• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제7권1호
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• pp.78-81
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• 1986

The photosensitized lysis of egg lecithin lipid membranes (liposomes) have been performed to UV-B light (270-320 nm) by L-tryptophan(L-Trp) and its peptide such as N-acetylphenylalanyl-L-tryptophan(NAPT) incorporated in the liposomes(ca. 0.1% by weight) or in the external buffer (0.1-0.3 mM). Requirement of oxygenation suggests that the lysis of liposomes is caused by the photosensitized oxidation of lipids. There was significant protection against lysis photosensitized by Trp in the external buffer by low concentration of ferricyanide (0.8 mM), but there was no effect on the lytic efficiency by $N_3^-$ which is singlet oxygen($^1O_2$) quencher, indicative of an electron transfer mechanism involved in the photosensitization. The small change of the lytic efficiency with increasing pH from 4 to 9 was interpreted by large target theory and subsequently indicates that superoxide($O_2^-$) may be an active intermediate for the oxidation. The efficiency of photosensitization of Trp was higher than that of NAPT under the same experimental condition. The weak lytic efficiency of liposomes photosensitized by NAPT was enhanced by incorporating NAPT in liposomes, but it was again quenched by ${\beta}$-carotene incorporated in the bilayer of liposomes. These results indicate that a portion of liposome lysis may be due to $^1O_2$ formation from the excited NAPT.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제35권4호
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• pp.334-340
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• 2020

기존의 L. monocytogenes 증균배지를 개량함으로써 증균배지를 개발하여 L. monocytogenes의 증균 효율을 높이며, DNA 추출에 사용되는 용해버퍼 및 용해조건을 개발함으로써 식육 및 식육가공품에서 L. monocytogenes를 효율적이고 신속하게 검출하고자 하였다. 식품공전에 등재되어 있는 L. monocytogenes 증균배지의 증균 효율을 비교하였으며, Listeria Enrichment Broth (LEB)가 가장 우수한 증균 효율을 보였다. LEB에 탄소원, 질소원, 미네랄 등 다양한 성분을 첨가하여 증균배지를 개발하였으며, 그 결과 LEB에 0.1% pyruvate, 0.1% ferric citrate를 첨가한 개발 증균배지에서 L. monocytogenes가 가장 빠르게 증균되었다. L. monocytogenes의 DNA를 신속하고 효율적으로 추출하기 위해 용해버퍼와 용해조건을 개발하였으며, 그 결과 0.5% 또는 1% N-lauroylsarcosine sodium salt에 0.5 N NaOH와 0.5 M EDTA가 혼합된 용해버퍼를 이용하여 실온에서 30분 간 L. monocytogenes 세포를 용해시키는 것이 DNA의 순도와 수율, 신규성과 경제적 측면에서 가장 우수한 것으로 확인되었다. 결론적으로 본 연구에서 개발된 증균배지 및 DNA 추출법을 활용한다면 식육 및 식육 가공품에서 L. monocytogenes를 보다 신속하게 검출할 수 있을 것이다.

• Journal of Plant Biology
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• 제30권3호
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• pp.201-203
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• 1987

Total RNA was isolated from two months old wheat, rice, tobacco and sweet potato. The procedure used was simple and provided pure RNA preparation. Lysis of plant tissue in a buffer with guanidine thiocyanate and CsCl density gradient centrifugation separated RNA from the rest of the cellular components. Subsequent cholroform/1-butanol extraction and ethanol precipitation were necessary to ensure contaminant-free RNA preparation. Storage of the lysed plant tissue in the buffer with guanidine thiocyanate preserved the sample for two months without noticeable RNA degradation.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제40권1호
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• pp.43-51
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• 1993

연구배경 : 결핵은 아직도 한국에서는 중요한 질병의 하나이지만 결핵을 진단하기 위한 보편적인 방법들이 단점인 예민도와 검사기간등이 문제가 되고 있다. 최근 분자유전학에 PCR 기법이 도입된 이래 결핵균의 DNA를 추출하여 짧은 시간내에 결핵을 진단하고자 하는 많은 보고들이 있어 왔다. 그러나 보고된 방법들의 다양성과 각 방법에 따른 소요시간등이 매우 다른 것이 문제가 되고 있고 임상에서 빠른 시간내에 비교적 간단한 방법으로 결핵율의 DNA를 분리한다면 보다 빨리 결핵을 진단하여 치료를 할 수 있다고 생각되어 결핵균의 DNA를 분리하는 방법중 가장 좋은 방법을 확인하고자 하였다. 방법 : 결핵율의 DNA를 추출하는 방법은 총 6가지의 방법으로서 SDS-microwave oven method, NaOH lysis method, Triton X-100-proteinase K method, Lysis buffer method, SDS-proteinase K method 및 Bead beater method를 사용하여 비교하였으며 사용된 균주는 Mycobacterium tuberculosis $H_{37}Rv$ strain 이었고 임상가검물중 도말양성 객담 5예 및 결핵성 뇌막염이 의심되고 도말음성이었으나 항결핵제 투여로 완치판정을 받은 환자의 뇌척수액 5예를 대상으로 하였다. 사용된 primer는 IS6110의 123bp를 target DNA를 하였고 PCR반응은 각각 $94^{\circ}C,\;68^{\circ}C$ 및 $72^{\circ}C$ 로 각각 2분씩 총 30주기를 시행하였다. 결과 : $H_{37}Rv$ strain에서 각 방법으로 추출된 DNA를 10배씩 serial dilution하여 PCR을 시행한 결과 SDS-microwave oven법과 NaOH lysis법은 50 fg까지 양성이었으며 나머지 4가지 방법에서는 5fg까지 양성이었다. 또한 각각의 방법으로 도말양성 환자의 객담에서 PCR을 시행한 결과 전예에서 양성이었고 결핵성 뇌막염이 의심스러운 환자의 뇌척수액에서는 SDS-microwave법과 NaOH lysis법으로는 5예중 3예에서 양성이었고 나머지 4가지 방법으로는 5예중 4예에서 양성이었다. 결론 : 이상의 실험으로 경제적이고 간편한 측면에서 볼 때 SDS-proteinase K법이 가장 좋은 방법임을 알 수 있었다.

• 대한화장품학회지
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• 제28권1호
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• pp.150-165
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• 2002

The purpose of this study was to evaluate bacteriocin activity against human flora. Lactobiocin, a bacteriocin produced by Lactococcus sp. HY 449, inhibited the growth of Starphylococcus epidermidis, Starphylococcus aureus, Streptoccoccus pyogenes and Propionibacterium acnes. When crude bacteriocin was added to indicator cells during logarithmic growth, the optical density(O.D 650nm) of cells without bacteriocin increase after 5h of incubation. Whereas in the presence of bacteriocin, the O.D of cell suspensions decreased. The similar patterns were observed for absorbance readings at 280 nm and 260 nm. The release of cellular components when cell were treated with Lactobiocin suggests some degree of membrane damage or cell lysis. Scanning electron microscopy of cells following treatments with Lactobiocin in PBS buffer revealed disruptures of cell morphology. These results indicate that bacteriocin appears to cause cell lysis of tested strains. In cytotoxicity on human fibroblast, LD$\_$50/ of Lactobiocin was ca. 50 mg/ml and no change was observed cell proliferation at the same concentration. Any irritation and allergic reaction did not observed when evaluated by human patch test for Lactobiocin.

• Molecules and Cells
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• 제22권1호
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• pp.119-125
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• 2006

The rat is an accepted model for studying human psychiatric/neurological disorders. We provide a protocol for total soluble protein extraction using trichloroacetic acid/acetone (TCA/A) from rat (female) whole brain, 10 brain regions and the pituitary gland, and show that two-dimensional gel electrophoresis (2-DGE) using precast immobilized pH (4-7) gradient (IPG) strip gels (13 cm) in the first dimension yields clean silver nitrate stained protein profiles. Though TCA/A precipitation may not be "ideal", the important choice here is the selection of an appropriate lysis buffer (LB) for solubilizing precipitated proteins. Our results reveal enrichment of protein spots by use of individual brain regions rather than whole brain, as well as the presence of differentially expressed spots in their proteomes. Thus individual brain regions provide improved protein coverage and are better suited for differential protein detection. Moreover, using a phosphoprotein-specific dye, ingel detection of phosphoproteins was demonstrated. Representative high-resolution silver nitrate stained proteome profiles of rat whole brain total soluble protein are presented. Shortcomings apart (failure to separate membrane proteins), gel-based proteomics remains a viable option, and 2-DGE is the method of choice for generating high-resolution proteome maps of rat brain and brain regions.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제56권2호
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• pp.95-100
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• 2013

현재 토양 생태에서 토양미생물은 유기물 분해, 질소 순환, 식물의 질소 이용 등 중요한 역할을 하고 있어, 토양 내 미생물 다양성을 분석하기 위한 연구는 지속적으로 진행되어 오고 있다. 본 연구에서는 논 토양의 미생물 생태 다양성을 조사하기 위한 효과적인 방법으로 denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)를 적용하고자 본 연구를 수행하였다. 논 토양 미생물의 DNA를 분리하기 위하여 lysis buffer method, skim milk bead method, sodium phosphate buffer method, Epicentre SoilMaster DNA extraction kit (Epicentre, USA), Mo Bio PowerSoil kit (Mo Bio, USA)를 이용하여 토양 내 gDNA 최적 추출방법을 확인하였다. 그 결과 Mo Bio PowerSoil kit를 사용하였을 때 Shannon 다양성지수가 세균 3.3870, 진균 3.6254으로 미생물 다양성 분석시에 가장 효과적이었다. DGGE 분석을 위한 조건은 세균의 경우 6% polyacylamide gel, 45-60% denaturing gradient였고, 진균의 경우 6% polyacrylamide gel, 45-80% denaturing gradient에서 최적 분석조건을 보였다. 위의 분석법을 적용하여 논 토양내의 미생물 군집의 변화를 살펴보면 시간의 변화 요인에 의해 미생물 변화가 일어나는 것을 알 수 있었다. 본 연구에서 사용된 DGGE 분석법을 통해 논토양 미생물의 분석 가능성을 제시 할 수 있었다.

• BMB Reports
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• 제40권3호
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• pp.444-447
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• 2007

Polymerase chain reaction (PCR) is a powerful technique in molecular biology and is widely used in various fields. By amplifying DNA fragments, PCR has facilitated gene cloning procedures, as well as molecular genotyping. However, the extraction of DNA from samples often acts as a limiting step of these reactions. In particular, the extraction of PCR-compatible genomic DNA from higher plants requires complicated processes and tedious work because plant cells have rigid cell walls and contain various endogenous PCR inhibitors, including polyphenolic compounds. We recently developed a novel solution, referred to as AnyDirect, which can amplify target DNA fragments directly from whole blood without the need for DNA extraction. Here, we developed a simple lysis system that could produce an appropriate template for direct PCR with AnyDirect PCR buffer, making possible the direct amplification of DNA fragments from plant leaves. Thus, our experimental procedure provides a simple, convenient, non-hazardous, inexpensive, and rapid process for the amplification of DNA from plant tissue.

• 미생물학회지
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• 제42권1호
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• pp.7-11
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• 2006

조류의 효과적인 제어방법 개발의 일환으로 해양암석분말의 효과를 보기위하여 해양암석분말과 곰팡이 배양 상등액을 이용하여 해양조류 제거율을 조사하였다. 편조류인 H. akashiwo와 P.minimum는 해양암석 분말을 30g/1의 농도로 살포한 실험군에서 높은 구제효과를 나타내었고, P. oxalicum (HCLE-34)배양상등액 살포는 5 mg/l 살포군에서도 구제효과를 나타내었다. 혼합 살포군에서도 배양 상등액 단독 살포군에서와 동등한 정도의 구제효과를 나타내었고, 완충용액 (pH 2.8)은 15 mg/l 살포군에서 60분 경과 후 75%의 구제효과를 나타내었으나, 전자현미경적 관찰에서는 암석분말과 배양 상등액 혼합 살포군, 배양 상등액 살포군, 암석분말 살포군 및 완충용액 살포군 순으로 세포의 파괴정도가 관찰되었다. 이러한 결과는 암석분말과 곰팡이 배양상등액이 해양에서 발생되는 편조류의 대발생을 조절할 수 있는 물질로 작용함을 시사한다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제48권3호
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• pp.107-113
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• 2024

The efficiency of protein extraction from Hongjam, a steamed mature silkworm, was quantitatively evaluated using various chemical buffers and physical methods. This study considers the difficulty of protein extraction yield due to the high content of hydrophobic amino acids in Hongjam compared to 5^th instar-3^rd day silkworm larvae. Results indicated that urea buffer enhanced protein yield more effectively than RIPA buffer. Additionally, the application of physical methods such as microwave treatment to samples treated with RIPA buffer increased yields by up to 22%, achieving concentrations as high as 3.9 mg/mL. Circular dichroism (CD) analysis showed that proteins extracted with urea buffer retained their structural integrity, exhibiting deeper and more prominent peaks associated with random coil structure. In addition, physical methods such as vortexing, sonication, microwave and homogenization increased the extraction yield of larger molecules without altering protein structures, suggesting their potential scalability for industrial applications. These results demonstrate the critical role of selecting appropriate extraction methods to optimize the yield and functionality of proteins from Hongjam, with implications for its use in biotechnological applications and nutraceuticals.