• 환경생물
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• 제18권2호
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• pp.205-213
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• 2000

실험실에서 형질전환될 수 있는 세균들은 자연환경 조건에서도 형질전환 능력이 발달하는 것으로 알려져 있다. 따라서, 환경 내에서 형질전환 능력이 있는 세균의 존재는 확실한 것으로 여겨진다. DNA는 무기물에 부착된 상태에서는 핵산분해효소에 의한 분해로부터 보호되는 것으로 알려져 있다. 비록 DNA가 토양 속에 분산되어져 일정 비율로 가수분해되더라도, 수 주일 후에도 낮은 비율로 감지될 수 있다. 따라서 free DNA는 자연적 형질전환을 할 수 있을 만큼 충분히 지속될 수 있다. 실험실 조건에서는 세균의 형질전환이 여러 경우 보고되었지만, 자연상태에서 형질전환과 관련된 자료는 매우 적다. 생태학적으로 GMMs로부터 재조합 DNA가 토착 미생물에 전이될 수 있는 잠재력에 대한 문제가 주요 현안이 되었는데, 이는 전이된 DNA가 방출된 세균의 생태학적인 적응력을 변화시켜 생물학적 안전성의 문제를 야기할 수 있기 때문이다. 물론, 방출된 GMMs로부터 재조합 DNA가 토착 미생물에 전이되는 율은 아주 낮은 빈도로 일어나지만, 빈도가 낮다는 것은 그리 중요하지 않다. 왜냐하면, 비록 낮은 빈도로 전이되더라도 유리한 조건을 만나게 되면 전이된 유전자는 선택될 수 있기 때문이다. 이제까지 GMMs는 실험실이나 제한된 환경에서 주로 사용되었지만 앞으로는 개방된 자연 생태계에서 이루어질 전망이다. 그러므로 GMMs가 토착세균에 미치는 영향에 대해서도 연구되어야 하고 동시에 GMMs가 생태계에 방출될 경우 그에 따른 영향평가를 반드시 수행해야 한다.

• 한국해양바이오학회지
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• 제2권4호
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• pp.238-244
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• 2007

Nowadays many people are concerned about being healthy, and many dairy products are taken as health supplementary foods. Among dairy products, kefir, also called as Tibet mushroom, is a yogurt fermented by kefir grain, which is a mixture of lactic acid bacteria and yeasts. Although there are many empirical evidences that kefir is very influential for human body, the exact reason is not definitively discovered. Therefore, it would be useful to understand characteristics of a kefir grain and to categorize bacteria in a kefir grain. In this paper, molecular biological apparatus such as PCR, electrophoresis, PCR purification, DNA sequencing were used to identify and classify the species of lactic acid bacteria and yeast in a kefir grain. We used PCR-based identification method using 16S rRNA primer and Internal Transcribed Spacer (ITS) primer. We identified 6 different species which were selected on different medium. In addition, observation with scanning electron microscope (SEM) enabled us to grasp an external shape of the kefir grain. Although we found a limited number of microbial species, more intensive research are needed for extensive identification of microorganism species in Korean kefir grain.

• Molecules and Cells
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• 제27권5호
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• pp.515-523
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• 2009

To infer the monophyletic origin and phylogenetic relationships of the order Desmoscolecida, a unique and puzzling group of mainly free-living marine nematodes, we newly determined nearly complete 18S rDNA sequences for six marine desmoscolecid nematodes belonging to four genera (Desmoscolex, Greeffiella, Tricoma and Paratricoma). Based on the present data and those of 72 nematode species previously reported, the first molecular phylogenetic analysis focusing on Desmoscolecida was done by using neighbor joining (NJ), maximum parsimony (MP), maximum likelihood (ML) and Bayesian inference (BI) methods. All four resultant trees consistently and strongly supported that the family Desmoscolecidae forms a monophyletic group with very high node confidence values. The monophyletic clade of desmocolecid nematodes was placed as a sister group of the clade including some members of Monhysterida and Araeolaimida, Cyartonema elegans (Cyartonematidae) and Terschellingia Iongicaudata (Linhomoeidae) in all the analyses. However, the present phylogenetic trees do not show any direct attraction between the families Desmoscolecidae and Cyartonematidae. Within the monophyletic clade of the family Desmoscolecidae in all of the present phylogenetic trees, there were consistently observed two distinct subgroups which correspond to the subfamilies Desmoscolecinae [Greeffiella sp. + Desmoscolex sp.] and Tricominae [Paratricoma sp. + Tricoma sp].

• 한국균학회지
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• 제44권1호
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• pp.51-56
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• 2016

본 연구에서는 강원도의 설악산에서 주목(Taxus cuspidata Siebold & Zucc.)과 잣나무(Pinus koraiensis Siebold & Zucc.), 경기도 화악산에서 분비나무(Abies nephrolepis(Traut.) Maxim.), 경북 울릉도에서 주목 등의 침엽을 채취하여 내생균을 분리하였고, 분리된 균주의 형태학적 특징을 관찰하고, ITS rDNA와 LSU rDNA지역의 염기서열 분석하여 균을 동정하였다. 그 결과 Biscogniauxia maritime, Nemania diffusa, Pezicula carpinea, Phomopsis juglandina, Sydowia polyspora 등의 5종의 국내 미기록 내생균을 확인하였고, 이를 보고하고자 한다.

• 한국균학회지
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• 제40권3호
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• pp.174-176
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• 2012

본 연구에서는 아직까지 한국 진균 학술지에 보고되어 있지 않은 6종의 새로운 효모들의 형태학적, 생리학적 특성에 대하여 보고한다. 이들 효모들은 한국의 대전시에 서식하고 있는 야생화들로부터 분리해서 ITS-2 또는 18S rDNA 염기서열의 분자생물학적 분석 방법을 이용 동정하였다. 이들 6종의 새로운 국내 미기록 효모들은 Kuraishia capsulate, Lodderomyces elongisporus, Pseudozyma antarctica, Starmerella bombicola으로 분리되었다.

• 한국균학회지
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• 제28권2호
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• pp.112-117
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• 2000

야생에 서식하고 있는 번데기 및 성충에 감염된 기주의 자실체로부터 동충하초속균 3속 14균주를 분리하였고, RFLP에 의한 유전정보를 이용하여 ITS 영역에 대한 유연관계를 분석하였다. 수집된 각 균주의 rDNA ITS I과 II 부위를 primer ITS 1과 ITS 4를 사용하여 PCR에 의해 증폭한 결과 증폭된 산물은 500 bp크기로 잘 보존되어 종간 또는 속간 서로 구분되지 않았다. 따라서 증폭산물을 7종의 제한효소로 절단하여 밴드상을 관찰한 결과 수집된 Paecilomyces tenuipes 4균주와 Beauveria bassiana 2균주, JB3 균주를 제외한 Cordyceps militaris 6균주는 각각 동일 종으로 분류되었다. 한편 C. scarabaeicola 균주는 7종의 제한효소에서 모두 B. bassiana의 밴드와 일치하여 C. scarabaeicola의 불완전세대는 B. bassiana로 간주되었다. 제한 효소 중에 Paecilomyces속과 Cordyceps 속간 구분에 용이한 제한효소는 CfoI, HpaII이었으며, 그중 CfoI는 Paecilomyces, Cordyceps, Beauveria속간 구분에 용이하였다. UPGMA 분석결과 P. tenuipes, C. militaris, C. scarabaeicola와 B. bassiana, JB4 균주 등 4개의 군으로 그룹화되었으며, 그룹간에는 100% 유의수준을 나타냈다. 따라서 rDNA-RFLP 분석에서 속간 유연관계는 적었으나 종간 유연관계는 가까운 결과를 얻었다.

• ALGAE
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• 제37권4호
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• pp.281-291
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• 2022

Quantifying the abundance of Chattonella species is necessary to effectively manage the threats from ichthyotoxic raphidophytes, which can cause large-scale mortality of aquacultured fish in temperate waters. The identification and cell counting of Chattonella species have been conducted primarily on living cells without fixation by light microscopy because routine fixatives do not retain their morphological features. Species belonging to the Chattonella marina complex, including C. marina and C. marina var. ovata, had high genetic similarities and the lack of clear morphological delimitations between the species. To estimate the abundance of C. marina complex in marine plankton samples, we developed a protocol based on the droplet digital polymerase chain reaction (ddPCR) assay, with C. marina complex-specific primers targeting the internal transcribed spacer (ITS) region of the rDNA. Cell abundance of the C. marina complex can be determined using the ITS copy number per cell, ranging from 25 ± 1 for C. marina to 112 ± 7 for C. marina var. ovata. There were no significant differences in ITS copies estimated by the ddPCR assay between environmental DNA samples from various localities spiked with the same number of cells of culture strains. This approach can be employed to improve the monitoring efficiency of various marine protists and to support the implementation of management for harmful algal blooms, which are difficult to analyze using microscopy alone.

• Molecules and Cells
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• 제38권8호
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• pp.697-704
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• 2015

Deleted in breast cancer-1 (DBC1) contributes to the regulation of cell survival and apoptosis. Recent studies demonstrated that DBC is phosphorylated at Thr454 by ATM/ATR kinases in response to DNA damage, which is a critical event for p53 activation and apoptosis. However, how DBC1 phosphorylation is regulated has not been studied. Here we show that protein phosphatase 4 (PP4) dephosphorylates DBC1, regulating its role in DNA damage response. PP4R2, a regulatory subunit of PP4, mediates the interaction between DBC1 and PP4C, a catalytic subunit. PP4C efficiently dephosphorylates pThr454 on DBC1 in vitro, and the depletion of PP4C/PP4R2 in cells alters the kinetics of DBC1 phosphorylation and p53 activation, and increases apoptosis in response to DNA damage, which are compatible with the expression of the phosphomimetic DBC-1 mutant (T454E). These suggest that the PP4-mediated dephosphorylation of DBC1 is necessary for efficient damage responses in cells.

• 한국균학회지
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• 제49권1호
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• pp.81-86
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• 2021

전남 여수 금오산의 청미래덩굴 잎과 경남 통영 한산도의 삼나무 침엽을 표면살균하여 내생균을 분리하였다. 분리된 균주는 internal transcribed spacer (ITS), large subunit rDNA (LSU), translation elongation factor 1-α DNA (TEF)의 염기서열을 이용한 계통분석 및 형태적 특성을 이용하여 동정하였다. 본 연구에서 Phyllosticta 속에 속하는 두 종의 국내 미기록종 내생균이 확인되었으며, 확인된 종은 Phyllosticta ericaum과 Phyllosticta philoprina이다. 두 종의 내생균 균주에 대해 형태적 특성 및 계통분석의 결과를 보고하고자 한다.

• 한국균학회지
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• 제51권3호
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• pp.155-165
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• 2023

In this study, we isolated several fungal strains from filtered water and sediment collected from rivers and streams. The strains were identified by molecular phylogenetic analyses of rDNA sequences (internal transcribed spacer [ITS], large subunit of ribosomal DNA [LSU]). The morphological characteristics of the fungi were investigated using microscopy, and the culture characteristics of fungi grown on several media were examined. We identified four species previously unknown in South Korea, namely, Dissophora globulifera, Linnemannia exigua, Mortierella rishikesha and Umbelopsis autotrophica.