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In silico genome wide identification and expression analysis of the WUSCHEL-related homeobox gene family in Medicago sativa

  • Yang, Tianhui;Gao, Ting;Wang, Chuang;Wang, Xiaochun;Chen, Caijin;Tian, Mei;Yang, Weidi
    • Genomics & Informatics
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    • 제20권2호
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    • pp.19.1-19.15
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    • 2022
  • Alfalfa (Medicago sativa) is an important food and feed crop which rich in mineral sources. The WUSCHEL-related homeobox (WOX) gene family plays important roles in plant development and identification of putative gene families, their structure, and potential functions is a primary step for not only understanding the genetic mechanisms behind various biological process but also for genetic improvement. A variety of computational tools, including MAFFT, HMMER, hidden Markov models, Pfam, SMART, MEGA, ProtTest, BLASTn, and BRAD, among others, were used. We identified 34 MsWOX genes based on a systematic analysis of the alfalfa plant genome spread in eight chromosomes. This is an expansion of the gene family which we attribute to observed chromosomal duplications. Sequence alignment analysis revealed 61 conserved proteins containing a homeodomain. Phylogenetic study sung reveal five evolutionary clades with 15 motif distributions. Gene structure analysis reveals various exon, intron, and untranslated structures which are consistent in genes from similar clades. Functional analysis prediction of promoter regions reveals various transcription binding sites containing key growth, development, and stress-responsive transcription factor families such as MYB, ERF, AP2, and NAC which are spread across the genes. Most of the genes are predicted to be in the nucleus. Also, there are duplication events in some genes which explain the expansion of the family. The present research provides a clue on the potential roles of MsWOX family genes that will be useful for further understanding their functional roles in alfalfa plants.

Characteristic Evaluation of Pressure Mapping System for Patient Position Monitoring in Radiation Therapy

  • Kang, Seonghee;Choi, Chang Heon;Park, Jong Min;Chung, Jin-Beom;Eom, Keun-Yong;Kim, Jung-in
    • 한국의학물리학회지:의학물리
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    • 제32권4호
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    • pp.153-158
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    • 2021
  • Purpose: This study evaluated the features of a pressure mapping system for patient motion monitoring in radiation therapy. Methods: The pressure mapping system includes an MS 9802 force sensing resistor (FSR) sensor with 2,304 force sensing nodes using 48 columns and 48 rows, controller, and control PC (personal computer). Radiation beam attenuation caused by pressure mapping sensor and signal perturbation by 6 and 10 mega voltage (MV) photon beam was evaluated. The maximum relative pressure value (mRPV), average relative pressure value (aRPV), the center of pressure (COP), and area of pressure distribution were obtained with/without radiation using the upper body of an anthropomorphic phantom for 30 minutes with 15 MV. Results: It was confirmed that the differences in attenuation induced by the FSR sensor for 6 and 10 MV photon beams were small. The differences in mRPV, aRPV, area of pressure distribution with/without radiation are about 0.6%, 1.2%, and 0.5%, respectively. The COP values with/without radiation were also similar. Conclusions: The characteristics of a pressure mapping system during radiation treatment were evaluated on the basis of attenuation and signal perturbation using radiation. The pressure distribution measured using the FSR sensor with little attenuation and signal perturbation by the MV photon beam would be helpful for patient motion monitoring.

Mollusk Species Associated with the Scleractinian Coral Alveopora japonica Eguchi, 1968 Forming a Coral Carpet in Northwestern Jeju Island

  • Ronald G., Noseworthy;Hyun-Ki, Hong;Se-Jong, Ju;Hyun-Sung, Yang;Kwang-Sik, Choi
    • Ocean and Polar Research
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    • 제44권4호
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    • pp.331-338
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    • 2022
  • The high latitude scleractinian coral Alveopora japonica Eguchi, 1965 occurs in high density in the shallow rocky subtidal in Jeju Island, forming coral carpets. Despite its ecological role providing a unique habitat for other benthic organisms, the benthic fauna associated with the A. japonica coral carpet is poorly known. To identify fauna associated with the coral carpet, we explored three sites dominated by A. japonica and one control site on northwestern Jeju Island in May 2013. Using SCUBA, we collected A. japonica and the epibenthic mega-fauna associated with the colonies in 1×1 m2 and identified them to the species level. At a depth of 10 to 15 m, A. japonica colonies heavily covered the seafloor, forming a layer called a coral carpet, with a density of 94 (Keumneung-ri), 133 (Biyangdo), and 155 (Gwidok-ri) colonies/m2. Thirty-four molluscan species were identified from the four sites, including 20 bivalves and 14 gastropods. The coral carpets were enriched with sessile bivalves compared to the control site, as we identified twenty bivalve and eight gastropod species from the coral carpets. Most bivalve species associated with the coral carpets had tropical-subtropical affinities, while gastropods were mainly subtropical and subtropical-low boreal species. Leiosolenus lischkei M. Huber, 2010, in the family Mytilidae and Barbatia steamsi (Pilsbry, 1895), in the family Arcidae, were the two most abundant bivalve species in the coral carpet, L. lischkei being a borer, and B. stearnsi a nestler. The tropical to subtropical Pacific star shell Astralium haematragum (Menke, 1829)was the most abundant gastropod at the study sites. The bivalves and gastropods associated with the coral carpet were small-sized juveniles or sub-adults, suggesting that the coral carpet provides a micro-habitat for the bivalves and gastropods.

Comparative genetic analyses of Korean bat coronaviruses with SARS-CoV and the newly emerged SARS-CoV-2

  • Na, Eun-Jee;Lee, Sook-Young;Kim, Hak Jun;Oem, Jae-Ku
    • Journal of Veterinary Science
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    • 제22권1호
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    • pp.12.1-12.11
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    • 2021
  • Background: Bats have been considered natural reservoirs for several pathogenic human coronaviruses (CoVs) in the last two decades. Recently, a bat CoV was detected in the Republic of Korea; its entire genome was sequenced and reported to be genetically similar to that of the severe acute respiratory syndrome CoV (SARS-CoV). Objectives: The objective of this study was to compare the genetic sequences of SARS-CoV, SARS-CoV-2, and the two Korean bat CoV strains 16BO133 and B15-21, to estimate the likelihood of an interaction between the Korean bat CoVs and the human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor. Methods: The phylogenetic analysis was conducted with the maximum-likelihood (ML) method using MEGA 7 software. The Korean bat CoVs receptor binding domain (RBD) of the spike protein was analyzed by comparative homology modeling using the SWISS-MODEL server. The binding energies of the complexes were calculated using PRODIGY and MM/GBGA. Results: Phylogenetic analyses of the entire RNA-dependent RNA polymerase, spike regions, and the complete genome revealed that the Korean CoVs, along with SARS-CoV and SARS-CoV-2, belong to the subgenus Sarbecovirus, within BetaCoVs. However, the two Korean CoVs were distinct from SARS-CoV-2. Specifically, the spike gene of the Korean CoVs, which is involved in host infection, differed from that of SARS-CoV-2, showing only 66.8%-67.0% nucleotide homology and presented deletions within the RBD, particularly within regions critical for cross-species transmission and that mediate interaction with ACE2. Binding free energy calculation revealed that the binding affinity of Korean bat CoV RBD to hACE2 was drastically lower than that of SARS-CoV and SARS-CoV-2. Conclusions: These results suggest that Korean bat CoVs are unlikely to bind to the human ACE2 receptor.

국제스포츠이벤트의 유치 프로세스 분석 및 모델링 (Analysis and Modeling of Hosting Process in International Sports Events)

  • 김주학;조선미
    • 한국체육학회지인문사회과학편
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    • 제55권1호
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    • pp.441-455
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    • 2016
  • 국제스포츠이벤트는 스포츠산업의 핵심 상품 중 하나이다. 세계 여러 나라들은 올림픽과 같은 국제스포츠이벤트 유치를 위해 경쟁적으로 뛰어들고 있다. 국제스포츠이벤트 유치는 개최국과 도시에 다양한 유형의 발전을 가져다주는 것으로 기대하기 때문이다. 국제스포츠이벤트의 유치는 사회, 정치, 문화, 경제 등 다양한 시스템과 상호작용하고 있으며, 스포츠이벤트의 규모가 클수록 프로세스의 중요성은 증대되고 있다. 이 연구의 목적은 국제스포츠이벤트 유치단계의 프로세스를 분석하고 모델링하는데 있으며 이를 위해 유치과정의 기능을 구분하고, 이해관계자를 분석하였다. 유치과정에서의 업무 분석을 통해 (1)유치탐색, (2)유치신청, (3)유치실행, (4)사후관리라는 4가지의 핵심프로세스를 구성하였다. 4가지의 핵심프로세스는 다시 하위 프로세스로 구조화하여 모델링하였고, 모델링 방법으로는 IDEF 방법을 사용하였다. 이 연구에서 제시된 국제스포츠이벤트 유치 프로세스 모델은 유치 단계의 기능을 체계적으로 관리하는데 활용될 수 있다.

Marketing Feng Shui to Asia: A Case Study

  • Bela Florenthal;Noriko Yagi;Hongjiang Xu
    • Asia Marketing Journal
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    • 제11권2호
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    • pp.1-20
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    • 2009
  • Feng Shui practice is very popular in East Asia and has been rapidly adopted by the population of the West. As Feng Shui involves knowledge of object placement, it opens opportunities to market Feng Shui knowledge and products. This paper presents an analysis of a successful Feng Shui enterprise, World of Feng Shui (WOFS), that has been established by a well-known Feng Shui expert Lillian Too and her daughter Jennifer Too. The enterprise's marketing strategies and tactics are tied to the theoretical concept of social influence, widely researched in the consumer behavior literature. The three types of social influence (informational, utilitarian, and value-expressive) are examined in relation to WOFS' marketing strategies using secondary data material. The main results indicate that the strategies of WOFS enterprise address all three types of social influence. The articles generated on-and off-line can be mostly associated with the informational influence. The off- line activities such as events, courses/workshops, and TV shows are also informational in nature. The Q & A sections/postings can be considered as representative of the utilitarian influence. They give experts (e.g., Lillian Too) the opportunity to provide individuals with problem-specific recommendations. Mega-mall website provides the value-expressive influence as purchase and consumption of the Feng Shui products is most susceptible to this type of influence. In terms of implications, WOFS enterprise strategies are suitable not only for consumes but also for business executives in Asia and in the West as architects, designers, and homeowners across continents use Feng Shui practices for building placements and decoration of dwellings and workplaces. Feng Shui practice has some limitations such as conflicting opinions of experts and increased complexity when the dimension of time is taken into consideration. Still, Feng Shui as a practice is growing globally adjusting itself to regional and cultural challenges.

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Multi-environment Trial Analysis for Yield-related Traits of Early Maturing Korean Rice Cultivars

  • Seung Young Lee;Hyun-Sook Lee;Chang-Min Lee;Su-Kyung Ha;Youngjun Mo;Ji-Ung Jeung
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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    • pp.252-252
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    • 2022
  • Genotype-by-environment interaction (GEI) refers to the comparative response of genotypes to different environments conditions. Thus, understanding GEI is a fundamental component for selecting superior genotypes for breeding programs. The significance of utilizing early maturing cultivars not only provides flexibility in planting dates, but also serves as an effective strategy to reduce methane emission from the paddy fields. In this study, we conducted multi-environment trials (METs) to evaluate yield-related traits such as culm length, panicle length, panicle number, spikelet per plant, and thousand grain weight. A total of eighty-one Korean commercial rice cultivars categorized as early maturing cultivars, were cultivated in three regions, two planting seasons for two years. The genotype main effect plus genotype-by-environment interaction (GGE) biplot analysis of yield-related traits and grain yield explained 70.02-91.24% of genotype plus GEI variation, and exhibited various patterns of mega-environment delineation, discriminating ability, representativeness, and genotype rankings across the planting seasons and environments. Moreover, simultaneous selection using weighted average of absolute scores from the singular value decomposition (WAASB) and multi-trait stability index (MTSI) revealed six highly recommended genotypes with high stability and crop productivity. The winning genotypes under specific environment can be utilized as useful genetic materials to develop regional specialty cultivars, and recommended genotypes can be used as elite climate-resilient parents to improve yield-potential and reduce methane emission as part to accomplish carbon-neutrality.

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산란선 대 일차선비(SPR)를 이용한 MV 영상의 산란 보정을 위한 실험적 방법 (An Experimental Method for the Scatter Correction of MV Images Using Scatter to Primary Ratios (SPRs))

  • 전호상;박달;이자영;남지호;김원택;기용간;김동현;이주혜;김동원
    • 한국의학물리학회지:의학물리
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    • 제25권3호
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    • pp.143-150
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    • 2014
  • 고에너지(MV, Mega-voltage) X선 영상은 일반적인 방사선 치료 시 조사야의 영상 검증이 가능한 유일한 방법으로 널리 사용되고 있다. 그러나 고에너지 특유의 높은 콤프턴 산란 반응 특성으로 인해 저에너지 영상에 비해 화질이 크게 낮으며, 1990년대에 디지털 MV 영상이 소개된 이후 화질을 보완하기 위한 연구들이 활발히 이루어져 왔다. 본 연구에서는 디지털 영상처리 기법을 이용하거나 산란 커널 계산을 통해 화질을 개선하는 기존의 방법 대신 측정된 산란선 대 일차 선비(SPR, Scatter to Primary Ratio)를 이용하는 새로운 방법을 제안하였다. 먼저 주어진 촬영 조건 하에서 환자를 모사하는 고체 물팬톰의 유무에 따라 각각 MV영상을 촬영하고 방사선의 투과율을 별도로 계산한 후 산란 성분이 포함된 일차선 영상과 포함되지 않은 일차선 영상을 각각 획득하였다. 이를 기반으로 산란 보정에 사용할 SPR 분포를 획득하였다. 그리고 알루미늄 막대를 이용한 line pair (LP) 팬텀 및 실제 환자 골반의 영상을 이용하여 산란 보정 효과의 검증을 수행하였다. SPR 측정 결과 팬톰 두께에 따른 SPR 분포들을 성공적으로 획득하였으며, LP 팬텀 검증 결과 영상의 산란 성분이 효과적으로 제거되어 팬톰 본래의 밀도 분포가 복원되었음을 확인하였다. 또한 환자 골반 영상 보정 결과 모든 관심영역에서 대조도가 평균 48% 증가하였다. 본 연구에서 제시한 MV 영상의 산란 보정 방법은 실제 측정 자료를 기반으로 하므로 높은 신뢰성을 가지며, 적은 시간과 비용으로도 임상 현장에서 즉각적인 도입이 가능하다. 결론적으로 본 연구는 MV 영상을 이용한 영상유도 방사선치료의 질을 높이기 위한 하나의 효과적인 방법이 될 수 있을 것으로 기대된다.

HFP방법을 적용한 ASEAN과 한국항만의 경쟁력 평가분석 (The Evaluation Analysis of Competitiveness among Ports in ASEAN & Korea - An Application of HFP Model -)

  • 김진구;전일수
    • 한국조사연구학회:학술대회논문집
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    • 한국조사연구학회 2003년도 춘계학술발표대회
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    • pp.140-160
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    • 2003
  • 본 연구는 21세기 급변하는 국제물류환경의 대책으로서 국제물류 중심화를 위한 로지스틱스 전략의 근간이 되는 ASEAN의 주요 컨테이너항만의 경쟁력 파악과 평가에 목적이 있으며 나아가 한국항만과의 경쟁력 비교를 통하여 전략적 대책을 위한 비교연구에 긍극적 목적이 있다. 연구방법론은 항만경쟁력이라는 정성적인 속성을 정량화하여 평가하는 계층퍼지분석(HFP)기법을 도입하여 실증분석을 하였다. 연구의 범위는 최근 치열한 항만간 경쟁이 전개되고 있고 국제물류전략상 연구의 관심이 고조되고 있는 ASEAN을 연구대상으로 하였다 연구의 결과 제 1 차 분석에서는 싱가포르항만이 연구대상지역에서 가장 경쟁력이 높게 나타났으며, 동일한 자료와 구조를 한국항만에 적용하여 비교 연구한 결과 싱가포르가 1위, 부산항이 2위로 평가되었다. 본 논문의 기여도는 한국과 ASEAN의 항만경쟁력 비교연구를 통해 사회과학분야의 첨단연구기법이라 할 수 있는 HFP방법론을 도입하여 정책적 관점에 응용한 최초의 실증적인 연구접근에 있다 현재까지 당 연구에서 발표된 바와 같이 정교한 모델로 한국과 ASEAN의 주요 항만개발과 세계 주요선사의 터미널 이전에 따른 역동적인 해운항만 및 로지스틱스 활동을 분석한 논문은 전무한 상태이다. 향후 연구과제로 HFP의 모델링에 ASEAN에 있어서 주요항만간 일관성 있는 항만비용자료의 미비로 적용하지 못한 비용적인 요소를 포함시켜 보다 더 심층적인 보완적 연구로 본 논문의 질을 제고 시킬 수 있을 것이다.

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철도투자평가체계 개선방안의 고찰 (The Study for an Improved Methodology of Rail Investment Rating System)

  • 노병국;김용배;진학기
    • 한국철도학회:학술대회논문집
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    • 한국철도학회 2011년도 정기총회 및 추계학술대회 논문집
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    • pp.2192-2204
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    • 2011
  • 최근 정부는 지속가능한 녹색성장을 위하여 도로 중심의 교통체계에서 친환경 고효율의 교통수단인 철도중심의 교통체계로의 전환을 적극 추진하고 있다. 철도망을 통해 국토를 통합 다핵 개방형 구조로 재편하고자 철도부문 최상위 계획인 제2차 국가철도망구축계획을 고시('11.4)하였으며, 전국 주요거점을 일상 통근시간대인 1시간 30분대로 연결하여 하나의 도시권으로 통합하고자 하고 있다. 그러나, SOC사업의 타당성분석을 위한 비용편익분석방법론에는 철도사업의 특성이 반영되지 않아 철도사업이 도로사업에 비해 불리한 실정이었다. 이를 개선하기 위하여 철도시설공단에서는 철도투자 평가체계 개선방안 연구를 시행하였으며, 기획재정부에서는 철도투자평가체계 개선방안에 대한 많은 내용을 도입하여 철도부문 예비타당성조사에 대한 개선사항을 예타지침에 적용하였다. 본 논문에서는 철도투자 평가체계 개선방안에서 주요하게 논의된 사항인, 분석기간, 할인율, 통행시간절감편익, 교통사고절감편익, 차량대체 투자비 및 고속철도 운영유지보수비 부분에 대한 고찰을 하였으며, 아울러, 추가로 연구되어야할 부분에 대하여 알아보고자 한다. 이러한 개선 방안들이 향후 철도부문 타당성평가 방법론에 반영됨으로써 합리적 객관적인 철도투자 평가체계 구축이 가능할 것이며, 또한 선순환적인 철도투자가 이루어질 수 있을 것이다.

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