• 제목/요약/키워드: ITS1 and ITS2

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Internal transcribed spacer (ITS) region의 염기서열 분석에 의한 보길도산 황칠나무의 분자 계통학적 연구 (Phylogenetic Analysis of Dendropanax morbifera Using Nuclear Ribosomal DNA Internal Transcribed Spacer (ITS) Region Sequences)

  • 신용국
    • 생명과학회지
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    • 제26권11호
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    • pp.1341-1344
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    • 2016
  • 보길도에서 자라고 있는 황칠나무(Dendropanax morbifera)를 구입하여, 캘러스로 유도한 후, ribosomal DNA(nrDNA)의 internal transcribed spacer (ITS) region의 염기서열을 결정하였다 보길도의 황칠나무(Dendropanax morbifera)의 ITS region의 염기서열을 분석한 결과, 총 689염기를 결정하였다. 결정된 689염기 중에서 ITS1은 222 개염기, 5.8S rDNA는 160염기, ITS2는 233염기인 것으로 판명되었다. GenBank의 BLAST 프로그램(http://www.ncbi.nlm.nih.BLAST)을 사용하여 GenBank/EMBL/DDBJ에 등록되어 있는 Dendropanax 속 33의 염기서열을 수집한 후 multiple alignment를 수행한 결과, 유사도는 99.7%(D. chevalieri)에서 92.6%(Dendropanax arboreus)로 나타났으며, 일본황칠나무(D. trifidus)와는 유사도가 99.4%로 판명되었다.

ITS 염기서열에 의한 한국산 담배풀속(Carpesium L.)의 계통분류학적 연구 (A Phylogenetic Study of Korean Carpesium L. Based on nrDNA ITS Sequences)

  • 유광필;박선주
    • 한국자원식물학회지
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    • 제25권1호
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    • pp.96-104
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    • 2012
  • 한국산 담배풀속(Carpesium L.) 7분류군과 3개의 외군(Inula britannica L., Inula germanica L., Rhanteriopsis lannginosa(DC.) Rauschert)을 대상으로 유연관계를 파악하기 위하여 nuclear ribosomal DNA(nrDNA) 중 ITS(internal transcribed spacer) 지역의 계통분류학적 분석을 수행하였다. 계통분류학적 연구방법은 maximum parsimony, neighbor-joining와 maximum likelihood 방법을 사용하였다. 정렬된 계통분의 총 길이는 731 bp이며, ITS1, ITS2와 5.8S 부위의 길이는 각각 284~297 bp, 264~266 bp와 164 bp로 나타났다. 계통분류학 변이를 보이는 site는 111개로 확인 되었으며, 그 중 64개의 site가 계통학적으로 유효한 것으로 나타났고, ITS1 지역이 ITS2 지역보다 염기 변이가 다양하게 나타나는 것으로 확인되었다. 그 결과, 한국산 담배풀속은 단계통을 형성하였으며, 담배풀(C. abrotanoides L.)이 가장 기저부에 위치하였다. 여우오줌(C. macrocephalum Franch. & Sav.)와 두메담배풀(C. triste Maxim.)은 가까운 유연관계를 나타냈으며, 애기담배풀(C. rosulatum Miq.)와 천일담배풀(C. glossophyllum Maxim.) 그리고 좀담배풀(C. cernuum L.)와 긴담배풀(C. divaricatum Siebold & Zucc.)도 유연관계가 가깝게 나타났다. 이와 같은 결과로 담배풀속 nrDNA의 ITS 지역 염기서열에 기초한 분자 계통학적 연구는 계통분류를 이해하는데 유용한 방법으로 판단된다.

2상 Linear Induction Motor의 이동자계 (The Travelling Field of Two phase Linear Induction Motor)

  • 이윤종;임달호
    • 전기의세계
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    • 제19권1호
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    • pp.1-10
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    • 1970
  • The foundation for the theoretical establishment of the linear motor lies in the investigation of the magnetic flux distribution in its airgaps. Generally speaking, the linear motor is similar, in the principle of its operation, to the general induction motor. However, there are great differences in the aspects of its structure and characteristics, especially, in the fact that the formation of its travelling magnetic field depends on the method of its winding. This paper is written in order to introduce the method of calculating the air gap magnetic flux distribution on the basis of its ampere-conductor in the case that 2 phase winding is applied on its open magnetic circuit iron core, and to present the results of investigation of the pulsation in its travelling fields. the first and second example of winding show the case of travelling magnetic field with the constant amplitude except the end region. The third example deals with the configuration of coil-side displaced outside the core and which produce the increased flux density at the ends, but, on the contrary, forms the pulsated travelling field.

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Flammulina velutipe의 국내 균주와 외래 균주 간의 ITS region을 이용한 계통학적 유연관계 분석 (A Phylogenetic Relationship between Foreign and Korean Strains of Flammulina velutipes Identified by rDNA-ITS Sequence Analysis)

  • 황광립;우주리;윤혁준;이창윤;이상한;공원식;김종국
    • 생명과학회지
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    • 제22권1호
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    • pp.62-73
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    • 2012
  • 본 연구는 팽이버섯(Flammulina velutipes)의 국내 균주와 외래 균주간의 유전적 유연관계를 조사하기 위하여 수행되었으며, 계통수 측정 결과 3개 그룹으로 나눠짐을 확인하였다. 20개 F. velutipes 균주들의 ITS region 염기 서열을 확보하였으며, 이들 서열을 바탕으로 multiple alignment를 보았으며, Neighbor-joining method를 이용하여 계통수를 작성하였으며, 2개 그룹으로 나눠짐을 확인하였다. 또한 F. velutipes 4154 균주의 rDNA-cluster를 최초로 분석한 결과, 총 10,974 bp임을 밝혔다. SSU는 1,806 bp, ITS region은 553 bp의 염기배열이 결정되었다. ITS 1 부분은 245 bp이고 ITS 2는 308 bp였으며, LSU에 해당되는 염기서열은 3,402 bp, IGS 1은 1,400 bp, 5S는 83 bp, IGS 2는 3,571 bp임을 확인하였다.

Ventx1.1 competes with a transcriptional activator Xcad2 to regulate negatively its own expression

  • Kumar, Shiv;Umair, Zobia;Kumar, Vijay;Lee, Unjoo;Choi, Sun-Cheol;Kim, Jaebong
    • BMB Reports
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    • 제52권6호
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    • pp.403-408
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    • 2019
  • Dorsoventral patterning of body axis in vertebrate embryo is tightly controlled by a complex regulatory network of transcription factors. Ventx1.1 is known as a transcriptional repressor to inhibit dorsal mesoderm formation and neural differentiation in Xenopus. In an attempt to identify, using chromatin immunoprecipitation (ChIP)-Seq, genome-wide binding pattern of Ventx1.1 in Xenopus gastrulae, we observed that Ventx1.1 associates with its own 5'-flanking sequence. In this study, we present evidence that Ventx1.1 binds a cis-acting Ventx1.1 response element (VRE) in its own promoter, leading to repression of its own transcription. Site-directed mutagenesis of the VRE in the Ventx1.1 promoter significantly abrogated this inhibitory autoregulation of Ventx1.1 transcription. Notably, Ventx1.1 and Xcad2, an activator of Ventx1.1 transcription, competitively co-occupied the VRE in the Ventx1.1 promoter. In support of this, mutation of the VRE down-regulated basal and Xcad2-induced levels of Ventx1.1 promoter activity. In addition, overexpression of Ventx1.1 prevented Xcad2 from binding to the Ventx1.1 promoter, and vice versa. Taken together, these results suggest that Ventx1.1 negatively regulates its own transcription in competition with Xcad2, thereby fine-tuning its own expression levels during dorsoventral patterning of Xenopus early embryo.

The Role of Substituents of ar-Turmerone for its Anticancer Activity

  • Oh, Won-Geun;Baik, Kyong-Up;Jung, Sang-Hun;Ahn, Byung-Zun
    • Archives of Pharmacal Research
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    • 제15권3호
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    • pp.256-262
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    • 1992
  • For the evaluation of the role of substituents of ar-turmerone for its anticancer activity, ar-turmerone (1a) and its analogs like 2-methyl-6-(4'-methyphenyl)-2-octen-4-one (1b), 2-methyl-6-phenyl-2-hepten-4-one (1c), 2-methyl-6-phenyl-2-octen-4-one (1d) and 2 methyl-6-(trans-4'-methylcyclohexyl)-2-hepten-4-one (1e) were preparedd and their cytotoxic activities against $L_{1210}$ cell were determined. Omission of methyl group at para-position dose not variate the cytotoxicity of ar-turmerone. Elongation of alkyl group at 6-position decreases $ED_{50}$ value. Saturation of aromatic ring of ar-turmerone markedly decreases the cytotoxicity. Therefore the smaller size of alkyl group at 6-position and aromatic ring of ar-turmerone should be essential for exhibiting its anticancer activity.

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Evaluation of the Synergistic Effect of Mixed Cultures of White-Rot Fungus Pleurotus ostreatus and Biosurfactant-Producing Bacteria on DDT Biodegradation

  • Purnomo, Adi Setyo;Ashari, Khoirul;Hermansyah, Farizha Triyogi
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제27권7호
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    • pp.1306-1315
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    • 2017
  • DDT (1,1,1-trichloro-2,2-bis(4-chlorophenyl) ethane) is one of the organic synthetic pesticides that has many negative effects for human health and the environment. The purpose of this study was to investigate the synergistic effect of mixed cutures of white-rot fungus, Pleurotus ostreatus, and biosurfactant-producing bacteria, Pseudomonas aeruginosa and Bacillus subtilis, on DDT biodegradation. Bacteria were added into the P. ostreatus culture (mycelial wet weight on average by 8.53 g) in concentrations of 1, 3, 5, and 10 ml ($1ml{\approx}1.25{\times}10^9$ bacteria cells/ml culture). DDT was degraded to approximately 19% by P. ostreatus during the 7-day incubation period. The principal result of this study was that the addition of 3 ml of P. aeruginosa into P. ostreatus culture gave the highest DDT degradation rate (approximately 86%) during the 7-day incubation period. This mixed culture combination of the fungus and bacteria also gave the best ratio of optimization of 1.91. DDD (1,1-dichloro-2,2-bis(4-chlorophenyl) ethane), DDE (1,1-dichloro-2,2-bis(4-chlorophenyl) ethylene), and DDMU (1-chloro-2,2-bis(4-chlorophenyl) ethylene) were detected as metabolic products from the DDT degradation by P. ostreatus and P. aeruginosa. The results of this study indicate that P. aeruginosa has a synergistic relationship with P. ostreatus and can be used to optimize the degradation of DDT by P. ostreatus.

강원도 지역 구름버섯균의 rDNA의 ITS 부위 염기서열 분석 (Analysis of rDNA ITS Region from Trametes spp. in Kangwon Province, Korea)

  • 이미정;전상철;황일기;최한구;김규중
    • 한국균학회지
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    • 제33권1호
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    • pp.1-10
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    • 2005
  • 본 연구는 강원도 지역에서 채집한, 구름버섯균으로 예상되는 19종의 실험균주의 외부형태와 내부구조의 특징을 파악하여 동정하고, 구름버섯균(Trametes versicolor)의 형태적 특징과 rDNA상의 ITS염기서열간의 상관관계 유무를 확인하기 위하여 Trametes versicolor와 동일 속(Genus)에 속하며 계통학적 유연관계가 가까운 Trametes villosa KCTC06866, Trametes suaveolens KCTC 26205, Trametes hirusta KCTC26200, Trametes versicolor KCTC16781 및 KCTC26203의 4종-5균주와 함께 rDNA의 Internal Transcribed Spacers(ITS1 과 ITS2)영역의 염기서열을 비교 분석하였다. 분석결과, 채집된 실험균주는 Trametes versicolor KCTC16781 및 KCTC26203과의 염기차이가 $0{\sim}6$개로 매우 유사한 근연한 양상을 나타내었고 계통도를 분석한 결과, 구름버섯으로 예상된 실험균주들과 Trametes versicolor 종들이 단계통군을 이루어 실험균주는 모두 동일종으로 확인되었으며, Trametes hirusta KCTC26200, Trametes suaveolens KCTC26205 그리고 Trametes villosa KCTC06866는 측계통을 이루었다. 채집된 19종의 균주는 외형상 다양한 채색과 무늬를 갖고 있으나 ITS1과 ITS2 영역의 염기서열을 분석한 계통수에서는 Trametes versicolor간의 색깔이나 무늬는 ITS1 및 ITS2의 염기서열과는 직접적인 유연관계가 없었다.

국가 ITS 아키텍쳐 정비방안에 관한 연구 (A Study on Revising the National ITS Architecture)

  • 이시복
    • 대한토목학회논문집
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    • 제29권2D호
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    • pp.175-181
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    • 2009
  • 국토해양부는 1999년 국가 ITS 아키텍쳐를 개발하여 ITS 표준의 밑그림, 관계기관 ITS 계획 설계의 기본틀로 활용하여 왔다. 이후 새로운 ITS 서비스의 등장, 서비스를 구현하는 요소기술의 발전과 사업추진환경의 변화에 따라 국가 ITS 아키텍쳐에 대한 수정의 필요성이 대두되었다. 본 연구는 국가 ITS의 구현에 ITS 아키텍쳐가 어떻게 기여하였으며, 어떤 문제점을 가지고 있는지 평가하고, 새로운 사회적, 기술적 환경을 반영하여 국가 ITS 아키텍쳐의 정비방안을 제시하고자 하였다. 본 연구에서는 국가 ITS 아키텍쳐 개발의 접근방법을 결정하기 위하여 절차지향 접근방법과 객체지향 접근방법의 장단점과 적용사례를 검토하였으며, 적용성이 검증된 절차지향 접근방법을 선정하였다. 기존 한국형 국가 ITS 아키텍쳐 모형에 대한 평가, ITS 사업에서의 활용성을 검토하여 국가 ITS 아키텍쳐의 개념을 정의하였다. 그에 따라 새로운 국가 ITS 아키텍쳐는 ITS 서비스, 논리아키텍쳐, 물리아키텍쳐, 사업아키텍쳐로 구성되도록 하였다. 후속 연구에서는 국가 ITS 아키텍쳐를 완성하는 작업이 우선 이어져야 할 것이며, 나아가 개발된 국가 ITS 아키텍쳐를 교통체계지능화사업에 참여하는 관계자가 준수하도록 유도하기 위한 활용방안 및 ITS 관계자가 국가 ITS 아키텍쳐의 내용을 쉽게 이해할 수 있도록 국가 ITS 아키텍쳐의 배포, 홍보, 교육체계가 구축되어야 할 것이다.

Cordycepes gunnii의 신변종과 이 균의 무성세대 Paceliomyces (New Variety of Cordyceps gunnii (Berk.) Berk. and Its Paecilomyces Anamorph)

  • 이증지;이춘여;황발;반미진;이민웅
    • 한국균학회지
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    • 제27권3호통권90호
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    • pp.231-233
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    • 1999
  • In the present paper, a new variety of Cordyceps gunnii (Berk.) Berk. is reported. It differs from C. gunnii by its much smaller secondary ascospores, (2.0-) 3.3 $(-4.3){\times}1.0{\sim}1.8\;{\mu}m$, as well as thinner asci and cap of the asci. Its anamorph is also reported as a new variety of Paecilomyces gunnii Liang, the ansmorph of C. gunnii. Its differ from P. gunnii by its conidia, mostly subglobose and much bigger, (2.2-) 4.7 $(-11.0){\times}(1.8-)\;2.6\;(-3.3)\;{\mu}m$. The type specimen and dry type culture are deposited at Research Center for Entomogenous Fungi, Anhui Agriculture University, China.

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