• 제목/요약/키워드: ITS1 / 5.8S / ITS2

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Diversity and Plant Growth Promotion of Fungal Endophytes in Five Halophytes from the Buan Salt Marsh

  • Khalmuratova, Irina;Choi, Doo-Ho;Yoon, Hyeok-Jun;Yoon, Tae-Myung;Kim, Jong-Guk
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제31권3호
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    • pp.408-418
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    • 2021
  • The diversity and plant growth-promoting ability of fungal endophytes that are associated with five halophytic plant species (Phragmites australis, Suaeda australis, Limonium tetragonum, Suaeda glauca Bunge, and Suaeda maritima) growing in the Buan salt marsh on the west coast of South Korea have been explored. About 188 fungal strains were isolated from these plant samples' roots and were then studied with the use of the internal transcribed spacer (ITS) region (ITS1-5.8S-ITS2). The endophytic fungal strains belonged to 33 genera. Alternaria (18%) and Fusarium (12.8%), of the classes Dothideomycetes and Sordariomycetes, were most rampant in the coastal salt marsh plants. There was a higher diversity in fungal endophytes that are isolated from S. glauca Bunge than in isolates from other coastal salt marsh plants. Plant growth-promoting experiments with the use of Waito-C rice seedlings show that some of the fungal strains could encourage a more efficient growth than others. Furthermore, gibberellins (GAs) GA1, GA3, and GA9 were seen in the Sa-1-4-3 isolate (Acrostalagmus luteoalbus) culture filtrate with a gas chromatography/mass spectrometry.

Transglutaminase를 생산하는 Streptomyces platensis의 분자생물학적인 연구를 위한 접합 전달법 확립 (Transconjugation for Molecular Genetic Study of Streptomyces platensis Producing Transglutaminase)

  • 배세점;조양호;최선욱
    • 생명과학회지
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    • 제20권1호
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    • pp.97-102
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    • 2010
  • 식품단백질의 물성과 기능성을 개선시켜 산업적인 가치가 매우 높은 TGase를 생산하는 S. platensis YK-2의 분자 유전학적인 연구를 위해 형질전환방법을 확립하였으며 본 연구를 위해 도입된 방법은 대장균을 plasmid DNA의 공여체로, S. platensis의 포자를 수용체로 사용하는 접합전달법이다. S. platensis를 위한 최적 접합전달조건은 50 mM의 $MgCl_2$를 첨가한 MS배지에 열처리를 하지 않은 포자와 $5{\times}10^7$의 plasmid DNA 공여체인 E. coli를 사용하는 것이다. 또 본 연구를 통해 얻어진 접합전달체의 attB site에 대한 분석을 통해 S. platensis chromosome의 pirin 상동체를 코드하는 ORF내에 attB site가 단일위치로 존재하고 있으며 이미 밝혀진 다른 방선균유래 attB site의 염기서열에 대해 77.8%~96.3%의 상동성을 나타냈다.

First Report of Root Rot Caused by Plectosphaerella cucumerina on Cabbage in China

  • Li, Pan-Liang;Chai, A-Li;Shi, Yan-Xia;Xie, Xue-Wen;Li, Bao-Ju
    • Mycobiology
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    • 제45권2호
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    • pp.110-113
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    • 2017
  • Severe root rot was observed in fields of cabbages (Brassica oleracea L.) in 2015 in China. Cardinal symptoms of this disease included root rot and wilting leaves. A fungus was isolated from diseased tissues consistently. Based on the morphological features and molecular analysis of the ITS-5.8S rDNA and D1/D2 domain of the 28S rRNA gene, it was identified as Plectosphaerella cucumerina. This is the first report of P. cucumerina causing cabbage root rot in China and the world.

남부지방 부추와 재배환경의 식품매개병원균의 분포 (Distribution of Foodborne Pathogens from Garlic Chives and Its Production Environments in the Southern Part of Korea)

  • 정지은;오광교;서승미;양수인;정규석;노은정;류재기
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제35권5호
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    • pp.477-488
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    • 2020
  • 본 연구는 남부 3지역에서 시설재배 3농가 총 9농가를 선정하여 2019년과 2020년도 재배 중인 부추와 부추 재배 토양, 퇴비, 농업용수의 미생물 오염도를 조사하였다. 부추, 토양, 퇴비, 농업용수에서 위생지표세균(일반세균수, 대장균군, 대장균)과 B. cereus, S. aureus를 조사하였다. 2019년 채취해 온 시료의 오염도를 조사한 결과 A지역 일반세균수는 6.15-8.82 log CFU/g, 대장균군은 2.75-4.88 log CFU/g, 21.58-37.95 MPN/100 mL, B. cereus는 1.79-5.86 log CFU/g으로 검출되었다. B지역 일반세균수는 6.41-8.44 log CFU/g, 대장균군은 1.57-2.82 log CFU/g, B. cereus는 2.48-6.00 log CFU/g으로 검출되었다. C지역 일반세균수는 6.42-7.74 log CFU/g, 대장균군은 2.39-5.73 log CFU/g, 14.45-2419.6 MPN/100 mL, B. cereus는 1.48-5.56 log CFU/g으로 검출되었다. C지역 III농가 토양에서 대장균이 1.86 log CFU/g으로 검출되었다. 2020년 채취해온 시료의 오염도를 조사한 결과 A지역 일반세균수는 2.83-8.20 log CFU/g, 대장균군은 0.28-4.03 log CFU/g, B. cereus는 0.41-5.30 log CFU/g, S. aureus는 0.40-4.85 log CFU/g이 검출되었다. B지역 일반세균수는 0.84-7.25 log CFU/g, 대장균군은 3.13-3.56 log CFU/g, B. cereus는 1.69-2.82 log CFU/g, S. aureus는 2.44-3.78 log CFU/g이 검출되었다. C지역 일반세균수는 2.04-8.83 log CFU/g, 대장균군은 0.43-4.04 log CFU/g, B. cereus는 0.70-4.93 log CFU/g, S. aureus는 1.81-6.27 log CFU/g이 검출되었다. 부추는 토양과 퇴비로부터의 오염, 농업용수로부터의 오염, 농업용수로 오염된 토양과 퇴비로의 오염 등 다양한 경로를 통해 B. cereus가 오염될 수 있다. β-hemolysis 활성을 지니는 B. cereus가 부추와 재배환경시료로부터 분리되었기에 B. cereus의 오염 예방이 중요하다. 반면에 병원성 E. coli, E. coli O157:H7, L. monocytogenes, Salmonella spp.은 검출되지 않았다. B. cereus와 S. aureus의 오염을 줄이기 위해 농작물 재배 시 작물과 토양과 퇴비의 접촉을 최소화하기 위해 멀칭 재배와 농업용수의 관리, 사용 후 퇴비 관리 등 재배 환경을 관리하는 것이 미생물 오염도를 줄이는데 효과적일 것으로 판단된다. 또한 농산물로 인한 식중독 사고를 예방하기 위해 작물과 재배환경의 모니터링 연구와 작업자의 위생 관리에 대한 지속적인 연구가 필요하다.

PCR 다형성 분석에 의한 비늘버섯 속 계통의 유연관계 분석 (Phylogenetic relationships in different strains of Pholiota species based on PCR polymorphism)

  • 권운혁;박혁;백민재;조우진;최우정;안치범;신도빈;이태수
    • 한국버섯학회지
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    • 제11권2호
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    • pp.69-76
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    • 2013
  • 우리나라와 전 세계의 여러 지역에서 수집한 비늘버섯속 18 균주와 개암비늘버섯 2 균주를 대상으로 rDNA의 ITS region 염기서열과 genomic DNA의 RAPD-PCR을 수행하였다. ITS1과 ITS2영역의 염기의 수는 각각 233~271, 158~233 그리고 174~219 염기쌍으로 종에 따라 변이가 있었는데 ITS2영역의 염기서열이 ITS1의 영역보다 변이가 높았고 5.8S지역의염기의수는 비교적 변이가 적었다. 각각의 균주 간 유연관계를 알아보기 위해 ITS영역의 염기서열을 이용하여 계통도를 작성한 결과 실험에 사용한 균주는 8개의 클러스터로 나누어지는 것으로 나타났으며 동일한 종의 버섯은 동일한 클러스터에 속하는 것으로 나타났다. 또한 20종류의 primer를 이용하여 비늘버섯속 버섯을 대상으로 RAPD-PCR을 수행한 결과 15개의 primer가 효과적으로 염색체 DNA를 증폭하는 것으로 나타났다. 증폭의 양상은 primer의 종류와 종에 따라 변이가 있었다. 이 결과를 토대로 계통수를 작성한 결과 계통수는 ITS 영역의 PCR 결과와 매우 유사하였다. 본 실험결과, 실험에 사용한 비늘버섯속 버섯의 종과 계통 간의 유연관계는 높았으며, rDNA ITS 영역의 염기서열분석 결과를 이용해 공시된 각각의 비늘버섯 종을 분류하는데 유용하게 사용이 가능하였다.

First Report of Ampelomyces quisqualis from Sycamore and Crape Myrtle and Its Potential as a Mycoparasite of Powdery Mildew

  • Nguyen, Thi Thuong Thuong;Lee, Hyang Burm
    • 한국균학회지
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    • 제44권1호
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    • pp.64-67
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    • 2016
  • During screening fungi as potential biological control agents for plant parasitic fungi, a fungal strain, EML-FAM3, was isolated from powdery mildew leaf lesions caused by Erysiphe platani on sycamore (Platanus occidentalis L.), and another strain, EML-FAMC1, from Erysiphe australiana on crape myrtle (Lagerstroemia indica L.). Based on the morphological characteristics and phylogenetic analysis of the internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) and 5.8S rDNA, the strains were identified as Ampelomyces quisqualis. To our knowledge, this is the first report of new mycohosts, E. platani and E. australiana, of the mycoparasite A. quisqualis on sycamore and crape myrtle plants. The hyperparasite may represent the potential for controlling E. platani and E. australiana epidemics.

Induction of Quinone Reductase and Glutathione S-Transferase in Murine Hepatoma Cells by Flavonoid Glycosides

  • Kim, Jung-Hyun;Lee, Jeong-Soon;Kim, Young-Chan;Chung, Shin-Kyo;Kwon, Chong-Suk;Kim, Young-Kyoon;Kim, Jong-Sang
    • Preventive Nutrition and Food Science
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    • 제8권4호
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    • pp.365-371
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    • 2003
  • The potential of seven flavonoid glycosides to induce quinone reductase (QR), an anticarcinogenic marker enzyme, in murine hepatoma cells (hepalc1c7) and its mutant cells (BPRc1) was evaluated. Among test compounds, kaempferol-3-O-glucoside, luteolin-6-c-glucoside, and quercetin-3-O-glucoside (Q-3-G) induced QR in hepalc1c7 cells in a dose-dependent manner. However, in BPRc1 cells lacking arylhydrocarbon receptor nuclear translocator (ARNT), only Q-3-G caused a significant induction of quinone reductase at the concentration range of 0.5 to 8 ug/mL, suggesting that it is a monofunctional inducer. Q-3-G induced not only phase 2 enzymes, including QR and glutathione-S-transferase, but also nitroblue tetrazolium reduction activity in HL-60 cells, a biochemical marker for cell differentiation promoting agents. In conclusion, Q-3-G merits further study to evaluate its cancer chemopreventive potential.

전통 누룩으로부터 호산성 Urease 생산 효모의 분리 및 특성 (Isolation and Characterization of Acidophilic Yeasts Producing Urease from Korean Traditional $Nuruk$)

  • 이민나;박희동
    • 한국식품저장유통학회지
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    • 제19권2호
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    • pp.308-314
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    • 2012
  • 발암성 ethyl carbamate의 전구물질인 요소의 분해를 촉매하는 urease 생산 효모를 분리하고 그 특성을 조사하였다. 우리나라 전통 누룩으로부터 약 223주의 효모를 분리하고 이들 중 urease 활성이 있는 6 균주를 선별하였다. 분리된 6 균주는 ITS I-5.8S-ITS II 영역의 PCR-RFLP 분석 및 계통분석을 통하여 이 균주 모두가 $I.$ $orientalis$ ATCC 24210과 99.8% 이상의 염기서열 상동성을 나타내어 유전적으로 매우 가까운 근연관계에 있음을 확인하였다. 분리 효모 중 uresae 활성이 가장 강한 2 균주 JJ22와 SH10을 선정하여 형태학적, 생리학적 특성을 조사한 결과 $I.$ $orientalis$와 특성이 거의 유사하여 $I.$ $orientalis$로 동정하였다. 이 균주들은 온도 $20-40^{\circ}C$의 넓은 범위에서 생육이 양호하였으며 JJ22의 경우에는 $35^{\circ}C$, SH10의 경우에는 $30^{\circ}C$에서 urease 활성이 가장 높았다. pH의 영향을 조사한 결과 pH 2.0-6.0까지 넓은 범위의 산성 조건에서 생육이 매우 양호하여 호산성 효모로 생각된다. Urease 효소의 활성은 PH 5.0에서 최대치를 나타내었고 pH가 감소하거나 높아짐에 따라 활성이 감소하였다.

Antioxidative Activity of the Extract from the Inner Shell of Chestnut

  • SON Kyung Hun;YANG He Eun;LEE Seung Chul;CHUNG Ji Hun;JO Byoung Kee;KIM Hyun Pyo;HEO Moon Young
    • Biomolecules & Therapeutics
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    • 제13권3호
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    • pp.150-155
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    • 2005
  • The ethanolic extract of chestnut (Castanea crenata S. et Z., Fagaceae) inner shell (CISE) and one of its components, ellagic acid (EA), were evaluated for their protective effects against 1, 1-diphenyl-2-picryl hydrazine (DPPH) free radical generation and hydrogen peroxide-induced oxidative DNA damage in a mammalian cell line. CISE and EA were shown to possess the free radical scavenging effect against DPPH radical generation, significantly. They were also found to strongly inhibit hydrogen peroxide-induced DNA damage from Chinese hamster lung (CHL) cell, assessed by single cell gel electrophoresis assay and 8-hydroxy -2'-deoxy guanosine (8-OH-2'dG) assay. Furthermore, topical application of CISE [$12.5\%$(w/w) cream] and ellagic acid [$1.0\%$(w/w) cream] for 14 days potently inhibited malondialdehyde (MDA) formation of mouse dorsal skin (a marker of lipid peroxidation) induced by ultraviolet B exposure. Therefore, CISE and its component, ellagic acid, may be the useful natural antioxidants by scavenging free radicals, inhibition of lipid peroxidation and protecting oxidative DNA damage when topically applied.

계측장치 실장 차량을 이용한 동적 하중 모니터링 연구 (Study on the Dynamic Load Monitoring Using the Instrumented Vehicle)

  • 김종우;정영우;권순민
    • 한국ITS학회 논문지
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    • 제15권5호
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    • pp.95-107
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    • 2016
  • 주행 차량의 축하중은 저속 혹은 고속 축중기(WIM)에 의하여 측정 할 수 있으나, 주행 차량의 샤시, 축 구조 등과 같은 차량 고유 특성과 주행 속도, 도로의 평탄도 등과 같은 주행 환경 특성에 따라 동적으로 변화하며, 이러한 순간적인 동적 하중 변화에 의해 정적 상태에서 측정된 기준 중량과 오차가 발생하게 된다. 본 연구에서는 향후 무인 과적단속 체계 도입에 앞서, 주행 차량의 동적 하중 변화 특성을 파악하여 통제 불가능한 환경적 기본 오차의 범위에 대해 분석하고, 고속 축중기의 중량정확도 성능평가 기준에 대한 척도를 적절히 설정하기 위한 실차 시험을 수행하였으며, 주요 시험 결과는 다음과 같다. 첫째, 총중량의 경우 저속일 때 약 1%, 고속일 때 약 4%의 변화가 나타났고, 축하중의 경우 저속일 때 약 1-3%, 고속일 때 약 2-9%의 변화가 나타났으며, 이러한 현상은 단일축보다 그룹내 개별축에서 더 크게 나타났다. 둘째, 정상 평탄도 구간에 비해 충격 구간에서는 총중량의 경우 최대 약 8배, 축하중의 경우 최대 약 3~12배의 변화가 나타났으며, 이러한 동적 하중 변화의 진동 주파수는 2.4-5.8Hz로 나타났으며, 약 30m를 주행한 후에 정상 상태의 진폭으로 수렴하는 것으로 분석되었다.