• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제37권3호
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• pp.235-241
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• 2021

To provide better taxonomic information of the genus Nectoneanthes, the two DNA barcode regions of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) and 16S ribosomal DNA (rDNA) sequences of Nectoneanthes oxypoda and N. uchiwa were determined. In addition, the respective sequences of four nereidid species closely related to Nectoneanthes were retrieved from GenBank for comparison and to estimate intra- and inter-specific genetic distances. The aligned sequence lengths of COI and 16S rDNA were 570 bp and 419 bp long, respectively. The mean intraspecific variation in both markers was less than 1% in all species except for that in COI of H. diadroma (1.87%). The mean interspecific variation between N. oxypoda and N. uchiwa was 12.02% regarding COI and 1.85% regarding 16S rDNA. In contrast, the mean interspecific variation between species of other genera was comparably higher(i.e., genus Perinereis: 20.5% in COI and 8.3% in 16S rDNA; genus Hediste: 13.18% in COI and 2.64% in 16S rDNA), compared with that between the two Nectoneanthes species. This result indicated that these Nectoneanthes species are genetically more closely related than other congeneric species of different genera. The DNA barcoding information on Nectoneanthes species generated in this study provides valuable insights for further biodiversity studies on nereidid species.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제47권4호
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• pp.289-297
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• 2020

The genetic diversity of two subpopulations of Corynandra chelidonii, one of terrestrial and the other of aquatic environments, was measured with molecular markers, such as start codon targeted (SCoT), inter simple sequence repeats (ISSR), and random amplification of polymorphic DNA (RAPD). The traditional morphological traits such as habitat, habit, leaf morphology, the colour of the sepals and petals, number of stamens, and seed morphology formed the base for their realization as two varieties, C. chelidonii var. pallae and C. chelidonii var. chelidonii. The polymorphism between the two variants was 100% with the primers SCoT-2 and OPA-1 and 4, while maximum polymorphism was detected with ISSR-2, SCoT-3, and OPA-3. The study used, for the first time, more than one molecular marker to assess the genetic variation underscoring the morphological variation in Corynandra chelidonii (L.f.) Cochrane & Iltis. The study justifies the recognition of the two subpopulations of Corynandra chelidonii from aquatic and terrestrial environments as two distinct varieties, C. chelidonii var. pallae (Reddy & Raju) V.S.Raju and C. chelidonii var. chelidonii, respectively, based on the traditional taxonomic evidence.

• Proceedings of the National Institute of Ecology of the Republic of Korea
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• 제4권2호
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• pp.63-68
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• 2023

The Kentish Plover (Charadrius alexandrinus ; family Charadriidae; genus Charadrius) is a small bird that moves from continent to continent depending on the season. On the Kentish Plovers, phylogenetic studies have been widely conducted to classify different species or subspecies and to determine the time of speciation. However, the perspectives on the interspecific or intraspecific relationships in the phylogenetic analysis of Kentish Plovers remain debatable. Here, we reviewed the differences between the Kentish and Snowy Plovers (C. nivosus ) in terms of their morphology, ecology, and genetic information. Particularly, their differences in genetic information can be well demonstrated; however, the intraspecies differences in the populations that live in different environments can relatively be poorly explained. We suggest that not only genetic features but also morphological, ecological, and behavioral traits are important when comparing the Kentish Plovers with other species, such as the Snowy Plovers, in phylogenetic studies. Furthermore, we suggest that phylogenetic studies on the subspecies of the Kentish and Snowy Plovers should be conducted for their better identification.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제55권4호
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• pp.367-374
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• 2017

Despite the broad distribution of leishmaniasis among Iranians and animals across the country, little is known about the genetic characteristics of the causative agents. Applying both HSP70 PCR-RFLP and sequence analyses, this study aimed to evaluate the genetic diversity and phylogenetic relationships among Leishmania spp. isolated from Iranian endemic foci and available reference strains. A total of 36 Leishmania isolates from almost all districts across the country were genetically analyzed for the HSP70 gene using both PCR-RFLP and sequence analysis. The original HSP70 gene sequences were aligned along with homologous Leishmania sequences retrieved from NCBI, and subjected to the phylogenetic analysis. Basic parameters of genetic diversity were also estimated. The HSP70 PCR-RFLP presented 3 different electrophoretic patterns, with no further intraspecific variation, corresponding to 3 Leishmania species available in the country, L. tropica, L. major, and L. infantum. Phylogenetic analyses presented 5 major clades, corresponding to 5 species complexes. Iranian lineages, including L. major, L. tropica, and L. infantum, were distributed among 3 complexes L. major, L. tropica, and L. donovani. However, within the L. major and L. donovani species complexes, the HSP70 phylogeny was not able to distinguish clearly between the L. major and L. turanica isolates, and between the L. infantum, L. donovani, and L. chagasi isolates, respectively. Our results indicated that both HSP70 PCR-RFLP and sequence analyses are medically applicable tools for identification of Leishmania species in Iranian patients. However, the reduced genetic diversity of the target gene makes it inevitable that its phylogeny only resolves the major groups, namely, the species complexes.

• 한국잡초학회지
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• 제8권2호
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• pp.164-168
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• 1988

본(本) 연구(硏究)는 사과 과수원(果樹園)에서 잡초방제법(雜草防除法)을 확립(確立)하는데 필요(必要)한 자료(資料)를 얻고자 아산(牙山)과, 예산(禮山) 2개(個) 지역(地域)을 선정(選定)하여 약(約) 15일(日) 간격(間隔)으로 잡초(雜草)를 채취(採取)하여 잡초수(雜草數), 건물중(乾物重), 발생잡초(發生雜草)의 종생태적(種生態的) 및 사회적특성분석(社會的特性分析)과 우점도(優占度)를 구명(究明)한 결과(結果)는 다음과 같다. 1. 18과(科) 48종(種)이 발생(發生)했으며 명아주, 여뀌가 우점(優占)하였고 바랭이, 쇠비름, 망초가 차우점(次優占)하였다. 2. 잡초발생본수(雜草發生本數)는 4월(月), 건물중(乾物重)은 6월(月)과 10월(月)에 많았으며 여름 광엽잡초(廣葉雜草)의 발생(發生)이 많았고 월년광엽잡초(越年廣葉雜草)와 월년화본과잡초(越年禾本科雜草)는 봄에 발생(發生)이 많았다. 또한 연간(年間) 잡초(雜草)의 발생양상(發生樣相)을 보면 3월(月)에 발생(發生)하여 초여름까지 생육(生育)하는 초종(草種)은 월동잡초(越冬雜草)인 냉이, 둑새풀 이었으며 4월(月)에 발생(發生)하여 가을까지 생육(生育)하는 초종(草種)은 여뀌, 명아주였고 6월(月)에 발생(發生)하여 가을까지 생육(生育)하는 초종(草種)은 바랭이, 쇠비름 등(等)이었다. 3. 시기별(時期別) 종다양도(種多樣度), 최대종(最大種) 다양도(多樣度)와 안정도(安定度)가 높아 발생초종(發生草種)이 많은 숙전(熟田)이었으며 Simpson 지수(指數)도 높아 몇 초종(草種)이 우점(優占)하는 군락(群落)이었고 종간경쟁(種間競爭)이 종내경쟁(種內競爭)보다 높아 초종간(草種間) 경쟁(競爭)이 많았다.

• 한국균학회소식:학술대회논문집
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• 한국균학회 2015년도 추계학술대회 및 정기총회
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• pp.41-41
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• 2015

Oomycetes belong to the kingdom Straminipila, a remarkably diverse group which includes brown algae and planktonic diatoms, although they have previously been classified under the kingdom Fungi. These organisms have evolved both saprophytic and pathogenic lifestyles, and more than 60% of the known species are pathogens on plants, the majority of which are classified into the order Peronosporales (includes downy mildews, Phytophthora, and Pythium). Recent phylogenetic investigations based on DNA sequences have revealed that the diversity of oomycetes has been largely underestimated. Although morphology is the most valuable criterion for their identification and diversity, morphological species identification is time-consuming and in some groups very difficult, especially for non-taxonomists. DNA barcoding is a fast and reliable tool for identification of species, enabling us to unravel the diversity and distribution of oomycetes. Accurate species determination of plant pathogens is a prerequisite for their control and quarantine, and further for assessing their potential threat to crops. The mitochondrial cox2 gene has been widely used for identification, taxonomy and phylogeny of various oomycete groups. However, recently the cox1 gene was proposed as a DNA barcode marker instead, together with ITS rDNA. To determine which out of cox1 or cox2 is best suited as universal oomycete barcode, we compared these two genes in terms of (1) PCR efficiency for 31 representative genera, as well as for historic herbarium specimens, and (2) in terms of sequence polymorphism, intra- and interspecific divergence. The primer sets for cox2 successfully amplified all oomycete genera tested, while cox1 failed to amplify three genera. In addition, cox2 exhibited higher PCR efficiency for historic herbarium specimens, providing easier access to barcoding type material. In addition, cox2 yielded higher species identification success, with higher interspecific and lower intraspecific divergences than cox1. Therefore, cox2 is suggested as a partner DNA barcode along with ITS rDNA instead of cox1. Including the two barcoding markers, ITS rDNA and cox2 mtDNA, the multi-locus phylogenetic analyses were performed to resolve two complex clades, Bremia lactucae (lettuce downy mildew) and Peronospora effuse (spinach downy mildew) at the species level and to infer evolutionary relationships within them. The approaches discriminated all currently accepted species and revealed several previously unrecognized lineages, which are specific to a host genus or species. The sequence polymorphisms were useful to develop a real-time quantitative PCR (qPCR) assay for detection of airborne inoculum of B. lactucae and P. effusa. Specificity tests revealed that the qPCR assay is specific for detection of each species. This assay is sensitive, enabling detection of very low levels of inoculum that may be present in the field. Early detection of the pathogen, coupled with knowledge of other factors that favor downy mildew outbreaks, may enable disease forecasting for judicious timing of fungicide applications.

• 한국잡초학회지
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• 제8권1호
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• pp.1-8
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• 1988

본(本) 연구(硏究)는 원예작물(園藝作物) 경작지(耕作地)에서 잡초방제방법(雜草防除方法)을 확립(確立)하는데 필요(必要)한 기초자료(基礎資料)를 얻고저 마늘은 월동전(越冬前)인 1984년(年)과 월동후(越冬後)인 1985년(年), 고추는 1985년(年)에 천원(天原), 아산(牙山), 서천(舒川), 유성(儒城) 4개(個) 지역(地域)에서 2개(個) 지점(地點)을 선정(選定)하여 약(約) 15일(日) 간격(間隔)으로 잡초(雜草)를 채취(採取)하여 잡초수(雜草數), 건물중(乾物重), 발생잡초(發生雜草)의 종생태적(種生態的) 및 사회적(社會的) 특성(特性) 분석(分析)과 우점도(優占度)를 구명(究明)하였다. 1. 마늘경작지(耕作地)에 발생(發生)하는 초종(草種)은 27과(科) 68종(種)이었으며 우점초종(優占草種)은 쇠비름, 명아주, 바랭이였고 차우점초종(次優占草種)은 쇠뜨기, 둑새풀, 강아지풀이었으며 발생잡초(發生雜草)의 본수(本數)는 5월(月), 건물종(乾物種)은 6월(月)에 가장 많았고 마늘재배기간(栽培期間) 동안 여름 광엽잡초(廣葉雜草)가 가장 많이 발생(發生)하였다. 2. 고추경작지(耕作地)에서는 17과(科) 38종(種)의 잡초(雜草)가 발생(發生)했으며 바랭이, 방동사니, 쇠비름이 우점(優占)하였고 피, 왕바랭이, 민바랭이, 중대가리풀 등이 차우점(次優占)했으며 발생잡초(發生雜草)의 본수(本數)는 6월(月)에 많았고 건물중(乾物重)은 6월(月)과 10월(月)에 낮았던 것을 제외하면 재배기간(栽培期間) 동안 큰 차이가 없었으며 여름 화본과(禾本科)와 여름 광엽잡초(廣葉雜草)는 6, 7월(月)에 발생(發生)이 많았다. 3. 고추경작지(耕作地), 마늘경작지(耕作地)에서 시기별(時期別) 종다양도(種多樣度), 최대종다양도(最大種多樣度)와 안정도(安定度)가 높아 발생초종(發生草種)이 많은 숙전(熟田)이었으며 Simpson 지수(指數)도 높아 몇 초종(草種)이 우점(優占)하는 군락(群落)이었고 종간경쟁(種間競爭)이 종내경쟁(種內競爭)보다 높아 초종간(草種間) 경쟁(競爭)이 많았다.

• The Korean Journal of Ecology
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• 제27권6호
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• pp.383-390
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• 2004

본 연구는 1999년 3월부터 2002년 9월에 걸쳐 경기도 시화호, 경기도 웅진군 동${\cdot}$서만도, 장구엽도 3곳에서 검은머리물떼새의 번식기전 행동, 텃세권 행동, 번식생태, 주요 섭식지역과 섭식행동, 종내와 종간번식 및 먹이경쟁에 대해 조사하였다. 검은머리물떼새의 번식 시작은 지역에 따라 차이를 보여 시화호 지역은 4월 중순부터, 동${\cdot}$서만도와 장구엽도의 경우 5월 중순 번식을 시작하였다. 번식에 들어가기 전 짝간의 유대를 강화하기 위한 행동으로 암수짝간의 섭식행동(foraging behavior)과 추적행동(male-female chasing behavior)을 보인다. 교미행동에 들어가기 전 암수는 함께 섭식행동을 하며, 다른 쌍이나 개체들이 섭식장소로 접근해 오면 삑- 삑- 하는 울음소리(piping calling)와 함께 공격적 행동을 보이며 침입자를 쫓아내거나, 침입자 추적비행을 하기도 한다. 연속적 행동양상을 관찰하지 않으면 암수 추적비행과 침입자 추적비행을 구별하기 어렵다. 텃세권 행동은 나비비행(butterfly flight), 음성행동(calling behavior), 침입자 추적행동(chasing behavior), 싸움행동(fight behavior)의 4가지 타입으로 분류하였다. 시화호 지역의 중요 취식 지역은 대부도 선착장 앞쪽, 방어머리 갯벌, 시화방조제 오이도 초입부의 정치망이 설치되어 있는 갯벌, 공단의 조류 조망대 앞쪽 북측 간석지 등 크게 4지역으로 구분된다. 섬지역 중 동${\cdot}$서만도는 썰물시 갯벌에서, 만조시에는 섬 주변에서 취식하였고, 밀${\cdot}$썰물의 차가 없는 장구엽도의 경우 섬 주변에서 주로 취식하였다. 섭식행동 중 종내(intraspecific)와 종간 (interspecific) 경쟁이 이루어졌다. 취식지역에서 검은머리물떼새 개체간에는 먹이를 빼앗기 위해 쫓아가는 행동이 관찰되기도 하고, 중요 취식지역에 다른 개체가 들어올 경우 침입자 추적행동을 하며 쫓아내기도 하였다. 종간 섭식 경쟁은 주로 괭이갈매기와 일어난다. 괭이갈매기와 먹이경쟁이 이루어질 경우에 검은머리물떼새는 먹이를 갈취 당하거나 공격을 받아 다른 지역에서 먹이를 취식하는 개체보다 먹이 섭취율이 상대적으로 떨어지는 것이 관찰되었다. 종간 경쟁이 심하면 섭식지역을 떠나 다른 지역으로 이동하였다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제18권2호
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• pp.233-244
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• 2002

딱정장수노벌레 (Canthocamptus)속의 mirabilis 종군에 대한 분류학적 연구의 일환으로. 극동아시아의 남부에 널리 분포하는 반달딱정장수노벌레 (C. semicircuius Kikuchi)와 남한의 중서부 지역의 구릉지대 계류에 분포하는 1신종. 고려딱정장수노벌레 (C. coreensis)를 보고한다 반달딱정장수노벌레의 한국산 표본에서는 암컷의 바깥꼬리털과 수컷의 제3다리 외지의 돌기형 가시와 같은 중요 형질에서 변이가 흔하게 나타났기에 종내변이에 대해 특기하였다. 고려딱정장수노벌레는 암컷에서 수컷모사변이형의 꼬리마디가 나타나지 않고 항문판의 투명막이 둥근모양을 유지한다는 점 등의 조상형 형질을 유지하는 반면. 수컷 제3다리 외지 제2마디의 바깥가시와 수컷 제4다리 외지 끝마디 바깥강모가 심하게 변형되는 등의 파생형질을 소유한다. 현재까지 기록된 5종의 한국산 딱정장수노벌레속 mirabilis 종군에 대한 종검색표를 작성하였다.

• 한국자원식물학회지
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• 제19권2호
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• pp.336-339
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• 2006

홍화 수집종의 RAPD 분석을 통한 유전적 다양성 및 유연관계를 밝히고 품종군을 분류하여 품종육성의 기초자료로 활용코자 시험한 결과는 아래와 같다. RAPD 분석에 적용한 37개의 Primer 중 25개의 적정 primer를 선발하였고, 증폭원 PCR산물은 $0.1{\sim}4.0kb$에서 재현성있는 band를 보였으며 각 primer에 의해 증폭된 band의 수는 $1{\sim}9$개로 다양하였고 평균 4.8개였다. PCR 반응에 사용된 25개의 primer에서 120개의 band가 관찰되었으며 다형성을 보이는 band될 수는 23개(19.2%)였다. RAPD-PCR에 의해 얻어진 dendrogram에서 유연계수 0.042를 기준으로 합을 했을 때 6개 군으로 분류되었고 II군과 III군은 각각 12종(38%)씩 속하였다.