• 환경생물
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• 제21권2호
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• pp.194-202
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• 2003

남조류의 대발생이 자주 발생하는 석촌호수와 팔당호로부터 시료를 채취하여 남조류 분해세균의 분리를 시도하였다. MDM배지 상에서 Anabaena cylindrica를 숙주로 하는 over-layer method를 이용하여 Anabaena cylindrica lawn에서 남조류 분해 세균을 분리하여 HY0210-AK1으로 명명하였다. HY0210-AK1의 형태적, 생화학적 특성은 Rhizobium속과 유사하였으며, 16S rDNA 염기서열을 분석한 결과 Sphingobium herbicido vorans IFO 16415$^{T}$ 와 99.1%의 높은 유연관계를 보여 Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1로 동정하였다. 잠복기, 대수성장기, 정체기에 있는 Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1를 Anabaena cylindrica NIES-19와 혼합 배양하였을 때, 접종 초기에는 정체기의 Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1를 접종한 처리구에서 가장 좋은 살조 효과를 나타냈으나, 접종 7일 이후에는 커다란 차이를 보이지 않았다 또한,Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1는 $1\times 10^{8}$ CFU $ml^{-1}$ 이상의 농도로 처리하였을 때, Anabaena cylindrica NIES-19가 완전히 분해되었다. Sphingo bium herbicidovorans HY0210-AK1와 Anabaena cylin dricaNIES-19를 혼합 배양한 상등액을 여과하여 접종 하였을때는 납조류 성장 저해 효과가 나타나지 않았다. 따라서 Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1는 Anabaena cylindrica NIES-19를 직접 공격하여 분해하는 것으로 사료된다. Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1는 Microcystis aeruginosa 분해하였다..

• The Plant Pathology Journal
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• 제23권3호
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• pp.143-150
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• 2007

A new virus-like disease of tomato showing chlorotic spots, malformation and necrosis on leaves, and chlorotic blotching, rings, and necrosis on fruits was observed around Sacheon, Gyeongsangnam-do, Korea in 2004. Host range analysis could not differentiate 4 field isolates collected from tomatoes showing different symptoms but identified them as Tomato bushy stunt virus (TBSV). TBSV-tsf2 isolate induced symptoms in indicator plants similar to those caused by the TBSV-C, -S and -Nf. As the isolate could not systemically infect Chenopodium quinoa, the isolate might belong to the previously described TBSV-S isolate. TBSV-tsf2 isolate caused similar cytological alterations that were similar to that generally caused by previously reported TBSV isolates. TBSV-tsf2 isolate, however, could be considered to belong to new strain of TBSV because masses of small electron-dense patches that were not observed from the previously described TBSV. The complete nucleotide sequences of the genomic RNA of 4739 nt excluding non-translated sequences at both termini have been determined and compared to sequences of other TBSV strains. The complete nucleotide sequence identity among TBSV isolates was 98.9% to 99.7%, and to the other tombusviruses ranged from 80.8% to 94.9%. Comparison of the amino acid sequences all five ORFs with those of other TBSV strains shows a similar genomic organization, and high percentage of amino acid sequence homology with TBSV-Nf than TBSV-S isolate. Since the TBSV symptoms were only observed in Sacheon fields where imported seeds from Japan were planted, the TBSV incidence probably caused by the planting contaminated tomato seeds and thus require more through quarantine procedure to prevent settlement of TBSV in Korea. Altogether, these results support that the Korean isolate of TBSV infecting tomato might be new strain.

• 한국축산식품학회지
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• 제27권3호
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• pp.363-370
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• 2007

김치의 L. plantarum의 생균제적 특성을 조사하기 위하여 김치에서 산생산과 성장능력 등이 우수한 25종의 Lactobacillus sp.를 분리하였고, API kit 분석에 의하여 L. plantarum을 동정하고 재차 16S rDNA 염기서열(99.9% 상동성)을 비교한 후 L. plantarum JK-01로 표기하였다. L. plantarum JK-01은 MRS broth에서 배양시 18시간 후 $2.9{\times}10^{10}CFU/ml$로 최대로 증식하는 빠른 성장특성을 나타냈으며 pH도 4.5로 조속히 하강하였다. 효소활성은 xylanase, amylase, protease, phytase의 순으로 높은 활성을 포함하고 있는 것으로 예측되었다. L. plantarum JK-01은 pH 2에서도 $1.36{\times}10^5CFU/mL$가 생존하였고, 1%의 담즙산에서도 약 $10^6CFU/mL$이상이 생존하여 내산성과 내담즙산성이 강한 것으로 나타났다. 또, $60^{\circ}C$에서도 $3.3{\times}10^3$ CFU/mL 정도로 생존하는 내열성이 있었으며, 대장균과 함께 배양시 18시간 후 대장균을 사멸시키는 것으로 나타났다. 이상의 결과로부터 분리한 L. plantarum JK-01은 생균제로서 충분히 이용가치가 있는 것으로 사료되었다.

• 한국산림과학회지
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• 제95권4호
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• pp.388-392
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• 2006

국내에 분포하는 리지나뿌리썩음병균(Rhizina undulata)의 생리적 특성 및 유전적 다양성을 밝히기 위하여, 소나무(Pinus densiflora) 및 곰솔(P. thunbergii) 림으로부터 분리한 13종의 리지나뿌리썩음병균 분리주를 공시하여 각 분리주들의 배양 특성 및 RAPD에 의한 유전적 다양성을 분석하였다. P. densiflora 및 P. thunbergii로부터 제조한 수용성 추출물 첨가배지에서의 각 분리주들의 균사생장 특성을 조사한 결과, 각 분리주들의 기주와 분리주들의 기주로 부터 추출한 수용성 추출물 배지에서의 균사생장량 간에는 상관관계를 발견할 수 없었다. 한편, 12종의 random primer를 사용하여 R. undulata 분리주들의 genomic DNA의 random amplified polymorphic DNA(RAPD)에 의한 유전적 다양성을 분석한 결과, 국내 분리주들의 RAPD profile은 모두 동일하였다. 그러나, 국내 분리주들의 RAPD profile과 일본 분리주와는 다소 차이를 나타내었는데 즉, RAPD profile의 phylogenetic tree 분석 결과, 국내 분리주들과 일본분리주와는 88%의 상동성을 나타내었다.

• 한국산림과학회지
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• 제87권3호
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• pp.334-340
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• 1998

이 연구(硏究)는 promoter가 없는 외래(外來) 유전자(遺傳子)를 양황철의 genome에 인위적으로 삽입시킨 후 도입된 유전자(遺傳子)가 식물 프로모터의 영향으로 발현되는 현상을 이용하여 식물의 프로모터 혹은 유전자(遺傳子) 발현조절 염기서열(鹽基序列)을 분리, 구명하기 위해 수행되었다. 형질전환된 세포의 선발을 위하여 nptII 유전자(遺傳子)를 선발 표지로 사용하였고, 발현되는 유전자(遺傳子)의 검정을 위한 reporter보는 GUS 유전자(遺傳子)를 사용하였다. 형질전환 후 재분화된 3클론 중 nptII 및 GUS의 발현에 모두 양성인 개체의 DNA에서 730bp 염기서열(鹽基序列)을 inverse PCR로 증폭 분리하여 클로닝하고 이의 염기서열(鹽基序列)을 구명하였다. 이 염기서열(鹽基序列)은 Eucalyptus gunnii의 CAD(Cinnamyl Alcohol Dehydrogenase) 유전자(遺傳子)와 전체적으로 약 88%의 상동성(相同性)을 보였다. 이 결과에 의하면 inverse PCR로 증폭된 부분은 포플러의 CAD 유전자(遺傳子)의 일부를 포함한 조절인자로 생각된다. 이렇게 클로닝된 DNA 염기서열(鹽基序列)과 GUS fusion된 합성 DNA를 particle bombardment 법을 이용하여 포플러 잎에 도입시킨 결과, 청색반점(靑色斑點)이 생성되는 것으로 보아, 분리된 부위가 식물체내에서 발현조절기능을 하는 일부분으로 작용하는 것으로 생각된다.

• 미생물학회지
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• 제44권1호
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• pp.74-79
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• 2008

L-ascorbic acid (AA)의 2번 위치의 수산기에 부위 특이적 활성을 갖는 Paenibacillus sp. JB-13 유래의 cyclodextrin glucanotransferase (CGTase, EC 2.4.1.19) 유전자(cgt gene)를 pEXP7 발현 vector에 클로닝하여 재조합 균주를 구축하였다. 재조합 균주의 CGTase생산 최적 조건을 검토하여 본 결과 LB 배지에 0.5% glucose, 3.0% polypeptone, 0.3% $K_2HPO_4$, 0.5% NaCl이 되도록 추가하고, 초기 pH 7.0, 접종량 2%, 통기량 0.1 vvm, 배양 온도 $37^{\circ}C$, 배양 시간 14시간의 조건에서 최대 활성을 나타내었다. 재조합 균주와 기존 균주의 CGTase 활성을 비교한 결과 재조합 균주는 배양 14시간째 640 units/ml의 활성을 가져 기존 균주에 비해 70%의 활성을 나타내지만 배양 시간을 1/4로 단축시킬 수 있다는 이점이 있음을 확인하였다. 재조합 균주가 생산한 CGTase를AA-2G합성에 적용하여 AA-2G를 합성하고 HPLC로 분석한 결과 단일 peak를 확인할 수 있었고 ${\alpha}$-glucosidase를 처리하여 확인한 결과 AA와 glucose로 분리됨을 확인할 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권4호
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• pp.555-562
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• 2012

PCR was performed to analyze the ${\beta}$-lactamase genes carried by ampicillin-resistant Vibrio spp. strains isolated from marine environments in Korea between 2006 and 2009. All 36 strains tested showed negative results in PCR with the primers designed from the nucleotide sequences of various known ${\beta}$-lactamase genes. This prompted us to screen new ${\beta}$-lactamase genes. A novel ${\beta}$-lactamase gene was cloned from Vibrio alginolyticus KV3 isolated from the aquaculture water of Geoje Island of Korea. The determined nucleotide sequence (VAK-3 ${\beta}$-lactamase) revealed an open reading frame (ORF) of 852 bp, encoding a protein of 283 amino acids (aa), which displayed low homology to any other ${\beta}$-lactamase genes reported in public databases. The deduced 283 aa sequence of VAK-3, consisting of a 19 aa signal peptide and a 264 aa mature protein, contained highly conserved peptide segments specific to class A ${\beta}$-lactamases including the specific amino acid residues STFK (62-65), SDN (122-124), E (158), and RTG (226-228). Results from PCR performed with primers specific to the VAK-3 ${\beta}$-lactamase gene identified 3 of the 36 isolated strains as V. alginolyticus, Vibrio cholerae, and Photobacterium damselae subsp. damselae, indicating the utilization of various ${\beta}$-lactamase genes including unidentified ones in ampicillin-resistant Vibrio spp. strains from the marine environment. In a mating experiment, none of the isolates transfered the VAK-3 ${\beta}$-lactamase gene to the Escherichia coli recipient. This lack of mobility, and the presence of a chromosomal acyl-CoA flanking sequence upstream of the VAK-3 ${\beta}$-lactamase gene, led to the assumption that the location of this new ${\beta}$-lactamase gene was in the chromosome, rather than the mobile plasmid. Antibiotic susceptibility of VAK-3 ${\beta}$-lactamase was indicated by elevated levels of resistance to penicillins, but not to cephalosporins in the wild type and E. coli harboring recombinant plasmid pKV-3, compared with those of the host strain alone. Phylogenetic analysis showed that VAK-3 ${\beta}$-lactamase is a new and separate member of class A ${\beta}$-lactamases.

• 생명과학회지
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• 제24권12호
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• pp.1291-1300
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• 2014

본 연구에서는 참전복(Haliotis discus hannai)의 대용량 염기서열 분석을 통해 peroxiredoxin (Prx) 2 유전자의 full length의 cDNA를 동정하였다. 참전복 Prx 2 유전자의 총 길이는 1,052 bp로 597 bp의 open reading frame는 총 199개의 아미노산을 코딩하고 있으며 분자량은 22 kDa, 등전점은 7.58로 예측되었다. 참전복 Prx 2 아미노산서 열에는 typical 2-Cys Prx의 특징을 갖는 motif와 효소활성에 중요한 cysteine잔기가 매우 보존되어 있었다. 참전복 Prx 2 아미노산 서열은 다른 종의 Prx 2와 64~99% 유사하였고, 특히 패류의 Prx 2와 가장 유사성이 높았다. 참전복 Prx 2 유전자의 mRNA는 관찰된 모든 조직에서 발현하고 있었으며, 특히 외투막, 아가미, 족부, 간췌장, 소화관에서 높은 발현이 확인되었다. 참전복의 Prx 2는 비브리오균으로 감염시킨 전복의 혈구세포에서 감염 후 1시간 째 발현이 증가했다가 서서히 감소하였고, 간췌장 조직에서는 감염 6시간 경과 후 발현 정도가 최고로 증가했다가 감소하였다. 따라서 typical 2-Cys Prx의 특징을 잘 보존되어 있는 참전복 Prx 2는 병원균 감염에 따른 산화스트레스 조절에 관여하는 인자로 중요한 역할을 할 것으로 예상된다.

• Molecules and Cells
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• 제25권4호
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• pp.467-478
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• 2008

Simple sequence repeats (SSRs) and interSSR (ISSR) marker systems were used in this study to reveal genetic changes induced by artificial selection for short/long larval duration in the tropical strain Nistari of the silkworm Bombyx mori. Artificial selection separated longer larval duration (LLD) ($29.428{\pm}0.723days$) and shorter larval duration (SLD) ($22.573{\pm}0.839days$) lines from a base, inbred population of Nistari (larval span of $23.143{\pm}0.35days$). SSR polymorphism was observed between the LLD and SLD lines at one microsatellite locus, Bmsat106 ($CA_7$) and at two loci of 1074 bp and 823 bp generated with the ISSR primer UBC873. Each of these loci was present only in the LLD line. The loci segregated in the third generation of selection and were fixed in opposite directions. In the $F_2$ generation of the $LLD{\times}SLD$ lines, the alleles of Bmsat106 and $UBC873_{1074bp}$ segregated in a 1:1 ratio and the loci were present only in the LLD individuals. $UBC873_{823bp}$ was homozygous. Single factor ANOVA showed a significant association between the segregating loci and longer larval duration. Together, the two alleles contributed to an 18% increase in larval duration. The nucleotide sequences of the $UBC873_{1074bp}$ and $UBC873_{823bp}$ loci had 67% A/T content and consisted of direct, reverse, complementary and palindromic repeats. The repeats appeared to be "nested" (59%) in larger repeats or as clustered elements adjacent to other repeats. Of 203 microsatellites identified, dinucleotides (67.8%) predominated and were rich in A/T and T/A motifs. The sequences of the $UBC873_{1074bp}$ and $UBC873_{823bp}$ loci showed similarity (E = 0.0) to contigs located in Scaffold 010774 and Scaffold 000139, respectively, of the B. mori genome. BLASTN analysis of the $UBC873_{1074bp}$ sequence showed significant homology of (nt.) 45-122 with upstream region of three exons from Bombyx. The complete sequence of this locus showed ~49% nucleotide conservation with transposon 412 of Drosophila melanogaster and the Ikirara insertions of Anopheles gambiae. The A + T richness and lack of coding potential of these small loci, and their absence in the SLD line, reflect the active process of genetic change associated with the switch to short larval duration as an adaptation to the tropics.

• 생명과학회지
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• 제14권1호
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• pp.38-44
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• 2004

이소플라본의 함량이 매우 높은 것으로 알려진 국내 콩품종 신팔달로부터 2개의 유전자 IFS1 (SinIFS1)과 IFS2(SinIFS2)가 클로닝되었다. 유전자의 염기서열을 밝힌 후, 기존에 알려진 콩과의 다른 IFS 유전자들과 유전자 염기서열의 유사성을 비교 분석하였다. 유전자 SinIFS1은 전체 1,828bp의 nucleotide와 521개의 아미노산으로 이루어져 있었고 SinIFS2의 경우, 1912bp의 nucleotide와 521의 아미노산으로 이루어져 있었다. 두 유전자 모두 cytochrome P45O superfamily의 일원이었고, 상응하는 conserve된 motif들을 가지고 있었다. 콩과의 다른 식물에서 클로닝된 IFS들과의 염기서열비교에서는 매우 높은 염기서열 유사성(98% 이상)이 관측되었다. 유전자의 발현과 유발에 관한 노던분석 실험 결과, 무처리구로 사용한 암처리보다 모두 유발된 유전자의 발현을 나타났는데, 특히 곰팡이 elicitor 처리구의 경우, 무처리보다 6배 이상의 유전자 유발을 보였다. 그 다음으로는 자외선 처리가 높은 유전자 발현 유발효과를 나타내었고, 그 다음으로 저온과 명처리순으로 유발효과를 나타내었다.