• 사상체질의학회지
• /
• 제11권2호
• /
• pp.185-194
• /
• 1999

근래에 유전자를 이용하여 체질(體質)을 객관화하려는 시도가 있었다. 이에 본인은 그 동안 한의학계(韓醫學係)에서 이루어진 유전자를 이용한 사상체질(四象體質)의 객관화 연구와 의학계 쪽의 연구 중에서 어느 정도 연관성이 있는 논문들을 비교 검토하여 앞으로 사상의학(四象醫學)에서 유전자를 이용한 연구를 하는데 있어서 방향설정을 하는데 도움이 되고자 본 논문을 쓰게 되었다. 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 유전자 polymorphism(다형성)이 기능성을 가진 것을 대상으로 하여야한다. 2. Microsatellite는 기능을 가지지 않는 부분이므로 이것의 polymorphism이 체질(體質)과 관련될 가능성은 적을 것으로 사료된다. 3. Angiotensin converting enzyme (ACE)은 일반적으로 체질(體質)과 관련이 있다고 믿어지는 인내력(忍耐力)을 결정하는데 중요한 유전자로 알려져 있는 바 이 효소의 polymorphism을 이용하여 체질(體質)을 분류하고자 한 시도는 의미가 있는 것으로 생각된다. 4. HLA는 다형성을 가지고 있고 HLA유전자의 발현에 따라 질병에 대한 감수성이 차이가 있다는 사실을 고려해 볼 때 앞으로 이 분야는 연구해볼 충분한 가치가 있는 것으로 생각된다. 5. DNA chip의 사용이 보편화되면 사상체질(四象體質)의 객관화에 많은 도움이 될 것으로 생각된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제17권7호
• /
• pp.892-896
• /
• 2004

A genetic examination using 14 structural loci and 7 microsatellite markers was carried out among random samples of Hu sheep (Hu), Tong sheep (Tong) and Yantse River Delta White goat (YRD); The mean heterozygosity (H), mean polymorphism information contents (PIC) and mean effective numbers of alleles (Ne) calculated based on the data from the above two types of genetic markers were compared. The standard genetic distances among the three populations based on two types of gene frequencies were calculated and compared. The results show that the mean heterozygosity (H), mean polymorphism information contents (PIC) and mean effective numbers of alleles (Ne) based on 7 microsatellite markers are greater than those based on the structural loci. The standard genetic distances based on structural loci among the three populations are: 0.0268-0.2487, the standard genetic distances based on microsatellite markers are: 0.2321-1.2313. The study indicates that structural and microsatellite markers reflect the genetic variation of the three populations consistently: Tong>Hu>YRD. The differentiation between related species or interpopulations can be expressed more effectively by microsatellite markers than structural markers. Oar FCB11, MAF33, Oar AE101, Oar FCB128 and OarFCB304 can be used as representative loci for research on genetic differentiation between sheep and goat.

• Molecules and Cells
• /
• 제26권3호
• /
• pp.250-257
• /
• 2008

Microsatellites or simple sequence repeats (SSR) are widely distributed in eukaryotic genomes and are informative genetic markers. Despite many advantages of SSR markers such as a high degree of allelic polymorphisms, co-dominant inheritance, multi-allelism, and genome-wide coverage in various plant species, they also have shortcomings such as low polymorphic rates between genetically close lines, especially in Capsicum annuum. We developed an alternative technique to SSR by normalizing and alternating anchored primers in random amplified microsatellite polymorphisms (RAMP). This technique, designated reverse random amplified microsatellite polymorphism (rRAMP), allows the detection of nucleotide variation in the 3' region flanking an SSR using normalized anchored and random primer combinations. The reproducibility and frequency of polymorphic loci in rRAMP was vigorously enhanced by translocation of the 5' anchor of repeat sequences to the 3' end position and selective use of moderate arbitrary primers. In our study, the PCR banding pattern of rRAMP was highly dependent on the frequency of repeat motifs and primer combinations with random primers. Linkage analysis showed that rRAMP markers were well scattered on an intra-specific pepper map. Based on these results, we suggest that this technique is useful for studying genetic diversity, molecular fingerprinting, and rapidly constructing molecular maps for diverse plant species.

• 한국수정란이식학회지
• /
• 제10권1호
• /
• pp.23-31
• /
• 1995

Several kinds of analytic methods for genetic polymorphism in cattle, including bovine blood typing, PCR-RFLP, BoLA and microsatellite typing were described. A few respect to consider for choosing method for actual application of genetic polymorphism were emphasized. The probability of relationship between characteristics and gene concerned, repetibility and easiness of methods applied and the possibility of clarification for segregation pattern should be deliberated.

• 원예과학기술지
• /
• 제31권3호
• /
• pp.344-351
• /
• 2013

국내에서 유통되고 있는 오이 110 품종을 대상으로 microsatellite 마커를 이용하여 DNA profile 데이터베이스를 구축하기 위하여 품종식별력이 높은 분자 마커의 선정 및 이를 활용한 품종간 유전적 유사도 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 오이 11 품종을 358개의 microsatellite 마커로 검정하여 31개의 다형성이 높은 마커를 선정한 다음 110품종에 대한 DNA profile 데이터베이스를 구축하였다. 오이 110품종을 31개의 microsatellite 마커로 분석하였을 때 대립유전자의 수는 2-9개로 비교적 다양한 분포를 나타내었으며 전체 139개의 대립유전자가 분석되었다. PIC 값은 0.253-0.873 범위에 속하였으며 평균값은 0.610으로 나타났다. Microsatellite 마커들의 대립유전자를 이용하여 계통도를 작성하였을 때 110 품종이 과실의 형태에 따라 그룹화되는 것을 확인하였으며, 대부분이 품종이 microsatellite 마커의 유전자형에 의해 식별이 되는 것으로 나타났다. 이 연구결과에 의해 개발된 오이 품종별 DNA profile 데이터베이스는 품종보호 출원 품종의 선 DNA 검정을 통한 대조품종 선정, 구별성, 균일성, 안정성 확인에 매우 유용하게 이용할 수 있어 향후, 품종보호권 강화 등에 크게 기여할 수 있을 것으로 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제33권6호
• /
• pp.888-901
• /
• 2020

Objective: A set of microsatellite markers with high polymorphism from Tsaiya duck were used for the genetic monitoring and genetic structure analysis of Brown and White Tsaiya duck populations in Taiwan. Methods: The synthetic short tandem repeated probes were used to isolate new microsatellite markers from the genomic DNA of Tsaiya ducks. Eight populations, a total of 566 samples, sourced from Ilan Branch, Livestock Research Institute were genotyped through novel and known markers. The population genetic variables were calculated using optional programs in order to describe and monitor the genetic variability and the genetic structures of these Tsaiya duck populations. Results: In total 24 primer pairs, including 17 novel microsatellite loci from this study and seven previously known loci, were constructed for the detection of genetic variations in duck populations. The average values for the allele number, the effective number of alleles, the observed heterozygosity, the expected heterozygosity, and the polymorphism information content were 11.29, 5.370, 0.591, 0.746, and 0.708, respectively. The results of analysis of molecular variance and principal component analysis indicated a contracting Brown Tsaiya duck cluster and a spreading White Tsaiya duck cluster. The Brown Tsaiya ducks and the White Tsaiya ducks with Pekin ducks were just split to six clusters and three clusters when K was set equal to 6 and 3 in the Bayesian cluster analysis. The individual phylogenetic tree revealed eight taxa, and each individual was assigned to its own population. Conclusion: According to our study, the 24 novel microsatellite markers exhibited a high capacity to analyze relationships of inter- and intra-population in those populations with a relatively limited degree of genetic diversity. We suggest that duck farms in Taiwan could use the new (novel) microsatellite set to monitor the genetic characteristics and structures of their Tsaiya duck populations at various intervals in order to ensure quality breeding and conservation strategies.

• Journal of Ginseng Research
• /
• 제33권3호
• /
• pp.199-205
• /
• 2009

인삼에 대한 microsatellite 개발은 다른 분자적 마커들에 비해 늦게 이루어져, 최근에 와서야 인삼의 microsatellite 들이 보고되고 있는 실정이다. 본 연구에서는, 분리된 microsatellite들 중에서 5 개의 다형성 마커를 선별하여 국내 경작지나 시장에서 유통되는 인삼을 대상으로 유전적 다형성을 조사하고, 각 마커의 특성을 규명하였다. 유전자형 분석은 변성 PAGE와 silver staining법으로 하거나 형광표지 primer로 표지한 PCR 산물을 자동 염기서열 분석기로 분석하였다. 본 연구에서 개발한 5개의 microsatellite 마커들의 평균 대립유전자 수는 3.2 개였으며, 평균 GD는 0.367 였다. 전체적으로 볼 때, PG1419가 가장 높은 다형성을 보였으며 (PIC: 0.460, GD: 0.543), PG770은 가장 낮은 다형성을 나타내었다 (PIC: 0.070, GD: 0.078). 각 좌위들의 예상 이형접합도 (H$_{exp}$)는 0.077에서 0.541 (mean = 0.313)로 계산되었으나, 관측 이형접합도 (H$_{obs}$)는 0.040에서 0.130 (mean = 0.083)으로 훨씬 낮게 관찰되었으며, 유전자형의 분포는 Hardy-Weinberg 평형상태에서 벗어남을 보였다. 본 연구에서 개발한 인삼의 microsatellite 마커들은 인삼의 분자적 마커의 데이터베이스 확립의 기초 자료로 활용될 뿐 아니라, 인삼의 분자적 구별법 및 QTL 좌위의 염색체지도 작성에 유용하게 활용될 것이다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제19권11호
• /
• pp.1546-1550
• /
• 2006

The purpose of this study was to assess the genetic variation and establish the relationship amongst breeds and strains using 15 chicken specific microsatellite markers. A total of 285 unrelated DNA samples from four Korean native chicken strains (Black strain of Korean native chicken; KL, Red Brown strain of Korean native chicken; KR, Ogol strain of Korean native chicken; KS and Yellow Brown strain of Korean native chicken; KY) and three introduced chicken breeds (F strain of White Leghorn; LF, K strain of White Leghorn; LK, Rhode Island Red; RC and Cornish; CN) were genotyped to estimate within and between breed genetic diversity indices. All the loci analyzed in 15 microsatellite markers showed a polymorphic pattern and the number of alleles ranged from 5 to 14. The polymorphism information content (PIC) of UMA1019 was the highest (0.872) and that of ADL0234 was the lowest (0.562). The expected total heterozygosity (He) within breed and mean number of observed alleles ranged from 0.540 (LF) to 0.689 (KY), and from 3.47 (LK) to 6.07 (KR), respectively. The genetic variation of KR and KY were the highest and the lowest within Korean native strains, respectively. The genetic distance results showed that Korean native chicken strains were separated with the three introduced chicken breeds clustered into another group. The lowest distance (0.149) was observed between the KR and KL breeds and the highest distance (0.855) between the KR and LK breeds. The microsatellite polymorphism data were shown to be useful for assessing the genetic relationship between Korean native strains and other foreign breeds.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제19권7호
• /
• pp.938-942
• /
• 2006

Genetic diversity of Magra - a lustrous carpet wool breed of India, was investigated by means of 25 ovine microsatellite markers proposed by the Food and Agriculture Organization and the International Society for Animal Genetics (FAO-ISAG). All used microsatellites amplified well and exhibited polymorphisms. A wide range of genetic variability was observed as allele number from 3 (BM6506, OarCP20) to 10 (CSSM31), observed heterozygosity from 0.200 (BM6506) to 0.947 (OarHH35), expected heterozygosity from 0.368 (CSSM47) to 0.864 (BM1314) and Polymorphism Information Content (PIC) from 0.347 (CSSM47) to 0.849 (BM1314). This supported the utility of these microsatellite loci in the measurement of genetic diversity indices in Indian sheep too. Various average genetic variability measures viz., allele diversity (5.7), observed heterozygosity (0.597), expected heterozygosity (0.694) and mean PIC (0.648) values showed high genetic variability despite accumulated inbreeding as reflected by the high average inbreeding coefficient ($F_{IS}=0.159$) due to the unequal sex ratio of the breeding animals.

• Journal of Gastric Cancer
• /
• 제5권4호
• /
• pp.260-265
• /
• 2005

목적: Chk1 kinase는 세포 내 DNA 손상에 따른 세포주기의 저지에 관여하며 G2/M checkpoint에서 중요한 역할을 한다. 연구자들은 위암에서 현미부수체 불안정성과 Chk1 유전자의 격자이동 돌연변이와의 연관성을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 95예의 위암조직에서 레이저를 이용하여 정상과 암세포를 미세절제한 다음 6개의 현미부수체 표식자를 이용하여 현미부수체 불안정성을 조사하였다. 현미부수체 불안정이 있는 예에서 single strand conformational polymorphism과 염기서열 분석으로 Chk1 유전자의 격자이동 돌연변이를 조사하였다. 결과: 현미부수체 불안정성은 95예의 위암 중 19예 (20%)에서 발견되었는데 고빈도와 저빈도의 현미부수체 불안정성은 각각 13예와 6예였다. 고빈도의 현미부수체 불안정성이 있는 13예 중 2예에서 Chk1 유전자의 격자이동 돌연변이가 발견되었는데 이는 아미노산의 격자이동으로 truncated 단백을 형성하였다. 결론 : 이러한 결과는 현미부수체 불안정성은 Chk1 유전자의 격자이동 돌연변이를 유도하여 세포주기 조절 기능을 상실하게 함으로써 위암의 발생에 관여한다는 것을 의미한다.