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DNA 앱타머를 이용한 Streptococcus mutans의 부착 억제 (A novel anti-adhesion agent using DNA aptamers for Streptococcus mutans)

  • 박병주;옥승호
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제19권3호
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    • pp.382-388
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    • 2018
  • 본 연구는 치아우식증의 주 원인균으로 작용하는 S. mutans에 특이적인 앱타머 및 그 작용 기전에 관한 것으로 더욱 상세하게는 SELEX방법을 이용하여 S. mutans에 특이적인 앱타머를 선별하고, 앱타머와 결합하는 단백질 분자를 정제 및 동정함으로써 S. mutans의 부착에 관련된 기전을 보다 더 명확하게 규명하고자 하였다. 표적분자에 높은 친화도와 선택성으로 결합할 수 있는 특성을 가지는 앱타머는 3차원적인 특이적 구조에 의해 표적물질에 대해 수 nM ~ 수 pM 수준의 높은 결합력과 선택성을 지니고 있으며, 항체와 유사한 특성을 가지는 핵산으로 여겨지고 있다. 또한, 항체에 비해 안정성이 매우 높아 실온 보관이나 운반이 가능하고, 장시간이나 반복사용이 요구되는 진단용으로의 응용이 매우 용이하다. 또한 생체 내 면역거부반응이 거의 일어나지 않는 점 등을 바탕으로 보다 저렴한 앱타머로 대체하려는 시도가 이루어지고 있으며, 이는 치료용으로의 개발연구에 매우 중요한 장점이 될 수 있다. 이를 위하여 39개의 random sequence를 갖는 DNA library를 제조하고, S. mutans를 앱타머 선별의 대상물질로 하여, SELEX 방법을 통하여 선별하고 pCR2.1 cloning vector에 cloning하고, 그 염기서열을 분석하였다. 그 결과 6종의 서로 다른 염기서열을 갖는 앱타머를 선별하였으며, 선별된 앱타머 중 SM-2를 이용하여 앱타머와 직접 결합하는 단백질을 분리, 동정하였다. 위의 결과로부터 선별된 앱타머들은 S. mutans에 선택적으로 결합함을 확인하였고, 이 앱타머는 세균의 당 대사 및 단백질 합성 관련 단백질에 결합함으로서 세균의 부착을 억제 할 수 있음을 확인하였다.

열내성 Cellobiose 2-epimerase를 발현하는 대장균의 고정화담체를 이용한 락툴로오스의 생산방법 (Lactulose Production Using Immobilized Cells Including Thermostable Cellobiose 2-epimerase)

  • 박아름;구봉성;김진숙;김은정;이현철
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제44권4호
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    • pp.504-511
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    • 2016
  • 락툴로오스는 기존에 화학적인 이성화법을 통해 생산해왔던 기능성 당으로서 프로바이오틱스나 장내균총 개선을 위한 의약품으로 활용되어 왔다. 최근 락툴로오스 화학전환법의 단점인 촉매제거와 부산물제거 에너지손실등의 문제를 해결할 수 있는 생물촉매를 이용한 락툴로오스 전환법이 대두되었다. 본연구에서는 유당의 낮은 용해도와 락툴로오스의 효율적전환을 위해 최적의 효소를 선별하여 무작위 돌연변이법으로 유전자를 개량하여 열내성이 $75^{\circ}C$까지 증진되고 활성이 1.3배 향상된 효소를 선별하였다. 이 효소를 정제하여 사용하는 대신 본 연구에서는 과량 발현시킨 대장균을 Ca-alginate로 고정화하여 $70^{\circ}C$에서 200 g/l의 유당과 회분식으로 반응시켜 43%의 전환 수율을 확인하였다. 반복회분식 실험에서 고정화된 담체는 비교적 안정적이었으며 4회 반복반응 후에도 80% 이상의 활성을 유지하고 있었다. 산업적인 방법을 개발하기 위해 고정화 담체를 이용한 반응기의 운전 최적화와 담체의 안정화를 증진시키는 추가적인 연구가 필요하지만, 본 연구에서는 열내성 특성을 이용하여 정제된 효소가 아닌 효소를 발현하는 세포자체를 고정화 시킴으로써 경제성있는 생산에 대한 방법론을 제시하였다.

인간과 감정적 상호작용을 위한 '감정 엔진' (Engine of computational Emotion model for emotional interaction with human)

  • 이연곤
    • 감성과학
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    • 제15권4호
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    • pp.503-516
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    • 2012
  • 지금까지 로봇 및 소프트웨어 에이전트들을 살펴보면, 감정 모델이 내부에 종속적으로 존재하기 때문에 감정모델만을 별도로 분리해 새로운 시스템에 재활용하기란 쉽지 않다. 따라서 어떤 로봇 및 에이전트와 연동될 수 있는 Engine of computational Emotion model (이하 EE로 표시한다)을 소개한다. 이 EE는 어떤 입력 정보에도 치중되지 않고, 어떤 로봇 및 에이전트의 내부와도 연동되도록 독립적으로 감정을 담당하기 위해, 입력 단계인 인식과 출력 단계인 표현을 배제하고, 순수하게 감정의 생성 및 처리를 담당하는 중간 단계인 감정 발생만을 분리하여, '입력단 및 출력단과 독립적인 소프트웨어 형태, 즉 엔진(Engine)'으로 존재한다. 이 EE는 어떤 입력단 및 출력단과 상호작용이 가능하며, 자체 감정뿐 아니라 상대방의 감정을 사용하며, 성격을 활용하여 종합적인 감정을 산출해낸다. 또한 이 EE는 로봇 및 에이전트의 내부에 라이브러리 형태로 존재하거나, 별도의 시스템으로 존재하여 통신할 수 있는 구조로 활용될 수 있다. 감정은 Joy(기쁨), Surprise(놀람), Disgust(혐오), Fear(공포), Sadness(슬픔), Anger(분노)의 기본 감정을 사용하며, 문자열과 계수를 쌍으로 갖는 정보를 EE는 입력 인터페이스를 통해 입력 신호로 받고, 출력 인터페이스를 통해 출력 신호로 내보낸다. EE는 내부에 감정마다 감정경험의 연결 목록을 가지고 있으며, 이의 계수의 쌍으로 구성된 정보를 감정의 생성 및 처리하기 위한 감정상태 목록으로 사용한다. 이 감정경험 목록은 '인간이 실생활에서 경험하는 다양한 감정에 대한 이해를 도모'하는 감정표현어휘로 구성되어 있다. EE는 인간의 감정을 탐색하여 적절한 반응을 나타내주는 상호작용 제품에 이용 가능할 것이다. 본 연구는 제품이 '인간을 공감하고 있음'을 인간이 느낄 수 있도록 유도하는 시스템을 만들고자 함이므로, HRI(인간-로봇 상호작용)나 HCI(인간-컴퓨터 상호작용)와 관련 제품이 효율적인 감정적 공감 서비스를 제공하는데 도움이 될 수 있을 것으로 기대한다.

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Effectiveness of Education Interventions for the Management of Cancer Pain: A Systematic Review

  • Lee, Yoon Jae;Hyun, Min Kyung;Jung, Yea Ji;Kang, Min Joo;Keam, Bhumsuk;Go, Su Jin
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제15권12호
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    • pp.4787-4793
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    • 2014
  • Background: Many cancer patients experience poor pain control due to various factors, including misconceptions regarding the use of opioid analgesics. For management of cancer pain, interventions involving education of both patients and physicians have been attempted. Objectives: This review aimed to assess the current evidence of the benefits of education for the management of cancer pain. Methods: We searched the Medline, EMBASE, Cochrane library, and major Korean databases to identify relevant studies. We included most study designs, but excluded case series. The primary outcomes were pain intensity and quality of life (QoL). Two reviewers assessed the risk of bias using the Cochrane's tool for RCT and Risk of Bias Assessment tool for Non-randomized Studies (RoBANS) for non-randomized studies, independently. Results: After extensive searches, 3,324 publications were screened, and 32 studies were selected. The education interventions used in the included studies included a wide variety of education methods, but the most common method was a booklet produced for patients. Regardless of the education method used, the results of the meta-analysis were as follows. The SMDs of the most severe, average, and current pain in the RCTs were significant. The SMD of worst, average, and current pain were -0.34 (-0.55, -0.13), -0.40 (-0.64, -0.15), and -0.79 (-1.35, -0.23). In the non-randomized studies, the effects on average pain were significant, but those on worst and current pain were not. Conclusions: Education intervention reduced the pain of cancer patients. Therefore, patient education could be considered to be an effective method of cancer pain management. However, our data should be interpreted with caution, and studies using standardized protocols are needed to confirm these observations.

Modeling Age-specific Cancer Incidences Using Logistic Growth Equations: Implications for Data Collection

  • Shen, Xing-Rong;Feng, Rui;Chai, Jing;Cheng, Jing;Wang, De-Bin
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제15권22호
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    • pp.9731-9737
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    • 2014
  • Large scale secular registry or surveillance systems have been accumulating vast data that allow mathematical modeling of cancer incidence and mortality rates. Most contemporary models in this regard use time series and APC (age-period-cohort) methods and focus primarily on predicting or analyzing cancer epidemiology with little attention being paid to implications for designing cancer registry, surveillance or evaluation initiatives. This research models age-specific cancer incidence rates using logistic growth equations and explores their performance under different scenarios of data completeness in the hope of deriving clues for reshaping relevant data collection. The study used China Cancer Registry Report 2012 as the data source. It employed 3-parameter logistic growth equations and modeled the age-specific incidence rates of all and the top 10 cancers presented in the registry report. The study performed 3 types of modeling, namely full age-span by fitting, multiple 5-year-segment fitting and single-segment fitting. Measurement of model performance adopted adjusted goodness of fit that combines sum of squred residuals and relative errors. Both model simulation and performance evalation utilized self-developed algorithms programed using C# languade and MS Visual Studio 2008. For models built upon full age-span data, predicted age-specific cancer incidence rates fitted very well with observed values for most (except cervical and breast) cancers with estimated goodness of fit (Rs) being over 0.96. When a given cancer is concerned, the R valuae of the logistic growth model derived using observed data from urban residents was greater than or at least equal to that of the same model built on data from rural people. For models based on multiple-5-year-segment data, the Rs remained fairly high (over 0.89) until 3-fourths of the data segments were excluded. For models using a fixed length single-segment of observed data, the older the age covered by the corresponding data segment, the higher the resulting Rs. Logistic growth models describe age-specific incidence rates perfectly for most cancers and may be used to inform data collection for purposes of monitoring and analyzing cancer epidemic. Helped by appropriate logistic growth equations, the work vomume of contemporary data collection, e.g., cancer registry and surveilance systems, may be reduced substantially.

디지털콘텐츠의 안전한 유통을 위한 구조 설계 및 구현에 관한 연구 (A Study on Implementation and Design of Scheme to Securely Circulate Digital Contents)

  • 김용;김은정
    • 정보관리학회지
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    • 제26권2호
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    • pp.27-41
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    • 2009
  • 개방형 네트워크인 인터넷의 확산과 웹(Web) 기술이 발전함에 따라 다양한 형태의 디지털 콘텐츠가 생성, 응용되고 있다. 이와 같은 디지털 콘텐츠는 디지털 정보 자체가 재화적(財貨的) 가치를 가짐으로 인하여 개방형 네트워크 상에서 소비자와 제공자와의 비대면(Non Face-to-Face) 방식으로 전달하기 위해서는 고도의 보안성이 요구되어진다. 이와 같은 재화적 가치 또는 보안성이 요구되는 콘텐츠로서 내용의 공개가 어려운 전자기록물, 경제적 가치가 높은 보고서, 재화적 가치를 내용에 포함하고 있는 전자티켓 등이 있다. 전자티켓은 디지털 콘텐츠의 일종으로서 전자티켓(Electronic Ticket)은 티켓 소지자의 소유권을 보장하는 전자적 인증서(Electronic Certificate)이다. 위에서 언급한 디지털 콘텐츠 중에서 본 논문에서는 실질적인 재화적 가치를 포함하고 있는 디지털 콘텐츠로서 전자티켓을 중심으로 인터넷 온-라인 환경에서의 안전한 전자티켓의 생성과 전달 그리고 스마트 카드를 이용한 오프-라인에서의 안전한 사용을 위해 1) 전자티켓 서버에서의 티켓 생성; 2) 온라인 환경에서의 전자티켓의 전달을 위한 사용자 및 카드 인증; 3) 네트워크를 통하여 전달된 전자티켓의 스마트 카드로의 저장; 4) 오프라인에서의 스마트 카드에 저장된 전자티켓의 정당성 인증 및 발권; 5) 사용된 전자티켓의 수집 및 폐기 등을 제안한다.

텍스트 마이닝 기법을 이용한 환경 분야의 ICT 활용 연구 동향 분석 (A Study on Environmental research Trends by Information and Communications Technologies using Text-mining Technology)

  • 박보영;오관영;이정호;윤정호;이승국;이명진
    • 대한원격탐사학회지
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    • 제33권2호
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    • pp.189-199
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    • 2017
  • 본 연구는 텍스트 마이닝 기법을 활용하여 환경 분야에서 ICT의 활용 연구동향을 정량적으로 분석하였다. 이를 위해 환경 분야 키워드 38개, ICT 관련 키워드 16개를 바탕으로 국가과학기술정보센터(NDSL)에서 최근 20년(1996년-2015년)의 논문 359편을 수집하였다. 해당 논문을 대상으로 환경 분야 및 ICT 관련 자연어를 처리하여 말뭉치(Corpus)단위로 분류체계를 재구성하였다. 전술된 분류체계의 키워드를 바탕으로 텍스트 마이닝 분석 기법인 빈도 분석, 키워드 분석, 키워드 간 연관규칙을 확인하였다. 그 결과 '환경 일반' 및 '기후' 분야의 키워드 출현 빈도가 전체의 77 %, ICT는 '공공융합서비스' 및 '산업융합서비스'가 약 30 %의 비율을 차지하였다. 시계열 분석을 통해 환경 분야에서의 ICT 활용 연구는 최근 5년(2011년-2015년)사이에 급증하여 과거(1996년-2010년)과 비교하여 약 2배 이상 관련 연구가 증가된 것으로 나타났다. 키워드 간 연관 규칙을 생성하여 환경 분야를 기준으로 나타내었을 때, '환경 일반'은 16개, '기후'는 '14'개의 ICT 기반 기술을 주로 활용하고 있는 것으로 확인하였다.

Significant Efficacy of Additional Concurrent Chemotherapy with Radiotherapy for Postoperative Cervical Cancer with Risk Factors: a Systematic Review and Meta-analysis

  • Qin, Ai-Qiu;Liang, Zhong-Guo;Ye, Jia-Xiang;Li, Jing;Wang, Jian-Li;Chen, Chang-Xian;Song, Hong-Lin
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제17권8호
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    • pp.3945-3951
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    • 2016
  • Background: Whether concurrent chemotherapy treatment is superior to radiotherapy alone as an adjuvant regimen for postoperative cervical carcinoma with risk factors remains controversial. Materials and Methods: A literature search strategy examined Pubmed, Embase, the Cochrane Library, the China National Knowledge Internet Web, the Chinese Biomedical Database and the Wanfang Database. Article reference lists and scientific meeting abstracts were also screened. Controlled trials comparing concurrent chemoradiotherapy versus radiotherapy alone in postoperative cervical cancer were included. The methodological quality of non-randomized controlled trials was evaluated using the Newcastle-Ottawa Scale. Randomized controlled studies were evaluated with the Cochrane handbook. A meta-analysis was performed with RevMan 5.3. Results: A total of 1,073 patients from 11 clinical trials were analysed, with 582 patients in the concurrent chemoradiotherapy group and 491 patients in the radiotherapy group. Hazard ratios (HR) of 0.47 (95% CI 0.31-0.72) and 0.50 (95% CI 0.35-0.72) were observed for overall survival and progression-free survival, indicating a benefit from the additional use of concurrent chemotherapy. Subgroup analyses demonstrated that cervical cancer with high risk factors significantly benefitted from concurrent chemotherapy when examining overall survival (HR 0.44, 95% CI 0.28-0.67) and progression-free survival (HR 0.48, 95% CI 0.33-0.70), but patients with intermediate risk factors showed no benefit from concurrent chemotherapy in overall survival (HR 1.72, 95% CI 0.28-10.41) and progression-free survival (HR 1.09, 95% CI 0.19-6.14). No significant differences were observed for grade 3-4 anaemia (risk ratio (RR) 3.87, 95% CI 0.69-21.84), grade 3-4 thrombocytopenia (RR 3.04, 95% CI 0.88-10.58), grade 3-4 vomiting or nausea (RR 1.71, 95% CI 0.27-10.96), or grade 3-4 diarrhoea (RR 1.40, 95% CI 0.69-2.83). Significant differences were observed for grade 3-4 neutropenia in favour of the radiotherapy group (RR 7.23, 95% CI 3.94-13.26). Conclusions: In conclusion, concurrent chemoradiotherapy improves survival in postoperative cervical cancer with high risk factors but not in those with intermediate risk factors.

화소 간 상관관계를 이용한 CCD/CMOS 이미지 센서용 색 보간 기법 및 VLSI 설계에 관한 연구 (A Study on the VLSI Design of Efficient Color Interpolation Technique Using Spatial Correlation for CCD/CMOS Image Sensor)

  • 이원재;이성주;김재석
    • 대한전자공학회논문지SD
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    • 제43권11호
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    • pp.26-36
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    • 2006
  • 본 논문에서는 화소간의 상관관계를 이용한 CCD/CMOS 이미지 센서용 효율적인 색 보간 기법을 제안한다. 최근 각광받고 있는 CCD/CMOS 이미지 센서는 컬러 필터 배열(Color Filter Array)을 사용하기 때문에, 각 화소는 컬러 영상을 만들기 위한 3가지 색 채널 중 한 가지 채널만 갖고 있게 된다. 따라서 컬러 영상을 만들기 위해서는 색 보간 구조가 필요하다. 최근 제안되는 색 보간 기법은 보간된 영상의 품질 향상에만 주력하고 있는데 반해, 본 논문에서는 낮은 복잡도를 갖으면서 잘못된 색을 최소화하기 위한 방법을 제안한다. 제안된 색 보간 기법에서는 인접한 화소간의 상관관계를 이용하여, 현재 화소의 방향성을 결정할 때 이웃 화소의 방향성 정보를 이용하였다. 기존의 방향성을 고려한 색 보간 기법에 제안된 기법을 적용한 결과, 알고리즘의 종류에 따라 PSNR이 $0.09{\sim}0.47dB$ 향상되었고, 대부분의 잘못된 색(False color)을 최소화함으로써 색 보간된 컬러영상의 품질이 향상되었다. 제안된 색 보간 기법은 Verilog HDL 및 FPGA를 이용하여 실시간으로 구현 검증되었다. 0.25um CMOS 표준 셀 라이브러리를 이용하여 합성하였을 때, 총 게이트 수는 12K개였으며 5개의 라인 메모리가 사용되었다.

Full-Length Enriched cDNA Library Construction from Tissues Related to Energy Metabolism in Pigs

  • Lee, Kyung-Tai;Byun, Mi-Jeong;Lim, Dajeong;Kang, Kyung-Soo;Kim, Nam-Soon;Oh, Jung-Hwa;Chung, Chung-Soo;Park, Hae-Suk;Shin, Younhee;Kim, Tae-Hun
    • Molecules and Cells
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    • 제28권6호
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    • pp.529-536
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    • 2009
  • Genome sequencing of the pig is being accelerated because of its importance as an evolutionary and biomedical model animal as well as a major livestock animal. However, information on expressed porcine genes is insufficient to allow annotation and use of the genomic information. A series of expressed sequence tags of 5' ends of five full-length enriched cDNA libraries (SUSFLECKs) were functionally characterized. SUSFLECKs were constructed from porcine abdominal fat, induced fat cells, loin muscle, liver, and pituitary gland, and were composed of non-normalized and normalized libraries. A total of 55,658 ESTs that were sequenced once from the 5′ ends of clones were produced and assembled into 17,684 unique sequences with 7,736 contigs and 9,948 singletons. In Gene Ontology analysis, two significant biological process leaf nodes were found: gluconeogenesis and translation elongation. In functional domain analysis based on the Pfam database, the beta transducin repeat domain of WD40 protein was the most frequently occurring domain. Twelve genes, including SLC25A6, EEF1G, EEF1A1, COX1, ACTA1, SLA, and ANXA2, were significantly more abundant in fat tissues than in loin muscle, liver, and pituitary gland in the SUSFLECKs. These characteristics of SUSFLECKs determined by EST analysis can provide important insight to discover the functional pathways in gene networks and to expand our understanding of energy metabolism in the pig.