• Title/Summary/Keyword: M/G set

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HPAI-resistant Ri chickens exhibit elevated antiviral immune-related gene expression

  • Thi Hao Vu;Jubi Heo;Yeojin Hong;Suyeon Kang;Ha Thi Thanh Tran;Hoang Vu Dang;Anh Duc Truong;Yeong Ho Hong
    • Journal of Veterinary Science
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    • 제24권1호
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    • pp.13.1-13.11
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    • 2023
  • Background: Highly pathogenic avian influenza viruses (HPAIVs) is an extremely contagious and high mortality rates in chickens resulting in substantial economic impact on the poultry sector. Therefore, it is necessary to elucidate the pathogenic mechanism of HPAIV for infection control. Objective: Gene set enrichment analysis (GSEA) can effectively avoid the limitations of subjective screening for differential gene expression. Therefore, we performed GSEA to compare HPAI-infected resistant and susceptible Ri chicken lines. Methods: The Ri chickens Mx(A)/BF2(B21) were chosen as resistant, and the chickens Mx(G)/BF2(B13) were selected as susceptible by genotyping the Mx and BF2 genes. The tracheal tissues of HPAIV H5N1 infected chickens were collected for RNA sequencing followed by GSEA analysis to define gene subsets to elucidate the sequencing results. Results: We identified four differentially expressed pathways, which were immune-related pathways with a total of 78 genes. The expression levels of cytokines (IL-1β, IL-6, IL-12), chemokines (CCL4 and CCL5), type interferons and their receptors (IFN-β, IFNAR1, IFNAR2, and IFNGR1), Jak-STAT signaling pathway genes (STAT1, STAT2, and JAK1), MHC class I and II and their co-stimulatory molecules (CD80, CD86, CD40, DMB2, BLB2, and B2M), and interferon stimulated genes (EIF2AK2 and EIF2AK1) in resistant chickens were higher than those in susceptible chickens. Conclusions: Resistant Ri chickens exhibit a stronger antiviral response to HPAIV H5N1 compared with susceptible chickens. Our findings provide insights into the immune responses of genetically disparate chickens against HPAIV.

Overlapping Region of p53/Wrap53 Transcripts: Mutational Analysis and Sequence Similarity with microRNA-4732-5p

  • Pouladi, Nasser;Kouhsari, Shideh Montasser;Feizi, Mohammadali Hosseinpour;Gavgani, Reyhaneh Ravanbakhsh;Azarfam, Parvin
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제14권6호
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    • pp.3503-3507
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    • 2013
  • Background: Although the majority of investigations concerned with TP53 and its protein have focused on coding regions, recently a set of studies highlighted significant roles of regulatory elements located in p53 mRNA, especially 5'UTR. The wrap53${\alpha}$ transcript is one of those that acts as a natural antisense agent, forming RNA-RNA hybrids with p53 mRNA and protecting it from degradation. Materials and Methods: In this study, we focused on the mutation status of exon $1{\alpha}$ of the WRAP53 gene (according to exon 1 of p53) in 160 breast tumor tissue samples and conducted a bioinformatics search for probable miRNA binding site in the p53/wrap53 overlapping region. Mutations were detected, using single stranded conformation polymorphism (SSCP) and sequencing. We applied the miRBase database for prediction of miRNAs which target overlapping region of p53/wrap53 transcripts. Results: Our results showed all samples to have wild type alleles in exon 1 of TP53 gene. We could detect a novel and unreported intronic mutation (IVS1+56, G>C) outside overlapping regions of p53/wrap53 genes in breast cancer tissues and also predict the presence of a binding site for miR-4732-5p in the 5'UTR of Wrap53 mRNA. Conclusions: From our findings we propose designing further studies focused on overexpression of miRNA-4732-5p and introducing different mutations in the overlapping region of wrap53 and p53 genes in order to study their effects on p53 and its ${\Delta}N$ isoform (${\Delta}$40p53) expression. The results may provide new pieces in the p53 targeting puzzle for cancer therapy.

부산시 도시공원 공급적정성 평가에 관한 연구 (A Study on Park Service Provision Assessment in Busan Metropolitan City)

  • 이동현;이경주
    • 한국지리정보학회지
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    • 제13권1호
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    • pp.164-172
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    • 2010
  • 본 연구는 부산시의 주요 도시기반시설인 도시공원 서비스가 지역별로 적정하게 공급되고 있는지 분석하는 것을 목적으로 한다. 이를 위하여 도시공원 서비스 공급적정성 평가지수를 활용하는데, 이 지수는 기본적으로 계획공급량과 실제공급량 간 차이 값을 바탕으로 구성된다. 계획공급량은 지역별 인구수에 관련 법령이나 시행규칙 등에 명시된 1인당 도시공원 면적을 곱하여 산정하며, 실제공급량은 허프모형(Huff model)을 변형한 식을 바탕으로 추정한다. 부산광역시를 대상으로하는 실증분석 결과 1인당 도시공원면적 기준을 $6m^2$, 공급권역을 1,000m로 설정할 경우, 금성동, 천가동, 동대신3동 등의 공급이 양호한 반면, 하단1동, 괴정2동, 주례3동 등의 공급이 부족한 것으로 나타났다. 향후 공급이 부족한 것으로 평가된 지역에 대해서는 도시관리계획 등을 수립할 때, 공원 신설 시 우선 순위를 부여하여 공원시설을 확대해 나갈 필요가 있다.

Zn1-xFexO의 뫼스바우어 분광학적 연구 (The Study on Mössbauer Spectroscopy of Zn1-xFexO)

  • 김성진;이상률;박철수;김응찬;조영걸;김동호
    • 한국자기학회지
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    • 제18권2호
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    • pp.75-78
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    • 2008
  • $AB_2X_4$((A, B)=Transition Metal, X=O, S, Se) 물질에서의 8면체 자리의 이온 거동과 4면체 자리 이온과의 상호작용에 대하여 많은 연구가 이루어지고 있다. 본 연구에서는 4면체 자리에 비자성 이온인 Zn 이온을 치환함에 따른 자기구조의 변화를 관측하여 8면체 자리의 자기구조를 분석하고자 하였다. Cr이온의 일부를 Fe로 치환한 $[Co_{0.9}Zn_{0.1}]_A[Cr_{1.98}{^{57}Fe_{0.02}}]_BO_4$의 닐온도($T_N$는 90K로 $CoCr_{1.98}{^{57}Fe_{0.02}}O_4$ 비하여 감소하였다. 4.2 K에서의 초미세자기장값의 분석결과, 초미세자기장값의 작은 차이를 보이는 잘 분리된 2-set 형태로 나타났으며, $CoCr_{1.98}{^{57}Fe_{0.02}}O_4$의 초미세자기장값은 488, 478 kOe 인데 반하여, $Co_{0.9}Zn_{0.1}Cr_{1.98}{^{57}Fe_{0.02}}O_4$의 초미세자기장값은 $B_1=486$, $B_2=468$ kOe으로 나타났다. Zn 이온의 치환에 따라서 초미세자기장값의 변화를 알 수 있었다. 이러한 결과로 인하여, Zn 이온이 x=0.1 치환된 물질의 경우, 스핀재정렬온도($T_S$)가 18K으로 감소함을 알 수 있다.

타이머 제어에 의한 토마토 펄라이트 자루재배시 적정 관수시간 도출 (Appropriate Set Time in Irrigation System by Time Clock in Tomato Perlite Bag Culture)

  • 심상연;이수연;이상우;서명훈;임재욱;김순재;김영식
    • 생물환경조절학회지
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    • 제15권4호
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    • pp.327-334
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    • 2006
  • 토마토 펄라이트 자루재배에서 배지종류별 유효수분 함량을 분석하여 관수안정성을 구명하고, 배지 내 수분이 시간의 경과 및 일사량에 따라 변해가는 양상을 조사함으로써 타이머 제어시 관수 전략을 수립하고자 실험을 수행하였다. 5단 수확이 끝난 토마토 6그루가 심겨져 있는 40L 크기의 펄라이트 배지를 배양액으로 포수시킨 후 배지 내 수분감소를 무게로 측정하였다. 배지 내 수분이 감소함에 따라 일중 무게 변화량도 감소하는 경향을 나타냈다. 무게 감소가 계측된 시간에서 다음으로 무게 감소가 계측된 시간까지 걸리는 시간 간격을 볼 때, 일중 최장 무게 변화와 흡수속도가 모두 점차 늦어지는 현상이었다. 즉, 수분스트레스에 의해 식물활력의 회복이 일출 후 점차 느려지는 것으로 나타났다. 실험에 사용한 배지의 경우 유효수분량은 30% 정도로 12kg이므로 배지의 수분보수력은 토마토의 수분 요구도를 만족하는 것으로 나타났다. 본 실험에서와 같은 상황일 경우 일일적산일사량이 $1,519W/m^2$ 혹은 $601W/m^2$일 때, 관수를 하루에 5회 혹은 10회 타이머를 이용하여 공급할 경우의 적정 시간을 도출했다.

EFFECTS OF SURFACE ROUGHNESS AND MULTILAYER COATING ON THE CORROSION RESISTANCE OF Ti-6Al-4V ALLOY

  • Ko, Yeong-Mu;Choe, Han-Cheol
    • 한국표면공학회:학술대회논문집
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    • 한국표면공학회 2003년도 추계학술발표회초록집
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    • pp.134-135
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    • 2003
  • The dental implant materials required good mechanical properties, such as fatigue strength, combined with a high resistance to corrosion. For increasing fatigue resistance and delaying onset of stress corrosion cracking, shot peening has been used for > 50 years to extend service life of metal components. However, there is no information on the electrochemical behavior of shot peened and hydroxyapatite(HA) coated Ti-6Al-4V alloys. To increase fatigue strength, good corrosion resistance, and biocompatibility, the electrochemical characteristics of Ti/TiN/HA coated and shot peened Ti-6Al-4V alloys by electron beam physical vapor deposition(EB-PVD) have been researched by various electrochemical method in 0.9%NaCl. Ti-6Al-4V alloys were prepared under the condition of hydrogen and vacuum arc furnace. The produced materials were quenched at 1000$^{\circ}C$ under high purity dried Ar atmosphere and were hold at 500$^{\circ}C$ for 2 hrs to achieve the fatigue strength(1140㎫) of materials. Ti-6Al-4V alloys were prepared under the condition of hydrogen and vacuum arc furnace. Shot peening(SP) and sand blasting treatment was carried out for 1, 5, and 10min. On the surface of Ti-6Al-4V alloys using the steel balls of 0.5mm and alumina sand of 40$\mu\textrm{m}$ size. Ti/TiN/HA multilayer coatings were carried out by using electron-beam deposition method(EB-PVD) as shown Fig. 1. Bulk Ti, powder TiN and hydroxyapatite were used as the source of the deposition materials. Electrons were accelerated by high voltage of 4.2kV with 80 - 120mA on the deposition materials at 350$^{\circ}C$ in 2.0 X 10-6 torr vacuum. Ti/TiN/HA multilayer coated surfaces and layers were investigated by SEM and XRD. A saturated calomel electrode as a reference electrode, and high density carbon electrode as a counter electrode, were set according to ASTM GS-87. The potentials were controlled at a scan rate of 100 mV/min. by a potentiostat (EG&G Co.273A) connected to a computer system. Electrochemical tests were used to investigate the electrochemical characteristics of Ti/TiN/HA coated and shot peened materials in 0.9% NaCl solution at 36.5$^{\circ}C$. After each electrochemical measurement, the corrosion surface of each sample was investigated by SEM.

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공압운동기기의 하지 슬관절 운동 시 재활운동 효과의 유효성에 관한 연구 (Validation of Exercise Effect in Rehabilitation during Knee Extension of the Lower Limbs using Pneumatic Exercise System)

  • 이호준;강승록;김경;정구영;유미;김정자;권대규
    • 재활복지공학회논문지
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    • 제5권1호
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    • pp.1-10
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    • 2011
  • 본 연구에서는 공압 액추에이터를 이용하여 보다 안전하고 편리하게 사용자가 원하는 맞춤형 운동 프로그램을 선택할 수 있는 공압용 슬관절 운동시스템을 개발하였고, 재활운동 시 운동효과에 대한 유효성을 검증하고자 한다. 피험자는 평소 운동을 주 1회 이하로 실시하며 슬관절 신전과 굴곡에 이상이 없는 대학생 수준의 20대 남녀 10명을 대상으로 실시하였다. 실험방법은 기존의 유압식 슬관절 운동장비와 개발된 운동시스템을 이용하여 하루 12회씩 3세트의 슬관절 신전 및 굴곡운동을 실시하고, 주 3회 실시하며 실험은 총 4주간 반복되었다. 운동부하 프로그램은 유압식의 수동형 운동부하와 본 연구에서 개발된 시스템의 능동형 운동부하로 나누어 제공하였다. 운동부하 프로그램에 따른 실시간 근육활성 패턴과 운동 전 후 근육활성도를 비교함으로써 재활운동에 대한 운동효과를 검증하였다. 실험결과 수동형 운동부하보다 능동형 운동부하에 보다 높은 근육활성도를 이끌어 냈으며 운동 4주 후 더 큰 근력증진 효과를 나타냈다. 장비 중심의 운동부하 보다 사용자 중심의 운동부하가 더 효과적으로 근력을 증진할 수 있음을 알 수 있었다. 향후 재활환자나 노약자들에게 안전하고 효율적인 재활운동프로그램으로 활용 될 것이며 또한 재활장비에 적용되어 재활치료관련 종사자들에게 보다 쉽고 편리한 재활운동처방이 가능할 것이라 사료된다.

중부지역 뿌리부추 하우스 재배 시 차광 정도가 생육 및 수량에 미치는 영향 (Effects of Shading Rates on Growth and Yield of Allium hookeri Cultivation at Greenhouse in Middle Area of Korea)

  • 박의광;노재관;이민정;남상영;홍의연;이철희
    • 생물환경조절학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.320-327
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    • 2016
  • 본 연구는 뿌리부추를 시설하우스에서 재배할 경우 여름철 고온기 하고현상(Summer depression)을 방지하기 위하여 차광막을 하우스 내부 또는 외부에 설치하여 차광정도를 달리하면서 생육 및 수량에 미치는 영향을 조사하기 위하여 수행되었다. 2015년 하우스 내부에 무차광, 35, 55, 75, 95% 차광막을 설치하여 정식 후 20일째 되는 날에 최종 출현 정도를 조사한 결과, 무처리, 35 및 75% 차광에서 98% 출현하였고, 55 및 95% 차광에서 100% 출현하였다. 차광 정도와는 상관없이 모든 처리에서 최종 출현은 양호하였다. 하우스 내외부에 차광막을 설치했을 경우, 2년간 평균 생중량(Fresh weight)은 75% 차광에서 6,323kg/10a으로, 무차광, 35%, 55%, 95% 차광보다 각각 5.0배, 1.8배, 1.1배, 1.7배 높았다. 하우스 외부에 차광막을 설치할 경우 생중량은 75% 차광에서 684g으로, 55%, 95% 차광보다 1.1배, 1.8배 높았다. 건중량(Dry weight), 건물율(Percentage of dry matter), 엽수(No. of leaves), 분얼수(No. of branches), 초장(Plant height), 근장(Root length) 등 분석결과 75% 차광이 다른 차광 보다 통계적으로 유의하게 높거나 절대적 수치가 높게 측정되어 중부지역에서 뿌리부추를 재배 할 경우에는 75% 차광이 가장 적합한 것으로 판단되었다.

돼지에 있어서 양적 형질 유전자좌(QTL) 발현 특성 분석을 위한 통계적 검정 모형 설정 (Designing of the Statistical Models for Imprinting Patterns of Quantitative Traits Loci (QTL) in Swine)

  • 윤두학;공홍식;조용민;이지웅;최익서;이학교;전광주;오성종;정일정
    • 한국수정란이식학회지
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    • 제19권3호
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    • pp.291-299
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    • 2004
  • 요크셔종과 버크셔종 교배 실험 집단을 활용하여 양적형질 유전자좌 (QTL)의 발현 특성 관련 유전 양식을 조사하였다. 총 512두의 F$_2$ 자손이 F$_1$간의 65교배 조합으로부터 생산되었으며 표현형 조사 기록은 일당증제량(ADG), 평균 등지방 두께(ABF), 10번째 등뼈 부위 등지방 두께(TRF) 및 등심단면적(LEA), 최후 척추부위 등지방 두께 (LRF)였다. 125종의 유전자 표지 (microsatellite)에 대한 3세대 개체별 유전자형이 분석되었으며 이들 정보를 통하여 최소자승 회귀 모형을 이용한 interval mapping 방법을 적용하였다. QTL의 유전양식 여부 검정에 대한 절차를 도식화하기 위해 귀무가설인 통상의 벤델리안 모형에 근거를 두고 수행하였다. 경험적 다중 검정 통계량에 대한 임계치는 단일 개개의 염색체 수준과 게놈 전반에 걸친 실험수준으로 유도하였으며, permutation에 의해 유도된 임계치의 유효성을 검증하기 위해 본 연구에 활용된 실험축 집단 구조와 유사한 simulation 집단 구조에 의해 산출된 결과들과 비교하여 유효성이 인정되었다. 본 연구에 활용된 실험축 집단구조와 Genome 전반에 걸친 QTL imprinting 여부를 조사한 결과 13종의 QTL 에 대한 imprinting이 확인되었으며 이들 중 9종의 QTL 유전 양식은 부계로부터 전달된 자손에게만 발현되는 것으로 추론되었다.

다양한 위해성평가 방법에 따라 도출한 토양오염 판정기준의 차이에 관한 연구 (II): (구)장항제련소부지의 기상 및 부지 특성을 반영한 비산계수 결정 (Analysis on the Risk-Based Screening Levels Determined by Various Risk Assessment Tools (II): Derivation of Particulate Emission Factor at Former Janghang Smelter Site)

  • 정재웅;양경;이광헌;류혜림;남경필
    • 한국지하수토양환경학회지:지하수토양환경
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    • 제17권3호
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    • pp.21-31
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    • 2012
  • This paper presents the short-term and long-term measures to determine the fugitive dust concentration in a contaminated site, which is a crucial step for the determination of particulate emission factor (PEF) for risk assessment. As a long-term measure, USEPA method employing Q/C value (inverse of the ratio of the geometric mean air concentration to the emission flux at center of a 0.5-acre square source) seems to be suitable as it reflects regional-specific meteorological conditions. However, it requires nation-wide database collection and interpretation. Use of ASTM method is an alternative as a short-term measure. The method is readily field-applicable as PEF calculation equation is simple and input parameters can be easily derived at the site of interest as well without the nation-wide efforts. Using ASTM method, PEF at the Former Janghang Smelter Site was determined. According to various mode of aggregate size distribution and fractions of vegetative cover, which are the most important factors in PEF calculation, PEF values at the Former Janghang Smelter Site varied greatly. When the mode of aggregate size distribution was set at 0.25 mm, PEF values at the Former Janghang Smelter Site was 5~20 times higher than the default PEF value (i.e., 35 ${\mu}g/m^3$) shown in the current Korean Soil Contamination Risk Assessment Guidance. On contrast, when the mode was set at 2 mm, PEF values at the Former Janghang Smelter Site was 160~640 times lower than the default PEF value in the Korean Guidance.