• IMMUNE NETWORK
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• 제21권6호
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• pp.40.1-40.20
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• 2021

Mycobacteroides abscessus (previously Mycobacterium abscessus; Mabc), one of rapidly growing nontuberculous mycobacteria (NTM), is an important pathogen of NTM pulmonary diseases (NTM-PDs) in both immunocompetent and immunocompromised individuals. Mabc infection is chronic and often challenging to treat due to drug resistance, motivating the development of new therapeutics. Despite this, there is a lack of understanding of the relationship between Mabc and the immune system. This review highlights recent progress in the molecular architecture of Mabc and host interactions. We discuss several microbial components that take advantage of host immune defenses, host defense pathways that can overcome Mabc pathogenesis, and how host-pathogen interactions determine the outcomes of Mabc infection. Understanding the molecular mechanisms underlying host-pathogen interactions during Mabc infection will enable the identification of biomarkers and/or drugs to control immune pathogenesis and protect against NTM infection.

• 대한지역사회작업치료학회지
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• 제10권2호
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• pp.63-72
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• 2020

목적 : 본 연구는 운동발달을 평가하고, 발달성협응장애를 판별할 수 있는 운동성 평가도구인 Movement Assessment Battery for Children-2(MABC-2)을 활용하기 위해 6시간의 교육과정을 통하여 작업치료사의 평가역량이 향상될 수 있는지를 규명하고자 하였다. 연구방법 : 본 연구에 MABC-2를 임상에서 사용하길 희망하는 작업치료사 33인이 참여하였다. MABC-2 전문가 2인이 교육 참여자들에게 6시간의 교육을 실시하였다. 이론 강의(2시간)는 MABC-2 소개와 운동평가도구의 연구동향, 실습강의(4시간)는 MABC-2 평가항목 소개, 녹화된 평가 장면 관찰, 도구를 사용하여 직접 평가실습을 경험한 후 준비된 사례영상을 보고 채점과 결과분석을 실시하였다. 교육의 효과를 검증하기 위해 모든 교육과정을 마친 후 MABC-2의 전문가 1인과 교육에 참여한 작업치료사 33명이 동시에 평가동영상 샘플을 보면서 평가지에 원점수를 기록하였다. 이중 운동성 평가도구의 경험이 없는 23인의 자료를 활용해 평가자간 신뢰도를 산출하여 교육의 효과성을 검증하였다. 결과 : 본 연구에 참여한 작업치료사는 평균 5년 3개월의 경력을 지닌 30세 이상의 여성으로 약 70%의 교육생은 MABC-2 외에 국내에서 사용 중인 운동성 평가도구를 임상에 적용해 본 경험이 없었다. MABC-2 전문가가 제공한 교육을 받은 작업치료사들과 전문가 간의 ICC 결과는 .95이상으로 높은 평가자간 신뢰도가 확보되었다(p<.001). 결론 : 이론과 실습으로 구성된 6시간의 교육과정에 참여한 작업치료사의 평가자간 신뢰도가 .95이상으로 나타났으며, 운동기술 평가도구를 적절하게 활용할 수 있는 평가역량이 향상되었다. 이를 통하여 MABC-2에 관한 특정한 교육을 제공할 경우 작업치료사가 새로운 평가도구를 적절하게 활용할 수 있으며, 이를 통해 평가와 관련한 직무능력을 향상시킬 수 있을 것으로 판단된다.

• 농업과학연구
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• 제45권3호
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• pp.385-400
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• 2018

Marker-assisted backcrossing (MABC) is useful for selecting offspring with a highly recovered genetic background for a recurrent parent at early generation unlike rice and other field crops. Molecular marker sets applicable to practical MABC are scarce in vegetable crops including tomatoes. In this study, we used the National Center for Biotechnology Information- short read archive (NCBI-SRA) database that provided the whole genome sequences of 234 tomato accessions and selected 27,680 tag-single nucleotide polymorphisms (tag-SNPs) that can identify haplotypes in the tomato genome. From this SNP dataset, a total of 143 tag-SNPs that have a high polymorphism information content (PIC) value (> 0.3) and are physically evenly distributed on each chromosome were selected as a MABC marker set. This marker set was tested for its polymorphism in each pairwise cross combination constructed with 124 of the 234 tomato accessions, and a relatively high number of SNP markers polymorphic for the cross combination was observed. The reliability of the MABC SNP set was assessed by converting 18 SNPs into Luna probe-based high-resolution melting (HRM) markers and genotyping nine tomato accessions. The results show that the SNP information and HRM marker genotype matched in 98.6% of the experiment data points, indicating that our sequence analysis pipeline for SNP mining worked successfully. The tag-SNP set for the MABC developed in this study can be useful for not only a practical backcrossing program but also for cultivar identification and F1 seed purity test in tomatoes.

• 원예과학기술지
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• 제32권4호
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• pp.535-543
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• 2014

Backcross breeding is the method most commonly used to introgress new traits into elite lines. Conventional backcross breeding requires at least 4-5 generations to recover the genomic background of the recurrent parent. Marker-assisted backcrossing (MABC) represents a new breeding approach that can substantially reduce breeding time and cost. For successful MABC, highly polymorphic markers with known positions in each chromosome are essential. Single nucleotide polymorphism (SNP) markers have many advantages over other marker systems for MABC due to their high abundance and amenability to genotyping automation. To facilitate MABC in hot pepper (Capsicum annuum), we utilized expressed sequence tags (ESTs) to develop SNP markers in this study. For SNP identification, we used Bukang $F_1$-hybrid pepper ESTs to prepare a reference sequence through de novo assembly. We performed large-scale transcriptome sequencing of eight accessions using the Illumina Genome Analyzer (IGA) IIx platform by Solexa, which generated small sequence fragments of about 90-100 bp. By aligning each contig to the reference sequence, 58,151 SNPs were identified. After filtering for polymorphism, segregation ratio, and lack of proximity to other SNPS or exon/intron boundaries, a total of 1,910 putative SNPs were chosen and positioned to a pepper linkage map. We further selected 412 SNPs evenly distributed on each chromosome and primers were designed for high throughput SNP assays and tested using a genetic diversity panel of 27 Capsicum accessions. The SNP markers clearly distinguished each accession. These results suggest that the SNP marker set developed in this study will be valuable for MABC, genetic mapping, and comparative genome analysis.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제46권3호
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• pp.165-171
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• 2019

Marker-assisted backcrossing (MABC)은 marker-assisted selection (MAS)와 함께 다양한 작물에서 여교배 초기세대에서 반복친 게놈의 회복률이 높은 개체선발을 위한 분자육종 기술로 매우 유용하게 사용하고 있다. 본 연구에서는 토마토 MABC 육종 프로그램의 일환으로 저장성이 강한 rin유전자를 주)토마토연구소에서 육성한 핑크계 엘리트 토마토계통에 도입하고자 수행하였다. foreground 선발은 RIN SCAR 분자 마커를 이용하여 100개 $BC_1F_1$ 식물체에서 Rr 유전자형 가진 42개체를 선발하였다. 그리고 이를 이용하여 GBS 분석을 이용하여 background 선발을 하였다. 총 3,086개 SNP를 대상으로 반복친 HK13-1151과 게놈 회복률을 조사한 결과, 56.7%에서 84.5%를 보여 평균 70.5%로 나타났다. 이 중 87.2%을 보인 $BC_1F_1$개체를 이용하여 192개 $BC_2F_1$ 식물체를 육성하여 foreground 선발을 하였다. 선발된 102개 중 88개 식물체를 이용하여 GBS 분석을 수행한 결과 4,868개의 다형 SNP 마커를 얻었으며, 이를 이용하여 RPG 회복률을 조사하였다. $BC_2F_1$ 식물체들에서 HK13-1151 반복친 게놈과 87.8%에서 97.8% 유사하였다. 본 연구에서 $BC_2F_1$ 식물 중 RPG 회복률이 97.8%인 5-1 개체는 반복친인 HK13-1151과 과일특성에서 매우 유사하였다. 따라서 선발된 5-1 개체는 $BC_2F_2$ 세대를 육성하여 계통화 하고자 한다. 본 연구를 통해 MABC는 전통 여교배 육종에 비해 육종연한을 획기적으로 줄일 수 있으며, 원하는 육종모델을 완수할 수 있는 첨단육종 기술로 평가 할 수 있다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제45권3호
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• pp.242-249
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• 2018

본 연구는 국내 육종 회사에서 개발된 수박(Citrullus lanatus L.) 우량 육성계통 20종을 대상으로 Genotyping-by-sequencing(GBS) 분석을 통해 품종식별, 순도검정, 그리고 마커이용여교잡(Marker-assisted backcross, MABC)용 SNP 세트를 개발하고자 수행되었다. GBS 분석 결과 총 1,100,000천개 raw read 중 77%가 수박 유전체에 mapping되었으며 평균 mapping region은 약 4,000 Kb로 2.3%의 genome coverage를 보였다. Filtering을 통해 평균 depth 31.57의 SNP 총 2,670개를 얻었으며, 20개 계통에 대한 이들의 Polymorphic information content(PIC) 값의 범위는 0.1 ~ 0.38 였다. 이 중 PIC 값이0.3이상이며 각 염색체 별로 5개씩 균등히 분포된 SNP 총 55개를 최종 선발하였다. 사용된 20개 계통의 유연관계분석을 위해 선발된 55개 SNP를 기반으로 한 주성분 분석(Principle component analysis, PCA) 결과 주성분 1 (52%)과 주성분 2 (11%)를 기준으로 4개의 그룹으로 분류 되었으며 각 계통 간 유전자형에 따른 뚜렷한 식별이 가능하였다. 계층적 군집화(Hierarchical clustering) 분석에서도PCA에서와 유사한 분류양상을 관찰할 수 있었다. 따라서 본 연구에서 개발된 SNP 세트는 적용 가능성이 검증된 20개 계통뿐 만 아니라 향후 다양한 수박 육종소재 및 품종에 대한 품종식별, F1 순도검정 및 MABC에 활용될 수 있으리라 기대된다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2021년도 추계학술대회
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• pp.198-198
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• 2021

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2021년도 춘계학술대회
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• pp.100-100
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• 2021

• 재활치료과학
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• 제10권2호
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• pp.53-74
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• 2021

목적 : 본 연구는 아동을 대상으로 하는 운동기능 평가 및 중재방법에 대한 국외 문헌들을 중심으로 분석하고자 하였다. 연구방법 : 본 연구는 2010년 1월부터 2020년 3월까지의 국외 학술지에 게재된 문헌을 PubMed, Cochrane library(Embase)를 통하여 검색하였으며, 주요 검색용어는 motor function test, motor function measure, movement assessment, motor proficiency test, motor scale, motor skill, children을 사용하여 검색하였다. 결과 : 총 37편의 연구 중 14편의 평가, 23편의 중재로 분석되었으며, 중재에 관한 연구 디자인은 모두 RCT design이었다. 운동기능 중재보다 평가 연구가 증가하는 추세를 보였다. 연구분야는 재활분야에서 가장 빈번하였으며, 평가에 관한 연구는 AIMS와 MABC-II, 중재에서는 GMFM이 가장 많이 사용되었다. 중재 종류는 Task-oriented training(6편)이 가장 많이 사용되었다. 결론 : 본 연구는 국외에서 실시된 아동의 운동기능 중재와 평가에 관련된 연구를 분석함으로써 국내 치료사들이 임상에서 효과적인 운동기능 평가와 중재를 선택할 수 있도록 근거를 제공하고자 하였다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2019년도 추계학술대회
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• pp.32-32
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• 2019