• 원예과학기술지
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• 제32권2호
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• pp.235-240
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• 2014

Cucumber mosaic virus (CMV) is one of the most important viral diseases in pepper (Capsicum annuum L.), and several genes for resistance were reported in Capsicum spp. In Korea, a single dominant gene that is resistant to $CMV_{Fny}$ and $CMV_{P0}$ has been used for breeding. Recently, a new strain ($CMV_{P1}$) was reported that could infect cultivars resistant to both $CMV_{Fny}$ and $CMV_{P0}$. Therefore, breeding of more robust CMV-resistant cultivars is required. In this study, we surveyed the inheritance of $CMV_{P1}$ resistance and analyzed the location of the resistance loci. After $CMV_{P1}$ inoculation of various germplasms and breeding lines, one accession (ICPN18-8) showed no visual symptoms at 15 dpi (days post inoculation) but was susceptible after 45 dpi, and one resistant line (I7339) showed resistance until at 45 dpi. The latter line was used for tests of resistance inheritance. A total of 189 $F_2$ plants were examined, with 42 individuals showing resistance at 15 dpi and a phenotype segregation ratio close to 1:3 (resistant:susceptible plants). In a lateral ELISA test at 45 dpi, 11 plants showed resistance, and the segregation ratio was changed to 1:15. These results indicate that resistance in C. annuum 'I7339' is controlled by two different recessive genes; we named these resistance genes 'cmr3E' and 'cmr3L,' respectively. To locate these two resistant loci in the pepper linkage map, various RAPD, SSR, and STS markers were screened; only nine markers were grouped into one linkage group (LG). Only one RAPD primer (OPAT16) was distantly linked with cmr3E (22.3 cM) and cmr3L (20.7 cM). To develop more accurate markers for marker-assisted breeding, enriching for molecular markers spanning two loci will be required.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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• pp.99-99
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• 2017

Chili pepper (Capsicum annum) is origin of subtropical region, and has been spread all over the world. It is increasing the production and consumption in recent year. Chili peppers are readily incorporated into local South Asian cuisines perhaps because people are already familiar with pungent and spicy flavors. Chili peppers, despite their fiery "hotness", are one of very popular spices known for their medicinal and health benefiting properties. Especially in South East Asia, they grow up so many cultivars of them recently, so it is so important crop world wide. In South East Asia, there are some articles about chili pepper in Thailand and Indonesia, but in Vietnam there is not so much information about chili pepper. In this paper, we analyzed genetic diversity in Vietnamese Chili pepper through the survey of local chili pepper. As a result, we got 38 kinds of chili fruits, 26 kinds of leaves and some information from farmers all in Vietnam. And I made the phylogenetic tree by SSR with 10 DNA markers. Finally we found the genetic similarities by regions.

• 한국작물학회지
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• 제51권3호
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• pp.239-247
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• 2006

우리나라에서 자생하는 야생콩(Glycine soja) 81점과 재래종 콩(G. max) 130점에 대해 7개의 SSR 마커의 다형성을 통해 두 종간의 변이를 조사하고 지리적 유연관계를 분석한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 전체 두종에서 총 144 개의 대립인자(평균 20.6개)를 확인하였고, 각 유전자좌별 복수 대립인자수는 $13{\sim}41$개로 나타났다. 각 종별 대립인자수로 야생콩은 총 117개의 대립인자수(평균 16.7개)를 나타냈으며 재래종 콩은 총 69개의 대립인자(평균 9.9개)를 나타냈고, 두종간에 서로 공유된 대립인자수는 총 42개였다. 2. 전체 두종에 대한 유전자좌별 유전자 다양성 값 범위는 0.69(Satt141)${\sim}0.96$(Sat_074)이었다. 또한 전체 다양성 값은 0.81을 나타냈고 야생콩은 0.88, 재래종 콩은 0.69였다. 3. 야생콩과 재래종 콩의 유전적 변이에서 SSR 분석에 의한 정준판별분석 결과, Canl(84.2%)에 의해 좌측은 G. soja(I군), 우측은 G. max(II군) 그리고 두 종이 서로 중복되는 군(III군)으로 구분되었으며, 유전적 기저가 넓은 야생콩이 재래종에 비해 변이가 크게 나타났다. 4. 야생콩의 지리적 유연관계는 2개의 군으로 구분되었는데 I군은 강원, 경상, 전라, 충청도 지역이, II군에는 경기도 지역이 독립된 군을 형성하였으며, I군내에서는 강원도와 경상도 지역이, 그리고 전라도와 충청도 지역이 각각 같은 군을 형성하였다. 재래종 콩도 2개의 군으로 구분되었는데 I군에는 강원도, 경기도, 경상도 지역이, II군에는 전라도, 충청도 지역이 포함되었다. 또한, I군내에서는 경상도 지역이 독립된 군을 형성하였으며, 강원도와 경기도 지역이 강한 유연관계를 나타냈다.

• 한국육종학회지
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• 제42권5호
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• pp.525-533
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• 2010

본 연구는 사과 품종의 유전적 다양성을 분석하여 육종의 기초 자료로 활용하기 위하여 최근에 국내에서 육성된 품종 및 도입품종을 포함한 34품종을 대상으로 RAPD와 SSR 분석을 수행하였다. RAPD분석에서 총 37종의 선발된 임의 primer를 분석하여 193개의 다형성 밴드(36.2%)를 얻었으며, 평균 다형성 밴드 수는 5.6개였다. SSR 마커 26종을 이용하여 분석한 결과 총 112개의 대립인자가 확인되었고, 마커 당 대립인자 수는 평균 4.3개였다. 유전적 다양성(PIC 값)은 평균 0.843이었고 범위는 0.536(CH03d12)-0.952(CH04c06)였다. RAPD와 SSR분석에서 획득된 305개의 다형성 밴드를 이용하여 UPGMA(비가중 평균결합) 방식으로 유사도 및 집괴분석을 수행한 결과 유전적 유사도 0.640를 기준으로 4개의 그룹으로 분류되었다. 제1그룹에는 '서광'이 단독으로 분류되었고, 제2그룹에는 12품종이 속하였는데 'Spur Earliblaze'와 'Jonathan'을 제외하고 대부분 'Golden delicious'를 교배친으로 이용하여 육성된 품종이 분포하는 것으로 나타났다. 제3그룹에는 'Fuji'와 'Fuji'를 교배친으로 이용되여 선발된 품종 및 그의 아조변이 품종 등 13개 품종이 속하였고 제4그룹에는 '홍로', '감홍', '새나라' 등 8품종이 포함되었다. 품종간 유전적 유사도는 0.529-0.987의 범위로 평균 유전적 유사도는 0.647이었다. 가장 높은 유사도 값(0.987)을 나타낸 품종은 '화랑'과 '단홍' 품종 간이었고 가장 낮은 유사도 지수(0.529)를 나타낸 품종은 '서광'과 '화랑' 품종 간이었다. 본 실험을 통해 사과 34품종 간의 유연관계는 알려진 pedigree와 일치하는 것을 알 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제14권5호
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• pp.821-828
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• 2004

엽면적과 엽장 및 엽폭은 식물의 광합성 효율과 관련이 있다. 단위 엽면적당 광합성율을 증가는 콩에서 종실 수량을 증가시킨다 따라서 본 연구는 큰올콩과 신팔달콩 및 익산10호를 각각 교배하여 얻은 두 집단이 잎의 엽장과 엽폭 및 장폭비를 확인할 수 있는 SSR 마커를 선발하기 위하여 실시하였다. 잎의 장폭비는 두 집단에서 엽폭과 유의적인 부의 상관을 보였다. 엽장은 큰올콩/신팔달롱 조합에서 연관군 DIb+W와 L에서 두개의 작은 양적 형 질 유전자좌 (QTL)를 탐색하였으며, 큰올콩/익산10호 조합에서는 연관군 1와 L에서 두개 의 양적 형 질 유전자좌가 관련하였다. 엽폭은 큰올콩/신팔달콩 조합에서 2개, 큰올콩/익산10호 조합에서 3개의 양적형질 유전자좌가 관련하였으며 이들은 각각 전체 형질 변이의 13% 및 18.04%를 설명할 수 있었다. 장폭비는 큰올콩/신팔달콩 조합에서 연관군 I와 L에서 2개, 큰올콩/익산10호 조합에서 연관군 Cl과 E 및 L에서 3개의 양적형질 유전자좌가 관련하였다.

• 한국산림과학회지
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• 제96권6호
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• pp.667-675
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• 2007

I-SSR 표지자를 이용하여 영월지역의 줄댕강나무 2개 집단의 유전적 다양성과 공간구조가 조사되었다. 줄댕강나무는 분포가 제한되어있고 집단크기가 작음에도 불구하고 개체 수준에서 추정된 유전변이는 다른 관목류와 유사한 수준으로 판단되었다.(S.I.=0.336, h=0.217). Genet 수준에서 조사된 유전다양성 역시 개체 수준의 값과 큰 차이가 없었다(S.l.=0.339, h=0.219). 전체 유전변이의 약 18.7%가 집단 간 차이로 나타나, 다른 관목류에 비해 다소 높거나 비슷한 수준이었다. $N_G/N$ 값과 Simpson's index로 추정된 유전자형 다양성 역시 다른 관목류에 비해 높았다($N_G/N=0.729$. $D_G=0.988$). 한 genet의 최대직경은 5.5 m로 비교적 작게 나타났다. 높은 수준의 유전자 및 유전자형 다양성과 genet의 작은 직경 크기는, 무성번식이 줄댕강나무 집단의 유전적 구성에 차지하는 비중이 그렇게 크지 않음을 보여주었다. 개체 및 genet 수준에서 큰 차이 없이, 약 12-18 m 거리 내에 분포하는 개체 간에 자기상관성이 인정되었다. 줄댕강나무 집단의 현지외 보전을 위한 표본 추출 시, 연속 분포하는 집단에서는 최소 18m 이상의 간격을 두는 것이 좋고, 소규모 단편으로 분리되어 분포하는 경우 최대한 많은 단편으로부터 표본을 채취하는 것이 효율적일 것으로 판단되었다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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• pp.57-57
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• 2017

Chrysanthemum is one of the most important floral crop in Korea produced about 7 billion dollars (1 billion for pot and 6 billion for cutting) in 2013. However, it is difficult to breed and to do genetic study because 1) it is highly self-incompatible, 2) it is outcrossing crop having heterozygotes, and 3) commercial cultvars are hexaploid (2n = 6x = 54). Although low-density genetic map and QTL study were reported, it is not enough to apply for the marker assisted selection and other genetic studies. Therefore, we are trying to make high-density genetic mapping using GBS with about 100 $F_1s$ of C. boreale that is oHohhfd diploid (2n = 2x = 18, about 2.8Gb) instead of commercial culitvars. Since Chrysanthemum is outcrossing, two-way pseudo-testcross model would be used to construct genetic map. Also, genotype-by-sequencing (GBS) would be utilized to generate sufficient number of markers and to maximize genomic representation in a cost effective manner. Those completed sequences would be analyzed with TASSEL-GBS pipeline. In order to reduce sequence error, only first 64 sequences, which have almost zero percent error, would be incorporated in the pipeline for the analysis. In addition, to reduce errors that is common in heterozygotes crops caused by low coverage, two rare cutters (NsiI and MseI) were used to increase sequence depth. Maskov algorithm would also used to deal with missing data. Further, sparsely placed markers on the physical map would be used as anchors to overcome problems caused by low coverage. For this purpose, were generated from transcriptome of Chrysanthemum using MISA program. Among those, 10 simple sequence repeat (SSR) markers, which are evenly distributed along each chromosome and polymorphic between two parents, would be selected.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제24권1호
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• pp.27-34
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• 2008

Level and distribution of genetic diversity in seven populations of Albizia lucida Benth. in eastern region of the Indian sub-continent were estimated using ISSR markers. Relatively higher level of genetic diversity within populations was observed in seven populations of A. lucida (mean of 0.38). From the result of AMOVA, majority of genetic diversity was allocated within populations (96.2%) resulting in a moderate degree of population differentiation. The observed distribution pattern of I-SSR variant among the populations was coincided with the typical pattern of long-lived woody tree species. Genetic relationships among the populations, reconstructed by UPGMA method, revealed two genetic groups. The population of Anugul and Bargarh turned out to be the most closely related despite a distance location between them. These formations will be of great value in the development of conservation plans for species exhibiting high levels of genetic differentiation due to fragmentation, such as indication of conservation unit size, which populations should be chosen as priority in conservation plans and which samples should be introduced in areas with a low number of individuals of A. lucida.

• 한국산림과학회지
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• 제90권1호
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• pp.155-160
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• 2001

경기도 화성군 반월면 속달리 소재의 백합나무 종자 산지 시험림을 대상으로 모수림 작업 전후의 유전다양성의 변화를 예측하기 위해서 총 305개체에 대한 I-SSR 표지자 분석을 수행하였다. 9개의 I-SSR primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과 총 89개의 증폭산물 변이 체를 확인했으며, 속달리 시험림에 식재되어 있는 전 개체에 대한 다양도는 0.4532로 비교적 높은 수치를 보였다. 종자산지별로 구분하여 분석한 결과 미국 채종원산 종자를 양묘하여 식재한 개체군에서 가장 높은 다양도(0.4530)를 보였으며, 그 다음이 안양 산지로 0.4152, 전북 산지의 경우 0.3929로 가장 낮은 다양도를 보였다. 식재목의 형태적 특성과 식재 간격을 고려하여 두 번에 걸친 간벌을 수반하는 모수림 작업 결과 남겨질 37개 개체목에 대한 유전다양도 및 유전적 거리를 모의 통계분석한 결과, 종자 산지내 다양도는 전북이 28.3%로 가장 크게 감소했으며, 그 다음이 안양으로 16.3%, 미국이 8.0%로 가장 적게 감소한 것으로 나타났다. 개체목 감소율의 차이가 적었음에도 불구하고(87.5~88.2%) 다양도의 변화에 큰 차이가 나는 이유는 미국산 채종원 종자는 비교적 다수의 모수로부터 유래되었으나 안양 및 전북에서 생산된 종자들은 상대적으로 소수의 모수로부터 유래되었을 가능성이 크기 때문인 것으로 추정된다. 비록 2차에 걸친 간벌에 의해서 각 종자 산지내 개체간 다양도는 평균 17.5%가 감소했으나, 전체 37개체에 대한 다양도의 감소는 불과 6.1%에 지나지 않기 때문에 속달리 시험림에 식재되어 있는 305개체 중에서 종자생산을 목적으로 본 연구에서 선정한 기준에 따라 37개체를 잔존시키는 모수림 작업을 수행하더라도 이들로부터 생산될 차대들에 있어서 전체적인 유전다양성의 현격한 감소를 초래하지는 않을 것으로 생각된다.

• 한국작물학회지
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• 제51권3호
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• pp.248-258
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• 2006

우리나라에서 1913년부터 2002년까지 육성된 콩 91개 품종에 대하여 SSR 마커를 이용하여 유전적 다양성을 평가하고 유연관계를 분석한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. Primer 20개를 이용하여 분석한 결과 총 149개의 대립 인자가 확인되었고, 각 유전좌별로 최소 3개(Satt477)에서 최대 15개(Sat_036, Sat_043)의 대립인자가 확인되었으며, primer당 평균 7.5개였다. 2. 우리나라 콩 육성품종들의 유전적 다양성은 $0.424{\sim}0.905$의 범위로 평균 0.711이었고, Sat_043가 0.905로 가장 높았고 SOYHSP176가 0.424로 가장 낮았다. 3. 비가중 평균 결합법에 의한 군집분석에서 90개 품종(검정콩 4호 제외)이 7개 그룹으로 분류되었으며, I 그룹은 26품종(28.6%), IV그룹은 24품종(26.4%) 및 VI그룹은 18품종(19.8%)이 속하는 큰 그룹이었다. 4. 유전적 다양성은 육성년대별로 1970년대(0.576)에 육성된 품종이 가장 낮았고, 1990년대(0.706)에 육성된 품종들이 가장 높았고, 용도별로는 장류 및 두부용콩 품종들이 가장 높았고(0.691), 풋콩 및 올콩 품종들이 가장 낮았으며(0.514), 육성모지별로는 큰 차이가 없었다. 5. 유전적거리는 육성년대 별로는 1969년 이전과 1970년대에 육성된 품종 간에 가장 가까웠고, 1970년대와 1990년대 육성된 품종 간에는 가장 멀었다. 용도별로는 장류 및 두부용콩 품종과 풋콩 및 올콩 품종 간에 가장 멀었고, 밥밑콩 품종과 풋콩 및 올콩 품종 간이 가장 가까웠다. 육성모지별 간에는 수원과 익산에서 육성된 품종 간에 멀었고, 밀양과 익산에서 육성된 품종 간에는 가까웠다.