• 제목/요약/키워드: ITS rDNA

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해수에서 분리한 Micrococcus sp. PS-1이 생산하는 단백질 분해효소의 생산과 효소학적 특성 (Production and Characterization of Alkaline Protease of Micrococcus sp. PS-1 Isolated from Seawater)

  • 진영랑;유선녕;김광연;김상헌;박슬기;김현경;이용석;최용락;지재훈;안순철
    • 생명과학회지
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    • 제23권2호
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    • pp.273-281
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    • 2013
  • 본 연구는 부산 인근의 해수욕장에서 얻은 해수에서 protease를 생산하는 균주를 분리하여 동정하고 균주의 배양학적인 특성과 protease의 효소학적 특성을 확인하였다. 해수에서 분리한 protease를 생산하는 미생물은 16S rDNA sequencing을 통해 Micrococcus sp. PS-1으로 동정하였다. Protease 생산의 최적조건은 2% skim milk와 1% NaCl이 포함된 pH 7.0의 LB배지에 48시간 배양이었다. 효소의 부분정제를 위해 ultrafiltration과 acetone 침전법을 사용하였고, zymography를 통해 분자량이 35.0 kDa과 37.5 kDa인 protease를 확인하였다. 또한 효소의 최적 활성은 pH 9.0와 $37^{\circ}C$에서 나타났고, 효소는 pH 8.0에서 11.0까지, $25^{\circ}C$에서 $37^{\circ}C$까지 80% 이상의 효소활성이 유지되어 안정한 것으로 확인되었으며 PMSF, EDTA 처리시 protease가 저해되는 것을 통해 alkaline metallo-serine protease로 확인되었다.

고려엉겅퀴 재배지에서 발생한 우리대벌레 공간분포 및 기주식물 (Spatial Distribution and Host Plants of the Ramulus koreanus (Phasmida; Phasmatidae) in Korean Thistle Cultivation)

  • 손민웅;정충렬;권기면;정철의
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제59권4호
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    • pp.281-293
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    • 2020
  • 고려엉겅퀴는 강원도에서 곤드레라는 음식 재료로 재배하는 작물이다. 고려엉겅퀴에 대한 정기적인 병해충 모니터링 중 우리대벌레의 국부적인 발생으로 인한 큰 피해를 발견하였고, 우리대벌레의 동정과 생태학적 특성을 보고한다. 본 조사는 2019년 5월 28일부터 동년 10월 1일까지 강원도 정선군에 있는 3곳의 고려엉겅퀴 재배지에서 실시하였다. 해당 포장에서 채집한 우리대벌레의 형태적, 분자 생물적 분석으로 대벌레과(Phasmida) 계열의 Ramulus koreanus Kwon Ha et Lee로 동정하였다. 우리대벌레는 6월 11일부터 8월 22일까지 고려엉겅퀴 포장에서 발생하였으며, 7월 23일에 최대 발생 밀도를 보였다. Taylor's power law와 Greens index를 이용하여 공간분포를 분석한 결과 무작위로 분포하는 것을 확인하였다. 우리대벌레의 고려엉겅퀴 일일 섭식량은 성충 기준 60.98 ± 4.35 ㎠ 였으며, 주요 기주식물은 가래나무와 아로니아였다. 우리대벌레 발생 메커니즘과 우리대벌레가 농업과 산림 생태계에 미칠 수 있는 영향 및 농작물 피해를 줄이기 위해 그 방법을 추구할 것이다.

Salmonella 균속의 항균제 내성 및 R-plasmid (Antimicrobial Drug Resistance and R-plasmid of Salmonella species)

  • 이명원;정태화;이연태;강정복
    • 환경위생공학
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    • 제3권2호
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    • pp.23-41
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    • 1988
  • 1986년 1월부터 12월 사이에 전국 시$\cdot$도 보건연구소 및 주요종합 병원으로부터 일차분리 수집된 Salmonelle균속 286주를 실험균주로 하여 확인동정 실험, 항균제 감수성검사, plasmid DNA분리 및 접합에 의한 내성전달 실험을 실시하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 분리된 균주를 sero-group별로 보면 B group이 158주 $(55.2\%)$로 가장 많이 분리되었고, A group이 45주 $(15.7\%)$, D1 group이 43주 $(15\%)$, Cl, C2 group이 22주 $(7.7\%)$등의 순으로 분리되었다. serovar별 분리수는 Salmonella typhimurium이 92주$(32.2\%)$로 가장 많이 분리되었고, S. paratyphi-A 45주 $(15.7\%)$, S. enteritidis 41주$(14.3\%)$, S. paratyphi-B 27주 $(9.4\%)$ 등의 순으로 분리되었다. 분리균주의 월별 분포를 보면 9월 $(17.5\%)$, 5월$(16\%)$, 6월 $(14.7\%)$, 7월 $(10.5\%)$, 8월과 10월$(7.3\%)$등의 순으로 분리되었으며 5월에서 10월 사이에 $73.4\%$인 210주가 분리되었다. 분리균주의 지역별 분포는 강원$(29.7\%)$, 서울 $(27.6\%)$, 충남 $(14.3\%)$등으로 분리되었고, 성별 분포에서는 남성이 $41.6\%$로 여성$(28.6\%)$에서 보다 많이 분리되었으며, 연령별 분리분포는 1세에서 60세까지 고르게 나타났다. 2. 항균제 감수성 검사에서는 제1 이상의 항균제에 내성을 나타내는 균주가 85주$(29.7\%)$로 나타났다. 각 항균제별 내성균주는 tetracycline에서 80주 $(28\%)$가 내성을 보여 가장 많은 내성을 나타냈으며, streptomycin 65주 $(22.7\%)$, ampilcillin, carbenicillin 54주 $(18.8\%)$, chloramphenicol 51주$(17.8\%)$ kanamycin 7주 $(2.4\%)$, co-trimoxazole 2주$(0.7\%)$, tobramycin 1주$(0.3\%)$로 나타났다. 또한 1제내성균이 $8\%$, 2제 내성균이 $2.4\%$, 4제 내성균이 $1.8\%$, 5제 내성균이 $15.4\%$, 6제 내성균이 $1.8\%$, 7제 내성균이 $0.3\%$로 나타났으며, 그 중에서도 AmCbCmSmTc에 동시 내성인 균주가 $15\%$로 가장 많이 나타났다. Sero-group별 내성 양상은 B group에서 $26.2\%$로 가장 많았고, C2 group $(2.4\%)$, D1, E4 group$(0.3\%)$로 나타났다. 3. 접합에 의한 내성전달 결과 1제에서 7제까지 다양한 내성패턴에서 내성전달이 일어났으며, 내성전달은 전달성 R-plasmid에 의한 것이었다. 4. plasmid DNA분리 결과 내성균주 전체에서 한 개에서 네 개의 plasmid를 가지고 있었으며, 그 분자량은 1.6에서 70 megadalton 사이에 있었다. 같은 도에서 분리된 균주들중 내성패턴이 같은 균주들의 plasmid 패턴은 유사하였다. 접합에 의해 전달된 plasmid의 분자량은 42-57 megadalton이었다.

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이종 이식된 구강편평세포 암종에서 Paclitaxel ($Taxol^{(R)}$)의 항암 효과 (THE ANTICANCER EFFECT OF PACLITAXEL($Taxol^{(R)}$) IN ORAL SQUAMOUS CELL CARCINOMA XENOGRAFT)

  • 김기환;김철환;한세진;이재훈
    • Maxillofacial Plastic and Reconstructive Surgery
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    • 제28권2호
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    • pp.95-110
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    • 2006
  • The treatment for oral and maxillofacial carcinoma with chemotherapeutic agents is evaluated by many effective methods to reduce the tumor mass and cancer cell proliferation. However these chemotherapy have many serious side effects, such as bone marrow suppression, renal toxicity, G-I troubles. Therefore a possible approach to develop a clinically applicable chemotherapeutic agent is to screen anticancer activity of Taxol which is known to have very little side effect and have been used to breast cancer and ovarian carcinoma. Taxol is a new anti-microtubular anti-cancer agent extracted from the bark of the Pacific yew, Taxus brevifolia. Paclitaxel(Taxol) acts by promoting tubulin polymerization and over stabilizing microtubules agianst depolymerization. Despite the constant improvements of methods of the cancer treatment especially chemotherapy, the rate of cancer metastasis and recurrent are not decreased. Thus the investigation of new drug which have very little side effect and a possible clinically application continues to be a high priority. Considering that the Taxol have shown very effective chemotherapeutic agent with relatively low toxicity in many solid tumors, it deserves to evaluate its efficacy in oral squamous cell carcinoma. In this study, to investigate the in-vivo and in-vitro anti-cancer efficacy of Taxol in oral squamous cell carcinoma and lastly, the potency of Paclitaxel in the clinical application for oral cancer was evaluated. In vivo study, after HN22 cell line were xenografted in nude mice, the growth of tumor mass was observed, 3 mg/Kg taxol was injected intraperitoneally into nude mice containing tumor mass. The methods of these study were measurement of total volume of tumor mass, histopathologic study, immunohistochemical study, drug resistance assay, growth curve, MTT assay, flow cytometry, cDNA microarray in vivo and in vitro. The results were obtained as following. 1. The visual inspection of the experimental group showed that the volume of the tumor mass was slightly decreased but no significant difference with control group. 2. Ki-67 index was decreased at weeks 4 in experimental group. 3. Microscopic view of the xenografted tumor mass showed well differentiated squamous cell carcinoma and after Taxol injection, some necrotic tissue was seen weeks 4. 4. The growth curve of the tumor cells were decreased after 1day Taxol treatment. 5. According to the MTT assay, HN22 cell line showed relative drug resistancy above $5\;{\mu}g/ml$ concentrations of Taxol. 6. In drug resistance assay, the decrease of cell counts was seen relatively according to concentration. 7. In Flow cytometry, G2M phase cell arrests were seen in low concentration of the Taxol, while S phase cell arrests were seen in high concentration of the Taxol. 8. Using cDNA microarray technique, variable gene expression of ANGPTL4, TXNRD1, FAS, RRAGA, CTGF, CYCLINEA, P19, DUSP5, CEBPG, BTG1 were detacted in the oral squamous cell carcinoma cell after taxol treatment. In this study paclitaxel is effective against oral squamous cell carcinoma cell lines in vitro, but week effect was observed in vivo. So we need continuous study about anticancer effect of taxol in vivo in oral squamous cell carcinoma.

Identification and Sequence Analysis of RNA3 of a Resistance-Breaking Cucumber mosaic virus Isolate on Capsicum annuum

  • Lee Mi-Yeon;Lee Jang-Ha;Ahn Hong-Il;Yoon Ju-Yeon;Her Nam-Han;Choi Jang-Kyung;Choi Gug-Seon;Kim Do-Sun;Harn Chee-Hark;Ryu Ki-Hyun
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제22권3호
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    • pp.265-270
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    • 2006
  • Cultivated hot pepper crops showing severe mosaic symptom were found in Korea in 2004 and their causal agent was identified as Cucumber mosaic virus (CMV). These pepper crops was resistant to the virus in the filled, and they belonged to pathotype 0 (P0) resistant pepper. Resistance screening of selected pepper plants showed that a pepper isolate of CMV was the P0 resistance-breaking virus. This P0 resistance-breaking isolate of CMV, named as Ca-P1, was isolated from leaves of the virus-infected Capsicum annuum cv. Manidda that showed systemic severe mosaic symptom. Ca-P1-CMV could induce systemic mosaic symptoms on P0-susceptible (P0-S) and P0-resistant (P0-R) cultivars whereas an ordinary strain (Fny-CMV) could not infect P0-R. This result suggests that Ca-P1-CMV can overcome P0 resistant pepper cultivars. To analyze its genome sequence, the complete nucleotide sequence of RNA3 of Ca-P1-CMV was determined from the infectious full-length cDNA clone of the virus. RNA3 of Ca-P1-CMV consisted of 2,219 nucleotides. Overall sequence homology of RNA3-encoded two viral proteins (movement protein and coat protein) revealed high similarity (75.2-97.2%) with the known CMV strains. By sequence analysis with known representative strains of CMV, Ca-P1-CMV belongs to a typical member of CMV subgroup IB. The resistance and resistance-breaking mechanisms of pepper and counterpart CMV, respectively, remain to be investigated, which will enrich the genetic resources and accelerate CMV-resistant pepper breeding programs.

Molecular Genetic Identification of Yeast Strains Isolated from Egyptian Soils for Solubilization of Inorganic Phosphates and Growth Promotion of Corn Plants

  • Hesham, Abd El-Latif;Mohamed, Hashem M.
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제21권1호
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    • pp.55-61
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    • 2011
  • Forty yeast strains isolated from soils taken from different locations in Egypt were tested for their P-solubilizing activities on the basis of analyzing the clear zone around colonies growing on a tricalcium phosphate medium after incubation for 5 days at $25^{\circ}C$, denoted as the solubilization index (SI). Nine isolates that exhibited P-solubilization potential with an SI ranging from 1.19 to 2.76 were genetically characterized as five yeasts belonging to the genus Saccharomyces cerevisiae and four non-Saccharomyces, based on a PCR analysis of the ITS1-26S region amplied by SC1/SC2 species-specific primers. The highest P-solubilization efficiency was demonstrated by isolate PSY- 4, which was identified as Saccharomyces cerevisiae by a sequence analysis of the variable D1/D2 domain of the 26S rDNA. The effects of single and mixed inoculations with yeast PSY-4 and Bacillus polymyxa on the P-uptake and growth of corn were tested in a greenhouse experiment using different levels of a phosphorus chemical fertilizer (50, 100, and 200 kg/ha super phosphate 15.5% $P_2O_5$). The results showed that inoculating the corn with yeast PSY-4 or B. polymyxa caused significant increases in the shoot and root dry weights and P-uptake in the shoots and roots. The P-fertilization level also had a significant influence on the shoot and root dry weights and P-uptake in the shoots and roots when increasing the P-level from 50 up to 200 kg/ha. Dual inoculation with yeast strain PSY-4 and B. polymyxa at a P-fertilization level of 200 kg/ha gave higher values for the shoot and root dry weights and P-uptake in the shoots and roots, yet these increases were nonsignificant when compared with dual inoculation with yeast strain PSY-4 and B. polymyxa at a P-fertilization level of 100 kg/ha. The best increases were obtained from dual inoculation with yeast strain PSY-4 and B. polymyxa at a P-fertilization level of 100 kg/ha, which induced the following percentage increases in the shoot and root dry weights, and P-uptake in the shoots and roots; 16.22%, 46.92%, 10.09%, and 31.07%, respectively, when compared with the uninoculated control (fertilized with 100 kg/ha).

Rhizopus oryzae에 의한 백합 무름병 (Rhizopus Soft Rot on Lily Caused by Rhizopus oryzae in Korea)

  • 함수상;홍계완;김병련;한광섭;최택용;남윤규;유승헌
    • 식물병연구
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    • 제20권1호
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    • pp.50-53
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    • 2014
  • 2012년 태안백합시험장 포장에 재배중인 절화 백합에서 이상증상이 발생하였다. 처음 병징은 토양 지제부의 줄기가 물러지고 점차 위쪽으로 진전되면서 결국 잎을 포함한 식물체 전체 적가 빠르게 부패되었다. 병원균의 균사생육 적온은 $25^{\circ}C$이며 PDA상에 왕성하게 생장하였으며, 갈색의 균총과 검은색의 포자낭을 형성하였다. 포자낭경은 초기에 흰색에서 점차 회색으로 되었으며 포자낭을 균사 끝에 형성하였고, 폭은 $6-10{\mu}m$이었다. 포자낭은 처음에 흰색에서 나중에 검은색으로 되었고, 모양은 반구형으로 크기는 $87-116{\mu}m$이었다. 포자낭포자는 담갈색으로 단포이며, 구형 또는 타원형으로 대부분 불규칙하며, 크기는 $4-8{\mu}m$이었다. 이상과 같이 병원균의 균학적 특징, ITS 염기서열 분석, 병원성 검정 결과 본 병해는 Rhizopus oryzae에 의한 백합 무름병으로 명명할 것을 제안한다.

Bacillus subtilis NC1 유래 cellulase와 xylanase의 특성 규명 및 효소 유전자의 규명 (Characterization of Cellulase and Xylanase from Bacillus subtilis NC1 Isolated from Environmental Soil and Determination of Its Genes)

  • 박창수;강대욱;최낙식
    • 생명과학회지
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    • 제22권7호
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    • pp.912-919
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    • 2012
  • Carboxymethylcellulose (CM-cellulose)와 Beechwood xylan을 각각 기질로 사용하여 trypan blue를 첨가하여 제작한 Agar-LB 배지 상에서 명확한 활성환을 형성하는 균주를 cellulase와 xylanase 생산 균주로 단리하였다. 단리한 균주 유래의 16S rRNA 유전자 및 API 50 kit를 분석한 결과 Bacillus subtilis와 약 99.5%의 높은 상동성을 보였기에 본 균주를 Bacillus subtilis로 동정하여 B. subtilis NC1로 명명하였다. B. subtilis NC1 유래 cellulase와 xylanase는 CM-cellulose와 Beechwood xylan에 대하여 각각 높은 효소 활성을 보였으며, 두 효소 모두 pH 5.0과 $50^{\circ}C$의 조건하에서 가장 높은 효소 활성을 보였다. B. subtilis NC1 균주 유래 cellulase와 xylanase 유전자를 cloning하기 위하여 shot-gun cloning 방법을 이용하여 B. subtilis NC1 염색체 DNA로부터 효소 유전자를 cloning하여 유전자 배열을 규명한 결과 cellulase 유전자는 아미노산 499개를 암호화하는 1,500 bp의 open reading frame (ORF)으로 이루어져 있었으며, 아미노산 배열로부터 추정되는 분자량은 55,251 Da 이었다. 그리고, xylanase에 대한 유전자는 아미노산 422개를 암호화하는 1,269 bp의 ORF로 이루어져 있었으며 유전자 유래 아미노산 배열로부터 추정되는 단백질 분자량은 47,423 Da 이었다. 두 효소의 아미노산 배열을 이용하여 상동성을 검토한 결과 cellulase는 glycoside hydrolase family (GH) 5에 속하는 cellulase와 xylanase는 GH30에 속하는 xylanase와 높은 상동성을 나타내었다.

산성 Cellulase를 분비하는 Bacillus amyloliquefaciens ATC6의 분리 (Isolation of Bacillus amyloliquefaciens ATC6 Producing Acidic Cellulase)

  • 이세형;채종표;김민정;강대경
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제52권1호
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    • pp.65-70
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    • 2010
  • 사료곡물을 효율적으로 이용하기 위해, 산성 cellulase를 분비하는 ATC6 균주를 선발하였다. 선발된 ATC6 균주의 형태, 당 이용성 및 16S rDNA 서열분석 등을 통해 동정한 결과 Bacillus amyloliquefaciens에 속하는 것으로 나타났으므로, B. amyloliquefaciens ATC6로 명명하였다. B. amyloliquefaciens ATC6가 분비하는 cellulase 효소의 활성은 대수생장기 중반부터 급격히 증가하였고, 균의 생장이 정체기에 이르면 효소의 활성도 더 이상 증가하지 않는 것으로 나타났다. 효소의 최적 pH를 조사한 결과, pH 4.5에서 최대의 효소 활성을 나타내었으며, pH 4.0에서도 최고 활성의 80% 이상을 유지하였다. 또한 pH 4.0~pH 8.0까지 상대적으로 넓은 범위에서 최대 활성의 60% 이상을 유지하였다. Cellulase 활성의 최적 온도는 $55^{\circ}C$ 이었으며, $75^{\circ}C$의 고온에서도 최대 활성의 50% 정도의 활성을 나타내었다. 효소의 열 안정성을 조사한 결과, $45^{\circ}C$$55^{\circ}C$에서는 2시간 후에도 효소의 활성이 안정하게 유지되었으나, $65^{\circ}C$에서는 시간의 경과와 함께 효소 활성이 급격히 감소하는 것으로 나타났다.

Functional Properties of Human Muscarinic Receptors Hm1, Hm2 and Hm3 Expressed in a Baculovirus/Sf9 Cell System

  • Woo, Hyun-Ae;Woo, Yae-Bong;Bae, Seung-Jin;Kim, Hwa-Jung
    • Biomolecules & Therapeutics
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    • 제7권4호
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    • pp.307-314
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    • 1999
  • The human muscarinic acetylcholine receptor (mAChR) subtypes Hml, Hm2 and Hm3 have been expressed in insect cells (Spodoptera frugiperda, Sf9) using the baculovirus expression system. Expression of relevant DNA, transcript and receptor proteins was identified by PCR, Northern blotting and [$^{3}H$]QNB binding, respectively. As assessed by [$^{3}H$]QNB binding sites, yields of muscarinic receptors in membrane preparations in this study were as about 5-20 times high as those in mammalian cells reported in previous studies. The [$^{3}H$]QNB competition binding studies with well-known subtype-selective mAChR antagonists showed that the receptors expressed in Sf9 cells retain the pharmacological characteristics expected for the ml , m2 and m3 muscarinic receptors. The ml-selective antagonist, pirenzepine, displayed a considerably higher affinity for Hml by 110-fold and 35-fold than for Hm2 and Hm3, respectively, The m2-selective methoctramine displayed a significantly higher affinity for Hm2 than for Hml and Hm3 (10- and 26-fold, respectively). p-F-HHSiD exhibited high affinity for Hm3 that is not significantly different from those for Hml, but 66-fold higher than its affinity for Hm2. The functional coupling of the recombinant receptors to second messenger systems was also examined. While both Hml and Hm3 stimulated phosphoinositide hydrolysis upon activation by carba-chol, Hm2 produced no response. On the other hand, activation of mAChRs induced the inhibition of forsko-lin-stimulated cyclic AMP formation in Hm2-expressing cells, whereas the significant dose-dependent increase in or poor response on cyclic AMP formation were produced in Hml or Hm3-expressing cells, respectively. These results indicate the differential coupling of recombinant Hml, Hm2 and Hm3 receptors expressed in SF9 cells to intracellular signalling system.

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