• 한국어병학회지
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• 제24권3호
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• pp.255-268
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• 2011

본 연구에서는 RT-nested PCR을 수행하여 부산 도심의 하천 중 동천에 존재하는 노로바이러스를 검출하고자 하였다. 기존에 보고되어진 노로바이러스의 capsid protein의 염기서열을 비교하여 노로바이러스 genogroup I,II (GI,II) 를 검출하기 위한 새로운 degenerated primer sets (PNK, KGIF/KGIR and KG2F/KG2R) 를 제작하였으며, 채수한 동천 시료를 초고속원심분리기를 통해 농축 후 물 속에 존재하는 노로바이러스의 검출을 시도하였다. 노로바이러스를 검출하기 위해 PCR primer를 비교한 결과 본 연구에서 제작한 capsid protein gene을 target으로 하는 primer set가 기존에 보고되어 있는 primer set보다 동일 시료에 대한 검출빈도가 우수하였다. 동천에 존재하는 노로바이러스의 오염 수준은 GI과 GII가 각각 76.47% (13/17), 70.59% (12/17) 로 나타났다. 그러나 기존에 알려진 primer와 본 연구에서 제작한 primer를 사용하였을 때 검출된 양성비율이 차이가 나지 않았다. 검출된 노로바이러스를 염기서열 비교를 통한 계통 발생학적 분석 결과, 동천에서 검출된 GI의 경우 1/2/4/5/9/10의 genotype이 GII의 경우 3/4/5/11/13의 genotype으로 분류되었다. 그리고 본 연구에서 검출된 major type 중 GII/4의 경우, 최근 아시아 각국에서 많은 문제를 일으키고 있는 major genotype으로 알려져 노로바이러스에 대한 위험성을 제고하게 하였다. 또한, 이러한 결과는 국내의 강, 호수, 하천 등이 비슷한 노로바이러스의 GI,II의 genotype으로 오염되어 있음을 암시하며 수계환경 중 미생물의 질을 개선하기 위한 지속적인 노로바이러스의 모니터링이 요구된다.

• 한국어병학회지
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• 제23권3호
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• pp.273-280
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• 2010

To determine whether rock bream Oplegnathus fasciatus can be protected from rock bream iridovirus (RBIV) infection by intramuscular injection of long double-stranded RNAs (dsRNAs), we compared protective effect of virus-specific dsRNAs corresponding to major capsid protein (MCP), ORF 084, ORF 086 genes, and virus non-specific green fluorescent protein (GFP) gene. Furthermore, to determine whether the non-specific type I interferon (IFN) response was associated with protective effect, we estimated the activation of type I IFN response in fish using expression level of IFN inducible Mx gene as a marker. As a result, mortality of fish injected with dsRNAs and challenged with RBIV was delayed for a few days when comparing with PBS injected control group. However, virus-specific dsRNA injected groups exhibited no significant differences in survival period when compared to the GFP dsRNA injected group. Semi-quantitative analysis indicated that the degree of antiviral response via type I IFN response is supposedly equal among dsRNA injected fish. These results suggest that type I IFN response rather than sequence-specific RNA interference might involve in the lengthened survival period of fish injected with virus-specific dsRNAs.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제31권4호
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• pp.285-293
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• 2004

FMDV는 동물에서 구제역을 일으키는 병원체이며, VP1은 이 바이러스의 주요 capsid단백질이므로 구제역의 진단과 단백질 백신의 개발에 가장 많이 사용되는 재료 중 하나이다. 본 연구는 FMDV taiwan O형과 베트남에서 분리된 FMDV의 VP1 sequence를 기반으로 식물에서 VP1 유전자의 발현을 위하여 633 bp의 VP1유전자로 재편집하였으며, 이를 long-nucleotide를 사용한 multiple fragment extension 방법을 사용하여 인공적인 DNA 단편을 합성하였다. 또한 새로운 식물 형질전환 벡터로 pBI121 과 pCAMBIA1390의 장점을 수용하여, hygromycin 저항성과 CaMV 35S promoter를 포함하는 pCAMBIA II를 제작하였다. 제작된 벡터와 VP1 유전자 및 GFP유전자를 사용하여 담배를 형질 전환시켰고, 각각의 형질전환식물체내에서 전체길이의 target gene(VPl)의 성공적인 삽입을 확인하였다. 각 유전자의 발현은 RT-PCR과 Real-Time PCR의 결과로 측정하였으며, VP1 유전자의 전사가 담배 내에서 이루어졌음과 고효율의 전사체를 만드는 형질전환체 VP1-4를 선별하였다.

• 한국어병학회지
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• 제22권2호
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• pp.173-177
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• 2009

Lymphocystis disease virus (LCDV) was detected from olive flounder Paralichthys olivaceus, painted glass fish Chanda baculis, gourami Trichogaster leeri and rockfish Sebastes schlegeli, and proteins of the viruses were compared. The major capsid protein (MCP) gene-specific primer sets successfully amplified approximately 1300 bp nucleotides from the olive flounder and 600 bp nucleotides from painted glass fish, gourami and rockfish isolates, respectively. In western blotting analysis using anti-LCDV mouse polyclonal serum, major antigenic proteins had 21, 26, 45, 50, 80, 110 and 120 kDa in olive flounder, 26, 47 and 80 kDa in painted glass fish, 26, 46, 80 and 92 kDa in gourami, 26, 44, 49, 80 and 105 in rockfish, respectively. All the marine and freshwater isolates showed only common antigens of approximately 26 kDa and 80 kDa. These results suggest that antigenic protein profiles of LCDVs may vary depending upon fish species.

• The Plant Pathology Journal
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• 제21권4호
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• pp.334-342
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• 2005

The prototype Chlorella virus PBCV-l encodes 11 tRNA genes and over 350 protein-encoding genes in its 330 kbp genome. Initial attempts to overexpress the recombinant A189/192R protein, a putative virus attachment protein, in E. coli strain BL21(DE3) SI were unsuccessful, and multiple protein bands were detected on Western blots. However, the full-length A189/192R recombinant protein or fragments derived from it were detected when they were expressed in E. coli BL21 CodonPlus (DE3) RIL, which contains extra tRNAs. Codon usage analysis of the a189/192r gene showed highly biased usage of the AGA and AVA codons compared to genes encoded by E. coli and Chlorella. In addition, there were biases of XXA/U($56\%$) and XXG/ C($44\%$) in the codons recognized by the viral tRNAs, which correspond to the codon usage bias in the PBCV-1 genome of XXA/U ($63\%$) over those ending in XXC/G ($37\%$). Analysis of the codon usage in the major capsid protein and DNA polymerase showed preferential usage of codons that can be recognized by the viral tRNAs. The Asn (AAC) and Lys (AAG) codons whose corresponding tRNA genes are duplicated in the tRNA gene cluster were the most abundant (i.e., preferred) codons in these two proteins. The tRNA genes encoded in the PBCV-l genome seem to play a very important role during the synthesis of viral proteins through supplementing the tRNAs that are frequently used in viral proteins, but are rare in the host cells. In addition, these tRNAs would help the virus to adapt to a wide range of hosts by providing tRNAs that are rare in the host cells.

• 미생물학회지
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• 제47권1호
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• pp.1-6
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• 2011

암의 유전자치료에서 암세포로의 선택적 유전자전달 매체의 부족은 치료효과의 감소를 야기하는 문제이다. 본 연구에서는 난소암 유전자치료의 효율을 높이기 위한 목적으로 난소암세포로 선택적인 유전자전달을 하도록 개량된 아데노바이러스 벡터를 제조하고, 그 효율성을 난소암세포주를 이용하여 조사하였다. 난소암세포에 과다발현하는 분자인 ErbB receptor를 표적하도록 아데노바이러스 외피단백질 fiber에 ErbB receptor에 대한 ligand인 heregulin으로부터 유래한 펩티드를 부착하였다. 53개의 아미노산으로 구성된 외부 펩티드를 fiber에 부착하였을 때 바이러스 감염에 중요한 기능을 하는 fiber 삼량체 구조 형성에 영향을 미치지 않았다. Fiber를 조작한 개량 아데노바이러스는 야생형 fiber를 가진 1세대 아데노바이러스 벡터에 비해 선택적으로 난소암으로 유전자를 전달하는 비율이 증가하였다. 특히 항암제에 저항성을 가진 난소암세포주 OVCAR3에서 유전자전달 효율이 약 5배 증가되었다. 따라서 난소암의 유전자치료에서 개량된 아데노바이러스로 치료 유전자를 전달하면 치료의 효율성을 향상시킬 수 있을 것이다.

• 한국정보통신학회:학술대회논문집
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• 한국정보통신학회 2018년도 춘계학술대회
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• pp.588-591
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• 2018

Baculovirus는 원래 알팔파 루퍼 (looper)로부터 분리되었으며 154 개의 오픈 리딩 프레임 (ORF)을 가진 134-kbp 게놈을 포함하고 있다. 주요 캡시드 단백질 VP39는 약간의 단백질과 함께 p6.9 단백질로 DNA를 감싸는 뉴클레오 캡시드($21nm{\times}260nm$)로 형성된다. 그것들은 막대 모양의 캡시드 안에 이중 가닥의 고리 모양의 슈퍼 코일 DNA 분자이다. 야생형 baculovirus는 용균 및 폐색 된 생명주기를 모두 나타내며 바이러스 복제의 3 단계에 걸쳐 독립적으로 발달한다. 재조합 baculovirus는 광범위한 포유류 세포 유형에서 벡터를 전달하고 재조합 단백질을 발현 할 수 있다. 특히, 이들 baculovirus 벡터에 우세한 선별 마커를 포함시킴으로써 많은 세포에서 다양한 재조합 유전자를 발현시킬 수 있다. 본 연구의 배큘로 바이러스 벡터는 cytomegalovirus (CMV) 프로모터, uroplakin II promoter, polyhedron promoter, 수포 구내염 바이러스 G (VSVG), 녹색 형광 단백질 (EGFP), 단백질 전달 도메인 (PTD) 유전자 등으로 재구성되었다. 이러한 재구성 된 벡터를 다양한 세포 및 세포주에 감염시켰다. 우리는 다른 재조합 벡터와 비교하여 이러한 재조합 벡터의 전이 및 발현을 조사하는 수행하였다. 본 연구에서, 우리는 이 재조합 벡터의 형질 감염 및 발현이 어떤 대조군 벡터보다 더 높은 효능을 갖는다는 것을 알았다. 본 연구는 과학 기술부, 한국 정보 기술 진흥 기금 (MSIP)이 후원하는 한국 연구 재단 (NRF)을 통해 중견 연구원 프로그램 (NRF-2016R1A2B4016552)을 통해 지원되었다.

• 수산해양교육연구
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• 제27권4호
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• pp.1184-1193
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• 2015

Monitoring for megalocytivirus infection was conducted for ten months from March to December in 2013 in 15 aquatic farms culturing, red sea bream, rock bream, rock fish and black sea bream around Tongyoung coastal area in Korea, to assess spatial and temporal variability of detection prevalence, and to explore possible links with seawater temperature. In nested-PCR targeted major capsid protein (MCP) gene, asymptomatic megalocytivirus infection was detected in the externally healthy farmed fish with a significant prevalence in range from 0 to 58.3% for ten months. Higher prevalence of megalocytivirus (46.7% - 57.1%) was observed in high water temperature season from September to November than that in other months with lower prevalence of 0.0% to 20.0%. Even though an acute infection of megalocytivirus was occurred in rock bream (positive in the first PCR) with high mortality in one of fifteen farms, there was no expansion or transmission of the disease to the rock fish and red sea bream culturing in net cage just proximal to the rock bream cage in which disease outbreaked. Nucleotide sequence analysis of the cloned MCP gene isolated asymptomatically infected rock fish revealed that the megalocytivirus in this study was clustered together with the rock bream iridovirus (RBIV) under the subgroup II of the genus megalocytivirus (Iridoviridae), which is known to be the major megalocytivirus strain in Korea. The typical histopathological signs were not found in the spleen of rock fish asymptomatically infected by megalocytivirus. Experimental infection of rock bream with the spleen homogenate of the rock fish infected asymptomatically did not induce any mortality unlike the homogenate of infected rock bream with hih mortlity. However, these results may suggest that the asymptomatic infection of megalocytivirus in other fish species can be a potential risk threatening aquaculture industries as a transmission factor of megalocytivirus to susceptible fish species, especially rock bream.

• The Plant Pathology Journal
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• 제32권6호
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• pp.584-588
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• 2016

Several Bacillus species were isolated from rice field soils, and 16S rRNA gene sequence analysis showed that Bacillus cereus was the most abundant. A strain named BC1 showed antifungal activity against Rhizoctonia solani. Bacteriophages infecting strain BC1 were isolated from the same soil sample. The isolated phage PK16 had an icosahedral head of $100{\pm}5nm$ and tail of $200{\pm}5nm$, indicating that it belonged to the family Myoviridae. Analysis of the complete linear dsDNA genome revealed a 158,127-bp genome with G + C content of 39.9% comprising 235 open reading frames as well as 19 tRNA genes (including 1 pseudogene). Blastp analysis showed that the proteins encoded by the PK16 genome had the closest hits to proteins of seven different bacteriophages. A neighbor-joining phylogenetic tree based on the major capsid protein showed a robust clustering of phage PK16 with phage JBP901 and BCP8-2 isolated from Korean fermented food.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제32권3호
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• pp.333-340
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• 2022

Leuconostoc has been used as a principal starter in natural kimchi fermentation, but limited research has been conducted on its phages. In this study, prophage distribution and characterization in kimchi-derived Leuconostoc strains were investigated, and phage induction was performed. Except for one strain, 16 Leuconostoc strains had at least one prophage region with questionable and incomplete regions, which comprised 0.5-6.0% of the bacterial genome. Based on major capsid protein analysis, ten intact prophages and an induced incomplete prophage of Leu. lactis CBA3626 belonged to the Siphoviridae family and were similar to Lc-Nu-like, sha1-like, phiMH1-like, and TPA_asm groups. Bacterial immunology genes, such as superinfection exclusion proteins and methylase, were found on several prophages. One prophage of Leu. lactis CBA3626 was induced using mitomycin C and was confirmed as belonging to the Siphoviridae family. Homology of the induced prophage with 21 reported prophages was not high (< 4%), and 47% identity was confirmed only with TPA_asm from Siphoviridae sp. isolate ct3pk4. Therefore, it is suggested that Leuconostoc from kimchi had diverse prophages with less than 6% genome proportion and some immunological genes. Interestingly, the induced prophage was very different from the reported prophages of other Leuconostoc species.