• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제17권4호
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• pp.1999-2006
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• 2016

Background: Acute promyelocytic leukemia (APML) is characterized by the reciprocal translocation t(15;17) (p22;p12) resulting in the PML-$RAR{\alpha}$ fusion gene. A dual diagnostic and follow up approach was applied including cytogenetic demonstration of the t(15;17) translocation and detection dg PML-$RAR{\alpha}$ chimeric transcripts by molecular means. Purpose: Conventional cytogenetics involving bone marrow is beset with high probability of poor metaphase index and was substituted with phytohemagglutinin (PHA)-induced peripheral blood culture based cytogenetic analysis as a diagnostic & follow up modality in APML patients of Kashmir (North India). Both qualitative (RT-PCR) and quantitative (Q-PCR) tests were simultaneously carried out to authenticte the modified cytogenetics. Materials and Method: Patient samples were subjected to the said techniques to establish their baseline as well as follow-up status. Results: Initial cytogenetics revealed 30 patients (81%) Positive for t(15;17) whereas 7 (19%) had either cryptic translocation or were negative for t(15;17). Two cases had chromosome 16q deletion and no hallmark translocation t(15;17). Q-PCR status for PML-$RAR{\alpha}$ was found to be positive for all patients. All the APML patients were reassessed at the end of consolidation phase and during maintenance phase of chemotherapy where 6 patients had molecular relapse, wherein 4 also demonstrated cytogenetic relapse. Conclusions: It was found that PHA-induced peripheral blood cytogenetics along with molecular analysis could prove a reliable modality in the diagnosis and assessment of follow up response of APML patients.

• 원예과학기술지
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• 제32권3호
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• pp.366-374
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• 2014

이배체 탱자로부터 자연적으로 발생한 동질 사배체 탱자의 수체 형질 관련 표현형 및 유전체 메틸화 변이 정도를 분석하여 후성 유전의 하나인 유전체 메틸화가 동질 사배체의 표현형 변이의 요인으로 작용할 수 있음을 구명하고자 본 실험을 수행하였다. 이배체 탱자에서 유래된 14주의 사배체 탱자로부터 염색체를 분석하여 이수성이 없는 2n = 4X = 36 식물체로 확인하였다. CMA 핵형 분석 결과 염색체가 배가된 동질 사배체임을 확인할 수 있었다. 동질 사배체에서 수고, 수폭, 원가지 수, 원가지 길이, 분지 각도, 마디 길이, 잎의 특성 등 동질 사배체 수체 표현형에 있어서 상당한 변이가 나타남을 확인하였다. 또한 동질 사배체 광합성률에는 큰 차이는 없었지만, SPAD 값에 의한 엽록소 지수에 있어서도 표현형이 다양하게 나타나는 것을 알 수 있었다. 그 외에도 기공 밀도와 공변 세포 길이에 있어서 광범위하게 변이가 관찰되는 것을 알 수 있었다. Global cytosine DNA 메틸화를 분석한 결과 개체 간 메틸화 정도에 차이가 존재함을 알 수 있었다. 동질 사배체 탱자 14주의 절반이 이배체 탱자의 메틸화와 비교하였을 때 2배 이상으로 나타난 것을 확인하였다. 본 연구 결과 동질 사배체에서 나타나는 수체형질 변이가 gene redundency를 줄이기 위한 global cytosine DNA 메틸화와 관계될 수 있음을 확인하였다.

• Molecules and Cells
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• 제19권3호
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• pp.436-444
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• 2005

We describe the morphology and molecular organization of heterochromatin domains in the interphase nuclei, and mitotic and meiotic chromosomes, of Brassica rapa, using DAPI staining and fluorescence in situ hybridization (FISH) of rDNA and pericentromere tandem repeats. We have developed a simple method to distinguish the centromeric regions of mitotic metaphase chromosomes by prolonged irradiation with UV light at the DAPI excitation wavelength. Application of this bleached DAPI band (BDB) karyotyping method to the 45S and 5S rDNAs and 176 bp centromere satellite repeats distinguished the 10 B. rapa chromosomes. We further characterized the centromeric repeat sequences in BAC end sequences. These fell into two classes, CentBr1 and CentBr2, occupying the centromeres of eight and two chromosomes, respectively. The centromere satellites encompassed about 30% of the total chromosomes, particularly in the core centromere blocks of all the chromosomes. Interestingly, centromere length was inversely correlated with chromosome length. The morphology and molecular organization of heterochromatin domains in interphase nuclei, and in mitotic and meiotic chromosomes, were further characterized by DAPI staining and FISH of rDNA and CentBr. The DAPI fluorescence of interphase nuclei revealed ten to twenty conspicuous chromocenters, each composed of the heterochromatin of up to four chromosomes and/or nucleolar organizing regions.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제8권1호
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• pp.35-43
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• 2011

목적: 본원에서 최근 10년간 시행한 융모막 융모생검의 적응증에 따른 결과 및 합병증을 조사하고 현재 사용하고 있는 융모막 융모생검의 효용성을 분석해보고자 한다. 대상 및 방법: 2000년 4월부터 2010년 4월까지 최근 10년간 분당차병원 및 강남차병원에서 융모막 융모생검을 시행한 511례의 진료기록 및 검사 결과를 검토하였다. 각각의 환자에 해당되는 모든 적응증을 조사하고 중복을 허용하여 분석하였다. 태아 염색체 검사는 직접법과 배양법을 통하여 시행하였다. 결과: 각각의 적응증을 살펴보면 태아의 비후된 목덜미 두께를 포함한 비정상 초음파 소견이 294례(294/635, 46.3%)로 가장 높았다. 각각의 적응증에 따른 태아 염색체 이상의 양성예측도는 부모 중에 염색체 이상이 있는 경우가 66.7%(14/21)로 가장 높았다. 융모막 융모생검 상 모자이시즘은 3.1% (16/509)였고, 그 중에서 양수검사로 확인된 진모자이시즘은 2례, 태반에 국한된 모자이시즘은 11례였다. 융모막 융모생검 이후 4주 이내에 임신 종결된 경우는 6례로 태아손실률은 1.2% (6/511)였다. 결론: 융모막 융모생검은 산전 유전진단을 하는데 있어서 적합하고 신뢰할 수 있는 시술이다. 융모막 융모생검 결과 모자이시즘을 보이는 경우 반드시 양수검사를 통하여 진모자이시즘인지 태반에 국한된 모자이시즘인지 확인이 필요하다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제41권4호
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• pp.469-476
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• 2017

Background: Panax ginseng Meyer (Asian ginseng) has a large nuclear genome size of > 3.5 Gbp in haploid genome equivalent of 24 chromosomes. Tandem repeats (TRs) occupy significant portions of the genome in many plants and are often found in specific genomic loci, making them a valuable molecular cytogenetic tool in discriminating chromosomes. In an effort to understand the P. ginseng genome structure, we characterized an ultrahigh copy 167-bp TR (Pg167TR) and explored its chromosomal distribution as well as its utility for chromosome identification. Methods: Polymerase chain reaction amplicons of Pg167TR were labeled, along with 5S and 45S rDNA amplicons, using a direct nick-translation method. Direct fluorescence in situ hybridization (FISH) was used to analyze the chromosomal distribution of Pg167TR. Results: Recently, we reported a method of karyotyping the 24 chromosome pairs of P. ginseng using rDNA and DAPI (4',6-diamidino-2-phenylindole) bands. Here, a unique distribution of Pg167TR in all 24 P. ginseng chromosomes was observed, allowing easy identification of individual homologous chromosomes. Additionally, direct labeling of 5S and 45S rDNA probes allowed the identification of two additional 5S rDNA loci not previously reported, enabling the refinement of the P. ginseng karyotype. Conclusion: Identification of individual P. ginseng chromosomes was achieved using Pg167TR-FISH. Chromosome identification is important in understanding the P. ginseng genome structure, and our method will be useful for future integration of genetic linkage maps and genome scaffold anchoring. Additionally, it is a good tool for comparative studies with related species in efforts to understand the evolution of P. ginseng.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제30권4호
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• pp.293-298
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• 2003

목 적: 인간의 배아줄기세포는 전분화능과 영속성을 가지고 있어 발생 및 분화에 관련된 기초 연구 뿐 만 아니라 재생의학, 약물검색 등에서도 매우 유용한 재료로 이용될 수 있다.본 연구에서는 유전체의 변형이 배아줄기세포주의 확립 효율에 미치는 영향을 살펴보고자 비정상적인 포배기 배아에서 내세포괴를 분리하여 배양하였다. 연구 방법: 인간의 체외수정 및 배아이식술에서 공여 받은1개 또는3개의 전핵이 관찰되는 비정상 수정란 (n=20)과 착상전 유전진단에서 이수성이 확인된 배아 (n=27)를 대상으로 하였다. 일반적인 immunosurgery 방법으로 영양배엽세포들을 제거하고 내세포괴를 분리한 후 PMEF 혹은 STO feeder 세포위에서 배양하였다. 배아줄기세포의 배양시스템을 검증하기 위해서 이미 확립된 Miz-hES1 cell line을 동시에 같은 조건 하에서 계대배양하였다. 결 과: 비정상 수정란에서 발생된 포배기 배아에서 분리한 1개의 내세포괴가 배아줄기세포와 유사한 colony를 형성하였으나, 계대배양에는 실패하였다. 이수성 배아에서 발생된 포배기 배아의 내세포괴 배양에서는 두개의 colony가 계대배양 중에 영양배엽세포의 형태로 분화되어 미분화 상태를 유지하지 못하였다. 동일한 시기와 조건 하에서 계대배양된 Miz-hES1 cell line이 미분화상태로 유지됨을 karyotyping (46, XY)과 immunophenotyping (positive in SSEA-3 and -4)으로 확인하였다. 결 론: 본 연구의 결과에서 비정상 수정란과 이수성 배아에서 발생된 포배기 배아에서 유래한 내세포괴는 배아줄기세포주 확립 및 미분화 상태 유지 능력이 매우 저조한 것으로 여겨진다. 따라서, 인간의 배아줄기세포주를 확립하는데 있어 배아의 정상여부가 중요한 요소로 작용할 것으로 생각된다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제7권1호
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• pp.37-44
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• 2010

목적: Kabuki 증후군은 정신 지체를 동반하는 선천성 다발성 기형 증후군이다. 우리나라에서는 현재까지 6례의 Kabuki 증후군 증례가 산발적으로 보고 된 바 있다. 본 연구에서는 저자들이 경험한 Kabuki 증후군 환자 6명의 임상 및 유전학적 특징을 조사하고, 이를 외국 문헌들과 비교 분석해 보고자 하였다. 대상 및 방법: 2003년부터 2009년까지 아주대학교 병원 유전질환 전문센터에서 Kabuki 증후군으로 진단되어 추적 중인 6명의 한국인 여아를 대상으로 하였으며, 의무기록을 후향적으로 검토하여 이들의 임상 및 검사 소견을 수집하고 분석하였다. 결 과: 6명의 환자 모두가 특징적인 얼굴 모습 및 발달 지연 소견을 보이고 있었고, 손끝의 태아 패드 또한 모든 환자에서 확인되었다. 이외에도 대부분의 환자가 생후 성장 지연(83.3 %) 및 근력 저하(83.3%) 소견을 보였다. 안과적인 이상 또한 흔하게 동반되었는데, 특히 사시(83.3%)가 가장 흔한 안과적 이상 소견이었다. 선천성 심장 기형은 50%의 환자에서 동반되었으며, 골격계통의 증상으로는 짧거나(83.3%) 굽은(50%) 5번째 손가락, 관절의 과신전(50%) 및 고관절 탈구(16.7%) 등으로 다양하였다. Kabuki 증후군의 가족력을 가진 환자는 없었으며, 핵형 분석 및 array CGH를 포함한 세포유전학적 분석에서 Kabuki 증후군의 원인으로 생각되는 이상 소견은 발견되지 않았다. 결 론: 한국인 Kabuki 증후군 환자들이 보이는 임상 양상은 매우 광범위하며 다양한 신체 기관을 침범하고 있다. 비록 Kabuki 증후군의 임상적특징들이 비교적잘 알려져 있기는 하지만, 아직질환의 원인으로 추정되는 유전적 이상은 확실히밝혀지지 않았다. 적절한 질환의 관리및 유전상담이 이루어지기 위해서는 Kabuki 증후군의 자연 경과 및 유전적 배경에 대한 추가적인 연구가 필요하다고 생각된다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제7권2호
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• pp.133-137
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• 2010

목 적: Beckwith-Wiedemann 증후군(BWS)은 11p15 부위의 메칠화 양상의 이상으로 인한 overgrowth malformation symdrome이다. 11p15 부위에는 두 가지 imprinting center, 즉BWSIC1 (IGF2, H19)와 BWSIC2 (LIT1,KvDMR)가 존재한다. 본 연구에서는 methylation-specific (MS) PCR RFLP 방법을 이용한 BWS의 유전적 진단을 보고하고자 한다. 대상 및 방법: 임상 소견을 바탕으로 12명의 BWS 환자가 포함되었다. 환자의 말초혈액으로부터 염색체 핵형을 조사하였다. 분리한 DNA에 bisulfite를 처리한 후, LIT1, H19, IGF2 DMR부위는 각각의 MS primer를 이용하여 증폭하였다. 적절한 제한효소를 이용하여 절단 여부를 PAGE로 확인함으로써 각각의 DMR 부위에 대한 메칠화 이상 여부를 확인하였다. 결 과: 12명의 환자는 모두 정상 핵형을 보였다. MS-PCR RFLP 상 총 7명(53.8%)의 환자가 이상 소견을 보였으며, 모두 BWSIC2 (LIT1)에 비정상적 메칠화를 보였고 모두 부계 유래의 비메칠화된 allele만이 발견되었다. 결 론: 본 연구를통해MS-PCR RFLP 검사로BWS 환자의 약 50-60% 정도에서 유전적 진단이 가능함을 알 수 있었으며, 이는 BWSIC2 부위의 메칠화 이상을 발견하는데 손쉽게 이용될 수 있을 것으로 판단된다. 그러나, BWSIC1 부위의 메칠화 이상은 발견이 어려우며, 이 부위의 이상을 발견하기 위해서는 메칠화를 정량적으로 분석할 수 있는 방법이 필요하다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제11권2호
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• pp.56-62
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• 2014

Purpose: To assess the outcomes of increased fetal nuchal translucency (NT), to aid in prenatal counseling and management in our practice. Materials and Methods: We retrospectively reviewed the medical records of patients who underwent first trimester fetal karyotyping using chorionic villi sampling (CVS) and second trimester level II sonography for a fetal NT thickness ${\geq}3.0mm$ between 11 weeks and 13 weeks 6 days' gestation, at Gyeongsang National University Hospital. Pediatric medical records and a telephone interview were used to follow-up live-born children. Exclusion criteria included incomplete data and CVS for other indications. Results: Seventy cases met the inclusion criteria (median NT thickness, 4.7 mm; range, 3.0-16.1 mm). Twenty-nine cases (41.4%) were aneuploid. The prevalence of chromosomal defects increased with NT thickness: NT 3.0-3.4 mm, 16.7%; NT 3.5-4.4 mm, 27.3%; NT 4.5-5.4 mm, 66.7%; NT 5.5-6.4 mm, 37.5%; NT ${\geq}6.5mm$, 62.5%. The most common karyotype abnormality was trisomy 18 (n=12), followed by trisomy 21 (n=9). In chromosomally normal fetuses (n=41), fetal death occurred in 2 cases (4.9%), and structural malformations were found in 11 cases (26.8%). In chromosomally and anatomically normal fetuses (n=28), one child had neurodevelopmental delay (3.6%). Twenty-eight infants who had a prenatal increased NT were alive and well at follow-up (40%). Conclusion: Outcomes of increased fetal NT might help inform prenatal counseling and management. The high prevalence of chromosomal defects associated with increased fetal NT implies that CVS should be performed in the first trimester, particularly considering the stress associated with an uncertain diagnosis.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제17권1호
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• pp.11-15
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• 2020

Purpose: The objective of this study was to analyze the results of several noninvasive prenatal tests (NIPTs) from a single center and confirm their efficacy and reliability. In addition, we aimed to confirm the changes in the number of invasive tests performed after introducing NIPT. Materials and Methods: NIPT data from a large single center from March 2014 to November 2018 were analyzed. Karyotyping was confirmed based on chorionic villus sampling, amniocentesis, or postnatal cord/peripheral blood sampling. Data on maternal age, gestational age, fetal fraction, and ultrasonographic results were analyzed. As the secondary outcome, the number of amniocentesis cases before and after the introduction of NIPT was compared. Results: Overall, 1,591 single pregnancy cases that underwent NIPT were enrolled. The mean maternal age was 36.05 (22-45) years. The average gestational age and fetal fraction were 12⁺¹ (9⁺³ to 27⁺¹) weeks and 10.95% (3.6% to 31.3%), respectively. A total of 1,544 cases (97.0%) were reported to have negative NIPT results and 40 (2.5%) had positive NIPT results. The sensitivity and specificity of the overall abnormalities in NIPT were 96.29% and 99.36%, respectively. The positive predictive value (PPV) and negative predictive value were 72.22% and 99.93% respectively. The mean number of amniocentesis cases were 21.7 per month (21.7±3.9), which significantly decreased from 31.5 per month (31.5±4.8) before conducting NIPT as a screening test. Conclusion: NIPT is currently a useful, powerful, and safe screening test. In particular, trisomy 21 is highly specific due to its high PPV. NIPT can reduce the potential risks of procedure-related miscarriages during invasive testing.