• Journal of Animal Science and Technology
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• 제62권4호
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• pp.438-448
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• 2020

This study was performed to increase the accuracy of genomic estimated breeding value (GEBV) predictions for domestic pigs using single-breed and admixed reference populations (single-breed of Berkshire pigs [BS] with cross breed of Korean native pigs and Landrace pigs [CB]). The principal component analysis (PCA), linkage disequilibrium (LD), and genome-wide association study (GWAS) were performed to analyze the population structure prior to genomic prediction. Reference and test population data sets were randomly sampled 10 times each and precision accuracy was analyzed according to the size of the reference population (100, 200, 300, or 400 animals). For the BS population, prediction accuracy was higher for all economically important traits with larger reference population size. Prediction accuracy was ranged from -0.05 to 0.003, for all traits except carcass weight (CWT), when CB was used as the reference population and BS as the test. The accuracy of CB for backfat thickness (BF) and shear force (SF) using admixed population as reference increased with reference population size, while the results for CWT and muscle pH at 24 hours after slaughter (pH) were equivocal with respect to the relationship between accuracy and reference population size, although overall accuracy was similar to that using the BS as the reference.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제30권8호
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• pp.1081-1085
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• 2017

Objective: Previously, we reported quantitative trait loci (QTLs) affecting backfat thickness (BFT) traits on pig chromosome 5 (SW1482-SW963) in an F2 intercross population between Landrace and Korean native pigs. The aim of this study was to evaluate glutamate receptor-interacting protein 1 (GRIP1) as a positional candidate gene underlying the QTL affecting BFT traits. Methods: Genotype and phenotype analyses were performed using the 1,105 $F_2$ progeny. A mixed-effect linear model was used to access association between these single nucleotide polymorphism (SNP) markers and the BFT traits in the $F_2$ intercross population. Results: Highly significant associations of two informative SNPs (c.2442 T>C, c.3316 C>G [R1106G]) in GRIP1 with BFT traits were detected. In addition, the two SNPs were used to construct haplotypes that were also highly associated with the BFT traits. Conclusion: The SNPs and haplotypes of the GRIP1 gene determined in this study can contribute to understand the genetic structure of BFT traits in pigs.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제29권12호
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• pp.1675-1681
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• 2016

The aim of this study was to detect positional candidate genes located within the support interval (SI) regions based on the results of red blood cell, mean corpuscular volume (MCV), and mean corpuscular hemoglobin quantitative trait locus (QTL) in Sus scrofa chromosome 13, and to verify the correlation between specific single-nucleotide polymorphisms (SNPs) located in the exonic region of the positional candidate gene and the three genetic traits. The flanking markers of the three QTL SI regions are SW38 and S0215. Within the QTL SI regions, 44 genes were located, and runt-related transcription factor 1, dual-specificity tyrosine-(Y)-phosphorylation regulated kinase 1A (DYRK1A), and potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 15 KCNJ15-which are reported to be related to the hematological traits and clinical features of Down syndrome-were selected as positional candidate genes. The ten SNPs located in the exonic region of the three genes were detected by next generation sequencing. A total of 1,232 pigs of an $F_2$ resource population between Landrace and Korean native pigs were genotyped. To investigate the effects of the three genes on each genotype, a mixed-effect model which is the considering family structure model was used to evaluate the associations between the SNPs and three genetic traits in the $F_2$ intercross population. Among them, the MCV level was highly significant (nominal $p=9.8{\times}10^{-9}$) in association with the DYRK1A-SNP1 (c.2989 G$F_2$ intercross, our approach has limited power to distinguish one particular positional candidate gene from a QTL region.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권6호
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• pp.917-924
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• 2004

미토콘드리아 ND2 유전자와 세 가지 tRNA (tRNA-M앙, tRNA-Trp, tRNA-Ala)들이 포함}는 mtDNA 절펀의 PCR-RFLP haplotyping 기법으로 제주도에서 사육하는 한국 재래돼지를 포함하는 5개 품종에 대한 유전적 다양성을 조사하였다. 몇몇 돼지 품종에서 mtDNA 상의 제한절편 길이의 다형성이 관찰되었다. HaeIll-와 Hinf1RFLP에서는 두 가지 제한절편 유형, Tsp509IRFLP에서는 네 가지 유형으로 각각 구분되었다. 발견된 제한절편 유형들을 조협하여 mtDNA haplotype으로 구분했을 때, 모두 네 가지 haplotype들이 발견되었고 집단에 따라 각기 다른빈도를 나타내였다. 하나의 동일한 haplotype mtWB가 한반도 야생멧돼지와 Large White 집단에서 관찰되었다. Duroc과 Landrace 품종들은 여러 모계 선조에서 유래되었을 것으로 추정되는 두 가지의 haplotype들을 가지고 있었다. 제주도에서 사육되고 있는 한국재래돼지 집단에서는 muD와 mtJN haplonpe들이 관찰되었는데, 이 중 mtJN은 빈도가 높고 집단 특이적이었다. 본 연구의 결과는 제주 돼지 집단의 형성에 적어도 둘 이상의 모계 선조가 참여했으며, 이후 동아시아 언근 돼지 품종들과의 인위적인 교잡아 이루어졌을 것으로 추정된다. 연구진의 예상과는 달리 한반도 야생멧돼지가 제주 재래돼지 집단의 모계 선조라는 증거는 확인되지 않았다. MtDNA haplotype과 돼지 계통간의 관계 에서의 특이성은 돼지 육종에 있어 모계 확인과 계보 구성에 매우 유용한 정보를 제공할 것으로 사료된다.

• 한국축산식품학회:학술대회논문집
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• 한국축산식품학회 2004년도 정기총회 및 제33차 춘계 학술대회
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• pp.266-268
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• 2004

• 한국축산식품학회지
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• 제25권3호
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• pp.322-327
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• 2005

본 연구는 재래흑돼지와 개량종 돼지들과의 도체 및 육질 특성을 비교 평가하여 표준화를 통해 부가가치를 높여 품질을 고급화 할 수 있는 기초자료를 제시할 목적으로 재래흑돼지와 개량종 돼지인 듀록종(DD), 랜드레이스종(LL), 요크셔종(YY) 그리고 삼원교잡종(LYD)을 시험에 공시해 품종간 처리구별 도체 및 육질 성적을 비교 분석하였다. 본 연구 결과, 재래흑돼지의 생체중, 도체중, 거래 정육 생산량, 가죽, 지방 및 뼈의 생산량이 개량종 처리구에 비해 유의적으로 낮게 나타났으며, 재래흑돼지의 도체율과 정육률도 개량종 4처리구에 비해 유의적으로 낮은 경향이었으나(p<0.05), 총지방 생산율, 가죽, 뼈, 신 및 신지방의 생산율은 재래흑돼지가 개량종에 비해 유의적으로 높았다(p<0.05). 재래흑돼지는 개량종과 비교해 모든 부위에서 낮은 정육량을 보였으며, 품종간에는 YY종이 가장 높았고, 다음 LYD종이 높았으며, KNP가 가장 낮았다. 삼겸살 정육량은 KNP, YY종, LYD종이 각각 6.12, 9.43, 9.52 kg으로 나타났으며, 재래흑돼지의 삽겹살 정육률은 $11.11\%$이었으며, 개량종은 $11.5\~12.2\%$를 나타내었다. 또한 전단가는 품종간 유의적인 차이를 보이지 않았으나 보수력과 가열 감량은 재래흑돼지가 낮은 경향을 보인 (p<0.05) 반면, 다즙성은 근내 지방함량이 높은 관계로 유의적으로 높았다(p<0.05), 육색의 $a^{*}$값은 KNP가 가장 높았고 (p<0.05), DD종이 가장 낮았다(p<0.05).

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권2호
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• pp.249-256
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• 2019

Objective: The present study aimed at comparing the nutritional composition and color traits between two meat types: Horse meat and pork from Korean native black pigs raised in Jeju Island. Methods: After slaughter 24 h, the longissimus dorsi samples were taken from left side carcasses of the 32-mo-old Jeju female breed horses and the 6-mo-old Korean native black pigs (n = 10 each). The samples were then placed into cool boxes containing ice packs and transported to the Laboratory of Meat Science where all visual fats and connective tissues were trimmed off and then the samples were ground. All the samples were analyzed for nutritional composition (proximate composition, minerals, vitamins, fatty acids, and amino acids) and color traits. Results: The horse meat contained significantly higher collagen, moisture and protein than the pork (p<0.05). The Jeju horse meat showed more desirable fatty acid profiles such as containing significantly lower saturated fatty acids (SFA), higher polyunsaturated fatty acids (PUFA) contents and PUFA/SFA ratios than the pork (p<0.05). Differences in concentrations of ten amino acids existed between the two meat types in which the horse meat had higher values for all these amino acids, total amino acids (20.33 g/100 g) and essential amino acids (10.06 g/100 g) than the pork (p<0.05). Also, the horse meat showed significantly higher concentrations of Fe (34.21 mg/100 g) and Cu (2.47 mg/100 g) than the pork (Fe, 17.42 mg/100 g and Cu, 1.51 mg/100 g) (p<0.05). All the vitamins detected showed statistical differences between the two meat types in which the horse meat had higher concentrations of vitamin B1 (25.19 mg/100 g), B2 (92.32 mg/100 g), B3 (2,115.51 mg/100 g), and B5 (67.13 mg/100 g) than the pork (p<0.05). Conclusion: Based on the results obtained in the study, it is concluded that the two meat types studied are rich in nutrients and the animal species strongly affected the nutritional values and color traits of the muscle tissues.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제44권2호
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• pp.207-212
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• 2002

본 연구에서는 제주 재래흑돈의 모색에 관여하는 MC1R 유전자를 이용하여, 모색유전자 빈도를 조사함으로써, 제주 재래흑돈군 확보를 위한 선발계획 수립에 기초자료를 제공하고자 수행하였다. 공시동물은 랜드레이스, 대요크셔, 듀록 각 품종별 20두와 제주흑돈 93두 등 총 153두를 공시하여 수행하였다. 품종별 MC1R 유전자형을 설정하기 위하여 genbank에 등록되어 있는 돼지 MC1R 유전자(AF181964)를 참고로 하여 두 쌍의 primer (MERL1-EPIG2, EPIG1-EPIG3)를 제작 PCR 증폭을 수행하였다. 먼저 primer MERL1-EPIG2를 이용하여 428bp의 PCR 산물을 얻었으며, primer EPIG1-EPIG3를 이용하여 405bp의 PCR산물을 얻었다. 이들 증폭된 PCR 산물은 서로 다른 2개의 제한효소를 이용하여 PCR-RFLP를 실시하였다. 먼저 primer MERL1-EPIG2를 이용하여 증폭한 428bp의 PCR산물은 제한효소 BspHⅠ(TCATG|A)을 이용하여 절단하였으며, primer EPIG1-EPIG3으로 증폭한 405bp의 PCR산물은 제한효소 AccⅡ(CGC|G)를 이용하여 절단하였다. 이들 절단된 DNA 단편은 TBE buffer에서 전기영동 후 EtBr로 염색하거나 Silver stain 염색을 하여 다형현상을 관찰하였으며, 본 연구의 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 제한효소 BspHⅠ을 이용하여 PCR-RFLP을 수행한 결과 백색의 랜드레이스와 대요크셔는 전 개체 모두가 2개의 밴드(256bp, 172bp)가 확인되었으며, 듀록은 절단되지 않은 하나의 밴드(428bp)가 확인 되었다. 그러나 제주 흑돈에서는 3개의 서로 다른 형태의 밴드가 발견되었는데, 전체 93두중 밴드가 하나인 개체는(428bp)는 29두(31.2%), 밴드가 두 개인 개체는(256bp, 172bp)는 19두(20.4%), 밴드가 3개인(428bp, 256bp, 172bp) 개체는 전체의 절반 정도인 45두(48.4%)이었다. 2. AccⅡ를 이용하여 PCR-RFLP를 실시한 결과 랜드레이스와 대요크셔 종에서는 2개의 밴드(222bp, 183)가 확인 되었으며, 듀록은 한 개의 밴드(405bp)만이 관찰되었다. 그러나 제주흑돈에서는 3개의 서로 다른 형태의 밴드가 확인되었으며, 분포빈도는 BspHⅠ을 이용한 PCR- RFLP 결과와 동일하였다. 3. 이상의 결과를 MC1R 유전자형으로 분류하면 백색품종인 랜드레이스와 대요크셔 품종은 MC1R*3 allele이었으며, 적색의 듀록은 MC1R*4 allele로서 도입종의 모색유전자는 한가지 형태로 고정되어 있었다. 그러나 제주 재래흑돈에 있어서 MC1R*2 allele과 MC1R*3 allele 모두 다 나타났으며, 대부분은 이들의 헤테로 형태였다. 따라서 제주 재래흑돈의 모색고정을 위하여 종모돈 선정시 MC1R 유전자를 이용하면, 짧은 기간 내에 모색이 고정될 것으로 추정되며, 명확한 유전양상 구명을 위해서는 agouti 유전자의 추가 연구가 필요할 것으로 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권6호
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• pp.383-394
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• 2012

Microarray analyses provide information that can be used to enhance the efficiency of livestock production. For example, microarray profiling can potentially identify the biological processes responsible for the phenotypic characteristics of porcine liver. We performed transcriptome profiling to identify differentially expressed genes (DEGs) in liver of pigs from two breeds, the Korean native pigs (KNP) and Yorkshire pigs. We correctly identified expected DEGs using factor analysis for robust microarray summarization (FARMS) and robust multi-array average (RMA) strategies. We identified 366 DEGs in liver (p<0.05, fold-change>2). We also performed functional analyses, including gene ontology and molecular network analyses. In addition, we identified the regulatory relationship between DEGs and their transcription factors using in silico and qRT-PCR analysis. Our findings suggest that DEGs and their transcription factors may have a potential role in adipogenesis and/or lipid deposition in liver tissues of two pig breeds.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제52권4호
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• pp.313-318
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• 2010

본 연구는 도체등급을 판정받은 제주재래돼지 168두(거세돈 116두와 암퇘지 52두)를 공시돈으로 재래돼지의 성별, 도체 육질 등급별 및 육량등급별 도체특성을 조사하여 고급돈육 생산에 필요한 기초자료를 얻고자 실시하였다. 재래돼지의 도체특성의 평균치는 도체중이 72.94 kg, 도체율 72.46%, 등지방두께 20.98 mm, Hunter L* 값 38.14, a* 값 4.68, b* 값 6.04, pH 5.61, 육색도 3.61, 근내지방도 3.36, 육질등급 1.83, 그리고 육량등급 2.08로 조사되었다. 성별 도체특성에서 도체중은 암퇘지가 75.69 kg으로 거세돈 71.71 kg 보다 유의하게 무거웠으나(p<0.05), 도체율, 등지방두께, 그리고 육색도에서는 성별 간에 모두 유의한 차이가 없었다. pH는 암퇘지와 거세돈에서 각각 5.58과 5.62로 거세돈이 유의하게 높게 나타났다(p<0.05). 도체육질등급에서는 거세돈과 암퇘지의 평균등급은 1.95와 1.58로 거세돈이 유의하게 높은 등급을 보였다(p<0.05). 그리고 육량등급에서도 성별 간에 유의한 차이를 보였는데(p<0.05), 거세돈 1.90 등급보다 암퇘지 2.50 등급으로 암퇘지가 높게 나타났다. 도체 육질등급별 도체특성에서는 도체중은 도체등급이 높을수록 유의하게 무거운 것으로 나타났으며(p<0.05), 도체율에서도 도체육질등급이 높을수록(1과 2등급) 유의하게 높은 것으로 나타났다(p<0.05). 등 지방 두께는 등급 간에 유의한 차이를 보였는데(p<0.05), 등급이 높을수록 등지방 두께가 높았다. 육색도에서는 등급 간에 Hunter L* 값, a* 값, b* 값 모두 유의한 차이를 보이지 않았다. 근내지방도는 1등급은 4.06점과 3등급은 2.64점으로 등급이 높을수록(양호) 유의하게(p<0.05) 높은 점수를 보였다. 도체 육량등급별 도체특성에서 도체중과 도체율은 등급 간에 모두 유의한 차이를 보였는데(p<0.05), 등급이 높을수록(A 등급) 체중이 무겁고 도체율이 높은 것으로 나타났다. 등지방두께는 A 등급은 22.83 mm로 유의하게 높은(p<0.05) 반면에, D 등급은 18.63 mm로 등급이 낮을수록 등 지방두께도 얇았다. 육색도는 Hunter L* 값, a* 값, b* 값 모두 등급 간에 유의한 차이가 발견되지 않았으나, pH 값은 A 등급에서 5.53으로 하위등급보다 유의하게 높은 것으로 나타났다(p<0.05). 육색도판에 의한 육색도에서도 유의한 차이를 보였다(p<0.05). 근내지방도는 등급 간에 유의한 차이를 보였는데(p<0.05), 상위 A, B 등급에서는 4.00 이상으로 높았으나, 하위 C와 D 등급에서는 3.06 이하의 낮은 점수로 나타났다. 따라서 제주 재래종은 개량종보다 등지방두께는 양호하였으나, 육질과 관련된 특성을 더욱 더 심도있는 비교연구로 정확한 평가가 이루어져야 할 것으로 생각된다.