• 제목/요약/키워드: LTR

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LSDP를 이용한 탐색기 주사루프의 $H_{\infty}$ 제어 ($H_{\infty}$ Control of Seeker Scan-Loop using LSDP)

  • 이호평;송창섭
    • 한국정밀공학회지
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    • 제12권1호
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    • pp.78-86
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    • 1995
  • $H_{\infty}$ Controller of seeker scan-loop is designed using LSDP proposed by McFarlane. The performance and robustness of $H_{\infty}$ controller are analyzed using robustness theorems by Lehtomaki and compared with those of the LQG/LTR controller. Especially, structured singular value .mu. -test of Doyle is used to evaluate robust performance of seeker scan-loop. It is demonstated that seeker scan-loop by $H_{\infty}$ controller is very robust to model uncertainties described by additive and multiplicative perturbations.

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암 진단 분자 마커로서 이동성 유전인자의 응용 (Application of Transposable Elements as Molecular-marker for Cancer Diagnosis)

  • 김혜민;김정안;우효정;홍정현;김진엽;김희수
    • 생명과학회지
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    • 제27권10호
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    • pp.1215-1224
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    • 2017
  • 현재까지 다양한 암의 발병 원인이 밝혀졌는데, 그 중 하나로써 DNA에 돌연변이가 축적되어 유전체가 불안정 해짐에 따라 암이 발생될 수 있는 기작들이 주목받고 있다. 생물정보학과 유전체학의 발달에 따라 질병 연구에 있어서 보다 더 정확하고 신뢰성 있는 바이오마커를 찾는 것이 가능해졌다. 따라서, 생물정보학과 유전체학의 연구 기반을 바탕으로 한 암의 바이오마커는 암의 조기진단뿐만 아니라, 더 나아가 암 발생 예측과 암환자의 예후 진단에 적용될 수 있다. 최근 들어 인간 유전체에서 약 45%를 차지하는 이동성 유전인자(transposable elements, TEs)가 유전자의 발현 조절과 DNA의 돌연변이를 유도함으로써 다양한 질병에 영향을 미친다는 사실이 밝혀짐에 따라, 이러한 이동성 유전인자들이 암의 발생과 어떤 연관이 있는지에 대한 연구 또한 활발히 진행되고 있다. 따라서 우리는 이동성 유전인자가 대장암과 어떤 연관성이 있는지에 대해 조사를 하였으며, 이를 어떻게 바이오마커로 활용할 수 있는지 알아보았다. 우선, 이동성 유전인자 중 인간 유전체에 많이 존재하면서 유전체에 많은 영향을 미치는 LINE-1 (long interspersed nuclear element-1, L1)과 Alu, LTR (long terminal repeat) 위주로 확인하였다. 흥미롭게도, 대장암 세포에서 LINE-1의 저메틸화, APC 유전자 내에 LINE-1 삽입, Alu의 저메틸화와 과메틸화, LTR 삽입에 따른 isoform 발생 등이 특징적으로 나타나는 것을 알 수 있었다. 또한 원발암유전자에서의 L1 저메틸화가 대장암 전이의 바이오마커로 쓰일 수 있다는 것과 Alu에 의한 MLH1 돌연변이가 가족성 및 유전성 대장암에서 흔히 발견된다는 것을 알 수 있었다. 이 때 이동성 유전인자에 의하여 영향 받는 유전자들의 발현을 in silico 발현 분석을 통하여 분석하였으며, 조직별, 성별 특이적 발현 양상을 제시하였다. 이들을 토대로 대장암 바이오마커를 개발하여 유전성 대장암의 예측 및 대장암 진단 또는 대장암 예후 예측을 통한 개인 맞춤형 치료에 활용할 수 있을 것으로 예상된다.

철원분지 동막골응회암의 분출유형과 분출과정 (Eruption Styles and Processes of the Dongmakgol Tuff, Cheolwon Basin, Korea)

  • 황상구;손영우;최장오;김재호
    • 암석학회지
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    • 제22권1호
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    • pp.49-62
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    • 2013
  • 동막골응회암은 대부분 화쇄류암으로 구성되지만 입도와 퇴적구조에 따라 암상을 분류하면 (1) 괴상응회각력암, (2) 용결 응회암 및 라필리응회암, (3) 유변상 응회암 및 라필리응회암이 있고 (4) 괴상 라필리응회암, (5) 성층화 라필리응회암, (6) 점이층리 라필리응회암, (7) 불량층리 라필리응회암과 (8) 괴상 세립질 응회암이 있다. 이 암상들은 상하로 3개 화성쇄설암군으로 구별하여 조합할 수 있다. 하부 화성쇄설암군(LI)은 괴상 라필리응회암, 용결 응회암 및 라필리응회암과 유변상 응회암 및 라필리응회암으로 조합되며, 화쇄류형성 분출로부터 끓어넘침 분출에 의한 화쇄류로부터 정치된 것이다. 중부 화성쇄설암군(LT+MI)은 하부에 성층화 라필리응회암, 점이층리 라필리응회암, 괴상 라필리응회암과 이들에 조합된 괴상 세립질 응회암으로 구성되고 중 상부에 괴상 라필리응회암, 용결 응회암 및 라필리응회암과 유변상 응회암 및 라필리응회암으로 조합된다. 이들은 외부물의 소량 유입으로 수증기마그마성 분출에 의한 화쇄써지로 시작하여 끓어넘침 분출의 화쇄류로 전환된 것이다. 상부 화성쇄설암군(lUT+uUT+UI)은 최하부에 성층화 라필리응회암, 점이층리 라필리응회암으로 조합되고, 하부에 괴상 응회각력암, 불량층리 라필리응회암, 괴상 라필리응회암과 괴상 세립질 응회암으로 조합되며 중 상부에 괴상 라필리응회암, 용결 응회암 및 라필리응회암으로 조합되며, 이들은 수증기플리니언 분출에 의한 써지로 시작해서 플리니언 분출에 의한 강하를 거쳐 끓어넘침 분출로 전환되어 화쇄류로부터 퇴적된 것이다. 결론적으로 동막골응회암에서 분출과정은 대체로 전 중 후기 화산작용이 단계별로 수증기플리니언 혹은 플리니언 분출로 시작하여 화쇄류형성 분출로 전환되고 끓어넘침 분출로 진행되는 순서를 밟았다. 그러나 전기 화산작용은 아마도 초엽의 수증기플리니언 혹은 플리니언 분출 없이 진행되었다.

형질전환 생쥐의 후손에서 외래 유전자의 유전성에 대한 연구 (A Study on the Transmission of a Transgene in the Offspring of Transgenic Mice)

  • 염행철
    • 한국가축번식학회지
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    • 제20권4호
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    • pp.453-458
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    • 1997
  • 형질전환 동물의 후손에서 transgene은 멘델의 법칙에 따라 유전된다고 일반적으로 인식되어져 왔다. 따라서 본 연구에서는 transgene이 이러한 인식과 일치하는지를 여러 세대를 통하여 확인하고 후손에서 어떻게 유전되는지를 연구하기 위하여 형질전환 생쥐를 생산하여 본 연구의 모델로 삼았다. 수정된 생쥐의 embryo에 DNA를 microinjection하는 방법으로 MMTV-LTR (long terminal repeat), bovine ($\alpha$s1-casein cDNA, 그리고 SV 40 splicing과 polyadenylation site 등의 sequence를 포함한 3.0Kb의 DNA가 주입되었다. 여기에서 태어난 새끼는 dot blot과 Southern blot에 의하여 transgene의 존재여부가 확인되어 founder line이 만들어졌다. 그들의 자손은 PCR에 의해서 transgene이 유전되는지를 확인하였다. F0의 72마리 새끼중에서 4마리의 Founder가 transgene을 가지고 있었다(5.6%). F0에서 F1으로의 유전(transmission)은 각각 33.3, 7.7, 0, 62.5%이었다. Transgene은 F1에서 F2로 각각 63.6, 5.9, 68.8% 유전되었고, F2에서 F3로 각각 85.7, 0, 88.2% 유전되었다. 따라서 본 연구 모델에 의하면 transgene은 멘델의 법칙을 따르는 경우와 deletion이 되는 경우로 각각 관찰되었다.

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정규상호정보와 지지벡터기계를 이용한 천식 관련 단일염기다형성 유전형 자료 분석 (Analysis of Asthma Related SNP Genotype Data Using Normalized Mutual Information and Support Vector Machines)

  • 이중섭;김승현;신기섭;임규철
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제36권9호
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    • pp.691-696
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    • 2009
  • 서론: 천식에는 아스피린 과민증 (aspirin hypersensitivity)에 따라 아스피린 불내성 (aspirin intolerant asthma, AIA)과 내성 천식 (aspirin tolerant asthma, ATA) 두 가지 유형이 있다. 천식과 관련된 유전적 위험 요인들은 집중적으로 또한 광범위하게 연구되고 있다. 그러나 단일염기다형성들의 조합의 효과에 대해서는 거의 평가되지 않았다. 본 논문에서는 두 유형의 천식 진단에 유용한 단일염기다형성의 최상의 조합을 찾는다. 방법: 본 논문에서는 246명의 천식환자들을 조사하였다. (94명은 아스피린 불내성 천식을 152명은 아스피린 내성 천식을 가지고 있다) 그리고 천식과 관련된 것으로 추측되는 25개의 단일염기다형성들을 분석하였다. 단일염기다형성의 조합의 정규상호정보 값을 계산하여 높은 정규상호정보 값을 갖는 단일염기다형성들의 조합을 선택하고 선택된 조합들의 예측 정확도를 지지벡터기계를 사용하여 계산하였다. 결과: 최상의 조합은 4개짜리이고 ALOX5_p1_1708, B2ADR_q1_46, CCR3_p1_520, CysLTR1_p1_534로 구성된 모델이다. 이것은 0.053의 정규상호정보 값과 71.14%의 ATA 질병에 대한 예측 정확도를 갖는다.

Integration of a target gene into chromosomal genome of BF-2 cells using UV-inactivated snakehead retrovirus (SnRV)

  • Kwon, Se-Ryun;Nishizawa, Toyohiko;Yoshimizu, Mamoru
    • 한국어병학회지
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    • 제22권3호
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    • pp.375-382
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    • 2009
  • 목적 유전자를 숙주 세포의 게놈에 삽입하거나 발현하는데 있어서, retrovirus 매개의 유전자 전달 시스템을 사용하게 되면, 복잡하고 힘든 절차를 거치게 된다. 본 연구에서는 목적 유전자의 BF-2 세포 게놈 내 삽입을 하기 위해, UV로 불활화한 어류 레트로바이러스인 SnRV를 사용한 간단한 방법에 대해 조사하였다. 우선, BF-2 세포를 사용한 transfection을 위해 Lipofectamine 2000과 Transome을 사용하여 최적 조건을 결정하였다. 0.5 $\mu\ell$ Lipofectamine 2000을 사용한 경우 0.5, 1 그리고 2 $\mu{g}$ DNA 사용에 대해 33.8, 40.6 그리고 40.2%의 transfection 효율을 보인 동시에 최소 80 % 이상의 높은 세포 생존율을 나타낸 반면, Transome을 사용한 transfection 효율은 모두 5% 이하였다. UV 처리 시간에 있어서는 5분간의 UV 처리로 SnRV의 감염성이 불활성화되는 것을 확인하였다. 다음으로 GFP 유전자의 양측에 SnRV에서 유래된 LTR 서열을 접하고 있는 cassette를 구축한 뒤 BF-2 세포에 transfection 하고, cassette 유전자의 삽입과 발현을 위해 UV로 불활화한 SnRV를 처리하였다. 그 결과 UV로 불활화한 SnRV를 1회 처리 또는 SnRV 무처리 BF-2 세포에서는 형광이 관찰되지 않았던 반면, 3회와 5회 처리한 BF-2 세포에서 형광발현이 확인되었다. 이러한 결과로, GFP 유전자가 불활화한 SnRV를 이용하여 BF-2 세포 게놈에 삽입되는 것을 확인하였다.

이동성 유전인자의 구조 및 생물학적 기능 (Biological Function and Structure of Transposable Elements)

  • 김소원;김우령;김희수
    • 생명과학회지
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    • 제29권9호
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    • pp.1047-1054
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    • 2019
  • 이동성 유전인자는 인간 유전체의 45%를 차지하며 기능성 유전자 내부로 자유롭게 들어갈 수 있다. 이들은 진화과정에서 중복현상으로 다수의 복사수로 생성되며, 생물종다양성 및 계통유전체학 분야에 기여한다. 이동성 유전인자의 대부분은 메틸화 또는 아세틸화 현상과 같은 후성유전학적 조절에 의해 제어된다. 다양한 생물종은 그들만의 고유의 이동성 유전인자를 가지고 있으며, 일반적으로 DNA트란스포존과 레트로트란스포존으로 나뉜다. 레트로트란스포존은 LTR의 유무에 따라 다시 HERV와 LINE으로 구분된다. 이동성 유전인자는 프로모터, 인핸서, 엑손화, 재배열 및 선택적 스플라이싱과 같은 다양한 생물학적 기능을 수행한다. 또한 이들은 유전체의 불안정성을 야기시켜 다양한 질병을 유발하기도 한다. 따라서, 암과 같은 질병을 진단하는 바이오 마커로 사용될 수 있다. 최근, 이동성 유전인자는 miRNA를 만들어 내는 것으로 밝혀졌으며, 이러한 miRNA는 타겟 유전자의 seed 영역에 결합함으로서 mRNA의 분해 및 번역을 억제하는 역할을 수행한다. 이동성 유전인자 유래의 miRNA는 기능성 유전자의 발현에 큰 영향을 미친다. 다양한 생물종과 조직에서 서로 다른 miRNA의 비교 분석 연구는 생물학적 기능과 관련하여 진화학과 계통학 영역에서 흥미 있는 연구 분야라 할 수 있겠다.

아이트래킹을 활용한 인터넷 포털사이트의 시선 흐름에 관한 연구 (A Study on the Gaze Flow of Internet Portal Sites Utilizing Eye Tracking)

  • 황미경;권만우;이상호;김치용
    • 한국융합학회논문지
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    • 제13권2호
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    • pp.177-183
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    • 2022
  • 본 연구는 수용자가 포털 사이트(네이버, 다음, 줌, 네이트)를 통해 검색할 때 어떤 시선경로로 탐색하는지 아이트래킹을 통해 알아보았다. 검색엔진의 시선경로에 따른 레이아웃 분석결과, 정보검색의 관문(Porta)이라고 할 수 있는 4개의 메인 페이지는 Z자형 레이아웃 형태로 나타났다. 각 사이트의 뉴스와 검색페이지는 F자형 형태를 활용하고 있는데 이것은 사람의 시선이 F자형으로 상단에서 우측으로 이동하면 순차적으로 하단으로 이동하는 좌측에서 우측(LTR)으로 시선이 이동하면서 읽는 것을 의미한다. 아이트래킹의 시각적 분석지표인 히트맵, 게이즈 폴랏, 클러스터를 통해 분석한 결과, 히트맵에서는 사진과 헤드카피에 시선의 집중도가 가장 많이 나타났으며 이것은 그 정보에 대한 흥미도와 관심도가 높다고 말할 수 있다. 시선의 흐름은 왼쪽 상단에서 우측으로 오면서 아래로 흐르는 것 알 수 있었으며 클러스터는 검색사이트의 상단에 집중되어 있었다. 웹사이트 디자이너는 레이아웃 디자인에 있어 사용자가 원하는 정보에 대한 접근성과 가독성을 높이는데 주력해야 할 것이며, 주 사용자의 성향과 행동 패턴 등을 조사하고 분석하여 이에 맞는 주기적 인터페이스의 변화가 요구되어진다.

An OTHBVS Cell Line Expresses the Human HBV Middle S Protein

  • Park, Sung-Gyoo;Guhung Jung
    • Journal of Microbiology
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    • 제37권2호
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    • pp.86-89
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    • 1999
  • An OTHBVS cell line from HepG2 was established. This cell line stably expresses the human hepatitis B virus (HBV) middle S protein that includes the preS2 region which is important for HBV particle entry into the hepatocyte. To establish this cell line, the middle S open reading frame (ORF), with a promoter located in the 5' region and enhancer located in the 3' region, was cloned downstream from the metallothionine (MT) promoter of the OT1529 vector. In this vector, expression of the middle S protein was constructed to be regulated by its own promoter and enhancer. Expression of the large S protein which contains the preS1 region in addition to the middle S protein was designed to be regulated by the MT promoter. When extracts of OTHBVS cells were examined with an S protein detection kit (RPHA, Korea Green Cross Co.), an S protein was detected. Total mRNA of OTHBVS cell examined by northern blot analysis with an S ORF probe revealed small/middle S transcripts (2.1 kb). When the MT promoter was induced by Zn, large S transcripts (2.4 kb) were detected. The GP36 and GP33 middle S proteins were presumably detected, but large S proteins were not detected by immunostain analysis using anti-preS2 antibody.

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Immediate Effects of Strain-Counterstrain Technique on Pressure Pain Threshold and Muscle Activity in Male Adults With Upper Trapezius Latent Trigger Point

  • Jung, Ji-Hee;Lee, Nam-Gi;You, Sung-Hyun
    • 한국전문물리치료학회지
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    • 제18권2호
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    • pp.76-83
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    • 2011
  • The aim of this study was to determine the immediate effects of single treatment of strain-counter strain (SCS) on pressure pain threshold (PPT) and muscle activity during scapular plane abduction with 3% body weight load. Fifteen asymptomatic male adults with upper trapezius latent trigger point (LTrP) (PPT<2.9 $kg/cm^2$) participated in this study. Pressure algometer was used to measure PPT and surface electromyography was used to record upper, middle arid lower trapezius, serratus anterior, infraspinatus and middle deltoid muscle activity and relative ratio during scapular plane abduction between pre- and post-intervention. There was a significant increase in upper trapezius PPT after a 90-second SCS (p<.05). The activity of the upper trapezius and middle deltoid was significantly decreased (p=.014, p=.001), coupled with a decreased muscle activity ratio between the upper and lower trapezius (p<.05). These results indicate that the SCS may effectively deactivate upper trapezius activity, thereby alleviating muscle balance and reducing pain sensitivity.