• 생물정신의학
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• 제13권4호
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• pp.279-288
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• 2006

목 적: 정신분열병 환자의 안구추적운동 이상은 유력한 생물학적인 지표이나 유전자적인 원인에 대한 연구가 활발히 진행되지 못하였다. 최근 여러 연구들에서 dystrobrevin binding protein 1(DTNBP1, dysbindin)이 정신분열병의 원인 유전자의 후보 유전자로서 시사되었으나 정신분열병 환자의 안구운동 이상의 원인으로 작용할 것인지에 대한 연구는 거의 없었다. 본 연구의 목적은 DTNBP1 유전자상에 존재한 비교적 인접한 두개의 단염기 다형성들인 SNP A와 P1763이 정신분열병 환자의 안구추적운동 이상의 유전자적인 원인으로 작용할 것인지를 알아보고자 시행되었다. 방 법: 대상군은 217명의 입원한 만성 정신분열병 환자들이며 안구운동(SPEM)을 측정하였고, 신호/잡음의 자연대수 값(Ln S/N ratio)을 구하여 안구운동이 우수한 군과 열등한 군으로 구분하였다. 이후 대상군의 혈액에서 추출한 DNA로부터 DTNBP1 유전자상의 단 염기 다형성들인 SNP A와 P1763를 분석하여 유전자형과 대립인자형을 알아낸 후, 안구운동 이상 유무에 따른 두 군사이의 분포의 차이를 조사하였다. 결 과: 정신분열병 환자들 중 안구운동이 우수한 군의 신호/잡음의 자연대수 값(Ln S/N ratio)의 평균과 표준편차는 $4.39{\pm}0.33$이었고, 안구운동이 열등한 군의 신호/잡음의 자연 대수 값(Ln S/N ratio)의 평균과 표준편차는 $3.17{\pm}0.71$이었다. 두 군 사이에 나이나 성별비율의 차이는 통계적으로 의미가 없었다. SNP A와 P1763의 유전자형과 대립인자형의 분포의 차이는 안구운동 이상 유무에 따라 구분한 두군 사이에 나타나지 않았다. 결 론: DTNBP1 유전자상에 존재한 SNP A와 P1763은 정신분열병 환자의 안구추적운동 이상의 유전자적인 원인으로 작용한다는 증거를 얻지 못하였다.

• Genomics & Informatics
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• 제14권2호
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• pp.62-68
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• 2016

Osteoporosis is a medical condition of global concern, with increasing incidence in both sexes. Bone mineral density (BMD), a highly heritable trait, has been proven a useful diagnostic factor in predicting fracture. Because medical information is lacking about male osteoporotic genetics, we conducted a genome-wide association study of BMD in Korean men. With 1,176 participants, we analyzed 4,414,664 single nucleotide polymorphisms (SNPs) after genomic imputation, and identified five SNPs and three loci correlated with bone density and strength. Multivariate linear regression models were applied to adjust for age and body mass index interference. Rs17124500 ($p=6.42{\times}10^{-7}$), rs34594869 ($p=6.53{\times}10^{-7}$) and rs17124504 ($p=6.53{\times}10^{-7}$) in 14q31.3 and rs140155614 ($p=8.64{\times}10^{-7}$) in 15q25.1 were significantly associated with lumbar spine BMD (LS-BMD), while rs111822233 ($p=6.35{\times}10^{-7}$) was linked with the femur total BMD (FT-BMD). Additionally, we analyzed the relationship between BMD and five genes previously identified in Korean men. Rs61382873 (p = 0.0009) in LRP5, rs9567003 (p = 0.0033) in TNFSF11 and rs9935828 (p = 0.0248) in FOXL1 were observed for LS-BMD. Furthermore, rs33997547 (p = 0.0057) in ZBTB and rs1664496 (p = 0.0012) in MEF2C were found to influence FT-BMD and rs61769193 (p = 0.0114) in ZBTB to influence femur neck BMD. We identified five SNPs and three genomic regions, associated with BMD. The significance of our results lies in the discovery of new loci, while also affirming a previously significant locus, as potential osteoporotic factors in the Korean male population.

• 생물정신의학
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• 제21권3호
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• pp.99-106
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• 2014

Objectives Previous studies suggest that the cannabinoid receptor 1 (CNR1) gene could be an important candidate gene for schizophrenia. According to linkage studies, this gene is located on chromosome 6q14-q15, which is known to harbor the schizophrenia susceptibility locus (locus 5, SCZ5, OMIM 803175). The pharmacological agent delta-9-tetrahydrocannabinol (${\Delta}$-9-THC) seems to elicit the symptoms of schizophrenia. The association between CNR1 polymorphisms and schizophrenia is actively being investigated, and some studies have linked the AAT-trinucleotide repeats in CNR1 to the onset of schizophrenia. In this study, we have investigated the association between the AAT-trinucleotide repeats in CNR1 and schizophrenia by studying schizophrenia patients and healthy individuals from Korea. Methods DNA was extracted from the blood samples of 394 control subjects and 337 patients diagnosed with schizophrenia (as per the Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders, fourth edition criteria). After polymerase chain reaction amplification, a logistic regression analysis, with age and gender as the covariates, was performed to study the variations in the AAT-repeat polymorphisms between the two groups. Results In total, 8 types of trinucleotide repeats were identified, each containing 7, 8, 10, 11, 12, 13, 14, and 15 repeats, respectively. $(AAT)_{13}$ allele was most frequently observed, with a frequency of 33.6% and 31.6% in the patient and control groups, respectively. The frequency of the other repeat alleles in the patient group (in the decreasing order) was as follows : $(AAT)_{13}$ 33.6%, $(AAT)_{14}$ 21.6%, $(AAT)_{12}$ 18.5%, and $(AAT)_{7}$ 11.1%. The frequency of the repeat alleles in the control group (in the decreasing order) was as follows : $(AAT)_{13}$ 31.6%, $(AAT)_{14}$ 24.5%, $(AAT)_{12}$ 17.2%, and $(AAT)_{7}$ 11.6%. However, there were no significant differences in the AAT-repeat polymorphisms of the CNR1 gene between the patient group and the control group. Conclusions Although our study revealed no significant association of the AAT-repeat polymorphism of the CNR1 gene with schizophrenia, it will serve as a good reference for future studies designed to examine the cannabinoid hypothesis of schizophrenia.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제61권3호
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• pp.248-255
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• 2006

연구배경: 약 75% 의 비소세포 폐암에서 loss of heterozygosity (LOH)를 보이는 11p15.5 에 위치한 ribonucleotide reductase M1 subunit gene(RRM1) 유전자는 ras transformed fibroblast를 이용한 실험에서 암세포의 전이능력을 감소시키는 것으로 보고되어 있어서 암억제 유전자로서의 가능성이 높다. RRM1의 promoter 부위인 exon 1 시작에서 (-)37과 (-)524번째 염기에 A/C 그리고 C/T 다형성이 발견되었는데 이 다형성의 양상에 따라 RRM1 유전자의 발현 정도가 조절될 수 있어서 폐암 발생의 위험도가 다를 수 있다. 대상 및 방법: 전남대학교 병원에 내원한 폐암환자들과 비폐암 대조군 환자 127예와 미국인 폐암 환자 140예의 말초혈액 백혈구로부터 얻은 DNA를 이용하여 미국인과 한국인에서의 유전자 다형성의 분포 및 임상적 의의를 조사하였다. 결 과: RRM1 유전자의 Exon 1 으로 부터 (-)37 염기에서 A/C 유전자 다형성은 127예 중 CC가 64예(50.4%), AC는 55예(43.3%), 그리고 AA는 8예(6.3%)에서 발견되었다. Allele A의 빈도는 미국인들의 27.9%에 비하여 한국인에서 28.0%로 차이가 없었고, 폐암군과 비폐암군 간에도 유의한 차이는 관찰되지 않았다. RRM1 유전자의 (-)524 염기에서 C 또는 T 유전자 다형성의 양상은 CC가 24예(18.9%), CT는 44예(34.6%), 그리고 TT는 59예(46.5%)에서 발견되었다. Allele C의 빈도는 36.2%로써 미국인의 34.6%와 차이가 없었고, 폐암군과 비폐암군 간에도 차이는 관찰되지 않았다. RRM1 유전자의 (-)37 염기는 인종에 관계없이 70% 이상에서 C 이었고, (-)524 염기는 65% 정도에서 T를 보이고 있었다. 또한 (-)37과 (-)524 염기는 서로 밀접한 상관관계를 보이고 있었다. 즉 (-)37염기가 모두 C 인 경우 (-)524 염기도 모두 T인 빈도가 높았고, (-)37 염기가 한 개라도 A를 가지고 있는 경우 (-)524 염기도 C를 가지고 있는 빈도가 높았다 (p<0.001). 결 론: RRM1 유전자의 발현을 조절하는 promoter 부위의 두 개의 유전자 다형성의 빈도는 인종 간에 그리고 폐암군과 비폐암군 간에 차이가 없어서 폐암 발생의 위험인자는 아니었다. 그러나 두 유전자 다형성이 서로 특정 조합을 보임으로 그 조합 양상에 따른 promoter 활성도에 대한 연구가 뒤따라야 할 것이다.

• Journal of Pharmaceutical Investigation
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• 제39권6호
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• pp.411-416
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• 2009

The aim of this study was to investigate the frequency of the SNPs on PEPT1 exon 5 and 16 and to analyze haplotype frequency on PEPT1 exon 5 and 16 in Korean population. A total of 519 healthy subjects was genotyped for PEPT1, using pyrosequencing analysis and polymerase chain reaction-based diagnostic tests. Haplotype was statistically inferred using an algorithm based on the expectation-maximization (EM). PEPT1 exon 5 G381A genotyping revealed that the frequency for homozygous wild-type (G/G), heterozygous (G/A) and homozygous mutant-type (A/A) was 30.4, 53.4 and 16.2%, respectively. PEPT1 exon 16 G1287C genotyping revealed that the frequency for homozygous G/G, heterozygous G/C and homozygous C/C type was 88.8, 10.0 and 1.2%, respectively. Based on these genotype data, haplotype analysis between PEPT1 exon 5 G381A and exon 16 G1287C using HapAnalyzer and PL-EM has proceeded. The result has revealed that linkage disequilibrium between alleles is not obvious (|D'|=0.3667).

• Plant Breeding and Biotechnology
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• 제6권4호
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• pp.391-403
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• 2018

Genome resequencing by next-generation sequencing technology can reveal numerous single nucleotide polymorphisms (SNPs) within a closely-related cultivar group, which would enable the development of sufficient SNP markers for mapping and the identification of useful genes present in the cultivar group. We analyzed genome sequence data from 13 Korean japonica rice varieties and discovered 740,566 SNPs. The SNPs were distributed at 100-kbp intervals throughout the rice genome, although the SNP density was uneven among the chromosomes. Of the 740,566 SNPs, 1,014 SNP sites were selected on the basis of polymorphism information content (PIC) value higher than 0.4 per 200-kbp interval, and 506 of these SNPs were converted to Kompetitive Allele-Specific PCR (KASP) markers. The 506 KASP markers were tested for genotyping with the 13 sequenced Korean japonica rice varieties, and polymorphisms were detected in 400 KASP markers (79.1%) which would be suitable for genetic analysis and molecular breeding. Additionally, a genetic map comprising 205 KASP markers was successfully constructed with 188 $F_2$ progenies derived from a cross between the varieties, Junam and Nampyeong. In a phylogenetic analysis with 81 KASP markers, 13 Korean japonica varieties showed close genetic relationships and were divided into three groups. More KASP markers are being developed and these markers will be utilized in gene mapping, quantitative trait locus (QTL) analysis, marker-assisted selection and other strategies relevant to crop improvement.

• Journal of Pharmaceutical Investigation
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• 제39권5호
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• pp.345-351
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• 2009

Organic cation transporters (OCTs) are important for absorption, elimination of many endogenous small organic cations as well as a wide array of drugs and environmental toxins. This gene is located in a cluster on chromosome 6 and OCTs are in major organs such as intestine, liver, kidney, brain and placenta. Therefore, expression levels and function of OCTs directly affect plasma levels and intracellular concentrations of drugs and thereby determine therapeutic response. The aim of this study was to investigate the frequency of the SNPs on OCT1 (C181T and C1022T) and OCT2 (G808T) to analyze haplotype frequency in healthy Korean population. Human subjects have been genotyped for OCT1 (C181T for 195 subjects and C1022T for 825 subjects), using polymerase chain reaction-based diagnostic tests (RFLP). And for OCT2 (G808T), a total of 861 subjects have been genotyped, using pyrosequencing method. Haplotype was statistically inferred using an algorithm based on the expectation-maximization (EM). OCT1 C181T genotyping showed 100% homozygous wild-type (C/C). OCT1 C1022T genotyping showed wild-type (C/C), heterozygous (C/T) and homozygous mutant-type (T/T) and each accounted for 72.1, 24.5 and 3.4%, respectively. OCT2 G808T genotyping results also showed homozygous wild-type (G/G), heterozygous (G/T) and homozygous mutant-type (T/T) and each took 81.8, 17.9 and 0.3%, respectively. Based on these genotype data, haplotype analysis between OCT1 C181T and OCT1 C1022T has proceeded. The result has revealed that linkage disequilibrium between alleles is not obvious (P=0.0122).

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제50권4호
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• pp.473-483
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• 2001

연구배경 : 항결핵제에 의한 치료실패의 원인으로 약제내성균, 환자의 규칙적인 약제 복용, 감염 결핵균 종의 차이, 환자의 면역상태 등이 복합적으로 작용한다. 이에 저자들은 흉부 및 경부결핵환자들은 대상으로 항결핵제에 의한 다각적인 치료실패 원인을 분석하고자 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 폐결핵환자 204명과 경부결핵환자 53명을 대상으로, 객담, 경부임파선 및 혈액을 채취하여 결핵균을 배양하고 변역상태를 측정하였다. 인형결핵균과 비인형결핵균의 감별, RFLP 양상 분석 및 항결핵제 감수성검사 등을 시행하였고, IL-$1{\beta}$, IL-12, $IFN{\gamma}$ 및 $TNF{\alpha}$ 등의 혈중 농도를 측정하였다. 항결핵제 치료 후 18개월까지 정기적인 경과관찰을 시행하여 완치 유무를 결정하였다. 결 과 : 결핵균의 RFLP에 따른 결핵의 난치성 여부는 관찰할 수 없었다. 총 204례의 환자들 중 31.9%(65 례)가 난치성으로 판정되었으며 난치군은 평균연령이 비교적 높고, 남자 및 재발 예가 많았다. 65례의 난치원인을 모두 추정할 수 있었으며, 혈중 IL-12 농도저하(59.4%), 다제내성균 (54.7% ), 불규칙한 항결핵제복용(15.4%), 비인형 결핵균(6.2%) 및 중감염 (4.6%) 등의 원인을 관찰할 수 있었다. 완치군과 난치군의 혈중 IL-12의 평균 농도는 $227.6{\pm}78.2$ 및 $148.9{\pm}79.7\;pg/mL$로서 난치군이 유의(p<0.01)하게 낮았다. IL-12는 165.0 pg/mL에서 최대민감도 64.7% 및 최대특이도 75.4%를 나타내였다. 53명의 임파성 결핵환자들은 대부분 완치되어 난치원인을 분석할 수 없었다. 결 론 : 결핵의 난치원인 분석에서 혈중 IL-12 농도 저하 및 약제 내성균에 의한 감염이 가장 주요한 원인으로 간주되었고, 그 외 불규칙한 약복용, 비인형 결핵균에 의한 감염 및 중감염 등의 순으로 나타났다. 한편 국내에서는 균주군에 의한 감염이 빈번하였으나 균주군 및 비균주군에 의한 약제 내성율 차이는 관찰할 수 없었다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제52권11호
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• pp.1260-1266
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• 2009

목 적 : 특발성 신증후군은 소아의 가장 흔한 일차성 사구체 질환 중의 하나이다. 신증후군은 초기 경구 스테로이드 치료에 대한 반응에 따라서 임상적으로 스테로이드 반응성 신증후군과 스테로이드 저항성 신증후군으로 분류될 수 있다. 그러나 현재까지 신증후군에서 스테로이드의 정확한 작용 기전은 알려져 있지 않다. 신증후군 환자를 대상으로 여러 가지 유전자 다형성을 분석함으로써 스테로이드 치료에 대한 반응의 차이를 설명하려는 여러 시도들이 있어왔다. 방 법 : 본 연구에서는 190명의 신증후군 환자를 대상으로 NR3C1 유전자 다형성(ER22/23EK, N363S, BclI)을 확인하여 유전형과 임상-병리 양상의 연관성에 대해서 분석하였다. 결 과 : 신증후군 환자의 평균 연령은 4.95세였고 남아가 134명이었다. 11명의 환자는 신증후군의 가족력이 있었다. 그러나 이 환자들을 대상으로 NPHS2, WT1, ACTN4, TRPC6 유전자 분석을 시행한 결과 이상 소견은 발견되지 않았다. 80명의 환자(42.1%)는 초기 스테로이드 저항성이었고 그 중 31명의 환자는 말기 신질환으로 진행하였다. 신장 조직 검사는 113명의 환자를 대상으로 시행되었고 그 중 36명의 환자(31.9%)는 미세변화 신증후군이었고 77명의 환자(68.1%)는 초점성 분절성 사구체 경화증이었다. BclI 유전형을 비교하였을 때 G allele 빈도는 환자군과 대조군에서 차이가 없었다. ER22/23EK과 N363S 유전형은 각각 ER/ER과 NN으로 환자군과 대조군에서 동일한 양상을 보였다. BclI 유전형은 신증후군의 발병 나이, 초기 스테로이드 반응 여부, 신장의 병리학적 소견, 말기 신질환으로의 진행여부와 연관성을 보이지 않았다. 결 론 : 한국 신증후군 환아를 대상으로 한 이 연구 결과는 NR3C1 유전자의 ER22/23EK, N363S 및 BclI 유전자 다형성이 신증후군의 발병, 초기 스테로이드 치료에 대한 반응, 신장의 조직학적 소견 및 신 기능의 저하에 영향을 미치지 않음을 보여준다.

• Journal of Veterinary Science
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• 제22권5호
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• pp.63.1-63.14
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• 2021

Background: Recently, mesenchymal stem cells therapy has been performed in dogs, although the outcome is not always favorable. Objectives: To investigate the therapeutic efficacy of mesenchymal stem cells (MSCs) using dog leukocyte antigen (DLA) matching between the donor and recipient in vitro. Methods: Canine adipose-derived MSCs (cA-MSCs) isolated from the subcutaneous tissue of Dog 1 underwent characterization. For major DLA genotyping (DQA1, DQB1, and DRB1), peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from two dogs (Dogs 1 and 2) were analyzed by direct sequencing of polymerase chain reaction (PCR) products. The cA-MSCs were co-cultured at a 1:10 ratio with activated PBMCs (DLA matching or mismatching) for 3 days and analyzed for immunosuppressive (IDO, PTGS2, and PTGES), inflammatory (IL6 and IL10), and apoptotic genes (CASP8, BAX, TP53, and BCL2) by quantitative real-time reverse transcriptase-PCR. Results: cA-MSCs were expressed cell surface markers such as CD90⁺/44⁺/29⁺/45^- and differentiated into osteocytes, chondrocytes, and adipocytes in vitro. According to the Immuno Polymorphism Database, DLA genotyping comparisons of Dogs 1 and 2 revealed complete differences in genes DQA1, DQB1, and DRB1. In the co-culturing of cA-MSCs and PBMCs, DLA mismatch between the two cell types induced a significant increase in the expression of immunosuppressive (IDO/PTGS2) and apoptotic (CASP8/BAX) genes. Conclusions: The administration of cA-MSCs matching the recipient DLA type can alleviate the need to regulate excessive immunosuppressive responses associated with genes, such as IDO and PTGES. Furthermore, easy and reliable DLA genotyping technology is required because of the high degree of genetic polymorphisms of DQA1, DQB1, and DRB1 and the low readability of DLA 88.