• 제목/요약/키워드: Inter-and Intra-Molecular Interactions

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The Influence of Dielectric Constant on Ionic and Non-polar Interactions

  • Hwang, Kae-Jung;Nam, Ky-Youb;Kim, Jung-Sup;Cho, Kwang-Hwi;Kong, Seong-Gon;No, Kyoung-Tai
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제24권1호
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    • pp.55-59
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    • 2003
  • This work is focused on analyzing ion-pair interactions and showing the effect of solvent induced inter-atomic attractions in various dielectric environments. To estimate the stability of ion-pairs, SCI-PCM ab initio MO calculations were carried out. We show that the solvent-induced attraction or ‘cavitation' energy of the ion-pair interactions in solution that arises mainly from the stabilization of the water molecules by the generation of an electrostatic field. In fact, even the strong electrostatic interaction characteristic of ion-pair interactions in the gas phase cannot overcome the destabilization or reorganization of the water molecules around solute cavities that arise from cancellation of the electrostatic field. The solvent environment, possibly supplemented by some specific solvent molecules, may help place the solute molecule in a cavity whose surroundings are characterized by an infinite polarizable dielectric medium. This behavior suggests that hydrophobic residues at a protein surface could easily contact the side chains of other nearby residues through the solvent environment, instead of by direct intra-molecular interactions.

원자 힘 현미경을 이용한 단일 생분자 힘 측정 (Single Interaction Force of Biomolecules Measured with Picoforce AFM)

  • 정유진;박준원
    • 한국진공학회지
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    • 제16권1호
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    • pp.52-57
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    • 2007
  • 생명현상 발현에 중요한 역할을 하는 생체 분자간 특이적 상호작용을 단분자 수준에서 이해하려는 연구는 매우 중요한 일이다. 나노 바이오 측정기술을 이용하여 여러 복잡한 생명현상을 그 기본 단위인 단일 세포 차원에서 직접 측정하여 응용하려는 시도가 이루어지고 있다. 이런 시도로써, 원자힘 현미경을 이용한 생체분자간의 결합력 측정은 생명현상과 가장 유사한 환경에서 단일 생체 분자간 또는 분자 내 힘을 직접 측정함으로써, 단일 생체분자의 현상을 관찰 할 수 있다는 장점을 가지고 있다. 특히 단분자 힘 분광학을 이용한 단일 생체분자내의 세부 단위체간 상호작용에 대한 연구와 단백질-단백질, 단백질-리간드, DNA-DNA의 분자인지 상호작용에 대한 연구는 많은 생명과학 분야 연구자들의 관심을 끌고 있을 뿐만 아니라 더 나아가 새로운 관련 기술의 개발을 촉진시키고 있다.

Fluorescence Behavior Associated with a Possible Intercolumnar Charge-transfer Interaction in the Crystalline State of a Dyad Consisting of Mesitylene and 1,4-Dicyano-2-methylnaphthalene Subunits

  • Ohta, Eisuke;Kobayashi, Hitoshi;Sakai, Atsushi;Matsui, Yasunori;Sato, Hiroyasu;Ikeda, Hiroshi
    • Rapid Communication in Photoscience
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    • 제4권2호
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    • pp.31-33
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    • 2015
  • Fluorescence (FL) properties of a novel donor-acceptor dyad, comprised of mesitylene and 1,4-dicyano-2-methylnaphthalene (DCMN) subunits connected by an ether linkage, were elucidated. The dyad in cyclohexane exhibits FL arising from an intramolecular exciplex. In the crystalline state, the dyad does not emit light from intra- and inter-molecular exciplexes but rather displays FL that is nearly equivalent to that of 2-methoxymethyl-substituted DCMN. However, the emission spectrum of the crystalline dyad contains a shoulder in the long wavelength region, suggesting that weak intercolumnar charge-transfer interactions take place between columns consisting of the mesitylene and DCMN subunits.

Crystal and Molecular Structure of Methyl 12-(3-bromophenyl)-9-[(4-methylbenzene)sulfonyl]-22-oxo-13,21-dioxa-9-azapentacyclo[12.8.0.02,11.03,8.015,20]docosa-1(14),3,5,7,15(20),16,18-heptaene-11-carboxylate

  • Kothandan, Gugan;Ganapathy, Jagadeesan;Damodharan, Kannan;Sanmargam, Aravindhan
    • 통합자연과학논문집
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    • 제7권2호
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    • pp.92-102
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    • 2014
  • The crystal structure of the title compounds with both coumarin and sulfonamide moieties were examined. These two groups have very special for their pharmaceutical and medicinal properties have been determined from single crystal X-ray diffraction data. In the title compound crystallizes in the monoclinic space group C2/c with unit cell dimension a = 28.633(3) ${\AA}$, b= 9.3215(7) ${\AA}$ and c= 24.590(2) ${\AA}$ [alpha & gamma=$90^{\circ}$ beta= $115.976(3)^{\circ}$]. In the structure The S1 atom shows a distorted tetrahedral geometry, with O1-S1-O2 [119.74 $(2)^{\circ}$] and N1-S1-C5 [$105.57(1)^{\circ}$] angles deviating from ideal tetrahedral values are attributed to the Thrope-Ingold effect. The sum of bond angles around N1 ($316.2(1)^{\circ}$) indicates that N1 is in sp2 hybridization. The Pyridine ring adopts boat conformation and pyran rings adopt a sofa conformation. The carboxylate group of atoms were disordered over two positions with site occupancy factors 0.598 (9):0.402 (9). Crystal structure and packing is stabilized by $C-H{\ldots}O$ intra and inter molecular hydrogen bond interactions.

향기농업: 휘발성 물질을 이용한 식물병 진단과 방제 (Aromatic Agriculture: Volatile Compound-Based Plant Disease Diagnosis and Crop Protection)

  • 류명주;손진수;오상근;류충민
    • 식물병연구
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    • 제28권1호
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    • pp.1-18
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    • 2022
  • 휘발성물질은 자연에서 어디에나 존재한다. 생태학적으로 식물이나 미생물이 생산하는 휘발성물질은 식물-미생물이나 미생물-미생물간 대화에 중요한 역할을 수행한다. 정족수 인식신호는 세균과 세균 사이의 짧은 거리에서만 영향을 미치지만 휘발성물질은 20 cm 이상의 거리에서 생명체 간 신호전달이 가능하다. 이번 리뷰에서는 휘발성물질을 이용한 식물병진단과 진균, 세균, 바이러스병의 생물적방제의 최신 결과를 소개하였다. 더불어 이러한 휘발성물질을 농업에 적용하기 위한 다양한 기술들도 소개하였다. 휘발성물질의 캡슐화와 서방형 제제화 그리고 바이오나노 융합기술은 기존의 휘발성 물질 적용 한계를 넘게 해 줄 것이다. 종합하면 휘발성물질은 식물병을 효과적으로 방제할 수 있는 새로운 방법이다. 이번 리뷰를 통하여 농민들과 젊은 연구자들이 휘발성물질에 대한 이해를 높이고 향기농업으로의 전환을 앞당기는 계기가 되기를 희망한다.