• Genomics & Informatics
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• 제18권4호
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• pp.42.1-42.9
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• 2020

Chromatin immunoprecipitation coupled with high-throughput DNA sequencing (ChIP-Seq) is a powerful technology to profile the location of proteins of interest on a whole-genome scale. To identify the enrichment location of proteins, many programs and algorithms have been proposed. However, none of the commonly used peak calling programs could accurately explain the binding features of target proteins detected by ChIP-Seq. Here, publicly available data on 12 histone modifications, including H3K4ac/me1/me2/me3, H3K9ac/me3, H3K27ac/me3, H3K36me3, H3K56ac, and H3K79me1/me2, generated from a human embryonic stem cell line (H1), were profiled with five peak callers (CisGenome, MACS1, MACS2, PeakSeq, and SISSRs). The performance of the peak calling programs was compared in terms of reproducibility between replicates, examination of enriched regions to variable sequencing depths, the specificity-to-noise signal, and sensitivity of peak prediction. There were no major differences among peak callers when analyzing point source histone modifications. The peak calling results from histone modifications with low fidelity, such as H3K4ac, H3K56ac, and H3K79me1/me2, showed low performance in all parameters, which indicates that their peak positions might not be located accurately. Our comparative results could provide a helpful guide to choose a suitable peak calling program for specific histone modifications.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제26권2호
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• pp.77-86
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• 2022

The effect of PHAR-DBH-Me, a cannabinoid receptor agonist, on different cardiovascular responses in adult male rats was analyzed. The blood pressure was measured directly and indirectly. The coronary flow was measured by Langendorff preparation, and vasomotor responses induced by PHAR-DBH-Me in aortic rings precontracted with phenylephrine (PHEN) were analyzed. The intravenous injection of the compound PHAR-DBH-Me (0.018-185 ㎍/kg) resulted in decreased blood pressure; maximum effect was observed at the dose of 1,850 ㎍/kg. A concentrationdependent increase in the coronary flow was observed in a Langendorff preparation. In the aortic rings, with and without endothelium, pre-contracted with PHEN (10^-6 M), the addition of PHAR-DBH-Me to the superfusion solution (10^-12-10^-5 M), produced a vasodilator response, which depends on the concentration and presence of the endothelium. L-NAME inhibited these effects. Addition of CB₁ receptor antagonist (AM 251) did not modify the response, while CB₂ receptor antagonist (AM630) decreased the potency of relaxation elicited by PHAR-DBH-Me. Indomethacin shifted the curve concentration-response to the left and produced an increase in the magnitude of the maximum endothelium dependent response to this compound. The maximum effect of PHAR-DBH-Me was observed with the concentration of 10^-5 M. These results show that PHAR-DBH-Me has a concentration-dependent and endothelium-dependent vasodilator effect through CB₂ receptor. This vasodilation is probably mediated by the synthesis/release of NO. On the other hand, it is suggested that PHAR-DBH-Me also induces the release of a vasoconstrictor prostanoid.

• 한국가금학회지
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• 제35권3호
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• pp.291-302
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• 2008

국내에서 사육되는 유색육용계 성장에 적합한 에너지와 단백질 수준을 구명하여 사료 급여 체계 확립에 필요한 기초자료를 제공하고자 두 차례의 사양 실험을 수행하였다. 공시동물은 유색육용계 1일령 암, 수컷 1,404수를 사용하였고, 펜당 26수씩 배치하였다. 사료내 에너지 수준은 사육전기 5주간 3,000, 3,100 kg/kcal이며, 단백질 함량은 $0{\sim}2$주에 20, 21, 22%를 급여하였으며, $3{\sim}5$주에 18, 19, 20, 21, 22%로 처리하였다. 조사 항목은 체중, 사료 섭취량을 측정하여 생산성을 계산하였으며, 실험 종료시 혈액을 채취하여 분석하였다. 실험 1 : $0{\sim}2$주간 사료 ME 함량 차이에 따른 생산 능력은 처리구간에 차이가 없으며 CP 함량 차이에 기인한 증체량과 사료 섭취량도 차이가 없었지만 사료 요구율은 CP 21, 22% 처리구에서 CP 20% 처리구에 비하여 통계적으로 개선되었다(P<0.05). 실험 개시후 $3{\sim}5$주간에 사료 ME 3,100 kcal/kg 처리구에서 ME 3,000 kcal/kg 처리구에 비하여 사료 요구율은 개선되었다(P<0.05). 이 기간에 사료내 CP 22% 처리구는 낮은 수준의 처리구보다 증체량이 유의하게 증가하였고(P<0.05) 사료 요구율은 CP가 높은 수준의 사료를 급여시에 낮은 수준의 CP 처리구에 비하여 개선되었지만 사료 섭취량은 처리구간에 차이가 없었다(P<0.05). 이 기간에 증체량과 사료 요구율은 ME와 CP간 상호 작용하였다(P<0.05). 전 실험기간 5주간에 사료 요구율은 ME 3,100 kcal/kg 처리구에서 ME 3,000 kcal/kg 처리구보다 개선되었으며, CP (20)18% 처리구는 다른 처리구에 비하여 높게 나타났다(P<0.05). 증폐량은 CP (22)22% 처리구에서 CP (21)21%, (20)18% 처리구보다 증가하였으며, ME와 CP간에 상호 작용은 증체량과 사료 요구율에서 나타났다(P<0.05). 혈중 알부민, 총콜레스레롤 함량은 ME 3,100 kcal/kg 처리구에서 ME 3,000 kcal/kg 처리구보다 증가하였지만 중성지방은 감소되었다(P<0.05). 한편 총콜레스테롤은 CP (22)21 처리구에서 CP (22)20, (20)18% 처리구에 비하여 증가하였다(P<0.05). 시험 2 : $0{\sim}2$주간 증체량은 ME 3,000 kcal/kg 처리구에 비하여 ME 3,100 kcal/kg 처리구에서 높게 나타났으며, CP 22% 처리구에서 CP 20% 처리구보다 유의하게 개선되었으며, CP과 ME는 상호 작용을 보였다(P<0.05). 사료 요구율은 CP 21, 22% 처리구에서 CP 20% 처리구보다 개선되었으나(P<0.05), $3{\sim}5$주 및 전체 사육 기간에 처리구간에 생산성은 차이가 없었다. 혈액 성상도 처리구간에 차이를 나타내지 않지만 ME와 CP 처리구간 총콜레스테롤 함량에 대한 상호 작용은 <.0001 수준에서 인정되었다. 따라서 교잡육용계 생리에 적합한 사료내 단백질 수준은 $0{\sim}2$주령에 22% 또는 그 이상의 수준으로 급여하고, $3{\sim}5$주의 단백질 수준은 21, 20% 수준으로 급여가 생산성의 극대화에 효과적일 것으로 생각되며, 사료내 에너지는 부분적으로 처리구간에 생산에 차이를 보였지만 일관성이 없었으므로 에너지 수준을 세분화하여 급여하는 추후의 시험이 필요할 것으로 사료된다.

• 생물환경조절학회지
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• 제4권2호
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• pp.181-187
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• 1995

본 실험은 수돗물을 용수로 사용한 결구상추(Lactuca sativa var. capitata)의 수경육묘시 배양액의 pH에 대한 NH$_4$H$_2$PO$_4$의 효과를 조사하기 위하여 수행되었다. 배양액의 pH를 안정시키기 위하여 시작배양액과 추가배양액의 조성을 달리하여 공급하였다. 배양액의 pH는 추가배양액의 공급시 급격한 하락을 나타낸 후에 회귀하는 경향을 보였다. 배양액의 pH는 온도가 높아짐에 따라 증가하였고, EC는 반대로 감소하는 일중변화를 보였다. 1, 2차 실험에서 pH는 추가배양액 공급 이후에 NH$_4$H$_2$PO$_4$ 0.25me/$\ell$ 처리구에서 7정도를 유지하였으나 NH$_4$H$_2$PO$_4$ 3me/$\ell$과 6me/$\ell$ 처리구에서는 6.4-6.5정도를 유지하였다. 3차 실험에서 NH$_4$H$_2$PO$_4$ 0.25me/$\ell$ 처리구의 pH는 6.7에서 7.4 까지 서서히 증가하였으나, NH$_4$H$_2$PO$_4$ 3me/$\ell$과 6me/$\ell$ 처리구에서는 6-6.5에서 5-5.5로 감소하였다. 따라서 배양액의 pH를 안정시키기 위하여는 배양액에 존재하는 NH$_4$H$_2$PO$_4$의 전체 양을 1me/s$\ell$과 7me/6$\ell$사이로 설정하거나, 농도를 기준으로 0.25 me/$\ell$와 3 me/$\ell$ 사이로 하는 것이 적정하리라 사료된다.

• 한국식품과학회지
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• 제33권3호
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• pp.282-287
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• 2001

인삼 조사포닌을 기존의 고온 MeOH 추출/n-BuOH 분획법 및 고온 MeOH 추출/Diaion HP-20 흡착/MeOH 용출법과 새로이 시도된 고온 MeOH 추출/cation AG 50W흡착/$H_2O$ 용출/n-BuOH 추출법(AG 50W법), 상온 MeOH 추출/Diaion HP-20 흡착/MeOH 용출법(상온추출법)과 EtOAc/n-BuOH 직접 추출법으로 분리한 다음 기존의 HPLC/RI 방법으로 ginsenoside조성을 비교한 결과 EtOAc/n-BuOH 직접 추출법을 제외하고는 큰 차이가 없었으나 분리능과 감도가 우수한 HPLC/ELSD방법을 사용한 결과, ginsenoside $Rb_2$, Rf, $Rg_1$ 및 $Rh_1$ 등을 뚜렷이 식별할 수 있었고 추출 및 분획방법에 따라 조사포닌간 ginsenoside의 현저한 조성차이를 볼 수 있었다. 특히 AG 50W법에 의해 분리된 조사포닌에서 뚜렷한 prosapogenin 피크를 볼 수 있었으며 LC/MS의 결과, ginsenoside $Rb_1$, $Rb_2$ 등의 7종의 주종 사포닌 이외에도 5종의 prosapogenin과 1종의 chikusetsusaponin을 포함한 총 13종의 ginsenoside를 동정하였다. 새로이 정립한 HPLC 분석조건, 즉 $NH_2$ 대신에 $C_{18}$ column을 사용하고 $KH_2PO_4/CH_3CN$ gradient로 상온추출법으로 분리한 조사포닌을 분석한 결과, malonyl ginsenoside 피크를 용이하게 확인할 수 있었다.

• Animal cells and systems
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• 제7권4호
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• pp.337-343
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• 2003

Methyl jasmonate (MeJA) is a signal molecule in the activation of defense responses in plants. In this study, we isolated 15 MeJA-inducible genes by subtractive hybridization. These genes encode two myrosinase-binding proteins, five lipase-like proteins, a polygalacturonase inhibitor, a putative chlorophyll-associated protein, a terpene synthase, a dehydroascorbate reductase, an ascorbate oxidase, a cysteine protease, an O-methyltransferase, and an epithiospecifier protein. Northern analysis showed that most of the Chinese cabbage genes are barely expressed in healthy leaves, but are strongly induced by MeJA treatment. We also examined whether these MeJA-inducible genes were activated by ethethon, BTH, and Pseudomonas syringae pv. tomato (Pst), a nonhost pathogen of Chinese cabbage. The results showed that none of the MeJA-inducible genes was strongly induced by ethephon or by BTH. The genes encoding lipase-like proteins and a myrosinase-binding protein were weakly induced by Pst. Other MeJA-inducible genes were not activated at all by the pathogen.

• Genomics & Informatics
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• 제18권2호
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• pp.22.1-22.3
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• 2020

The Medical Subject Headings (MeSH) thesaurus is a controlled vocabulary for indexing biomedical documents that is used for document retrieval and other natural language processing purposes. However, although the oariginal English MeSH is freely available, its Japanese translation has a restricted license. We attempted to create an open alternative, and for this purpose we made a script for assigning MeSH UIDs to Japanese medical terms using Japanese-English glossaries. From the MeSpEn glossary and MEDUTX dictionary, we generated a 12,457-word Japanese-MeSH dictionary.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2003년도 봄 학술발표논문집 Vol.30 No.1 (B)
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• pp.383-385
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• 2003

본 논문에서는 개념 기반 검색엔진 시스템(Concept-based Search Engine System)의 검색 정확도를 향상시키기 위한 방법으로 MeSH를 이용하였다. MeSH는 Medical Subject Headings의 약자로서 MEDLINE 논문의 원활한 검색을 위하여 주제어를 코드화한 것으로 이를 개념 그래프의 시소러스로 사용하여 개념 그래프의 가장 중요한 부분인 개념 추출의 정확성을 보장하도록 하였다. 본 논문은 2003년 MeSH의 Descriptor Data의 Term 항목을 사용하여 개념과 관련이 있는 유의어를 추출했다. 추출된 유의어로 개념 그래프를 구성한 것과 문서 내에서의 단어 빈도수에 의하여 개념 그래프를 구성한 것의 검색 결과를 비교한 결과 MeSH 를 시소러스로 사용하여 개념 그래프를 구성한 것이 훨씬 더 정확한 결과를 내는 것을 확인할 수 있었다.

• 한국결정성장학회지
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• 제10권3호
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• pp.185-188
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• 2000

CdTe 단결정에서 중성 받게에 구속된 엑시톤 해리를 PL 스펙트럼의 온도의존성을 측정하여 조사하였다. 12 K에서 CdTe 단결정의 자유 엑시톤의 결합 에너지는 10 meV이고,중성받게에 구속된 결합 에너지는 7.17 meV 이며, 또 중성주게에 구속된 결합 에너지는 14 meV이였다. 또한 ($A^{\circ}$, X)의 활성화 에너지의 값으로부터($A^{\circ}$, X)의 해리는 자유 엑시톤에서 해리됨을 알 수 있었다.

• 한국정보통신학회:학술대회논문집
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• 한국해양정보통신학회 2003년도 추계종합학술대회
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• pp.841-844
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• 2003

현재 국내외의 무선인터넷 서비스는 WAP방식과 ME방식으로 크게 나누어져 있으며 각기 사용하는 언어가 상이하여 무선인터넷 서비스 제공자의 입장에서 어려움이 많다. 따라서 무선인터넷 서비스 제공자의 입장에서는 한 가지 방식으로만 개발하면 손쉽게 다른 방식으로 변환이 가능한 변환기가 절실하게 필요한 실정이다. 본 논문에서는 WML 과 M-HTML의 중간적 포맷인 XML(Extensible Markup Language)을 이용, WAP 및 ME 통합 서비스를 위하여 WML과 M-HTML 상호간의 변환을 가능하게 하는 마크업 언어 변환 모듈을 설계 및 구현하였다.