산을 활성화시키고 적절한 아미노산을 해당 tRNA에 결합을 시키는 중요한 효소이며, IARS2 유전자는 미토콘드리아에서 작용하는 isoleucylt-RNA 합성효소를 코딩하는 핵의 유전자이다. IARS2 유전자의 돌연변이는 백내장, 성장 호르몬 결핍, 감각 신경병증, 감각신경성 난청, 골격 형성 이상 증후군의 특징을 보이는 CAGSSS (MIM#616007)라는 희귀 질환의 원인으로 상염색체 열성으로 유전된다. 현재까지 이 증례 보고를 포함하여 29명의 환자만이 보고가 되었음에도 단지 백내장의 증상만 나타냈던 환자, 그리고 신경학적 증상이 두드러지는 Leigh 증후군을 유발하면서 여러 장기에 영향을 주는 환자 등 다양한 임상 증상의 환자가 보고되었다. Leigh 증후군은 드문 진행성 신경 퇴행성 미토콘드리아 질환이다. 이 연구는 IARS2 연관된 Leigh 증후군의 환자에서 방광 기능의 이상의 표현형을 보고하는 첫 증례 보고로 의미가 있다. 5세의 한국인 여아는 복부 팽만을 동반한 복통으로 응급실에 내원하였으며, 복부CT에서 명백한 폐쇄 증상, 급성 신장염, 요로감염의 징후가 보이지 않으면서 현저하게 팽창된 방광이 확인 되었다. 여아의 발달 상태는 발달 저하를 보이면서, 6개월에 뒤집기가 가능하였지만 이후는 신경학적 퇴행으로 내원당시에는 목 가누기도 되지 않고, 의미 있는 단어를 말하지도 못하는 전반적인 발달 지연 상태였다. 2세에는 양쪽 눈의 백내장이 발생하여 수술한 과거력이 있었다. 뇌 MRI T2 강조영상에서는 양쪽에 대칭적으로 기저핵(basal ganglia)에 고신호를 보였고, 이는 Leigh 증후군에 전형적인 영상의 특징이다. Whole mitochondrial genome의 유전자검사를 시행했지만 의미 있는 돌연변이가 확인되지 않았으므로, Whole exome sequencing 검사를 시행했으며, IARS2 유전자의 이중대립유전자 돌연변이(biallelic mutation), c.2446C>T (p. Arg816Ter)와 c.2450G>A (p. Arg817His)가 확인이 되었고 부모님은 보인자였다. 현재까지 IARS2 유전자의 돌연변이를 가지는 환자 중에서 신경학적 발달 저하, 인지장애 등의 증상이 동반된 환자는 신체의 다중장기질환의 증상으로 심비대, 부정맥, 빈혈, 측만증, 청력 저하, 뇌전증, 부갑상선저하증이 알려졌으나, 이 연구에서 IARS2 유전자 돌연변이를 가진 환자에서 배뇨근의 이상을 동반한 과민성방광증상을 확인하여 방광이상증상을 처음 보고를 한다. IARS2 유전자의 이상이 확인된 환자에서는 하부요로이상증상이 동반 가능성에 대해서 인지하는 것이 필요하고, 증상이 보이면 배뇨 일지나 요역동학검사를 통해서 조기에 진단 및 치료가 환자의 관리에 필요할 수 있다. 이 증례 보고는 IARS2 유전자의 임상 양상의 확대 및 유전자의 이해를 넓히는데 기여할 것으로 기대된다.
KIM IL-SUP;YUN HAE SUN;SHIMISU HISAYO;KITAGAWA EMIKO;IWAHASHI HITOSHI;JIN INGNYOL
Journal of Microbiology and Biotechnology
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제15권6호
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pp.1240-1249
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2005
Saccharomyces cerevisiae KNU5377 has potential as an industrial strain that can ferment wasted paper for fuel ethanol at $40^{\circ}C$ [15, 16]. To understand the characteristics of the strain, genome-wide expression was performed using DNA microarray technology. We compared the homology of the DNA microarray between genomic DNAs of S. cerevisiae KNU5377 and a control strain, S. cerevisiae S288C. Approximately $97\%$ of the genes in S. cerevisiae KNU5377 were identified with those of the reference strain. YHR053c (CUP1), YLR155c (ASP3), and YDR038c (ENA5) showed lower homology than those of S. cerevisiae S288C. In particular, the differences in the regions of YHR053c and YLR155c were confirmed by Southern hybridization, but did not with that of the region of YDR038c. The expression level of mRNA in S. cerevisiae KNU5377 and S288C was also compared: the 550 ORFs of S. cerevisiae KNU5377 showed more than two-fold higher intensity than those of S. cerevisiae S288C. Among the 550 ORFs, 59 ORFs belonged to the groups of ribosomal proteins and mitochondrial ribosomal proteins, and 200 ORFs belonged to the group of cellular organization. DIP5 and GAP1 were the most highly expressed genes. These results suggest that upregulated DIP5 and GAP 1 might take the place of ASP3 and, additionally, the sensitivity against copper might be contributable to the lowest expression level of copper-binding metallothioneins encoded by CUP 1a (YHR053c) and CUP1b (YHR055c) in S. cerevisiae KNU5377.
Background: Loss of heterozygosity (LOH) on chromosomal regions is crucial in tumor progression and this study aimed to identify genome-wide LOH in pancreatic cancer. Materials and Methods: Single-nucleotide polymorphism (SNP) profiling data GSE32682 of human pancreatic samples snap-frozen during surgery were downloaded from Gene Expression Omnibus database. Genotype console software was used to perform data processing. Candidate genes with LOH were screened based on the genotype calls, SNP loci of LOH and dbSNP database. Gene annotation was performed to identify the functions of candidate genes using NCBI (the National Center for Biotechnology Information) database, followed by Gene Ontology, INTERPRO, PFAM and SMART annotation and UCSC Genome Browser track to the unannotated genes using DAVID (the Database for Annotation, Visualization and Integration Discovery). Results: The candidate genes with LOH identified in this study were MCU, MICU1 and OIT3 on chromosome 10. MCU was found to encode a calcium transporter and MICU1 could encode an essential regulator of mitochondrial $Ca^{2+}$ uptake. OIT3 possibly correlated with calcium binding revealed by the annotation analyses and was regulated by a large number of transcription factors including STAT, SOX9, CREB, NF-kB, PPARG and p53. Conclusions: Global genomic analysis of SNPs identified MICU1, MCU and OIT3 with LOH on chromosome 10, implying involvement of these genes in progression of pancreatic cancer.
An, Jung-Hwa;Park, Dae-Sik;Lee, Jung-Hyun;Kim, Kyung-Seok;Lee, Hang;Min, Mi-Sook
Animal Systematics, Evolution and Diversity
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제26권1호
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pp.15-19
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2010
The Russian ratsnake, Elaphe schrenckii, is found in Russia, China, and Korea, and is considered to be an endangered species by the Ministry of Environment in South Korea. Due to habitat loss and use in oriental medicine, their population has been severely decimated. In South Korea, two subspecies of E. schrenckii has been defined according to body color: E. s. schrenckii (blackish) and E. s. anomala (yellow-brownish). Molecular genetic studies on Elaphe schrenckii are very scarce and the taxonomy of Elaphe schrenckii subspecies is uncertain. From the present study, we attempted to identify the genetic differences of these two subspecies using species-specific microsatellites developed from the genomic library of E. schrenckii. Nine polymorphic loci were tested on 19 individuals from E. s. schrenckii (n=10) and E. s. anomala (n=9) in South Korea. The mean number of alleles was 3.78 in E. s. schrenckii and 4.11 in E. s. anomala. The average expected heterozygosity was 0.542 and 0.511 in E. s. schrenckii and E. s. anomala, respectively. We found a lack of genetic structure between two subspecies ($F_{ST}=0.016$) and no genetic discrimination between two subspecies was found. Based on the present findings by microsatellites, two subspecies can be considered as one species, E. schrenckii. However, further investigations on taxonomical status using mitochondrial and nuclear DNA sequences need to be performed and morphological & ecological data should be revised. The genetic markers should benefit future studies of the endangered species of other Elaphe species for the study of genetic diversity and potential conservation management.
Preimplantation genetic diagnosis (PGD) is gradually widely used in prevention of gene diseases and chromosomal abnormalities. Much improvement has been achieved in biopsy technique and molecular diagnosis. Blastocyst biopsy can increase diagnostic accuracy and reduce allele dropout. It is cost-effective and currently plays an important role. Whole genome amplification permits subsequent individual detection of multiple gene loci and screening all 23 pairs of chromosomes. For PGD of chromosomal translocation, fluorescence $in-situ$ hybridization (FISH) is traditionally used, but with technical difficulty. Array comparative genomic hybridization (CGH) can detect translocation and 23 pairs of chromosomes that may replace FISH. Single nucleotide polymorphisms array with haplotyping can further distinguish between normal chromosomes and balanced translocation. PGD may shorten time to conceive and reduce miscarriage for patients with chromosomal translocation. PGD has a potential value for mitochondrial diseases. Preimplantation genetic haplotyping has been applied for unknown mutation sites of single gene disease. Preimplantation genetic screening (PGS) using limited FISH probes in the cleavage-stage embryo did not increase live birth rates for patients with advanced maternal age, unexplained recurrent abortions, and repeated implantation failure. Polar body and blastocyst biopsy may circumvent the problem of mosaicism. PGS using blastocyst biopsy and array CGH is encouraging and merit further studies. Cryopreservation of biopsied blastocysts instead of fresh transfer permits sufficient time for transportation and genetic analysis. Cryopreservation of embryos may avoid ovarian hyperstimulation syndrome and possible suboptimal endometrium.
In Japan, the wild house mouse Mus musculus consists of two lineages, one from Southeast Asia (Mus musculus castaneus; CAS) and one from northern Eurasia (Mus musculus musculus; MUS). However, the exact origins of the parental lineages are unclear. A recent work using mitochondrial sequences revealed that Japanese CAS and MUS are closely related to haplotypes from South China and the Korean Peninsula, respectively. Recent phylogeographic analyses using nuclear gene sequences have also confirmed a close relationship between Japan and Korea in the MUS component. However, the Japanese CAS components in the nuclear genome are likely to be unique and to differ from those of other CAS territories, including South China. Although the origins are still unresolved, these results allow us to conclude that two areas of the continent, South China and the Korean Peninsula, are the primary source areas of Japanese wild mice and suggest pre-historical introductions associated with certain historical agricultural developments in East Asia.
미꾸리속 어류 2종의 유전적 차이를 알아보기 위하여 염색체 분석과 미토콘드리아 DNA(mtDNA) 분석을 실시하였다. 일반염색에 의한 핵형 분석 결과 미꾸리(2N=50)와 미꾸라지(2N=48)는 염색체수에 차이가 있었으며. N-banding 분석 결과 두 종간에는 인형성 부위의 위치와 크기에 차이가 있었다. C-handing 겪과 미꾸라지는 1번 염색체쌍 동원 체부위에 넓게 C-band플 갖고 있었다. 미꾸리속 어류 2종의 mtONA를 7개의 6-base cutting 제한효소로 처리하여 절편 양상을 비교. 분석한 결과 2종 공히 mtDNA의 genome 크기는 약 16.OKb였으며 fragment homology(F)에서 미꾸리의 종내 집단간의 F값은 0.674. 미꾸라지는 0.862로 유사하게 나타났으나, 종간 F값은 0.207(0.074-0.417)로 낮았다 염기치환율은 미꾸리가 p=0.021, 미꾸라지는 p=0.002로 미꾸라지가 미꾸리에 비해 매우 낮은 염기치환율을 보였고. 종간 평균 염기치환율은 p=0.104로 차이 를 나타냈다. MtDNA 분석과 핵형 분석 결과 미꾸라지는 Robertsonlan translocation의 결과 미꾸리로 부터 분화된 것으로 추정 되었다.
Kamran, Muhammad;Javed, Nazir;Ullah, Ihsan;Nazir, Shahid;Jamil, Shakra;Iqbal, Muhammad Zafar;Abbas, Huma;Khan, Sajid Aleem;Haq, Muhammad Ehetisham ul
The Plant Pathology Journal
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제35권1호
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pp.51-62
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2019
A great variable response was observed when PP-3 and PP-J encumbered with 116 populations of root knot nematode (RKN) at two different temperatures ($25{\pm}2^{\circ}C$ and $30{\pm}2^{\circ}C$) and concentrations ($10^4$ and $10^5$ spores/ml). The PCR reaction amplified intergenic region between cytochrome oxidase subunit II gene (COII) and large subunit of rRNA gene (lrRNA) of the mitochondrial genome of different RKN species. The primer C2F3 and 1108 identified M. incognita with the highest frequency (52.6%) followed by M. javanica (36.8%) and M. arenaria (10.5%). The sizes of PCR products were 1.7 kb for M. incognita and M. javanica populations while populations of M. arenaria produced 1.1 kb fragment. The digestion with Hinf I yielded three different fragment length patterns on 1.5 % agarose gel. From current research it is concluded that intra-Meloidogyne genetic variability exist in RKN populations which have better encumbrance with P. penetrans.
RNA-binding proteins are involved in RNA metabolism and posttranscriptional regulation of various fundamental biological processes. The PUF family of RNA-binding proteins is highly conserved in eukaryotes, and its members regulate gene expression, mitochondrial biogenesis, and RNA processing. However, their biological functions in Aspergillus species remain mostly unknown in filamentous fungi. Here we have characterized the puf genes in the model organism Aspergillus nidulans. We generated deletion mutant strains for the five putative puf genes present in the A. nidulans genome and investigated their developmental phenotypes. Deletion of pufA or pufE affected fungal growth and asexual development. pufA mutants exhibited decreased production of asexual spores and reduced mRNA expression of genes regulating asexual development. The pufE deletion reduced colony growth, increased formation of asexual spores, and delayed production of sexual fruiting bodies. In addition, the absence of pufE reduced both sterigmatocystin production and the mRNA levels of genes in the sterigmatocystin cluster. Finally, pufE deletion mutants showed reduced trehalose production and lower resistance to thermal stress. Overall, these results demonstrate that PufA and PufE play roles in the development and sterigmatocystin metabolism in A. nidulans.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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